More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_R0028 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_R0016  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0068  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0028  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0058  tRNA-Ala  95.89 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0037  tRNA-Ala  94.52 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0234109  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0004  tRNA-Ala  94.52 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0010  tRNA-Ala  94.52 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.560104  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0013  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000368246  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0083  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000917058  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0008  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000000517432  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0037  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00177627  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0040  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0690466  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0067  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00925323  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0009  tRNA-Ala  95.24 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2507  tRNA-Ala  95.24 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2773  tRNA-Ala  95.24 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0009  tRNA-Ala  95.24 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0078  tRNA-Ala  95.24 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2213  tRNA-Ala  95.24 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2460  tRNA-Ala  95.24 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0034  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.36427 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0009  tRNA-Ala  97.96 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.292395  normal  0.689631 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0022  tRNA-Ala  93.44 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000459218  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0080  tRNA-Ala  97.96 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0080  tRNA-Ala  93.44 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0006  tRNA-Ala  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0059  tRNA-Ala  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0023  tRNA-Ala  93.22 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00683735  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0034  tRNA-Ala  93.22 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0822071  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0052  tRNA-Ala  93.22 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00134949  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0062  tRNA-Ala  93.22 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.128618  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0046  tRNA-Ala  93.22 
 
 		 73 bp  85.7  0.000000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0034  tRNA-Ala  93.22 
 
 		 73 bp  85.7  0.000000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0061  tRNA-Ala  96 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0035  tRNA-Ala  96 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.304574  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0003  tRNA-Ala  96 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0022  tRNA-Ala  96 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0054  tRNA-Ala  96 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0077  tRNA-Ala  96 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0014  tRNA-Ala  96 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0634933  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0056  tRNA-Ala  96 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0071  tRNA-Ala  96 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0030  tRNA-Ala  96 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0072  tRNA-Ala  96 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.821542  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0020  tRNA-Ala  96 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.18478  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0030  tRNA-Ala  96 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.915184  normal  0.110132 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0046  tRNA-Ala  96 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0020  tRNA-Ala  96 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0017  tRNA-Ala  96 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0394632  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0016  tRNA-Ala  95.92 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.168843  normal  0.312064 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0063  tRNA-Ala  95.92 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.808449  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0003  tRNA-Ala  95.92 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0072  tRNA-Ala  95.92 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000540506  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0011  tRNA-Ala  95.92 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.454361  hitchhiker  0.00914283 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0386  tRNA-Ala  95.92 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0008  tRNA-Ala  95.92 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000809396  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3082  tRNA-Ala  95.92 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0031  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000044944  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0050  tRNA-Ala  95.92 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.142623  normal  0.530513 
 
 
-
 
NC_006368  lppt02  tRNA-Ala  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt11  tRNA-Ala  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt02  tRNA-Ala  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt11  tRNA-Ala  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00469  tRNA-Val  97.62 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0013  tRNA-Ala  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0058  tRNA-Ala  94 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.819419 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00375  tRNA-Val  97.62 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00250  tRNA-Val  97.62 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna025  tRNA-Val  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0656621  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna033  tRNA-Val  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.010484  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0064  tRNA-Ala  94 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.801657 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0032  tRNA-Ala  94 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0005  tRNA-Val  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0037  tRNA-Val  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000442416  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0016  tRNA-Val  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2543  tRNA-Val  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00155589  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06828  tRNA-Val  97.62 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2329  tRNA-Val  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0001  tRNA-Val  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0050  tRNA-Ala  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00215399  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna012  tRNA-Val  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000043327  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0016  tRNA-Ala  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128049  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0018  tRNA-Ala  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000012168  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna058  tRNA-Val  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.007323  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0003  tRNA-Ala  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4552  tRNA-Ala  93.88 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.566095  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0014  tRNA-Ala  93.88 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0213488  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0058  tRNA-Ala  93.88 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.168421  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6552  tRNA-Ala  93.88 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0043  tRNA-Val  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00024501  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0030  tRNA-Ala  93.88 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0049  tRNA-Ala  93.88 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0076  tRNA-Ala  93.88 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.989277 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4580  tRNA-Ala  93.88 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0038  tRNA-Ala  93.88 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0047  tRNA-Ala  93.88 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0048  tRNA-Ala  93.88 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.498854 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0056  tRNA-Ala  93.88 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0039  tRNA-Ala  93.88 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0737446 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0040  tRNA-Ala  93.88 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.130821  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>