More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_0310 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_0310  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 268 aa  553  1e-157  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4652  transcriptional regulator, AraC family  29.66 
 
 		 272 aa  107  2e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.629583  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1649  transcriptional regulator, AraC family  28.21 
 
 		 271 aa  103  2e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3282  transcriptional regulator, AraC family  28.78 
 
 		 271 aa  103  3e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0185565 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6692  transcriptional regulator, AraC family  30.41 
 
 		 260 aa  101  1e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0676  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.92 
 
 		 260 aa  101  1e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.425757  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1190  AraC family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 271 aa  101  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000541539 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1287  helix-turn-helix domain-containing protein  26.17 
 
 		 272 aa  96.3  4e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1425  AraC family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 271 aa  95.9  5e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.333229  normal  0.212879 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1384  transcriptional regulator, AraC family  29.89 
 
 		 269 aa  95.5  9e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.976076 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1886  transcriptional regulator, AraC family  25.39 
 
 		 280 aa  89.4  6e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.979359  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1310  transcriptional regulator, AraC family  27 
 
 		 244 aa  88.2  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.497978 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1304  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.85 
 
 		 255 aa  86.3  5e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.407333  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2715  putative regulatory protein  25.94 
 
 		 272 aa  86.3  6e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.241271  normal  0.389731 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3571  transcriptional regulator, AraC family  27.11 
 
 		 269 aa  82.8  0.000000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0312904  normal  0.0352472 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1479  helix-turn-helix domain-containing protein  30.64 
 
 		 299 aa  82.4  0.000000000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0993365  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2483  AraC family transcriptional regulator  23.77 
 
 		 273 aa  80.5  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2569  transcriptional regulator, AraC family  21.77 
 
 		 309 aa  80.1  0.00000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.639508  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1224  Helix-turn-helix, AraC domain protein  29.82 
 
 		 289 aa  80.1  0.00000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.276562  normal  0.797309 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0047  transcriptional regulator, AraC family  25.95 
 
 		 254 aa  79.3  0.00000000000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.230347  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5387  transcriptional regulator, AraC family  24.14 
 
 		 279 aa  79  0.00000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3242  transcriptional regulator, AraC family  24.51 
 
 		 274 aa  77.4  0.0000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3797  AraC family transcriptional regulator  25.39 
 
 		 257 aa  77  0.0000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.101891 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5306  transcriptional regulator, AraC family  41.38 
 
 		 244 aa  76.3  0.0000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2202  transcriptional regulator, AraC family  24.91 
 
 		 287 aa  74.3  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5791  transcriptional regulator, AraC family  26.32 
 
 		 253 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4438  helix-turn-helix domain-containing protein  23.51 
 
 		 255 aa  73.9  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7200  AraC family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 297 aa  72.8  0.000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2672  transcriptional regulator, AraC family  30.82 
 
 		 273 aa  72.8  0.000000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3504  transcriptional regulator, AraC family  25.2 
 
 		 281 aa  72.8  0.000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0433  transcriptional regulator, AraC family  23.77 
 
 		 274 aa  72.4  0.000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2318  AraC family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 278 aa  72.4  0.000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1550  transcriptional regulator, AraC family  30.3 
 
 		 272 aa  72.4  0.000000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0825  AraC family transcriptional regulator  23.77 
 
 		 289 aa  71.6  0.00000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3305  transcriptional regulator, AraC family  24.91 
 
 		 271 aa  70.9  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000908006 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1375  transcriptional regulator, AraC family  35.8 
 
 		 275 aa  70.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.372829  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5692  transcriptional regulator, AraC family  32.18 
 
 		 271 aa  70.5  0.00000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0876527  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0575  transcriptional regulator, AraC family  41.25 
 
 		 256 aa  69.7  0.00000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2409  AraC family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 285 aa  69.7  0.00000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5627  transcriptional regulator, AraC family  30.11 
 
 		 256 aa  69.7  0.00000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0749  hypothetical protein  27.03 
 
 		 271 aa  69.7  0.00000000005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6191  transcriptional regulator, AraC family  21.09 
 
 		 282 aa  68.6  0.0000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.343343  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2108  transcriptional regulator, AraC family  24.61 
 
 		 263 aa  67.8  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0188933 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0546  AraC family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 257 aa  67  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.493534  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1835  helix-turn-helix domain-containing protein  30.67 
 
 		 277 aa  66.6  0.0000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.140482  normal  0.818318 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1931  helix-turn-helix, AraC type  42.5 
 
 		 274 aa  66.6  0.0000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2350  transcriptional regulator, AraC family  24.11 
 
 		 263 aa  66.2  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0397043 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3448  transcriptional regulator, AraC family  26.74 
 
