More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_0878 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_0878  DNA repair protein RadA  100 
 
 		 457 aa  933    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0125  DNA repair protein RadA  65.36 
 
 		 458 aa  625  1e-178  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3614  DNA repair protein RadA  63.6 
 
 		 455 aa  622  1e-177  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.356128  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4772  DNA repair protein RadA  64.35 
 
 		 457 aa  621  1e-177  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000283378 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0506  DNA repair protein RadA  63.2 
 
 		 461 aa  601  1.0000000000000001e-171  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.382346  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0828  DNA repair protein RadA  60.75 
 
 		 453 aa  586  1e-166  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2129  DNA repair protein RadA  62.01 
 
 		 454 aa  576  1.0000000000000001e-163  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.124782  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01480  putative DNA repair protein  60.31 
 
 		 453 aa  564  1.0000000000000001e-159  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1168  DNA repair protein RadA  56.22 
 
 		 463 aa  526  1e-148  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.215526 
 
 
-
 
NC_002950  PG0227  DNA repair protein RadA  53.35 
 
 		 461 aa  489  1e-137  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0301  DNA repair protein RadA  53.51 
 
 		 457 aa  485  1e-136  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2341  DNA repair protein RadA  52.78 
 
 		 453 aa  483  1e-135  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0390  DNA repair protein RadA  51.86 
 
 		 449 aa  469  1.0000000000000001e-131  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0198908  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0336  DNA repair protein RadA  50 
 
 		 459 aa  469  1.0000000000000001e-131  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000102144 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0110  DNA repair protein RadA  50.33 
 
 		 454 aa  459  9.999999999999999e-129  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.242522  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5223  DNA repair protein RadA  50.77 
 
 		 458 aa  458  9.999999999999999e-129  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00190969  unclonable  1.94383e-25 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0082  DNA repair protein RadA  50.55 
 
 		 458 aa  455  1e-127  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0080  DNA repair protein RadA  50.22 
 
 		 484 aa  456  1e-127  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0082  DNA repair protein RadA  50.55 
 
 		 458 aa  455  1e-127  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0079  DNA repair protein RadA  50.55 
 
 		 458 aa  455  1e-127  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0078  DNA repair protein RadA  50.55 
 
 		 458 aa  455  1e-127  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0081  DNA repair protein RadA  50.55 
 
 		 458 aa  455  1e-127  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0092  DNA repair protein RadA  50.55 
 
 		 458 aa  455  1e-127  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.92971e-61 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0112  DNA repair protein RadA  50.55 
 
 		 458 aa  455  1e-127  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.328977  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0103  DNA repair protein RadA  50.33 
 
 		 458 aa  455  1e-127  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00530334  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0077  DNA repair protein RadA  50.77 
 
 		 458 aa  457  1e-127  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0077  DNA repair protein RadA  50.11 
 
 		 458 aa  452  1.0000000000000001e-126  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0084  DNA repair protein RadA  50.44 
 
 		 457 aa  454  1.0000000000000001e-126  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.391084  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0400  DNA repair protein RadA  49.78 
 
 		 450 aa  450  1e-125  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000197198  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2764  DNA repair protein RadA  50.82 
 
 		 460 aa  449  1e-125  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000385269  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2361  DNA repair protein RadA  49.45 
 
 		 453 aa  450  1e-125  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0318  DNA repair protein RadA  50.11 
 
 		 470 aa  451  1e-125  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0836  DNA repair protein RadA  47.46 
 
 		 457 aa  446  1.0000000000000001e-124  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0984957  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0166  DNA repair protein RadA  49.34 
 
 		 457 aa  448  1.0000000000000001e-124  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3277  DNA repair protein RadA  50.11 
 
 		 449 aa  445  1.0000000000000001e-124  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.142573  normal  0.6246 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0562  DNA repair protein RadA  49.89 
 
 		 454 aa  448  1.0000000000000001e-124  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1786  DNA repair protein RadA  49.11 
 
 		 454 aa  447  1.0000000000000001e-124  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000301687  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0548  DNA repair protein RadA  49.89 
 
 		 454 aa  448  1.0000000000000001e-124  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00880  DNA repair protein RadA  48.81 
 
 		 451 aa  442  1e-123  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.00000000000000121912  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3459  DNA repair protein RadA  48.91 
 
 		 452 aa  440  9.999999999999999e-123  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.261832  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2490  DNA repair protein RadA  48.35 
 
 		 489 aa  440  9.999999999999999e-123  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.858464  normal  0.0874227 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2739  DNA repair protein RadA  49.65 
 
 		 448 aa  437  1e-121  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0130  DNA repair protein RadA  48.15 
 
 		 453 aa  436  1e-121  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000766532  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0182  DNA repair protein RadA  50.46 
 
 		 449 aa  438  1e-121  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0285  DNA repair protein RadA  48.48 
 
 		 450 aa  432  1e-120  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0463822  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0422  DNA repair protein RadA  48.15 
 
 		 448 aa  433  1e-120  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00757431  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2065  DNA repair protein RadA  47.38 
 
 		 446 aa  424  1e-117  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0567358  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0373  DNA repair protein RadA  47.6 
 
 		 452 aa  420  1e-116  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0711643  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0256  DNA repair protein RadA  46.58 
 
 		 457 aa  419  1e-116  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00319082  normal  0.307702 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3455  DNA repair protein RadA  48.9 
 
