240 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_3649 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_3649  50S ribosomal protein L30  100 
 
 
60 aa  118  2e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  8.66459e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0733  ribosomal protein L30  51.67 
 
 
62 aa  65.5  2e-10  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1889  50S ribosomal protein L30  56.14 
 
 
60 aa  64.3  6e-10  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0076  50S ribosomal protein L30  58.93 
 
 
59 aa  63.5  9e-10  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.663543  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0737  50S ribosomal protein L30  55.17 
 
 
62 aa  63.2  1e-09  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  4.91198e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0416  ribosomal protein L30  49.15 
 
 
63 aa  63.2  1e-09  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0166  50S ribosomal protein L30  50.82 
 
 
62 aa  61.6  3e-09  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  1.87774e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0776  50S ribosomal protein L30  59.65 
 
 
59 aa  61.6  3e-09  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  5.0093e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0129  50S ribosomal protein L30  55 
 
 
62 aa  60.5  8e-09  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.64876  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2137  50S ribosomal protein L30P  48.28 
 
 
61 aa  60.5  9e-09  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0274633  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0176  ribosomal protein L30  50 
 
 
60 aa  59.7  1e-08  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  1.91615e-05  hitchhiker  0.000355415 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0231  50S ribosomal protein L30  49.15 
 
 
59 aa  60.1  1e-08  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  5.64159e-09  unclonable  7.31174e-06 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0078  50S ribosomal protein L30  49.15 
 
 
60 aa  59.7  1e-08  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0903493  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001724  LSU ribosomal protein L30p (L7e)  52.73 
 
 
58 aa  59.3  2e-08  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  8.60316e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0125  50S ribosomal protein L30  55 
 
 
62 aa  59.3  2e-08  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0199  50S ribosomal protein L30  52.63 
 
 
61 aa  59.3  2e-08  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.166144  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00748  50S ribosomal protein L30  50.91 
 
 
58 aa  58.5  3e-08  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0308  50S ribosomal protein L30  53.57 
 
 
60 aa  58.5  3e-08  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  unclonable  1.19887e-28 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2156  50S ribosomal protein L30  50.91 
 
 
58 aa  58.5  3e-08  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  4.99402e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0423  50S ribosomal protein L30  52.54 
 
 
59 aa  58.5  3e-08  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0858998  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2300  50S ribosomal protein L30  57.14 
 
 
59 aa  58.2  4e-08  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.818228  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4361  ribosomal protein L30  53.45 
 
 
59 aa  57.8  4e-08  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  8.36724e-05  normal  0.0761791 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2259  50S ribosomal protein L30  57.14 
 
 
59 aa  58.2  4e-08  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00380843  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0338  50S ribosomal protein L30  44.07 
 
 
59 aa  57.8  5e-08  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00211446  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3896  50S ribosomal protein L30  50.85 
 
 
59 aa  57.8  5e-08  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  2.09135e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3983  50S ribosomal protein L30  50.85 
 
 
59 aa  57.8  5e-08  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.234859  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0301  50S ribosomal protein L30  50.85 
 
 
59 aa  57.8  5e-08  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  7.35954e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1506  ribosomal protein L30  48.33 
 
 
60 aa  57.8  5e-08  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.41299  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0341  50S ribosomal protein L30  50.85 
 
 
59 aa  57.8  5e-08  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00191247  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0337  50S ribosomal protein L30  50.85 
 
 
60 aa  57.8  5e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  6.64675e-07  unclonable  3.8279e-08 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4625  50S ribosomal protein L30  52.54 
 
 
59 aa  57.4  6e-08  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000160254  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0411  ribosomal protein L30  52.54 
 
 
59 aa  57.4  6e-08  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  1.58772e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3687  50S ribosomal protein L30  52.54 
 
 
59 aa  57.4  6e-08  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  2.88891e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3597  50S ribosomal protein L30  52.54 
 