 		 281 aa  66.2  0.0000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.327362  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0099  transcriptional regulator, AraC family  22.22 
 
 		 287 aa  65.9  0.0000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2289  transcriptional regulator, AraC family  26.67 
 
 		 278 aa  65.1  0.000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5120  transcriptional regulator, AraC family  23.08 
 
 		 275 aa  65.1  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.282168 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7339  AraC family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 278 aa  64.7  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.725809  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2970  transcriptional regulator, AraC family  26.57 
 
 		 276 aa  64.7  0.000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.3117 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0579  transcriptional regulator, AraC family  38.75 
 
 		 257 aa  64.3  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1097  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 261 aa  64.7  0.000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1643  transcriptional regulator, AraC family  26.54 
 
 		 259 aa  64.3  0.000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1151  helix-turn-helix domain-containing protein  36.47 
 
 		 265 aa  64.7  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1969  transcriptional regulator, AraC family  23.77 
 
 		 282 aa  63.5  0.000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0909841  normal  0.074502 
 
 
-
 
NC_003296  RS05428  transcription regulator protein  30.58 
 
 		 324 aa  63.2  0.000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0678  AraC family transcriptional regulator  21.67 
 
 		 295 aa  62.4  0.000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.364827 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0264  Helix-turn-helix, AraC domain protein  33.7 
 
 		 284 aa  62.4  0.000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0577  AraC family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 313 aa  62.4  0.000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2157  two component AraC family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 250 aa  61.6  0.00000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0322408 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2883  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 307 aa  62  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.858803 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4151  transcriptional regulator, AraC family  38.96 
 
 		 252 aa  61.6  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0354643  normal  0.109267 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2830  AraC family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 264 aa  61.6  0.00000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  33.73 
 
 		 322 aa  62  0.00000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2016  transcriptional regulator, AraC family  23.26 
 
 		 279 aa  61.6  0.00000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1440  transcriptional regulator, AraC family  27.39 
 
 		 275 aa  60.8  0.00000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 294 aa  61.2  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1713  AraC family transcriptional regulator  22.73 
 
 		 286 aa  60.8  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1047  transcriptional regulator, AraC family  41.25 
 
 		 273 aa  60.8  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.859066 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3933  AraC family transcriptional regulator  24.69 
 
 		 337 aa  60.8  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3509  transcriptional regulator, AraC family  24.84 
 
 		 277 aa  61.2  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.551098  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1857  helix-turn-helix domain-containing protein  34.12 
 
 		 126 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0222434 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2942  AraC family transcriptional regulator  22.99 
 
 		 309 aa  60.8  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  33.67 
 
 		 306 aa  60.8  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6750  transcriptional regulator, AraC family  43.21 
 
 		 327 aa  60.5  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0073  AraC family transcriptional regulator  43.37 
 
 		 237 aa  60.5  0.00000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0497  helix-turn-helix domain-containing protein  24.03 
 
 		 263 aa  60.5  0.00000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.516029  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3156  AraC family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 283 aa  59.7  0.00000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4230  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 363 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1733  helix-turn-helix domain-containing protein  25.1 
 
 		 305 aa  59.7  0.00000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0271524  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4242  AraC family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 267 aa  59.7  0.00000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0581638 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3275  transcriptional regulator, AraC family  35.35 
 
 		 229 aa  59.7  0.00000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.672112  normal  0.145248 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4529  Helix-turn-helix, AraC domain protein  34.15 
 
 		 303 aa  59.3  0.00000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.453495 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2336  hypothetical protein  22.48 
 
 		 274 aa  59.3  0.00000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.429257 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2463  transcriptional regulator, AraC family  35.8 
 
 		 248 aa  59.3  0.00000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2907  transcriptional regulator, AraC family  32.5 
 
 		 289 aa  59.3  0.00000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0560618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0731  AraC family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 285 aa  59.3  0.00000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0743378  normal  0.147127 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2022  transcriptional regulator, AraC family  41.46 
 
 		 282 aa  58.9  0.00000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0521834 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1392  transcriptional regulator  35.71 
 
 		 339 aa  58.9  0.00000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.683187  normal  0.572085 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  28.46 
 
 		 297 aa  58.9  0.00000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 295 aa  58.5  0.0000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0106  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.72 
 
 		 325 aa  58.5  0.0000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0383824  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0650  transcriptional regulator, AraC family  28.23 
 
 		 251 aa  58.5  0.0000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1458  AraC family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 301 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1925  transcriptional regulator  25 
 
 		 252 aa  58.2  0.0000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.291819 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1047  AraC family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 285 aa  58.5  0.0000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2447  AraC family transcriptional regulator  24.54 
 
 		 304 aa  58.5  0.0000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.140424  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>