More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_0577 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_0577  two component transcriptional regulator, LytTR family  100 
 
 		 231 aa  471  1e-132  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4010  two component transcriptional regulator, LytTR family  61.04 
 
 		 231 aa  316  2e-85  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0569074  decreased coverage  0.00157623 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4189  LytTr DNA-binding region  49.35 
 
 		 231 aa  250  1e-65  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.537023 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5028  LytTR family two component transcriptional regulator  39.82 
 
 		 237 aa  176  3e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.967214  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0826  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.1 
 
 		 235 aa  169  5e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.398179  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6269  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.79 
 
 		 228 aa  167  1e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1844  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.96 
 
 		 236 aa  166  2.9999999999999998e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5598  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.89 
 
 		 237 aa  165  5e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000105391  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11553  two-component system response regulator  38.59 
 
 		 237 aa  164  8e-40  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3628  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.61 
 
 		 235 aa  160  1e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0184746 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1679  LytTR family two component transcriptional regulator  37.08 
 
 		 238 aa  159  3e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0764  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.77 
 
 		 245 aa  153  2.9999999999999998e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.626213 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1841  response regulator receiver  32.2 
 
 		 245 aa  152  4e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000216203 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0217  LytTr DNA-binding region  32.22 
 
 		 250 aa  151  7e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.630653 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4564  LytTR family two component transcriptional regulator  37.12 
 
 		 233 aa  151  8e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0221995  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5358  two component transcriptional regulator, LytTR family  36 
 
 		 235 aa  151  1e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04910  two-component system response regulator  35.09 
 
 		 236 aa  150  1e-35  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.981835  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3280  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.76 
 
 		 245 aa  149  3e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4134  LytTR family two component transcriptional regulator  34.07 
 
 		 243 aa  149  3e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.291369  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4282  LytTR family two component transcriptional regulator  35.68 
 
 		 232 aa  149  4e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.442781  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5383  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.17 
 
 		 235 aa  148  6e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3175  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.92 
 
 		 250 aa  148  6e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6125  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.33 
 
 		 238 aa  147  1.0000000000000001e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2791  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.62 
 
 		 224 aa  145  6e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0891261 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4524  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.49 
 
 		 240 aa  144  9e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000306542  normal  0.871136 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0588  response regulator receiver  34.07 
 
 		 227 aa  144  1e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2575  two-component response regulator  32.89 
 
 		 241 aa  143  2e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5133  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.08 
 
 		 227 aa  144  2e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.983168 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2242  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.47 
 
 		 244 aa  142  3e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3790  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.08 
 
 		 240 aa  142  6e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.540237  normal  0.0384587 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4084  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.74 
 
 		 244 aa  141  7e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.445273  normal  0.0209217 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1177  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.18 
 
 		 231 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3124  LytTr DNA-binding region  32.77 
 
 		 244 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1645  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.11 
 
 		 232 aa  139  3.9999999999999997e-32  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5300  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.91 
 
 		 241 aa  139  3.9999999999999997e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0290142 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2030  LytTR family two component transcriptional regulator  32.46 
 
 		 237 aa  137  1e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3926  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.46 
 
 		 237 aa  136  3.0000000000000003e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.566728 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2133  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.45 
 
 		 256 aa  135  5e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.926336  normal  0.829991 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0597  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.74 
 
 		 242 aa  135  6.0000000000000005e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0722811 
 
 
-
 
NC_013733  Slin_6983  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.42 
 
 		 230 aa  135  6.0000000000000005e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.659349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0991  LytTR family two component transcriptional regulator  34.7 
 
 		 229 aa  134  9.999999999999999e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2060  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.76 
 
 		 240 aa  133  1.9999999999999998e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5230  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.14 
 
 		 244 aa  130  1.0000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.236835  normal  0.031416 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09968  two-component system response regulator protein  36.45 
 
 		 235 aa  130  1.0000000000000001e-29  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0733  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.66 
 
 		 243 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2165  LytTR family two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 235 aa  131  1.0000000000000001e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0607611  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4710  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.51 
 
 		 254 aa  129  3e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.56 
 
 		 244 aa  129  4.0000000000000003e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7298  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.86 
 
 		 230 aa  129  5.0000000000000004e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5161  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.22 
 
