More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_3913 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_3913  DNA polymerase III, delta prime subunit  100 
 
 
330 aa  679    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2105  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.54 
 
 
329 aa  224  2e-57  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000107011  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0056  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.3 
 
 
324 aa  222  6e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.907797  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.82 
 
 
335 aa  217  2e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.82 
 
 
358 aa  206  4e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  31.37 
 
 
321 aa  188  1e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0159  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.3 
 
 
322 aa  185  1.0000000000000001e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0791  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.34 
 
 
340 aa  184  2.0000000000000003e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3154  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.43 
 
 
320 aa  182  6e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000590012  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20360  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.11 
 
 
326 aa  182  8.000000000000001e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3588  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.91 
 
 
351 aa  177  2e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4275  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.2 
 
 
354 aa  177  3e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0379488 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2589  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.32 
 
 
344 aa  166  5e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000288191 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_476  DNA-directed DNA polymerase, delta prime subunit  30.95 
 
 
339 aa  164  3e-39  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1058  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.08 
 
 
320 aa  163  4.0000000000000004e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000154633 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0511  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.25 
 
 
343 aa  162  5.0000000000000005e-39  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0535  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.25 
 
 
339 aa  161  2e-38  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0515  DNA-directed DNA polymerase  34.45 
 
 
320 aa  159  4e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0983279  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2230  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.63 
 
 
323 aa  159  7e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.688016  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2644  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.44 
 
 
363 aa  159  8e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3205  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.46 
 
 
320 aa  158  1e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0191854  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.97 
 
 
363 aa  157  2e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.017144  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2319  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.37 
 
 
318 aa  156  4e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.247884  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1664  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.09 
 
 
327 aa  155  7e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.988179  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0015  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.58 
 
 
589 aa  155  8e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00819086  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0037  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.69 
 
 
338 aa  152  5e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.418255  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0024  DNA polymerase III subunits gamma and tau  34.14 
 
 
562 aa  150  3e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00112319  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5294  DNA polymerase III subunits gamma and tau  34.14 
 
 
562 aa  150  4e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000435365  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0021  DNA polymerase III subunits gamma and tau  34.14 
 
 
562 aa  150  4e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0259778  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  34.14 
 
 
562 aa  150  4e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  34.14 
 
 
562 aa  149  4e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0496501  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  34.14 
 
 
562 aa  150  4e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0875141  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0038  DNA-directed DNA polymerase  28.75 
 
 
320 aa  150  4e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2119  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.23 
 
 
320 aa  149  5e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000331733  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1175  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.86 
 
 
520 aa  149  6e-35  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0023  DNA polymerase III subunits gamma and tau  34.14 
 
 
562 aa  149  7e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0020  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.46 
 
 
562 aa  149  9e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.327732  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0026  DNA polymerase III subunits gamma and tau  33.8 
 
 
562 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000589622  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2254  DNA polymerase III, delta prime subunit  26.85 
 
 
391 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0268836  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf158  DNA polymerase III subunits gamma and tau  34.58 
 
 
647 aa  148  1.0000000000000001e-34  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl678  DNA polymerase III gamma and tau subunits  33.14 
 
 
631 aa  147  3e-34  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1367  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  37.92 
 
 
501 aa  145  9e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1312  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.89 
 
 
370 aa  145  9e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0789  DNA-directed DNA polymerase  29.24 
 
 
326 aa  145  1e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0027  DNA polymerase III subunit delta'  30.06 
 
 
337 aa  144  2e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4327  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  42.25 
 
 
579 aa  144  3e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.923822  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0018  DNA polymerase III subunits gamma and tau  33.8 
 
 
562 aa  144  3e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0519893  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0156  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.18 
 
 
335 aa  142  6e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.986059 
 
 
-
 
NC_002936  DET0585  DNA polymerase III, gamma and tau subunits, putative  28.74 
 
 
559 aa  142  9e-33  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0242  DNA polymerase III subunits gamma and tau  29.48 
 
 
562 aa  142  9.999999999999999e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000227385  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0093  DNA polymerase III subunit delta'  32.91 
 
 
326 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2444  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.1 
 
 
567 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.453017  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.49 
 
 
331 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0018  DNA polymerase III subunits gamma and tau  32.41 
 
