More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_3522 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_3522  DNA primase  100 
 
 
596 aa  1231  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.884792  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0896  DNA primase  39.96 
 
 
600 aa  425  1e-117  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1313  DNA primase  42.11 
 
 
595 aa  399  1e-110  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000743307  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0540  DNA primase  36.73 
 
 
604 aa  385  1e-105  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00398394  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12410  DNA primase  36.71 
 
 
599 aa  356  8e-97  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.936355  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4217  DNA primase  41.92 
 
 
614 aa  342  9e-93  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  7.25747e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0712  DNA primase  36.97 
 
 
617 aa  342  1e-92  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0826  DNA primase  39.95 
 
 
598 aa  335  1e-90  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  1.25124e-06  decreased coverage  1.52163e-21 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4410  DNA primase  39.95 
 
 
598 aa  335  1e-90  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000156307  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2463  Fis family transcriptional regulator  32.59 
 
 
604 aa  335  2e-90  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4195  DNA primase  39.72 
 
 
598 aa  333  4e-90  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0980784  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4145  DNA primase  39.77 
 
 
600 aa  333  4e-90  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00903359  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4516  DNA primase  39.72 
 
 
598 aa  333  4e-90  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00440133  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4427  DNA primase  39.72 
 
 
598 aa  333  5e-90  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  9.94887e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4043  DNA primase  39.72 
 
 
598 aa  333  5e-90  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4315  DNA primase  39.72 
 
 
598 aa  333  5e-90  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.07467e-58 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4374  DNA primase  39.72 
 
 
571 aa  333  7e-90  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  2.15576e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4033  DNA primase  39.72 
 
 
598 aa  332  2e-89  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0023967  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3020  DNA primase  34.52 
 
 
598 aa  331  3e-89  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0245497  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2415  DNA primase  35 
 
 
601 aa  330  3e-89  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000695065  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0623  DNA primase  40.09 
 
 
605 aa  327  5e-88  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721035  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1136  DNA primase  39.05 
 
 
544 aa  326  1e-87  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  1.06361e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1034  DNA primase  34.65 
 
 
598 aa  322  1e-86  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0394  DNA primase  32.61 
 
 
588 aa  320  5e-86  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2265  DNA primase  36.59 
 
 
595 aa  320  6e-86  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0225159  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1976  DNA primase  42.19 
 
 
595 aa  319  1e-85  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00122543  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0977  DNA primase  35.48 
 
 
619 aa  318  2e-85  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2153  DNA primase  38 
 
 
613 aa  316  9e-85  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3090  DNA primase  32.33 
 
 
587 aa  315  1e-84  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3695  DNA primase  32.78 
 
 
583 aa  315  1e-84  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4048  DNA primase  33.64 
 
 
587 aa  314  4e-84  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.211802  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0313  DNA primase  35.65 
 
 
578 aa  311  3e-83  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000166585 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3790  DNA primase  31.67 
 
 
582 aa  309  9e-83  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1727  DNA primase  34.52 
 
 
611 aa  305  1e-81  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0491  DNA primase  34.89 
 
 
599 aa  301  2e-80  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.34781  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4297  DNA primase  37.2 
 
 
640 aa  301  3e-80  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.624136  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2993  DNA primase  41.81 
 
 
571 aa  301  3e-80  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1128  DNA primase  32.52 
 
 
598 aa  300  4e-80  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0012752  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2561  DNA primase  39.13 
 
 
598 aa  300  5e-80  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00296311 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3096  DNA primase  40.52 
 
 
660 aa  299  1e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0742  DNA primase  36.28 
 
 
621 aa  298  1e-79  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00012137  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1345  DNA primase  34.53 
 
 
595 aa  298  3e-79  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5107  DNA primase  42.04 
 
 
634 aa  297  4e-79  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1605  DNA primase  39.59 
 
 
676 aa  297  5e-79  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1316  DNA primase  39.53 
 
 
577 aa  296  5e-79  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.241058  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1978  DNA primase  31.77 
 
 
601 aa  296  8e-79  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2282  DNA primase  38.93 
 
 
578 aa  296  8e-79  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2679  DNA primase  35.87 
 
 
604 aa  295  1e-78  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2517  DNA primase  32.75 
 
 
617 aa  295  2e-78  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.986794  normal  0.570872 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2309  DNA primase  32.67 
 