 
59 aa  57.4  6e-08  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0159663  normal  0.022282 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0411  50S ribosomal protein L30  52.54 
 
 
59 aa  57.4  6e-08  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000870321  hitchhiker  2.43699e-06 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03153  50S ribosomal protein L30  52.54 
 
 
59 aa  57.4  6e-08  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00272403  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3496  50S ribosomal protein L30  52.54 
 
 
59 aa  57.4  6e-08  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.35964e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4526  50S ribosomal protein L30  50.85 
 
 
59 aa  57.4  6e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  8.79323e-06  hitchhiker  0.000148464 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03104  hypothetical protein  52.54 
 
 
59 aa  57.4  6e-08  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00160317  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3785  50S ribosomal protein L30  52.54 
 
 
59 aa  57.4  6e-08  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  8.4288e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20690  LSU ribosomal protein L30P  48.21 
 
 
60 aa  57  9e-08  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0212  50S ribosomal protein L30  48.33 
 
 
60 aa  56.2  1e-07  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00049871  hitchhiker  0.00666763 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3618  50S ribosomal protein L30  50.85 
 
 
59 aa  56.6  1e-07  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0118319  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3726  50S ribosomal protein L30  50.85 
 
 
59 aa  56.6  1e-07  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.990578  normal  0.0950772 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3691  50S ribosomal protein L30  50.85 
 
 
59 aa  56.6  1e-07  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0510411  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3733  50S ribosomal protein L30  50.85 
 
 
59 aa  56.2  1e-07  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000176157  hitchhiker  0.00372314 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0097  50S ribosomal protein L30  47.27 
 
 
56 aa  56.6  1e-07  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.108985 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3618  50S ribosomal protein L30  50.85 
 
 
59 aa  56.6  1e-07  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00151537  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3789  50S ribosomal protein L30  50.85 
 
 
59 aa  56.6  1e-07  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.143721  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0217  50S ribosomal protein L30  46.67 
 
 
60 aa  55.5  2e-07  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000105847  unclonable  1.26926e-11 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4672  ribosomal protein L30  46.67 
 
 
60 aa  55.8  2e-07  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  1.04117e-05  unclonable  8.20737e-09 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0217  50S ribosomal protein L30  46.67 
 
 
60 aa  55.5  2e-07  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  7.99433e-10  hitchhiker  9.56055e-10 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1836  50S ribosomal protein L30  44.64 
 
 
63 aa  55.5  2e-07  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.279591  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4932  ribosomal protein L30  48.21 
 
 
62 aa  55.5  2e-07  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0130019  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1813  50S ribosomal protein L30  53.57 
 
 
60 aa  56.2  2e-07  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0355  50S ribosomal protein L30  44.64 
 
 
63 aa  55.5  2e-07  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  6.6194e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2160  ribosomal protein L30  51.79 
 
 
63 aa  56.2  2e-07  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0544492  normal  0.73473 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3804  ribosomal protein L30  49.15 
 
 
61 aa  55.8  2e-07  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00029637  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0188  50S ribosomal protein L30  49.15 
 
 
60 aa  55.5  2e-07  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  1.58011e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4152  50S ribosomal protein L30  46.67 
 
 
60 aa  55.1  3e-07  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  7.26837e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0249  50S ribosomal protein L30  46.67 
 
 
60 aa  55.1  3e-07  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0214  50S ribosomal protein L30  46.67 
 
 
60 aa  55.1  3e-07  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.15518e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3741  50S ribosomal protein L30  46.67 
 
 
60 aa  55.1  3e-07  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  7.17278e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4038  50S ribosomal protein L30  46.67 
 
 
60 aa  55.1  3e-07  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000117775  unclonable  2.00607e-12 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0612  50S ribosomal protein L30  46.67 
 
 
61 aa  55.5  3e-07  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0237089  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0218  50S ribosomal protein L30  46.67 
 
