More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_3556 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011898  Ccel_0396  lysyl-tRNA synthetase  63.33 
 
 		 499 aa  662    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3556  lysyl-tRNA synthetase  100 
 
 		 503 aa  1027    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000444514  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0810  lysyl-tRNA synthetase  61.11 
 
 		 499 aa  639    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000714975  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0659  lysyl-tRNA synthetase  61.19 
 
 		 497 aa  623  1e-177  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000863751  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0175  lysyl-tRNA synthetase  59.76 
 
 		 510 aa  612  9.999999999999999e-175  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000127982  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0152  lysyl-tRNA synthetase  59.58 
 
 		 489 aa  603  1.0000000000000001e-171  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000016249  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0163  lysyl-tRNA synthetase  59.13 
 
 		 488 aa  599  1e-170  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000142799  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2781  lysyl-tRNA synthetase  60.25 
 
 		 501 aa  597  1e-169  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2467  lysyl-tRNA synthetase  59.62 
 
 		 501 aa  594  1e-169  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00750  Lysyl-tRNA synthetase  58.35 
 
 		 491 aa  592  1e-168  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000253681  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0553  lysyl-tRNA synthetase  56.39 
 
 		 515 aa  574  1.0000000000000001e-162  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0116888  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0628  lysyl-tRNA synthetase  56.91 
 
 		 631 aa  573  1.0000000000000001e-162  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.350218  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0116  lysyl-tRNA synthetase  56.43 
 
 		 493 aa  573  1.0000000000000001e-162  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0354257  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0539  lysyl-tRNA synthetase  56.39 
 
 		 515 aa  574  1.0000000000000001e-162  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00455686  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0078  lysyl-tRNA synthetase  56.42 
 
 		 494 aa  562  1.0000000000000001e-159  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.312229  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0075  lysyl-tRNA synthetase  56.12 
 
 		 494 aa  563  1.0000000000000001e-159  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0072  lysyl-tRNA synthetase  55.89 
 
 		 499 aa  559  1e-158  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.407963  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0156  lysyl-tRNA synthetase  54.56 
 
 		 495 aa  558  1e-157  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.033113  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5232  lysyl-tRNA synthetase  55.49 
 
 		 499 aa  555  1e-157  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0118491  hitchhiker  0.00000000172197 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0084  lysyl-tRNA synthetase  55.28 
 
 		 499 aa  553  1e-156  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.016168  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0075  lysyl-tRNA synthetase  55.19 
 
 		 499 aa  552  1e-156  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0251  lysyl-tRNA synthetase  54.86 
 
 		 499 aa  554  1e-156  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000260184  normal  0.314985 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0085  lysyl-tRNA synthetase  55.19 
 
 		 499 aa  551  1e-156  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000436352 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0072  lysyl-tRNA synthetase  55.28 
 
 		 499 aa  552  1e-156  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000341012  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0088  lysyl-tRNA synthetase  55.19 
 
 		 499 aa  552  1e-156  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.863253  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0076  lysyl-tRNA synthetase  55.19 
 
 		 499 aa  551  1e-155  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0629827  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0072  lysyl-tRNA synthetase  55.19 
 
 		 499 aa  551  1e-155  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0072  lysyl-tRNA synthetase  55.19 
 
 		 499 aa  551  1e-155  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.172835  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0076  lysyl-tRNA synthetase  55.19 
 
 		 499 aa  551  1e-155  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0209  lysyl-tRNA synthetase  56.56 
 
 		 495 aa  550  1e-155  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.000000164497  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0733  lysyl-tRNA synthetase  55.4 
 
 		 496 aa  546  1e-154  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.874449  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0417  lysyl-tRNA synthetase  54.38 
 
 		 494 aa  542  1e-153  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.904038  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1647  lysyl-tRNA synthetase  55.46 
 
 		 489 aa  539  9.999999999999999e-153  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0750  lysyl-tRNA synthetase  54.07 
 
 		 496 aa  531  1e-149  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0271  lysyl-tRNA synthetase  54.27 
 
 		 508 aa  531  1e-149  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000549631  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0384  lysyl-tRNA synthetase  51.47 
 
 		 509 aa  528  1e-148  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.808438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3150  lysyl-tRNA synthetase  53.37 
 
 		 561 aa  525  1e-148  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.000153086  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0757  lysyl-tRNA synthetase  52.76 
 
 		 492 aa  519  1e-146  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0478688  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1957  lysyl-tRNA synthetase  53.09 
 
 		 513 aa  521  1e-146  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04000  lysine tRNA synthetase, inducible  51.29 
 
 		 505 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3862  lysyl-tRNA synthetase  51.29 
 
 		 505 aa  517  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4684  lysyl-tRNA synthetase  51.09 
 
 		 505 aa  515  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03962  hypothetical protein  51.29 
 
 		 505 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5645  lysyl-tRNA synthetase  51.29 
 
 		 505 aa  517  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0117  lysyl-tRNA synthetase  52.9 
 
 		 489 aa  516  1.0000000000000001e-145  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000338438  hitchhiker  0.00843463 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0019  lysyl-tRNA synthetase  52.24 
 
 		 494 aa  516  1.0000000000000001e-145  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00231338  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4598  lysyl-tRNA synthetase  51.29 
 
 		 505 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.221304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2360  lysyl-tRNA synthetase, class-2  51.23 
 
 		 491 aa  517  1.0000000000000001e-145  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4370  lysyl-tRNA synthetase  51.29 
 
 		 505 aa  517  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.119358  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3898  lysyl-tRNA synthetase  51.09 
 
