More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_0875 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_0875  DNA polymerase III gamma/tau subunits-like protein  100 
 
 
379 aa  788    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0075  DNA polymerase III gamma/tau subunit  42.22 
 
 
382 aa  296  5e-79  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0985  DNA polymerase III gamma/tau subunits-like protein  38.86 
 
 
382 aa  275  1.0000000000000001e-72  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3272  DNA polymerase III gamma/tau subunit  35.73 
 
 
372 aa  256  3e-67  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6089  DNA polymerase III gamma/tau subunits-like protein  35.73 
 
 
371 aa  245  9e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03320  putative DNA polymerase III, delta subunit  35.26 
 
 
390 aa  239  5.999999999999999e-62  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0491  DNA polymerase III gamma/tau subunit  34.75 
 
 
375 aa  233  4.0000000000000004e-60  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1239  DNA polymerase III subunit delta'  35.42 
 
 
373 aa  229  8e-59  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0634  hypothetical protein  31.2 
 
 
381 aa  218  1e-55  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0932  DNA polymerase III, delta prime subunit, putative  33.51 
 
 
416 aa  215  9.999999999999999e-55  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.1978 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2254  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.19 
 
 
391 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0268836  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0038  DNA-directed DNA polymerase  27.36 
 
 
320 aa  108  2e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.21 
 
 
331 aa  103  7e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1058  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.86 
 
 
320 aa  102  1e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000154633 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3205  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.45 
 
 
320 aa  101  2e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0191854  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0548  DNA-directed DNA polymerase  28.28 
 
 
389 aa  100  5e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.713623  normal  0.229669 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0715  DNA-directed DNA polymerase  27.01 
 
 
389 aa  98.6  2e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.402884  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.95 
 
 
363 aa  95.9  1e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.017144  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1664  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.24 
 
 
327 aa  95.9  1e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.988179  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2589  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.95 
 
 
344 aa  95.5  1e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000288191 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0606  DNA-directed DNA polymerase  23.56 
 
 
390 aa  95.5  2e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.063463  decreased coverage  0.0031746 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2644  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.95 
 
 
363 aa  94.7  3e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20360  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.49 
 
 
326 aa  93.6  5e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  24.34 
 
 
321 aa  92.8  9e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3154  DNA polymerase III, delta prime subunit  25.67 
 
 
320 aa  92.4  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000590012  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1351  DNA-directed DNA polymerase  25 
 
 
365 aa  92.4  1e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.916733  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  22.01 
 
 
335 aa  92  1e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  23.14 
 
 
358 aa  91.3  2e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1435  DNA polymerase III subunit delta'  30.74 
 
 
337 aa  90.1  5e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1602  DNA-directed DNA polymerase  29.02 
 
 
388 aa  89.7  8e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.772153 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0587  DNA-directed DNA polymerase  24.62 
 
 
388 aa  89.7  8e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2319  DNA polymerase III, delta prime subunit  26.54 
 
 
318 aa  89.4  9e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.247884  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1360  DNA polymerase III, delta prime subunit  23.73 
 
 
345 aa  89.4  9e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4275  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.33 
 
 
354 aa  88.2  2e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0379488 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0156  DNA polymerase III, delta prime subunit  22.67 
 
 
335 aa  87.8  3e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.986059 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2230  DNA polymerase III, delta prime subunit  24.66 
 
 
323 aa  87  4e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.688016  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1778  DNA polymerase III, delta subunit, putative  26.64 
 
 
391 aa  86.7  7e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1146  DNA polymerase III, delta prime subunit  22.22 
 
 
383 aa  85.5  0.000000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.651472  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1465  DNA polymerase III subunit delta'  28.37 
 
 
336 aa  85.1  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.186588  normal  0.0136368 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1312  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.2 
 
 
370 aa  84.3  0.000000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0243  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  24.57 
 
 
478 aa  84  0.000000000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0245  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  24.57 
 
 
478 aa  84  0.000000000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_476  DNA-directed DNA polymerase, delta prime subunit  27.06 
 
 
339 aa  84  0.000000000000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1424  DNA polymerase III subunit delta'  28.5 
 
 
336 aa  83.2  0.000000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.233005 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1091  DNA-directed DNA polymerase  26.82 
 
 
389 aa  81.3  0.00000000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2105  DNA polymerase III, delta prime subunit  23.6 
 
 
329 aa  81.3  0.00000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000107011  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0511  DNA polymerase III, delta prime subunit  26.92 
 
 
343 aa  80.5  0.00000000000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2119  DNA polymerase III, delta prime subunit  25.39 
 
 
320 aa  80.1  0.00000000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000331733  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0257  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  24.73 
 
 
518 aa  80.1  0.00000000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3588  DNA polymerase III, delta prime subunit  28 
 
 
351 aa  79.3  0.00000000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1396  DNA polymerase III subunit delta'  26.43 
 
 
404 aa  79.3  0.00000000000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.305059 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1468  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  26.56 
 
 
627 aa  78.6  0.0000000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1397  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  25.4 
 
