More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_0009 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_0009  Type IIA topoisomerase (DNA gyrase/topo II topoisomerase IV) B subunit-like protein  100 
 
 
352 aa  714    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0419  DNA gyrase subunit B  25.83 
 
 
632 aa  90.5  4e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2676  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  26.17 
 
 
638 aa  90.1  5e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000429732  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0004  DNA gyrase, B subunit  23.08 
 
 
802 aa  84.3  0.000000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0005  DNA gyrase, B subunit  24.14 
 
 
825 aa  80.9  0.00000000000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000146448 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1453  DNA gyrase, B subunit  24.55 
 
 
658 aa  80.5  0.00000000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0450  DNA topoisomerase type IIA subunit B region 2 domain protein  24.86 
 
 
824 aa  80.5  0.00000000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0004  DNA gyrase, B subunit  22.73 
 
 
642 aa  80.1  0.00000000000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_4  DNA gyrase, B subunit  22.99 
 
 
642 aa  79.7  0.00000000000007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0004  DNA gyrase subunit B  22.58 
 
 
642 aa  79  0.0000000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0051  DNA gyrase, B subunit  22.28 
 
 
640 aa  79.3  0.0000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0004  DNA gyrase, B subunit  22.97 
 
 
796 aa  77.4  0.0000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0004  DNA gyrase, B subunit  23.12 
 
 
802 aa  77  0.0000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0006  DNA gyrase, B subunit  22.85 
 
 
647 aa  75.9  0.0000000000009  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0005  DNA gyrase, B subunit  23.4 
 
 
798 aa  75.5  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0442  DNA gyrase, B subunit  24.27 
 
 
634 aa  74.7  0.000000000002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0007  DNA gyrase, B subunit  22.28 
 
 
814 aa  74.7  0.000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000000127648 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5333  DNA gyrase, B subunit  24.4 
 
 
808 aa  74.3  0.000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.248882  normal  0.0644472 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0006  DNA gyrase, B subunit  23.8 
 
 
638 aa  74.3  0.000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.014329  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0008  DNA gyrase subunit B  22.81 
 
 
879 aa  73.9  0.000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.938168  normal  0.282222 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0657  DNA gyrase, B subunit  23.08 
 
 
861 aa  73.2  0.000000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.763999  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2717  DNA gyrase, B subunit  25.79 
 
 
649 aa  73.6  0.000000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0004  DNA gyrase, B subunit  22.43 
 
 
796 aa  73.2  0.000000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.783567 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0819  DNA gyrase, B subunit  23.08 
 
 
817 aa  72.8  0.000000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.829459  normal  0.98352 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0003  DNA gyrase, B subunit  23.66 
 
 
795 aa  72.4  0.00000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2805  DNA gyrase subunit B  24.67 
 
 
633 aa  72  0.00000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.035041  hitchhiker  0.00161489 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3095  DNA gyrase, B subunit  23.71 
 
 
803 aa  72.4  0.00000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0405  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0005  DNA gyrase, B subunit  22.4 
 
 
808 aa  72.4  0.00000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0015  DNA gyrase, B subunit  24.05 
 
 
644 aa  72  0.00000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000401037  normal  0.862842 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18441  DNA gyrase subunit B  23.97 
 
 
655 aa  72.4  0.00000000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.768958  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0015  DNA gyrase, B subunit  23.32 
 
 
644 aa  71.2  0.00000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  unclonable  0.00000155334 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06825  DNA gyrase subunit B  23.16 
 
 
645 aa  71.6  0.00000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18251  DNA gyrase subunit B  23.71 
 
 
655 aa  71.2  0.00000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0005  DNA gyrase, B subunit  23.72 
 
 
637 aa  70.9  0.00000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0029  DNA gyrase, B subunit  23.32 
 
 
637 aa  70.9  0.00000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0006  DNA gyrase subunit B  23.08 
 
 
638 aa  70.9  0.00000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3220  DNA gyrase subunit B  22.13 
 
 
811 aa  70.5  0.00000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0006  DNA gyrase subunit B  22.72 
 
 
661 aa  70.5  0.00000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.925878  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1850  DNA gyrase subunit B  21.74 
 
 
769 aa  70.1  0.00000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3603  DNA gyrase subunit B  22.05 
 
 
815 aa  70.5  0.00000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0006  DNA gyrase subunit B  22.81 
 
 
638 aa  70.5  0.00000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2254  DNA gyrase, B subunit  23.08 
 
 
646 aa  70.1  0.00000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0007  DNA gyrase subunit B  22.1 
 
 
640 aa  70.1  0.00000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.630363  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2748  DNA gyrase, B subunit  23.87 
 
 
637 aa  69.7  0.00000000006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000339515  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0964  DNA gyrase, B subunit  23.76 
 
 
812 aa  69.7  0.00000000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.780109  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0007  DNA gyrase, B subunit  20.63 
 
 
642 aa  69.7  0.00000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000235506  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0005  DNA gyrase, B subunit  22.52 
 
 
644 aa  69.7  0.00000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00336478  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0966  DNA gyrase, B subunit  24.93 
 
 
650 aa  69.7  0.00000000007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0006  DNA gyrase, B subunit  23.67 
 
 
650 aa  69.7  0.00000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000273734  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2517  DNA gyrase subunit B  23.58 
 
 
645 aa  69.3  0.00000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000275107  normal  0.158003 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0999  DNA topoisomerase IV subunit B  23.18 
 
