291 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_0600 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_0600  peptidase M28  100 
 
 
555 aa  1145    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.284248 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2381  peptidase M28  48.64 
 
 
407 aa  307  3e-82  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.534474 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5038  peptidase M28  32 
 
 
944 aa  227  5.0000000000000005e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.705528 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3483  peptidase M28  31.77 
 
 
598 aa  223  6e-57  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2670  peptidase M28  50.22 
 
 
330 aa  222  1.9999999999999999e-56  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3899  peptidase M28  40 
 
 
674 aa  216  8e-55  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0346  peptidase M28  47.75 
 
 
308 aa  213  5.999999999999999e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0132197  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6610  peptidase M28  47.49 
 
 
315 aa  205  2e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.431289  normal  0.0352472 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2846  peptidase M28  30.74 
 
 
623 aa  193  6e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0223512  normal  0.0909725 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1459  peptidase M28  32.9 
 
 
1103 aa  157  5.0000000000000005e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.246557  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2047  peptidase M28  40.09 
 
 
323 aa  137  4e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4272  peptidase M28  28.97 
 
 
552 aa  135  3e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.43547 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0862  peptidase M28  30.51 
 
 
574 aa  129  1.0000000000000001e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.104433  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0546  peptidase M28  27.24 
 
 
579 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.62656  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3397  peptidase M28  34.7 
 
 
546 aa  119  9.999999999999999e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4866  peptidase M28  29 
 
 
539 aa  117  6e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.846109  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0532  peptidase M28  33.33 
 
 
342 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08756  aminopeptidase  33.03 
 
 
334 aa  113  9e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1866  peptidase M28  28.44 
 
 
503 aa  113  9e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.139821  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0032  aminopeptidase  27.75 
 
 
394 aa  113  1.0000000000000001e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0112983  normal  0.0236971 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0785  peptidase M28  36.15 
 
 
301 aa  111  4.0000000000000004e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.164886 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4338  peptidase M28  27.25 
 
 
529 aa  110  7.000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.387318  normal  0.135899 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0655  peptidase M28  26.39 
 
 
550 aa  108  2e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.215111  normal  0.412829 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3007  peptidase M28  31.8 
 
 
318 aa  106  9e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.191323 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3463  peptidase M28  33.48 
 
 
309 aa  106  1e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.25105  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1020  aminopeptidase  32.55 
 
 
533 aa  102  1e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08546  Probable aminopeptidase  26.9 
 
 
491 aa  101  4e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1952  peptidase M28  26.34 
 
 
552 aa  100  6e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2030  M20/M25/M40 family peptidase  26.34 
 
 
552 aa  100  6e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.236841  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0553  peptidase M28  32.75 
 
 
384 aa  100  7e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1583  peptidase M28  27.23 
 
 
424 aa  100  7e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0469907 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2188  M23B family peptidase  26.61 
 
 
490 aa  100  8e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.558201  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3822  peptidase M28  27.81 
 
 
528 aa  100  9e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.116923  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0578  peptidase M28  33.65 
 
 
393 aa  99.8  1e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0371405 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0584  peptidase M28  32.75 
 
 
398 aa  98.6  2e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3756  peptidase M28  31.88 
 
 
386 aa  99.4  2e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0806  peptidase M28  25.23 
 
 
563 aa  98.6  2e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.661029 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0686  peptidase M28  31.91 
 
 
391 aa  97.1  8e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0419  peptidase M28  25.83 
 
 
549 aa  95.1  3e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0797301 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4661  peptidase M28  29.57 
 
 
341 aa  95.1  3e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5214  peptidase M28  28.92 
 
 
531 aa  94.7  3e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4028  peptidase M28  31.33 
 
 
353 aa  94.4  5e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000100923 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1031  peptidase M28  24.71 
 
 
563 aa  94  6e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.418542  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4102  peptidase M28  26.17 
 
 
420 aa  94  7e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2592  peptidase M28  26.98 
 
 
528 aa  93.2  1e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0567  peptidase M28  32.89 
 
 
322 aa  92.8  1e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3316  peptidase M28  29.65 
 
 
341 aa  90.5  7e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0540148  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02856  peptidase  25.26 
 
 
575 aa  90.1  1e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2986  peptidase M28  29.27 
 
 
775 aa  89.4  2e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0042  peptidase M28  24.53 
 
 
552 aa  89  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3653  peptidase M28  30.2 
 
 
506 aa  88.6  3e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0164431 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1252  peptidase M28  28.16 
 
 
434 aa  88.2  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000000518672  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02720  putative Glutamate carboxypeptidase II  25.06 
 
