88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_R0050 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_R0050  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000010044  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0020  tRNA-Met  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.070977  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0016  tRNA-Met  96.43 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000151702  hitchhiker  0.0080631 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0060  tRNA-Met  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0064072  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0049  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.162753  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0045  tRNA-Met  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0018  tRNA-Met  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0583906 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0024  tRNA-Met  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000171351  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0031  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0047  tRNA-Met  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0073  tRNA-Met  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0026  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000311751  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0030  tRNA-Met  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00179539  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2480  tRNA-Met  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0019483  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2477  tRNA-Met  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00937631  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2794  tRNA-Met  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000175616  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2791  tRNA-Met  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000913036  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0009  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0025  tRNA-Met  97.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000157655  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0024  tRNA-Met  97.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0013  tRNA-Met  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000199556  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0053  tRNA-Met  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000890426  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0013  tRNA-Met  90 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000893597  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0130  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000893597  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Met-4  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0083  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0012  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0054  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0013  tRNA-Met  90 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0203721  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0134  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00862891  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0038  tRNA-Met  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000704091 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0073  tRNA-Met  90 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0138692  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0221  tRNA-Met  90 
 
 		 79 bp  60  0.00000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000903582  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0071  tRNA-Met  90 
 
 		 79 bp  60  0.00000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000131977  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5025  tRNA-Met  90 
 
 		 79 bp  60  0.00000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000167007  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5628  tRNA-Met  90 
 
 		 79 bp  60  0.00000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.00010832  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5810  tRNA-Met  90 
 
 		 79 bp  60  0.00000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00215363  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4994  tRNA-Met  90 
 
 		 79 bp  60  0.00000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0068  tRNA-Met  90 
 
 		 79 bp  60  0.00000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5249  tRNA-Met  90 
 
 		 79 bp  60  0.00000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000109559  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0053  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.744028  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5645  tRNA-Met  90 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000266737  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0053  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5723  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00377961  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Met-1  tRNA-Met  90 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.000000000564951  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Met-6  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00371992  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Met-7  tRNA-Met  90 
 
 		 80 bp  60  0.00000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000430369  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Met-6  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000237945  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Met-1  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000197006  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Met-2  tRNA-Met  90 
 
 		 80 bp  60  0.00000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.443451  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09720  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.000000962233  hitchhiker  0.0000117108 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0045  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000395206  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mflt022  tRNA-Met  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Mesoplasma florum L1  Bacteria  decreased coverage  0.000116471  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0047  tRNA-Met  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00104453  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0039  tRNA-Met  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.10538  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0040  tRNA-Met  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0666979  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0743  tRNA-Met  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Met-1  tRNA-Met  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0953883  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0036  tRNA-Met  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000218585  hitchhiker  0.0000000000151476 
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Met-5  tRNA-Met  88 
 
 		 80 bp  52  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000422709  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Met-8  tRNA-Met  88 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000362106  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0024  tRNA-Met  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1608  tRNA-Met  88 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.838152 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1573  tRNA-Met  88 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08640  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000000480255  hitchhiker  0.000000163212 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0029  tRNA-Met  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0008  tRNA-Met  94.44 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000229004  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0012  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0979779  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0030  tRNA-Met  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0034  tRNA-Met  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Met-1  tRNA-Met  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.596909  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0048  tRNA-Met  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.565374  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0032  tRNA-Met  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0174  tRNA-Met  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.453072  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0004  tRNA-Met  84.75 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000177492  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R18  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0042  tRNA-Met  84.75 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.309663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1609  tRNA-Met  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.824013 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1574  tRNA-Met  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0564  tRNA-Met  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1221  tRNA-Met  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.379489  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0031  tRNA-Met  86 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0012  tRNA-Met  86 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.178155  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0014  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000112048 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0119  tRNA-Met  86 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0175  tRNA-Met  86 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.183905  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0744  tRNA-Met  86 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.92393  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0115  tRNA-Met  86 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.791558  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>