 
661 aa  69.7  0.00000000008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0633  DNA topoisomerase IV subunit B  24.56 
 
 
649 aa  69.7  0.00000000008  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.144503  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1311  DNA gyrase subunit B  24.19 
 
 
641 aa  69.3  0.00000000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.78635 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1282  DNA gyrase subunit B  24.19 
 
 
641 aa  69.3  0.00000000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0671  DNA gyrase, B subunit  23.51 
 
 
627 aa  69.3  0.00000000009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.958816  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2376  DNA gyrase subunit B  23.18 
 
 
641 aa  68.9  0.0000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0015  DNA gyrase, B subunit  22.93 
 
 
643 aa  68.9  0.0000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00473367  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5854  DNA gyrase, B subunit  23.86 
 
 
808 aa  68.6  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0041  DNA gyrase, B subunit  25.13 
 
 
634 aa  68.6  0.0000000001  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3946  DNA gyrase subunit B  21.07 
 
 
811 aa  67.8  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.273076  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0007  DNA gyrase subunit B  23.75 
 
 
805 aa  68.2  0.0000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.197226  normal  0.376081 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0005  DNA gyrase subunit B  22.77 
 
 
644 aa  68.6  0.0000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.375435  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18231  DNA gyrase subunit B  22.42 
 
 
655 aa  68.6  0.0000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.654486  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0319  DNA gyrase, B subunit  23.95 
 
 
814 aa  68.6  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0007  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  22.31 
 
 
647 aa  67.8  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1905  DNA gyrase, B subunit  24.4 
 
 
821 aa  67.8  0.0000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.222448 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0004  DNA gyrase, B subunit  21.62 
 
 
794 aa  67.4  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0130  DNA gyrase, B subunit  23.78 
 
 
636 aa  67.8  0.0000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.95821  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0006  DNA gyrase, B subunit  22.75 
 
 
648 aa  67.8  0.0000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.000000466462  hitchhiker  0.000000932752 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0005  DNA gyrase, B subunit  21.69 
 
 
642 aa  67  0.0000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0003  DNA gyrase subunit B  23.59 
 
 
769 aa  66.6  0.0000000006  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00050  DNA gyrase subunit B  22.46 
 
 
645 aa  66.6  0.0000000006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0377504  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1065  DNA topoisomerase IV subunit B  24.67 
 
 
644 aa  66.6  0.0000000006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0137081  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2472  DNA gyrase, B subunit  22.1 
 
 
794 aa  66.6  0.0000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.0000184576  decreased coverage  0.00000743586 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2577  DNA gyrase, B subunit  22.55 
 
 
815 aa  66.6  0.0000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0788764  normal  0.769823 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0029  DNA gyrase subunit B  23.72 
 
 
769 aa  66.2  0.0000000008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.147794  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3392  DNA topoisomerase IV subunit B  22.99 
 
 
654 aa  66.2  0.0000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00614907  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3657  DNA topoisomerase IV subunit B  22.99 
 
 
654 aa  66.2  0.0000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000134084  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2504  DNA gyrase subunit B  22.37 
 
 
805 aa  66.2  0.0000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.892795  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3617  DNA topoisomerase IV subunit B  22.78 
 
 
654 aa  66.2  0.0000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000282926  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3355  DNA topoisomerase IV subunit B  22.99 
 
 
654 aa  65.9  0.0000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000033182  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3304  DNA topoisomerase IV subunit B  22.99 
 
 
654 aa  65.9  0.0000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0418623  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3608  DNA topoisomerase IV subunit B  22.99 
 
 
654 aa  65.9  0.0000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  8.88333e-33 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3624  DNA topoisomerase IV subunit B  22.78 
 
 
654 aa  66.2  0.0000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000439989  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2800  DNA gyrase, B subunit  22.55 
 
 
815 aa  66.2  0.0000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.376674  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0005  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  24.47 
 
 
633 aa  66.2  0.0000000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1346  DNA gyrase subunit B  22.4 
 
 
809 aa  66.2  0.0000000009  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2816  DNA gyrase subunit B  22.54 
 
 
645 aa  65.5  0.000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0322238  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0004  DNA gyrase subunit B  22.67 
 
 
795 aa  65.9  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00743221  normal  0.701582 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0003  DNA gyrase subunit B  22.58 
 
 
797 aa  65.9  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.561355  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0003  DNA gyrase subunit B  21.68 
 
 
769 aa  65.9  0.000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1727  DNA gyrase subunit B  23.2 
 
 
655 aa  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.22827  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2509  DNA gyrase, B subunit  22.28 
 
 
815 aa  65.5  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.684538 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1534  DNA topoisomerase IV subunit B  23.18 
 
 
693 aa  65.5  0.000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.300498  normal  0.0102248 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0005  DNA gyrase, B subunit  24.41 
 
 
801 aa  65.9  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1260  DNA gyrase, B subunit  25.11 
 
 
660 aa  65.9  0.000000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0006  DNA gyrase, B subunit  22.19 
 
 
649 aa  65.5  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2083  DNA gyrase, B subunit  23.22 
 
 
798 aa  64.7  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1609  DNA topoisomerase IV subunit B  22.16 
 
 
654 aa  64.7  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000967673  decreased coverage  0.000000000000694445 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0009  DNA gyrase subunit B  22.52 
 
 
633 aa  65.1  0.000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000695632  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>