 
562 aa  140  3e-32  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0804011  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1360  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.99 
 
 
345 aa  139  4.999999999999999e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02443  DNA polymerase III subunits gamma and tau  32.01 
 
 
698 aa  139  6e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0857  DNA polymerase III subunits gamma and tau  32.01 
 
 
681 aa  139  6e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5293  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40.43 
 
 
724 aa  139  7e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5665  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  32.17 
 
 
462 aa  139  7.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0027  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.01 
 
 
589 aa  139  7.999999999999999e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000154817 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_524  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  27.64 
 
 
562 aa  139  8.999999999999999e-32  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000305256  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0008  DNA polymerase III gamma-tau subunits  38.43 
 
 
669 aa  139  8.999999999999999e-32  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.167579  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0257  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.32 
 
 
518 aa  138  1e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3422  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  28.98 
 
 
582 aa  138  2e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.087707  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0277  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  36.32 
 
 
517 aa  137  2e-31  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.433516  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0092  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40.11 
 
 
527 aa  138  2e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000833689 
 
 
-
 
NC_002950  PG1418  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  33.73 
 
 
602 aa  137  3.0000000000000003e-31  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.733892 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1869  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.1 
 
 
343 aa  137  3.0000000000000003e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0559  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  28.81 
 
 
570 aa  136  4e-31  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.42957  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1386  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.19 
 
 
550 aa  137  4e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1396  DNA polymerase III subunit delta'  32.39 
 
 
404 aa  136  5e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.305059 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1123  DNA polymerase III subunits gamma and tau  35.94 
 
 
543 aa  136  6.0000000000000005e-31  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.920332  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0195  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  39.78 
 
 
579 aa  136  6.0000000000000005e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.92139e-31 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0031  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  37.14 
 
 
447 aa  135  7.000000000000001e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000324435  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0212  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  39.78 
 
 
582 aa  135  7.000000000000001e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.783119  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5394  DNA polymerase III subunit delta'  35.98 
 
 
407 aa  135  8e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0307926 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1217  DNA polymerase III subunits gamma and tau  35.94 
 
 
601 aa  135  9e-31  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0790  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.83 
 
 
626 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  30.48 
 
 
561 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000159056  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4794  DNA polymerase III subunit delta'  32.23 
 
 
402 aa  135  9.999999999999999e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.671879  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2897  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  38.42 
 
 
914 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.579528  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4880  DNA polymerase III subunit delta'  32.23 
 
 
402 aa  135  9.999999999999999e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0679961 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0046  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.75 
 
 
522 aa  134  1.9999999999999998e-30  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.241439  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0036  DNA polymerase III subunit delta'  31.5 
 
 
327 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5180  DNA polymerase III subunit delta'  32.23 
 
 
402 aa  134  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0809147 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01097  DNA polymerase III subunits gamma and tau  39.18 
 
 
930 aa  134  1.9999999999999998e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0856876  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0030  DNA polymerase III subunit delta'  31.9 
 
 
327 aa  134  3e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.454552  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1019  DNA polymerase III subunits gamma and tau  36.54 
 
 
664 aa  134  3e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.176808  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1468  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  37.62 
 
 
627 aa  134  3e-30  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0769  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  39.11 
 
 
591 aa  134  3e-30  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.775776  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0028  DNA polymerase III subunit delta'  31.9 
 
 
327 aa  134  3e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0512  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.24 
 
 
565 aa  134  3e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0499  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.24 
 
 
565 aa  134  3e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0810383  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2789  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.5 
 
 
602 aa  133  3.9999999999999996e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.226663  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02330  DNA polymerase III, subunit gamma/tau  28.21 
 
 
807 aa  133  5e-30  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.15041  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1146  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.1 
 
 
383 aa  132  6.999999999999999e-30  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.651472  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35780  DNA polymerase III, delta prime subunit  25.62 
 
 
406 aa  132  6.999999999999999e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.39309  normal  0.26878 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0934  ATPase  37.09 
 
 
396 aa  132  7.999999999999999e-30  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.894546  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0030  DNA-directed DNA polymerase  40.68 
 
 
499 aa  132  7.999999999999999e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00564849  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0040  DNA polymerase III subunit delta'  30.29 
 
 
327 aa  132  7.999999999999999e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>