More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_3459 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_3459  DNA repair protein RadA  100 
 
 		 452 aa  927    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.261832  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1786  DNA repair protein RadA  54.85 
 
 		 454 aa  517  1.0000000000000001e-145  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000301687  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0422  DNA repair protein RadA  55.36 
 
 		 448 aa  508  1e-143  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00757431  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0836  DNA repair protein RadA  54.53 
 
 		 457 aa  506  9.999999999999999e-143  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0984957  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0103  DNA repair protein RadA  55.73 
 
 		 458 aa  506  9.999999999999999e-143  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00530334  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0082  DNA repair protein RadA  55.29 
 
 		 458 aa  503  1e-141  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0082  DNA repair protein RadA  55.29 
 
 		 458 aa  503  1e-141  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0079  DNA repair protein RadA  55.29 
 
 		 458 aa  503  1e-141  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0078  DNA repair protein RadA  55.07 
 
 		 458 aa  501  1e-141  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0081  DNA repair protein RadA  55.29 
 
 		 458 aa  503  1e-141  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0092  DNA repair protein RadA  55.29 
 
 		 458 aa  503  1e-141  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.92971e-61 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0077  DNA repair protein RadA  55.07 
 
 		 458 aa  502  1e-141  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5223  DNA repair protein RadA  55.07 
 
 		 458 aa  503  1e-141  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00190969  unclonable  1.94383e-25 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0112  DNA repair protein RadA  55.29 
 
 		 458 aa  503  1e-141  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.328977  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0130  DNA repair protein RadA  55.08 
 
 		 453 aa  499  1e-140  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000766532  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0077  DNA repair protein RadA  55.07 
 
 		 458 aa  500  1e-140  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0400  DNA repair protein RadA  56.32 
 
 		 450 aa  500  1e-140  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000197198  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0080  DNA repair protein RadA  55.85 
 
 		 484 aa  491  9.999999999999999e-139  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0084  DNA repair protein RadA  54.19 
 
 		 457 aa  490  1e-137  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.391084  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0562  DNA repair protein RadA  54.79 
 
 		 454 aa  486  1e-136  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0548  DNA repair protein RadA  54.79 
 
 		 454 aa  486  1e-136  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2764  DNA repair protein RadA  54.28 
 
 		 460 aa  486  1e-136  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000385269  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0182  DNA repair protein RadA  54.16 
 
 		 449 aa  486  1e-136  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0166  DNA repair protein RadA  54.2 
 
 		 457 aa  484  1e-135  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0373  DNA repair protein RadA  53.35 
 
 		 452 aa  475  1e-133  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0711643  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0256  DNA repair protein RadA  53.18 
 
 		 457 aa  474  1e-132  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00319082  normal  0.307702 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2739  DNA repair protein RadA  50.67 
 
 		 448 aa  474  1e-132  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1707  DNA repair protein RadA  52.32 
 
 		 453 aa  473  1e-132  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0112208  normal  0.59861 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0285  DNA repair protein RadA  52.56 
 
 		 450 aa  471  1.0000000000000001e-131  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0463822  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0390  DNA repair protein RadA  53.44 
 
 		 449 aa  468  9.999999999999999e-131  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0198908  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0110  DNA repair protein RadA  52.42 
 
 		 454 aa  463  1e-129  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.242522  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3455  DNA repair protein RadA  53.07 
 
 		 462 aa  464  1e-129  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3277  DNA repair protein RadA  51 
 
 		 449 aa  459  9.999999999999999e-129  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.142573  normal  0.6246 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2490  DNA repair protein RadA  52.82 
 
 		 489 aa  459  9.999999999999999e-129  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.858464  normal  0.0874227 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2341  DNA repair protein RadA  48.9 
 
 		 453 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0301  DNA repair protein RadA  50.66 
 
 		 457 aa  457  1e-127  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3606  DNA repair protein RadA  52.88 
 
 		 462 aa  455  1e-127  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0318  DNA repair protein RadA  49.02 
 
 		 470 aa  452  1.0000000000000001e-126  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00880  DNA repair protein RadA  50 
 
 		 451 aa  449  1e-125  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.00000000000000121912  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2743  DNA repair protein RadA  50.56 
 
 		 453 aa  450  1e-125  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2361  DNA repair protein RadA  51.77 
 
 		 453 aa  450  1e-125  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3538  DNA repair protein RadA  52.88 
 
 		 462 aa  445  1.0000000000000001e-124  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0125  DNA repair protein RadA  47.28 
 
 		 458 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2430  DNA repair protein RadA  50.11 
 
 		 453 aa  448  1.0000000000000001e-124  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0182  DNA repair protein RadA  51.12 
 
 		 445 aa  444  1e-123  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.28154  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0336  DNA repair protein RadA  50.66 
 
 		 459 aa  444  1e-123  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000102144 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1987  DNA repair protein RadA  49.66 
 
 		 453 aa  440  9.999999999999999e-123  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.355792 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2065  DNA repair protein RadA  49.44 
 
 		 446 aa  441  9.999999999999999e-123  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0567358  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3565  DNA repair protein RadA  53.41 
 
 		 471 aa  441  9.999999999999999e-123  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.946618  normal  0.041039 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0878  DNA repair protein RadA  48.91 
 
