258 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_3858 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_3858  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 449 aa  918    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000022263  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0598  extracellular solute-binding protein family 1  22.52 
 
 		 446 aa  109  1e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.764573  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20520  extracellular solute-binding protein family 1  23.39 
 
 		 417 aa  95.1  2e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.561553  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2115  extracellular solute-binding protein family 1  24.73 
 
 		 432 aa  92  2e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.845793  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2659  extracellular solute-binding protein family 1  25.93 
 
 		 495 aa  87.4  5e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0361435  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3246  extracellular solute-binding protein family 1  23.83 
 
 		 443 aa  85.5  0.000000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4017  extracellular solute-binding protein  22.42 
 
 		 435 aa  82.8  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11540  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27.33 
 
 		 428 aa  77.4  0.0000000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0159385 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2391  extracellular solute-binding protein family 1  25.06 
 
 		 422 aa  76.6  0.0000000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.436445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1619  putative sugar-binding lipoprotein  24.38 
 
 		 434 aa  75.9  0.000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.195944  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1529  extracellular solute-binding protein  26.24 
 
 		 439 aa  76.3  0.000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2719  extracellular solute-binding protein family 1  25.07 
 
 		 434 aa  75.5  0.000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.233137 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1874  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  25.45 
 
 		 427 aa  73.9  0.000000000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0756635  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0477  extracellular solute-binding protein family 1  26.27 
 
 		 432 aa  73.6  0.000000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.838392  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2072  extracellular solute-binding protein family 1  24.93 
 
 		 431 aa  73.2  0.000000000009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  0.0000000238529  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2345  extracellular solute-binding protein family 1  21.59 
 
 		 424 aa  72  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.822896  normal  0.413258 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1105  extracellular solute-binding protein family 1  24.63 
 
 		 442 aa  71.6  0.00000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.314126  normal  0.258829 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0200  extracellular solute-binding protein family 1  24.35 
 
 		 441 aa  71.2  0.00000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6324  extracellular solute-binding protein  27.31 
 
 		 412 aa  70.9  0.00000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4880  extracellular solute-binding protein  26.94 
 
 		 412 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4932  extracellular solute-binding protein  26.22 
 
 		 419 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0556288 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3285  extracellular solute-binding protein  26.94 
 
 		 412 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0614  extracellular solute-binding protein family 1  23.76 
 
 		 435 aa  69.7  0.0000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4586  extracellular solute-binding protein family 1  26.36 
 
 		 417 aa  69.7  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.947174 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5487  extracellular solute-binding protein  25.77 
 
 		 419 aa  68.9  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000866815 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0434  extracellular solute-binding protein  23.41 
 
 		 452 aa  68.9  0.0000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.396307 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6024  extracellular solute-binding protein  26.94 
 
 		 412 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1126  extracellular solute-binding protein family 1  25.55 
 
 		 433 aa  68.6  0.0000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.162135  hitchhiker  0.000581091 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3409  extracellular solute-binding protein  23.02 
 
 		 451 aa  67.8  0.0000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000000553575  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0573  extracellular solute-binding protein  26.32 
 
 		 460 aa  67.4  0.0000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5201  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 420 aa  67.4  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4577  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 419 aa  67.4  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00216886 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5658  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 420 aa  67.4  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0866592  normal  0.356633 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3251  extracellular solute-binding protein family 1  27.93 
 
 		 427 aa  67.4  0.0000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.829082  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3587  extracellular solute-binding protein family 1  24.52 
 
 		 441 aa  66.6  0.0000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.935518  normal  0.988969 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23430  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  22.67 
 
 		 435 aa  66.6  0.0000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.969599  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1999  extracellular solute-binding protein family 1  20.79 
 
 		 468 aa  66.2  0.000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3196  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 419 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.461238  normal  0.154514 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2404  extracellular solute-binding protein family 1  24.12 
 
 		 424 aa  66.2  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000132449  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1133  extracellular solute-binding protein family 1  23.59 
 
 		 451 aa  65.1  0.000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0385  extracellular solute-binding protein family 1  24.37 
 
 		 410 aa  65.1  0.000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0390662 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0626  extracellular solute-binding protein  21.29 
 
 		 408 aa  65.5  0.000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000892518  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1792  extracellular solute-binding protein  28.09 
 
 		 462 aa  65.5  0.000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0069  extracellular solute-binding protein family 1  21.64 
 
 		 448 aa  64.3  0.000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1218  extracellular solute-binding protein family 1  24.58 
 
 		 444 aa  63.9  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1685  extracellular solute-binding protein family 1  23.63 
 
 		 434 aa  63.5  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0296  hypothetical protein  22.89 
 
 		 439 aa  63.5  0.000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4988  extracellular solute-binding protein  22.98 
 
 		 414 aa  63.2  0.000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.601947  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0996  extracellular solute-binding protein family 1  26.75 
 
 		 455 aa  62.8  0.00000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3054  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 		 429 aa  62.4  0.00000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0183103 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1025  extracellular solute-binding protein family 1  21.58 
 
 		 444 aa  62  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00000399953  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2762  extracellular solute-binding protein  23.16 
 