 		 248 aa  128  7.000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.185153  hitchhiker  0.000735465 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.61 
 
 		 242 aa  128  9.000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2671  response regulator receiver protein  34.58 
 
 		 243 aa  127  1.0000000000000001e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000586434 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3968  LytTR family two component transcriptional regulator  30 
 
 		 229 aa  127  1.0000000000000001e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0978404  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1723  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.56 
 
 		 232 aa  127  2.0000000000000002e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6424  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.18 
 
 		 250 aa  126  3e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.529726  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.68 
 
 		 266 aa  125  4.0000000000000003e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3483  LytTR family two component transcriptional regulator  35.19 
 
 		 231 aa  125  4.0000000000000003e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.630225  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3670  LytR/AlgR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 246 aa  124  9e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3291  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 258 aa  124  1e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.393667  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5278  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.96 
 
 		 281 aa  122  5e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.415246  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0904  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.43 
 
 		 249 aa  122  5e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.911747  normal  0.38362 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  28.91 
 
 		 276 aa  121  9e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3396  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.33 
 
 		 243 aa  121  9.999999999999999e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.655263 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.39 
 
 		 227 aa  120  1.9999999999999998e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0068  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.62 
 
 		 244 aa  120  1.9999999999999998e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00288448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  31.65 
 
 		 268 aa  119  3e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2906  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.04 
 
 		 245 aa  119  3.9999999999999996e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  30.81 
 
 		 245 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2328  LytTR family two component transcriptional regulator  32.79 
 
 		 255 aa  119  4.9999999999999996e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.261765  decreased coverage  0.00199939 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0330  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.88 
 
 		 254 aa  118  7e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.489053 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  29.52 
 
 		 268 aa  117  9.999999999999999e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2957  response regulator receiver protein  32.37 
 
 		 236 aa  117  9.999999999999999e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00954821  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3679  LytR/AlgR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 262 aa  115  3.9999999999999997e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5303  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.75 
 
 		 261 aa  115  3.9999999999999997e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.153649 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4846  LytTR family two component transcriptional regulator  33.65 
 
 		 246 aa  115  5e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.568582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1834  LytTR family two component transcriptional regulator  31.25 
 
 		 237 aa  115  6.9999999999999995e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.5 
 
 		 246 aa  112  4.0000000000000004e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 253 aa  112  4.0000000000000004e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5008  LytTR family two component transcriptional regulator  32.49 
 
 		 250 aa  112  4.0000000000000004e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.135227  hitchhiker  0.0000288771 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.7 
 
 		 260 aa  112  5e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0699  response regulator receiver  32.41 
 
 		 275 aa  112  5e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 252 aa  112  6e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1440  putative two-component response-regulatory protein YehT  29.83 
 
 		 236 aa  112  6e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 240 aa  112  7.000000000000001e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1527  LytTR family two component transcriptional regulator  30.36 
 
 		 246 aa  111  8.000000000000001e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.109257  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1393  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.59 
 
 		 238 aa  111  1.0000000000000001e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000160197 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  29.67 
 
 		 255 aa  110  1.0000000000000001e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3159  response regulator receiver  29.76 
 
 		 242 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  31.22 
 
 		 265 aa  110  2.0000000000000002e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3358  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.51 
 
 		 238 aa  109  3e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3485  putative two-component response-regulatory protein YehT  30.51 
 
 		 238 aa  109  3e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.159726 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0055  LytTR family two component transcriptional regulator  33.66 
 
 		 243 aa  110  3e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.868518  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3096  response regulator receiver protein  34.8 
 
 		 247 aa  109  3e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4494  LytTr DNA-binding region  32.07 
 
 		 250 aa  109  3e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0706486  normal  0.304613 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2920  LytTR family two component transcriptional regulator  30.77 
 
 		 245 aa  109  3e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1345  LytTR family two component transcriptional regulator  30.41 
 
 		 234 aa  109  3e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0231  LytR/AlgR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 254 aa  109  4.0000000000000004e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.740894 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.62 
 
 		 237 aa  108  5e-23  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0057  response regulator receiver protein  33.17 
 
 		 243 aa  109  5e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000048418  decreased coverage  0.0000000648872 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0055  response regulator receiver protein  33.17 
 
 		 243 aa  109  5e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000989316  hitchhiker  0.000468323 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>