 		 462 aa  415  9.999999999999999e-116  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1803  DNA repair protein RadA  51.9 
 
 		 415 aa  415  9.999999999999999e-116  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3255  DNA repair protein RadA  47.33 
 
 		 465 aa  413  1e-114  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2366  DNA repair protein RadA  44.91 
 
 		 451 aa  413  1e-114  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.000000262714  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0157  DNA repair protein RadA  52.3 
 
 		 408 aa  414  1e-114  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1707  DNA repair protein RadA  47.1 
 
 		 453 aa  412  1e-114  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0112208  normal  0.59861 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0827  DNA repair protein RadA  44.94 
 
 		 482 aa  407  1.0000000000000001e-112  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1877  DNA repair protein RadA  43.09 
 
 		 507 aa  405  1.0000000000000001e-112  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.647793 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1385  DNA repair protein RadA  45.87 
 
 		 447 aa  404  1e-111  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.674348  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0225  DNA repair protein RadA  45.63 
 
 		 456 aa  402  1e-111  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0423  DNA repair protein RadA  45.93 
 
 		 448 aa  403  1e-111  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2178  DNA repair protein RadA  48.6 
 
 		 463 aa  404  1e-111  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.965225  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0589  DNA repair protein RadA  45.63 
 
 		 451 aa  402  1e-111  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.268839  hitchhiker  1.37134e-16 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0182  DNA repair protein RadA  44.27 
 
 		 445 aa  401  9.999999999999999e-111  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.28154  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0058  DNA repair protein RadA  44.74 
 
 		 462 aa  399  9.999999999999999e-111  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1987  DNA repair protein RadA  45.68 
 
 		 453 aa  401  9.999999999999999e-111  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.355792 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4885  DNA repair protein RadA  43.91 
 
 		 455 aa  398  9.999999999999999e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1507  DNA repair protein RadA  47.21 
 
 		 466 aa  401  9.999999999999999e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4206  DNA repair protein RadA  43.09 
 
 		 520 aa  399  9.999999999999999e-111  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3606  DNA repair protein RadA  48.86 
 
 		 462 aa  400  9.999999999999999e-111  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0729  DNA repair protein RadA  47.44 
 
 		 467 aa  400  9.999999999999999e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.634843 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3565  DNA repair protein RadA  49.44 
 
 		 471 aa  399  9.999999999999999e-111  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.946618  normal  0.041039 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1487  DNA repair protein RadA  43.51 
 
 		 481 aa  399  9.999999999999999e-111  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.652724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0398  DNA repair protein RadA  47.81 
 
 		 454 aa  400  9.999999999999999e-111  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0090486 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0184  DNA repair protein RadA  45.48 
 
 		 476 aa  400  9.999999999999999e-111  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00274159  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_58  DNA repair protein RadA  44.74 
 
 		 462 aa  401  9.999999999999999e-111  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4640  DNA repair protein RadA  43.91 
 
 		 455 aa  395  1e-109  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4275  DNA repair protein RadA  43.91 
 
 		 455 aa  395  1e-109  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.783093  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2354  DNA repair protein RadA  42.45 
 
 		 514 aa  396  1e-109  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.561638  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5249  DNA repair protein RadA  44.1 
 
 		 453 aa  397  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2303  DNA repair protein RadA  42.45 
 
 		 514 aa  396  1e-109  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2440  DNA repair protein RadA  47.25 
 
 		 452 aa  395  1e-109  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.526497  hitchhiker  0.000264442 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0575  DNA repair protein RadA  46.74 
 
 		 451 aa  395  1e-109  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0562  DNA repair protein RadA  47.78 
 
 		 464 aa  395  1e-109  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.814745  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0794  DNA repair protein RadA  43.91 
 
 		 477 aa  397  1e-109  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1582  DNA repair protein RadA  46.74 
 
 		 451 aa  396  1e-109  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000655938  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1189  DNA repair protein RadA  48.37 
 
 		 466 aa  395  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.380692  normal  0.618003 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01540  DNA repair protein RadA  45.75 
 
 		 464 aa  398  1e-109  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.850923  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1044  DNA repair protein RadA  47.35 
 
 		 466 aa  398  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1348  DNA repair protein RadA  47.52 
 
 		 460 aa  395  1e-109  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60990  DNA repair protein RadA  44.1 
 
 		 453 aa  396  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2817  DNA repair protein RadA  47.25 
 
 		 452 aa  395  1e-109  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4644  DNA repair protein RadA  43.6 
 
 		 456 aa  394  1e-108  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.592741 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0841  DNA repair protein RadA  44.49 
 
 		 457 aa  392  1e-108  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0449  DNA repair protein RadA  47.1 
 
 		 467 aa  392  1e-108  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.165637  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0927  DNA repair protein RadA  43.01 
 
 		 482 aa  394  1e-108  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4506  DNA repair protein RadA  43.6 
 
 		 456 aa  394  1e-108  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4638  DNA repair protein RadA  43.6 
 
 		 456 aa  393  1e-108  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.854791  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0510  DNA repair protein RadA  45.2 
 
 		 458 aa  393  1e-108  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.150975  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1280  DNA repair protein RadA  44.84 
 
 		 454 aa  392  1e-108  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0756  DNA repair protein RadA  44.25 
 
 		 453 aa  393  1e-108  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.752  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>