More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_0085 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_0085  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
287 aa  585  1e-166  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.96 
 
 
285 aa  423  1e-117  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2894  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.02 
 
 
287 aa  203  2e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6416  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.61 
 
 
307 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5546  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.91 
 
 
307 aa  177  1e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.958738  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5911  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.91 
 
 
307 aa  177  1e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2933  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 
297 aa  169  7e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000449491  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4639  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.13 
 
 
301 aa  162  6e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.194706  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4684  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.08 
 
 
291 aa  161  1e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.387596  hitchhiker  0.000782233 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5812  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.89 
 
 
299 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal  0.148731 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0796  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.51 
 
 
281 aa  153  2.9999999999999998e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.35999 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6182  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.03 
 
 
271 aa  152  4e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0362247 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3311  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.72 
 
 
308 aa  150  2e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000847254  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4765  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.45 
 
 
302 aa  146  4.0000000000000006e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.182755 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2529  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.97 
 
 
299 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1733  short chain dehydrogenase  37.06 
 
 
286 aa  146  5e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4664  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.43 
 
 
308 aa  145  6e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.200803  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2505  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.53 
 
 
299 aa  143  3e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.337193  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1905  short chain dehydrogenase  35.09 
 
 
280 aa  142  4e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0945301  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2693  putative short chain oxidoreductase  35.34 
 
 
299 aa  142  6e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.233392  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.17 
 
 
299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.17 
 
 
299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2787  short chain dehydrogenase  35 
 
 
291 aa  139  7e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0040  short chain dehydrogenase  34.96 
 
 
283 aa  137  2e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.262261  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2783  short chain dehydrogenase  33.85 
 
 
291 aa  137  2e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0502462 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3356  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.44 
 
 
300 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0553918 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0581  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.1 
 
 
297 aa  137  2e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.335118 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2582  short chain dehydrogenase  35 
 
 
291 aa  137  2e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0166341  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2806  short chain dehydrogenase  33.46 
 
 
291 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.928497  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
276 aa  136  3.0000000000000003e-31  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.00000000000224332 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2506  short chain dehydrogenase  35 
 
 
291 aa  136  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.444632 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2590  short chain dehydrogenase  34.48 
 
 
291 aa  136  4e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0029  short chain dehydrogenase  34.82 
 
 
278 aa  136  4e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.148269  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3013  putative oxidoreductase, short- chain dehydrogenase/reductase  32.31 
 
 
321 aa  136  4e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1249  short chain dehydrogenase  40.96 
 
 
279 aa  136  5e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2778  short chain dehydrogenase  33.59 
 
 
281 aa  135  6.0000000000000005e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.143428  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2827  short chain dehydrogenase  33.85 
 
 
291 aa  135  8e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.199916  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3107  short-chain alcohol-related dehydrogenase  38 
 
 
272 aa  135  8e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2507  short chain dehydrogenase  34.48 
 
 
291 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1705  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.57 
 
 
297 aa  135  9.999999999999999e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5810  short chain dehydrogenase  38.5 
 
 
278 aa  134  1.9999999999999998e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.930868  normal  0.729107 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2393  short chain dehydrogenase  36.04 
 
 
344 aa  134  1.9999999999999998e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.895738 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1307  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.7 
 
 
299 aa  134  3e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.151615 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.21 
 
 
266 aa  133  3e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30257  normal  0.665507 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2541  short chain dehydrogenase  33.85 
 
 
291 aa  133  3.9999999999999996e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000142979  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0942  short chain dehydrogenase  36.36 
 
 
268 aa  133  3.9999999999999996e-30  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2944  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.56 
 
 
291 aa  132  5e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0718028  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3545  short chain dehydrogenase  36.9 
 
 
268 aa  132  6e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.351676  normal 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.79 
 
 
300 aa  132  7.999999999999999e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.67964 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.21 
 
 
282 aa  131  1.0000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.556145  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4702  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.06 
 
 
272 aa  131  1.0000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.315563  normal  0.0714958 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2479  short chain dehydrogenase  34.54 
 
 
279 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0558  short chain dehydrogenase  34.51 
 
 
272 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.449424 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3209  short chain dehydrogenase  37.43 
 
 
268 aa  130  3e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.821388  normal  0.102605 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5455  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.27 
 
 
292 aa  130  3e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.980475  normal  0.163061 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4288  short chain dehydrogenase  34.35 
 
 
287 aa  130  3e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.861996 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4155  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.83 
 
 
271 aa  130  4.0000000000000003e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46600  short chain dehydrogenase  36.02 
 
 
268 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000918039  hitchhiker  0.00000172259 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2694  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.36 
 
 
280 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.140446  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2007  short chain dehydrogenase  35.37 
 
 
276 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.372157  normal  0.691247 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2202  short chain dehydrogenase  35.25 
 
 
276 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.516821  decreased coverage  0.00204142 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0498  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
273 aa  126  4.0000000000000003e-28  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000000406118  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
329 aa  126  5e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.821163 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4153  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.38 
 
 
273 aa  125  7e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.86 
 
 
286 aa  125  7e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1861  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  37.7 
 
 
270 aa  124  1e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0952097  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1374  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.21 
 
 
276 aa  124  1e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.155315 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4568  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
267 aa  124  2e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0909607  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0736  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
272 aa  124  2e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6445  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.12 
 
 
275 aa  123  3e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1248  short chain dehydrogenase  32.27 
 
 
282 aa  123  3e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1586  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.21 
 
 
271 aa  122  5e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2502  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.72 
 
 
279 aa  122  5e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.729969 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.97 
 
 
285 aa  122  6e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4537  short chain dehydrogenase  31.71 
 
 
277 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.791689 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1451  short chain dehydrogenase  37.1 
 
 
277 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.48 
 
 
306 aa  122  9.999999999999999e-27  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6377  short chain dehydrogenase  37.1 
 
 
277 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.86 
 
 
291 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0276  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.21 
 
 
276 aa  120  3e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3333  short chain dehydrogenase  32.55 
 
 
280 aa  120  3e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7041  short chain dehydrogenase  36.56 
 
 
277 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.198805  normal  0.204999 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.72 
 
 
283 aa  119  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1113  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.61 
 
 
268 aa  120  3.9999999999999996e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.122827 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0101  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 
272 aa  119  6e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2448  short chain dehydrogenase  35.02 
 
 
277 aa  119  6e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.77 
 
 
289 aa  119  7e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.312268  normal  0.0519409 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2175  short chain dehydrogenase  34.73 
 
 
272 aa  119  7e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.328635  hitchhiker  0.00607004 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5405  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.73 
 
 
273 aa  118  9e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0135056  normal  0.0706675 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3541  short chain dehydrogenase  35.08 
 
 
270 aa  118  9e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.100637  normal  0.0669938 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6701  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.3 
 
 
271 aa  118  9.999999999999999e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0106  short chain dehydrogenase  33.46 
 
 
284 aa  118  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.417565  normal  0.806146 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2942  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.38 
 
 
272 aa  118  9.999999999999999e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2942  short chain dehydrogenase  37.84 
 
 
280 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.976984  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0984  short chain dehydrogenase  33.74 
 
 
283 aa  117  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7039  short chain dehydrogenase  30.08 
 
 
275 aa  117  1.9999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0246661  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6919  short chain dehydrogenase  35.11 
 
 
276 aa  117  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0086  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.56 
 
 
272 aa  116  3e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1073  thiamine pyrophosphate enzyme, central region  31.78 
 
 
847 aa  116  3.9999999999999997e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6530  short chain dehydrogenase  34.66 
 
 
268 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.744865  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>