 		 505 aa  515  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0280  lysyl-tRNA synthetase  51.43 
 
 		 504 aa  516  1.0000000000000001e-145  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0337786  hitchhiker  0.000160762 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2271  lysyl-tRNA synthetase  50.41 
 
 		 491 aa  513  1e-144  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3422  lysyl-tRNA synthetase  51.5 
 
 		 505 aa  511  1e-144  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.231607  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1248  lysyl-tRNA synthetase  50.41 
 
 		 494 aa  514  1e-144  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.88178e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0345  lysyl-tRNA synthetase  51.6 
 
 		 573 aa  512  1e-144  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19490  lysyl-tRNA synthetase (class II)  52.07 
 
 		 499 aa  514  1e-144  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00347128  unclonable  0.00000000087404 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3296  lysyl-tRNA synthetase  51.7 
 
 		 505 aa  512  1e-144  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02722  lysine tRNA synthetase, constitutive  51.09 
 
 		 505 aa  510  1e-143  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.639926  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0802  lysyl-tRNA synthetase  51.09 
 
 		 505 aa  510  1e-143  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000973431  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3308  lysyl-tRNA synthetase  50.79 
 
 		 505 aa  510  1e-143  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02685  hypothetical protein  51.09 
 
 		 505 aa  510  1e-143  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.803561  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3023  lysyl-tRNA synthetase  51.09 
 
 		 505 aa  510  1e-143  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2415  lysyl-tRNA synthetase  51.72 
 
 		 504 aa  510  1e-143  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0221722 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0819  lysyl-tRNA synthetase  51.09 
 
 		 505 aa  510  1e-143  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0131  lysyl-tRNA synthetase  50.51 
 
 		 490 aa  510  1e-143  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  unclonable  0.0000000275305  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3049  lysyl-tRNA synthetase  51.09 
 
 		 505 aa  510  1e-143  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3216  lysyl-tRNA synthetase  51.09 
 
 		 505 aa  510  1e-143  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3014  lysyl-tRNA synthetase  51.84 
 
 		 503 aa  509  1e-143  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.270584  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3309  lysyl-tRNA synthetase  51.09 
 
 		 505 aa  510  1e-143  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.97294  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4180  lysyl-tRNA synthetase  50.89 
 
 		 505 aa  509  1e-143  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1118  lysyl-tRNA synthetase  50.98 
 
 		 505 aa  508  9.999999999999999e-143  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0422  lysyl-tRNA synthetase  51.95 
 
 		 511 aa  507  9.999999999999999e-143  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0726  lysyl-tRNA synthetase  50.79 
 
 		 507 aa  508  9.999999999999999e-143  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0406  lysyl-tRNA synthetase  52.15 
 
 		 495 aa  505  9.999999999999999e-143  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.751997  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3274  lysyl-tRNA synthetase  50.59 
 
 		 505 aa  504  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0110  lysyl-tRNA synthetase  50.2 
 
 		 502 aa  502  1e-141  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.296046 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3196  lysyl-tRNA synthetase  50.59 
 
 		 505 aa  504  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.442927  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0836  lysyl-tRNA synthetase  50.93 
 
 		 500 aa  502  1e-141  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2234  lysyl-tRNA synthetase  52.37 
 
 		 504 aa  502  1e-141  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3208  lysyl-tRNA synthetase  50.59 
 
 		 505 aa  504  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.563866 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0856  lysyl-tRNA synthetase  50.8 
 
 		 573 aa  504  1e-141  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3271  lysyl-tRNA synthetase  50.59 
 
 		 505 aa  504  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3424  lysyl-tRNA synthetase  49.8 
 
 		 492 aa  503  1e-141  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0836  lysyl-tRNA synthetase  50.2 
 
 		 492 aa  504  1e-141  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000359337  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3240  lysyl-tRNA synthetase  50.61 
 
 		 494 aa  502  1e-141  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000008657  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3376  lysyl-tRNA synthetase  50.59 
 
 		 505 aa  504  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0883  lysyl-tRNA synthetase  50.4 
 
 		 573 aa  501  1e-141  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.158887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2848  lysyl-tRNA synthetase  51.8 
 
 		 501 aa  499  1e-140  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.266623 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0893  lysyl-tRNA synthetase, class-2  51.02 
 
 		 501 aa  501  1e-140  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0865  lysyl-tRNA synthetase  50.3 
 
 		 505 aa  500  1e-140  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3888  lysyl-tRNA synthetase  50.1 
 
 		 505 aa  495  1e-139  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0797  lysyl-tRNA synthetase  51.19 
 
 		 509 aa  498  1e-139  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0164991 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1804  lysyl-tRNA synthetase  51.12 
 
 		 499 aa  496  1e-139  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0190  lysyl-tRNA synthetase (class II)  51.22 
 
 		 496 aa  495  1e-139  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1034  lysyl-tRNA synthetase  50.61 
 
 		 496 aa  496  1e-139  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1028  lysyl-tRNA synthetase  50.4 
 
 		 510 aa  492  9.999999999999999e-139  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.296051  normal  0.894371 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0958  lysyl-tRNA synthetase  50.29 
 
 		 514 aa  494  9.999999999999999e-139  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0760523 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1152  lysyl-tRNA synthetase  51.1 
 
 		 508 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.562013  normal  0.115463 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0893  lysyl-tRNA synthetase  50.29 
 
 		 514 aa  493  9.999999999999999e-139  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.246749  normal  0.0933962 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2136  lysyl-tRNA synthetase  49.8 
 
 		 508 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.251549 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>