More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_0693 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_0693  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 229 aa  474  1e-133  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5352  two component transcriptional regulator, winged helix family  61.57 
 
 		 224 aa  286  1e-76  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4089  two component transcriptional regulator, winged helix family  50 
 
 		 230 aa  239  2.9999999999999997e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00519658 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2742  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.88 
 
 		 230 aa  238  5.999999999999999e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.142828  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5387  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.96 
 
 		 236 aa  221  6e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0203  response regulator receiver  44.1 
 
 		 231 aa  221  6e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.359659 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0255  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.25 
 
 		 232 aa  209  4e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3651  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.23 
 
 		 228 aa  202  3e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0435949 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3566  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.22 
 
 		 228 aa  197  7.999999999999999e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.720677 
 
 
-
 
NC_002950  PG1089  DNA-binding response regulator RprY  41.85 
 
 		 245 aa  197  1.0000000000000001e-49  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.414682 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1246  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.92 
 
 		 233 aa  188  7e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.877806  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09498  two-component system, transcriptional regulatory protein  41.41 
 
 		 236 aa  187  1e-46  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7053  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.74 
 
 		 248 aa  186  3e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00262574  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0856  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.71 
 
 		 233 aa  185  6e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1242  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.72 
 
 		 234 aa  183  2.0000000000000003e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3460  two component transcriptional regulator  41.41 
 
 		 238 aa  182  3e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0108229  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4970  two component transcriptional regulator  38.67 
 
 		 228 aa  181  1e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.375881  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4521  two component transcriptional regulator  37.05 
 
 		 230 aa  179  4e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4006  two component transcriptional regulator  43.17 
 
 		 235 aa  176  2e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.010356  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5259  two component transcriptional regulator  43.17 
 
 		 235 aa  176  2e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000559572  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5589  DNA-binding response regulator YycF  43.17 
 
 		 235 aa  175  4e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0469644  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5572  DNA-binding response regulator YycF  43.17 
 
 		 235 aa  175  5e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.81316e-29 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5615  DNA-binding response regulator YycF  43.17 
 
 		 235 aa  175  5e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5319  DNA-binding response regulator YycF  43.17 
 
 		 235 aa  175  5e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.169223  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5147  response regulator  43.17 
 
 		 235 aa  175  5e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00168683  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5163  response regulator  43.17 
 
 		 235 aa  175  5e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00196509  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5715  DNA-binding response regulator YycF  43.17 
 
 		 235 aa  175  5e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.656882  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5650  DNA-binding response regulator YycF  43.17 
 
 		 235 aa  175  5e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00563499  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03275  two-component system, transcriptional regulatory protein  36.12 
 
 		 234 aa  175  6e-43  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5346  DNA-binding response regulator YycF  42.73 
 
 		 235 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000234523  hitchhiker  0.00000000000323141 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0209  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.94 
 
 		 251 aa  173  1.9999999999999998e-42  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0444  DNA-binding response regulator  41.41 
 
 		 233 aa  169  3e-41  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1649  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.21 
 
 		 236 aa  169  3e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3288  two component transcriptional regulator  40.81 
 
 		 225 aa  161  7e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0366247  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4388  DNA-binding response regulator  38.94 
 
 		 227 aa  161  7e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3709  DNA-binding response regulator  40.81 
 
 		 225 aa  161  8.000000000000001e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000227696  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1606  DNA-binding response regulator  40.81 
 
 		 225 aa  161  8.000000000000001e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00543423  hitchhiker  0.0000000112462 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2534  DNA-binding response regulator YycF  39.65 
 
 		 233 aa  161  1e-38  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0719  DNA-binding response regulator  40.52 
 
 		 236 aa  160  1e-38  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0951718  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3612  DNA-binding response regulator  40.36 
 
 		 225 aa  159  2e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.20142e-22 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3620  DNA-binding response regulator  40.36 
 
 		 225 aa  159  2e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0597824  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3396  DNA-binding response regulator  40.36 
 
 		 225 aa  159  2e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000765328  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0019  two component transcriptional regulator  37.44 
 
 		 235 aa  160  2e-38  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3358  transcriptional regulatory protein  40.36 
 
 		 225 aa  159  2e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000200566  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3308  transcriptional regulatory protein  40.36 
 
 		 225 aa  159  2e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000872353  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3661  DNA-binding response regulator  40.36 
 
 		 225 aa  159  2e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000222084  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3627  DNA-binding response regulator  40.36 
 
 		 225 aa  159  2e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000456124  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1116  DNA-binding response regulator  39.57 
 
 		 235 aa  159  2e-38  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.310768  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0018  two component transcriptional regulator  39.65 
 