 
555 aa  88.2  4e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2747  peptidase M28  24.79 
 
 
556 aa  87.8  5e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000225473  hitchhiker  0.00200364 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2213  peptidase M28  25.25 
 
 
506 aa  87.4  6e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.201523  normal  0.0575803 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0637  peptidase M28  32.3 
 
 
352 aa  87.4  7e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.40358  normal  0.0226987 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4970  aminopeptidase-like protein  27.3 
 
 
442 aa  85.5  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1839  peptidase M28  30.22 
 
 
569 aa  85.1  0.000000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3713  peptidase M28  30.87 
 
 
323 aa  85.1  0.000000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0161881  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1287  peptidase M28  26.23 
 
 
529 aa  84.7  0.000000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.132857  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1604  peptidase M28  24.47 
 
 
552 aa  84.7  0.000000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000577255  n/a   
 
 
 
NC_008322  Shewmr7_0529  peptidase M28  28.69 
 
 
346 aa  84  0.000000000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1997  peptidase M28  24.44 
 
 
537 aa  83.6  0.000000000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.801062  hitchhiker  0.00000223343 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4032  hypothetical protein  33.64 
 
 
347 aa  82.8  0.00000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3423  peptidase M28  27.91 
 
 
346 aa  83.2  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2403  aminopeptidase Y  25.37 
 
 
512 aa  82.8  0.00000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.204184  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0245  peptidase M28  26.12 
 
 
550 aa  82.8  0.00000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3091  M23B family peptidase  25.38 
 
 
552 aa  81.6  0.00000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.141544  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0301  peptidase M28  28.77 
 
 
571 aa  82  0.00000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.613732  decreased coverage  0.00132855 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2556  peptidase M28  24.44 
 
 
558 aa  80.9  0.00000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00050336  unclonable  0.0000000000133142 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0474  peptidase M28  29.59 
 
 
422 aa  80.9  0.00000000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3594  peptidase M28  29.26 
 
 
346 aa  80.9  0.00000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2521  peptidase M28  29.8 
 
 
551 aa  80.1  0.0000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.536283  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2954  peptidase M28  34.18 
 
 
547 aa  79.7  0.0000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00000316234  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0029  peptidase M28  30 
 
 
548 aa  79.3  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.204643  normal  0.983563 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1751  peptidase M28  26.75 
 
 
514 aa  79.3  0.0000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.691853  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0017  peptidase M28  35.14 
 
 
546 aa  79.3  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0359  peptidase M28  26.89 
 
 
567 aa  78.6  0.0000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.48939  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04145  aminopeptidase  28.08 
 
 
549 aa  78.6  0.0000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1510  peptidase M28  31.47 
 
 
553 aa  77.8  0.0000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0562258  normal  0.317169 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2702  M28 family peptidase  31.78 
 
 
325 aa  77.8  0.0000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0405  peptidase M28  31.87 
 
 
550 aa  77.4  0.0000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.446061  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1732  peptidase M28  34.9 
 
 
558 aa  77.4  0.0000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00148499  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1593  peptidase M28  30.43 
 
 
557 aa  76.6  0.000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000339237  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1025  peptidase M28  27.72 
 
 
319 aa  76.3  0.000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.409556 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1045  peptidase M28  29.78 
 
 
560 aa  76.6  0.000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.268975 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0092  peptidase M28  36.07 
 
 
319 aa  75.5  0.000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4110  peptidase M28  25.08 
 
 
487 aa  75.9  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1727  peptidase M28  34.38 
 
 
558 aa  75.5  0.000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00112053  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2401  peptidase M28  30.52 
 
 
549 aa  75.9  0.000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03544  peptidase  27.84 
 
 
603 aa  75.5  0.000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1770  peptidase M28  34.38 
 
 
558 aa  75.5  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0255993  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1846  peptidase M28  23.85 
 
 
540 aa  75.5  0.000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0255812  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2825  peptidase M28  29.69 
 
 
539 aa  74.7  0.000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.741116  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1817  peptidase M28  24.82 
 
 
559 aa  74.7  0.000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.157463  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6549  peptidase M28  32.26 
 
 
551 aa  74.7  0.000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.657933  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2445  peptidase M28  23.9 
 
 
532 aa  74.3  0.000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00447449  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1880  peptidase M28  24.32 
 
 
540 aa  74.3  0.000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0206545  normal  0.978624 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2436  peptidase M28  37.09 
 
 
548 aa  73.6  0.000000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1832  peptidase M28  24.32 
 
 
540 aa  73.2  0.00000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.018471  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>