 
577 aa  295  2e-78  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1508  DNA primase, DNAG  38.55 
 
 
593 aa  294  3e-78  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.083335  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3488  DNA primase  40.05 
 
 
584 aa  293  4e-78  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00314359  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3037  DNA primase  32.61 
 
 
599 aa  294  4e-78  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.735679 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1114  DNA primase  37.26 
 
 
606 aa  293  5e-78  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  1.52449e-08  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6451  DNA primase  37.35 
 
 
662 aa  293  6e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.6099  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0586  DNA primase  39.11 
 
 
632 aa  293  7e-78  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.284459  normal  0.746825 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1073  DNA primase  40.73 
 
 
573 aa  292  1e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.096623  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1214  DNA primase  36.41 
 
 
626 aa  291  2e-77  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.008506  normal  0.015083 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3790  DNA primase  39.76 
 
 
640 aa  290  3e-77  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0959  DNA primase  42.4 
 
 
576 aa  290  5e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  9.4448e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0602  DNA primase  35.03 
 
 
636 aa  289  8e-77  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0554  DNA primase  39.07 
 
 
582 aa  288  1e-76  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  3.22663e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0635  DNA primase  39.07 
 
 
582 aa  288  1e-76  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  9.55759e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1699  DNA primase  38.11 
 
 
645 aa  289  1e-76  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4814  DNA primase  38.78 
 
 
636 aa  288  1e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0631  DNA primase  37.13 
 
 
630 aa  289  1e-76  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0302  DNA primase  39.07 
 
 
582 aa  288  1e-76  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  1.95537e-10  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2203  DNA primase  39.5 
 
 
625 aa  289  1e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.198077  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0549  DNA primase  39.28 
 
 
584 aa  288  2e-76  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00237945  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1154  DNA primase  42.4 
 
 
575 aa  288  2e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000263916  normal  0.0506591 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3050  DNA primase  31.85 
 
 
584 aa  288  3e-76  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.233907  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3369  DNA primase  39.28 
 
 
584 aa  287  3e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000957959  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1964  DNA primase  38.26 
 
 
632 aa  287  5e-76  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.985881  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0997  DNA primase  42.4 
 
 
601 aa  286  6e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.941593  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0432  DNA primase  40.15 
 
 
560 aa  286  6e-76  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.728386  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0975  DNA primase  37.59 
 
 
613 aa  286  9e-76  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0717  DNA primase  41.21 
 
 
656 aa  286  9e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.261682  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2833  DNA primase  38.99 
 
 
574 aa  285  1e-75  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0310817  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3686  DNA primase  39.34 
 
 
636 aa  285  2e-75  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5148  DNA primase  40.26 
 
 
655 aa  285  2e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.932917 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0538  DNA primase  40 
 
 
652 aa  285  2e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4640  DNA primase  40.21 
 
 
651 aa  285  2e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.625681 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1295  DNA primase  39.34 
 
 
686 aa  285  2e-75  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.830099  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2421  DNA primase  43.31 
 
 
603 aa  284  3e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2995  DNA primase  38.53 
 
 
575 aa  284  3e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0193814  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2028  DNA primase  43.31 
 
 
603 aa  283  6e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0784  DNA primase  38.5 
 
 
584 aa  283  6e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00105379  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1620  DNA primase  30.77 
 
 
605 aa  283  7e-75  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0393306  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1654  DNA primase  30.77 
 
 
605 aa  283  7e-75  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.000285307  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1407  DNA primase  42.78 
 
 
674 aa  283  8e-75  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0735  DNA primase  37.5 
 
 
675 aa  283  8e-75  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.898255 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5044  DNA primase  42.24 
 
 
677 aa  283  8e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.764772  normal  0.79995 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1783  DNA primase  36.21 
 
 
553 aa  282  1e-74  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.461465  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0548  DNA primase  37.15 
 
 
660 aa  282  1e-74  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.00859761  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4299  DNA primase  39.07 
 
 
582 aa  282  1e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.136989  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3256  DNA primase  38.6 
 
 
622 aa  282  1e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0530643 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0394  DNA primase  36.21 
 
 
572 aa  282  1e-74  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1763  DNA primase  42.56 
 
 
659 aa  281  2e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.586276  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1286  DNA primase  38.07 
 
 
574 aa  281  2e-74  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0419  DNA primase  40 
 
 
660 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26647  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>