 		 233 aa  159  5e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.70243  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0018  response regulator receiver  39.65 
 
 		 233 aa  159  5e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2250  two component transcriptional regulator  40.62 
 
 		 225 aa  158  8e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00000295266  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0346  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.06 
 
 		 234 aa  157  1e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2988  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.02 
 
 		 256 aa  157  2e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3409  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.44 
 
 		 236 aa  156  2e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1402  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.96 
 
 		 241 aa  155  5.0000000000000005e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.154165 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4665  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.99 
 
 		 235 aa  154  9e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.880727  normal  0.209776 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3017  two component transcriptional regulator  33.92 
 
 		 225 aa  154  1e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1487  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.36 
 
 		 232 aa  153  2e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.487145  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1950  DNA-binding response regulator  36.8 
 
 		 235 aa  154  2e-36  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.100456  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3394  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.33 
 
 		 230 aa  153  2e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.103692  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3538  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.55 
 
 		 237 aa  152  4e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4159  two component transcriptional regulator  36.4 
 
 		 230 aa  151  7e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.667277  normal  0.0359145 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2333  two component transcriptional regulator  36.28 
 
 		 232 aa  150  1e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2062  DNA-binding response regulator  38.6 
 
 		 225 aa  150  2e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000169038  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  36.24 
 
 		 229 aa  150  2e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0105  DNA-binding response regulator  36.96 
 
 		 237 aa  150  2e-35  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0064  DNA-binding response regulator  36.89 
 
 		 235 aa  150  2e-35  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.611294  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2159  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.5 
 
 		 227 aa  150  2e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00177162  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2513  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.99 
 
 		 225 aa  150  2e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0411  two component transcriptional regulator  36.4 
 
 		 230 aa  149  3e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2193  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.77 
 
 		 237 aa  149  3e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0620475  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2416  two component transcriptional regulator  35.09 
 
 		 255 aa  149  4e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0279623 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0588  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.68 
 
 		 226 aa  149  4e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.944339  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3366  DNA-binding response regulator  37.72 
 
 		 225 aa  148  5e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.166078  hitchhiker  0.00000000000000126215 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2041  DNA-binding response regulator  38.16 
 
 		 225 aa  148  6e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0972255  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1790  response regulator  38.16 
 
 		 254 aa  148  6e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0306127  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0784  two component transcriptional regulator  36.68 
 
 		 239 aa  148  8e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1955  DNA-binding response regulator  37.72 
 
 		 228 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3276  winged helix family two component transcriptional regulator  35.56 
 
 		 234 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.208422  normal  0.192837 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1816  DNA-binding response regulator  37.72 
 
 		 254 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1772  response regulator  38.16 
 
 		 254 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1962  DNA-binding response regulator  37.28 
 
 		 225 aa  146  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.597164  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0761  two component transcriptional regulator  36.12 
 
 		 229 aa  147  2.0000000000000003e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.179681 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1100  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.65 
 
 		 236 aa  146  2.0000000000000003e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000182155 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1824  two component transcriptional regulator  36.84 
 
 		 225 aa  146  3e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.529032  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0804  two component transcriptional regulator  34.21 
 
 		 236 aa  145  4.0000000000000006e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.324741  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4657  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.36 
 
 		 240 aa  145  4.0000000000000006e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09290  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  34.21 
 
 		 229 aa  145  4.0000000000000006e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1916  two component transcriptional regulator  34.91 
 
 		 228 aa  145  4.0000000000000006e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.400732  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0257  response regulator receiver  34.82 
 
 		 241 aa  145  5e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.926332  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1991  DNA-binding response regulator  37.72 
 
 		 254 aa  145  5e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.9362699999999994e-45 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2296  two component transcriptional regulator  35.53 
 
 		 255 aa  145  5e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.398969  normal  0.240289 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0603  two component transcriptional regulator  34.06 
 
 		 233 aa  145  6e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0519325  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1288  two component transcriptional regulator  35.24 
 
 		 228 aa  145  6e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128008  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4207  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.68 
 
 		 247 aa  145  7.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0581  winged helix family two component transcriptional regulator  35.24 
 
 		 242 aa  145  7.0000000000000006e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.296955  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1878  two component transcriptional regulator  35.24 
 
 		 242 aa  144  8.000000000000001e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.559477 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1136  two component transcriptional regulator  35.22 
 
 		 239 aa  144  8.000000000000001e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000652217  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0622  two component transcriptional regulator  33.78 
 
 		 240 aa  144  8.000000000000001e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1174  two component transcriptional regulator  35.22 
 
 		 239 aa  144  8.000000000000001e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0181894  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>