 		 457 aa  440  9.999999999999999e-123  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4772  DNA repair protein RadA  48.01 
 
 		 457 aa  436  1e-121  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000283378 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3614  DNA repair protein RadA  47.23 
 
 		 455 aa  435  1e-121  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.356128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2366  DNA repair protein RadA  47.75 
 
 		 451 aa  435  1e-121  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.000000262714  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2303  DNA repair protein RadA  46.2 
 
 		 514 aa  432  1e-120  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2354  DNA repair protein RadA  46.2 
 
 		 514 aa  432  1e-120  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.561638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4206  DNA repair protein RadA  45.57 
 
 		 520 aa  432  1e-120  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0841  DNA repair protein RadA  49.24 
 
 		 457 aa  432  1e-120  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1385  DNA repair protein RadA  46.53 
 
 		 447 aa  430  1e-119  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.674348  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0184  DNA repair protein RadA  47.86 
 
 		 476 aa  431  1e-119  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00274159  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4885  DNA repair protein RadA  50.11 
 
 		 455 aa  431  1e-119  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5249  DNA repair protein RadA  49.23 
 
 		 453 aa  427  1e-118  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4644  DNA repair protein RadA  49.12 
 
 		 456 aa  425  1e-118  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.592741 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2440  DNA repair protein RadA  49.18 
 
 		 452 aa  427  1e-118  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.526497  hitchhiker  0.000264442 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4640  DNA repair protein RadA  48.9 
 
 		 455 aa  426  1e-118  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2817  DNA repair protein RadA  49.18 
 
 		 452 aa  427  1e-118  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4275  DNA repair protein RadA  49.01 
 
 		 455 aa  426  1e-118  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.783093  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4506  DNA repair protein RadA  49.12 
 
 		 456 aa  425  1e-118  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1877  DNA repair protein RadA  45.74 
 
 		 507 aa  425  1e-118  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.647793 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0506  DNA repair protein RadA  47.07 
 
 		 461 aa  425  1e-118  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.382346  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0575  DNA repair protein RadA  46.55 
 
 		 451 aa  426  1e-118  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0729  DNA repair protein RadA  48.96 
 
 		 467 aa  426  1e-118  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.634843 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01540  DNA repair protein RadA  48.28 
 
 		 464 aa  427  1e-118  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.850923  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1582  DNA repair protein RadA  46.55 
 
 		 451 aa  426  1e-118  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000655938  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0756  DNA repair protein RadA  49.13 
 
 		 453 aa  426  1e-118  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4638  DNA repair protein RadA  49.12 
 
 		 456 aa  425  1e-118  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.854791  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0589  DNA repair protein RadA  48.21 
 
 		 451 aa  428  1e-118  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.268839  hitchhiker  1.37134e-16 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60990  DNA repair protein RadA  49.23 
 
 		 453 aa  426  1e-118  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0263  DNA repair protein RadA  49.77 
 
 		 452 aa  427  1e-118  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.992448  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0058  DNA repair protein RadA  47.66 
 
 		 462 aa  422  1e-117  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0158  DNA repair protein RadA  48.02 
 
 		 456 aa  423  1e-117  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00234882  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_58  DNA repair protein RadA  47.66 
 
 		 462 aa  424  1e-117  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3255  DNA repair protein RadA  46.37 
 
 		 465 aa  423  1e-117  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0794  DNA repair protein RadA  49.01 
 
 		 477 aa  422  1e-117  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3182  DNA repair protein RadA  47.93 
 
 		 465 aa  424  1e-117  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.540345 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0423  DNA repair protein RadA  48.34 
 
 		 448 aa  424  1e-117  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2274  DNA repair protein RadA  47.23 
 
 		 450 aa  420  1e-116  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2458  DNA repair protein RadA  46.21 
 
 		 450 aa  421  1e-116  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0225  DNA repair protein RadA  46.05 
 
 		 456 aa  421  1e-116  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0251  DNA repair protein RadA  45 
 
 		 462 aa  418  1e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.336717  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0498  DNA repair protein RadA  48.28 
 
 		 446 aa  421  1e-116  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.572608  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0828  DNA repair protein RadA  45.37 
 
 		 453 aa  416  9.999999999999999e-116  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2246  DNA repair protein RadA  46.65 
 
 		 450 aa  415  9.999999999999999e-116  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002636  DNA repair protein RadA  46.52 
 
 		 459 aa  416  9.999999999999999e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00949545  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1507  DNA repair protein RadA  48.49 
 
 		 466 aa  417  9.999999999999999e-116  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1348  DNA repair protein RadA  48.87 
 
 		 460 aa  417  9.999999999999999e-116  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1712  DNA repair protein RadA  50.59 
 
 		 455 aa  416  9.999999999999999e-116  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.136365  normal  0.743682 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0052  DNA repair protein RadA  47.78 
 
 		 464 aa  414  1e-114  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.980062  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41070  DNA repair protein RadA  48.34 
 
 		 453 aa  414  1e-114  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.51547  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03370  DNA repair protein RadA  46.3 
 
 		 459 aa  413  1e-114  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1145  DNA repair protein RadA  47.36 
 
 		 458 aa  414  1e-114  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>