 
460 aa  78.2  0.0000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.610857  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1785  DNA polymerase III subunit delta'  27.2 
 
 
336 aa  78.6  0.0000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.193634  normal  0.229083 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0505  DNA-directed DNA polymerase  23.42 
 
 
308 aa  78.6  0.0000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0518  DNA-directed DNA polymerase  23.42 
 
 
308 aa  78.6  0.0000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0375901  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7084  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  24.73 
 
 
634 aa  77.8  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.720575 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0791  DNA polymerase III, delta prime subunit  25.51 
 
 
340 aa  77.4  0.0000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1870  DNA-directed DNA polymerase  26.67 
 
 
390 aa  77.4  0.0000000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000004805  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0042  DNA polymerase III, delta prime subunit  24.8 
 
 
320 aa  77.4  0.0000000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0152578  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0015  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  24.51 
 
 
589 aa  77  0.0000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00819086  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0789  DNA-directed DNA polymerase  23.27 
 
 
326 aa  76.6  0.0000000000007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1557  DNA polymerase III subunits gamma and tau  26.09 
 
 
543 aa  75.5  0.000000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.311213  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6483  DNA-directed DNA polymerase  27.01 
 
 
298 aa  75.1  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1827  DNA polymerase III subunit delta'  28.28 
 
 
337 aa  75.1  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.0140286 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0971  DNA polymerase III subunit delta'  28.33 
 
 
322 aa  74.7  0.000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3913  DNA polymerase III, delta prime subunit  22.7 
 
 
330 aa  74.3  0.000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0965  DNA-directed DNA polymerase  30.59 
 
 
377 aa  73.9  0.000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.824295  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26180  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  28.34 
 
 
394 aa  73.6  0.000000000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0366865  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1189  DNA polymerase III, delta prime subunit  25.41 
 
 
366 aa  73.2  0.000000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1228  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  25.4 
 
 
732 aa  72.8  0.000000000008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.0388635 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25950  DNA polymerase III, subunit gamma/tau  26.5 
 
 
796 aa  72.8  0.000000000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0555  DNA polymerase III subunits gamma and tau  24.6 
 
 
1078 aa  72.8  0.000000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.533437  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0535  DNA polymerase III, delta prime subunit  26.36 
 
 
339 aa  72.8  0.000000000009  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0093  DNA polymerase III subunit delta'  26.39 
 
 
326 aa  72.4  0.00000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0056  DNA polymerase III, delta prime subunit  24.18 
 
 
324 aa  71.6  0.00000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.907797  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0694  DNA polymerase III subunits gamma and tau  24.6 
 
 
1202 aa  71.6  0.00000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6146  DNA polymerase III subunits gamma and tau  26.24 
 
 
690 aa  71.2  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0122  DNA polymerase III, delta prime subunit, putative  24.04 
 
 
308 aa  71.2  0.00000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0277  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  23.29 
 
 
517 aa  71.2  0.00000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.433516  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5277  DNA polymerase III subunits gamma and tau  25 
 
 
618 aa  71.2  0.00000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.028048  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4909  DNA polymerase III subunits gamma and tau  25 
 
 
616 aa  71.2  0.00000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.332565  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1460  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.15 
 
 
320 aa  71.2  0.00000000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2789  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  25.46 
 
 
602 aa  71.2  0.00000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.226663  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4998  DNA polymerase III subunits gamma and tau  25 
 
 
616 aa  71.2  0.00000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1255  DNA polymerase III subunit gamma/tau  24.51 
 
 
526 aa  70.5  0.00000000004  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0016  DNA polymerase III subunits gamma and tau  23.51 
 
 
559 aa  70.5  0.00000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1454  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  24.67 
 
 
751 aa  70.5  0.00000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000325473  normal  0.0490605 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4016  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  25 
 
 
737 aa  70.5  0.00000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.421072  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1281  DNA polymerase III subunits gamma and tau  25 
 
 
652 aa  70.1  0.00000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0427  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  23.72 
 
 
774 aa  69.7  0.00000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0027  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  24.6 
 
 
589 aa  69.3  0.00000000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000154817 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3199  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  22.57 
 
 
613 aa  68.9  0.0000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000104981  normal  0.61313 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0036  DNA polymerase III subunit delta'  23.81 
 
 
327 aa  69.3  0.0000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0475  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  24.5 
 
 
765 aa  69.3  0.0000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  hitchhiker  0.00148919  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1499  DNA polymerase III, delta prime subunit  26.58 
 
 
334 aa  69.3  0.0000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.28752  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01580  DNA polymerase III, subunit gamma/tau  24.09 
 
 
900 aa  68.9  0.0000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110622 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20790  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  22.3 
 
 
588 aa  69.3  0.0000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000015496  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0051  DNA polymerase III subunits gamma and tau  26 
 
 
692 aa  68.6  0.0000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0037  DNA polymerase III, delta prime subunit  25 
 
 
338 aa  68.6  0.0000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.418255  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>