 
60 aa  55.1  3e-07  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  3.14653e-05  hitchhiker  9.35583e-05 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0387  50S ribosomal protein L30  49.15 
 
 
61 aa  55.5  3e-07  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0412  50S ribosomal protein L30  49.15 
 
 
61 aa  55.5  3e-07  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0619  ribosomal protein L30  42.37 
 
 
61 aa  55.1  3e-07  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.191878  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0313  ribosomal protein L30  52.83 
 
 
65 aa  54.3  5e-07  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00845621  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3506  ribosomal protein L30  46.3 
 
 
58 aa  54.7  5e-07  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000460865  hitchhiker  7.5211e-08 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2756  ribosomal protein L30  52.83 
 
 
56 aa  54.3  6e-07  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.133324  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0971  50S ribosomal protein L30  55.17 
 
 
61 aa  54.3  6e-07  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_434  ribosomal protein L30/L7E  49.12 
 
 
60 aa  53.9  7e-07  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00214762  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0439  50S ribosomal protein L30P  50 
 
 
61 aa  53.9  7e-07  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.188702  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2889  ribosomal protein L30  47.27 
 
 
60 aa  53.5  8e-07  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1120  50S ribosomal protein L30  51.72 
 
 
61 aa  53.9  8e-07  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.481118  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3987  ribosomal protein L30  50 
 
 
61 aa  53.9  8e-07  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0158731  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2046  50S ribosomal protein L30  44.26 
 
 
62 aa  53.5  9e-07  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00780916  normal  0.406407 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1007  50S ribosomal protein L30  44.07 
 
 
62 aa  53.1  1e-06  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00128687  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1465  50S ribosomal protein L30  45.61 
 
 
60 aa  53.1  1e-06  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  2.01439e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0128  50S ribosomal protein L30  52.54 
 
 
60 aa  52.8  1e-06  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00603924  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4258  ribosomal protein L30  45.45 
 
 
61 aa  53.5  1e-06  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  3.21281e-06  unclonable  2.08218e-12 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0124  50S ribosomal protein L30  52.54 
 
 
60 aa  52.8  1e-06  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  4.37518e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0140  50S ribosomal protein L30  52.54 
 
 
60 aa  52.8  1e-06  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.71148e-62 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0128  50S ribosomal protein L30  52.54 
 
 
60 aa  52.8  1e-06  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0194102  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0128  50S ribosomal protein L30  52.54 
 
 
60 aa  52.8  1e-06  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  2.11905e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00956  50S ribosomal protein L30  48.21 
 
 
59 aa  52.8  1e-06  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0648954  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0159  50S ribosomal protein L30  52.54 
 
 
60 aa  52.8  1e-06  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  8.814e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0122  50S ribosomal protein L30  52.54 
 
 
60 aa  52.8  1e-06  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  4.62232e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0149  50S ribosomal protein L30  52.54 
 
 
60 aa  52.8  1e-06  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00257055  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0346  ribosomal protein L30  42.37 
 
 
60 aa  52.8  2e-06  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0149627  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0469  50S ribosomal protein L30  47.37 
 
 
60 aa  52.8  2e-06  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  2.19229e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0213  50S ribosomal protein L30  48.21 
 
 
60 aa  52.8  2e-06  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  3.48111e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0233  50S ribosomal protein L30  53.57 
 
 
59 aa  52.4  2e-06  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000351817  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2405  50S ribosomal protein L30  48.21 
 
 
61 aa  52.4  2e-06  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0137776  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1143  ribosomal protein L30  50 
 
 
61 aa  52.4  2e-06  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  2.5708e-07  normal  0.0109898 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0123  50S ribosomal protein L30  50.85 
 
 
60 aa  52.4  2e-06  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  3.2367e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2315  ribosomal protein L30  43.33 
 
 
60 aa  52  3e-06  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0059609  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0071  50S ribosomal protein L30  44.44 
 
 
62 aa  52  3e-06  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.230621  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>