 		 431 aa  62  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0940  extracellular solute-binding protein family 1  20.85 
 
 		 441 aa  61.2  0.00000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.558741 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3985  putative ABC sugar transporter (substrate binding protein)  23.61 
 
 		 419 aa  61.2  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3052  extracellular solute-binding protein family 1  24.87 
 
 		 427 aa  60.8  0.00000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.854825  normal  0.208902 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5736  ABC transporter, substrate-binding protein  25.71 
 
 		 410 aa  61.2  0.00000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.214535  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0621  extracellular solute-binding protein  22.61 
 
 		 427 aa  60.8  0.00000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.178997  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3251  extracellular solute-binding protein family 1  23.2 
 
 		 428 aa  60.8  0.00000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.292164  normal  0.0559218 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1303  extracellular solute-binding protein  27.59 
 
 		 432 aa  60.5  0.00000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.313179  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8236  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  25.68 
 
 		 434 aa  60.1  0.00000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.953199  normal  0.764848 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0068  extracellular solute-binding protein family 1  25.12 
 
 		 486 aa  59.7  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1184  ABC transporter, substrate-binding protein  22.87 
 
 		 413 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.186568  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2652  extracellular solute-binding protein family 1  29.63 
 
 		 424 aa  58.5  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.142803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2818  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  22.87 
 
 		 399 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2647  extracellular solute-binding protein family 1  26.74 
 
 		 446 aa  58.9  0.0000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.890591  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3651  hypothetical protein  23.49 
 
 		 437 aa  58.5  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.943877  normal  0.0762923 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2351  extracellular solute-binding protein  24.22 
 
 		 421 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.576024  normal  0.167209 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2999  extracellular solute-binding protein  22.48 
 
 		 419 aa  58.9  0.0000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.662901  hitchhiker  0.0000395876 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2327  extracellular solute-binding protein family 1  29.63 
 
 		 424 aa  58.2  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.169538  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1113  sugar ABC transporter, sugar-binding protein  20.32 
 
 		 419 aa  58.2  0.0000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0203061  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13140  extracellular solute-binding protein family 1  21.95 
 
 		 424 aa  58.5  0.0000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2193  extracellular solute-binding protein  23.97 
 
 		 557 aa  58.5  0.0000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0729  extracellular solute-binding protein family 1  23.1 
 
 		 443 aa  57.8  0.0000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000254304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3553  hypothetical protein  24.92 
 
 		 427 aa  57.8  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0090  extracellular solute-binding protein  22.22 
 
 		 441 aa  57.4  0.0000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.214251  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0238  extracellular solute-binding protein family 1  24.85 
 
 		 423 aa  57  0.0000007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0897  extracellular solute-binding protein family 1  25.47 
 
 		 446 aa  57  0.0000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0316444  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2714  extracellular solute-binding protein family 1  23.36 
 
 		 414 aa  57  0.0000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.36636  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1291  extracellular solute-binding protein family 1  24.3 
 
 		 470 aa  56.6  0.0000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3559  extracellular solute-binding protein  29.82 
 
 		 421 aa  56.6  0.0000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.725882  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3710  extracellular solute-binding protein  25.23 
 
 		 431 aa  56.6  0.0000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00279907  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0972  extracellular solute-binding protein family 1  20.76 
 
 		 442 aa  56.6  0.0000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0353052 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0556  ABC transporter, solute-binding protein  21.99 
 
 		 461 aa  56.2  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.526712  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3240  extracellular solute-binding protein  25.32 
 
 		 522 aa  55.8  0.000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2526  extracellular solute-binding protein family 1  28.9 
 
 		 520 aa  56.2  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000430481  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0237  extracellular solute-binding protein family 1  25.07 
 
 		 444 aa  55.8  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.368483 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3494  extracellular solute-binding protein  26.43 
 
 		 414 aa  55.5  0.000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0194042 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2308  extracellular solute-binding protein  24.61 
 
 		 440 aa  55.1  0.000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000253431  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0540  ABC transporter, substrate-binding protein  22.17 
 
 		 461 aa  54.7  0.000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1866  extracellular solute-binding protein family 1  23.19 
 
 		 434 aa  54.7  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7922  extracellular solute-binding protein family 1  29.31 
 
 		 445 aa  55.1  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0998  extracellular solute-binding protein family 1  22.76 
 
 		 451 aa  54.7  0.000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1091  extracellular solute-binding protein  26.74 
 
 		 433 aa  54.3  0.000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2696  extracellular solute-binding protein  22.83 
 
 		 420 aa  53.9  0.000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.240659  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4936  extracellular solute-binding protein family 1  22.68 
 
 		 463 aa  53.9  0.000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.105521 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3957  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 		 432 aa  53.9  0.000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3860  extracellular solute-binding protein family 1  22.68 
 
 		 463 aa  53.9  0.000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.952749  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1229  extracellular solute-binding protein  24.58 
 
 		 461 aa  53.9  0.000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0257979  normal  0.868479 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0476  ABC transporter, substrate-binding protein  28.1 
 
 		 427 aa  53.9  0.000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27700  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  23.46 
 
 		 426 aa  53.9  0.000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>