More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_3420 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_3420  ROK family protein  100 
 
 
381 aa  767    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000111395  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2629  ROK family protein  35.45 
 
 
409 aa  217  2.9999999999999998e-55  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2208  xylose repressor  33.61 
 
 
364 aa  194  2e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.308125  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0217  ROK family protein  33.16 
 
 
395 aa  185  1.0000000000000001e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0752  ROK family protein  32.32 
 
 
408 aa  181  2.9999999999999997e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000087715  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4041  ROK family protein  29.38 
 
 
390 aa  180  2.9999999999999997e-44  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.787367  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2517  xylose repressor  34.58 
 
 
369 aa  180  4e-44  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0778227  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0032  ROK family protein  34.58 
 
 
369 aa  180  4e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0032  ROK family protein  34.58 
 
 
369 aa  180  4e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19540  ROK family protein  29.46 
 
 
391 aa  178  1e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2304  ROK family protein  31.09 
 
 
399 aa  170  3e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2357  ROK family protein  29.95 
 
 
397 aa  161  2e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1684  ROK family protein  29.92 
 
 
400 aa  155  1e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00770  ROK family protein  30.71 
 
 
378 aa  153  5e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000483979  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0617  ROK family protein  33.76 
 
 
399 aa  153  5.9999999999999996e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20690  ROK family protein  30.23 
 
 
383 aa  151  2e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0129  transcriptional regulator/sugar kinase, xylose operon regulator  29.02 
 
 
389 aa  148  2.0000000000000003e-34  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2656  ROK family protein  28.9 
 
 
418 aa  147  3e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2407  ROK family protein  27.75 
 
 
403 aa  147  3e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.200641  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4247  ROK family protein  27.91 
 
 
408 aa  142  7e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.120914  normal  0.401593 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2486  ROK family protein  28.44 
 
 
417 aa  142  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0477  ROK family protein  30.38 
 
 
405 aa  142  9.999999999999999e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.514713  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4562  ROK family protein  29.28 
 
 
414 aa  140  3e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22750  ROK family protein  26.4 
 
 
396 aa  140  3.9999999999999997e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0116  ROK family protein  26.55 
 
 
398 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1794  ROK family protein  26.53 
 
 
382 aa  137  4e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00140797  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0169  ROK family protein  25.87 
 
 
397 aa  136  5e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.951139  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0159  ROK family protein  30.05 
 
 
400 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0509  ROK family protein  27.03 
 
 
363 aa  133  3.9999999999999996e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0922541  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3727  transcriptional repressor of the xylose operon  25 
 
 
397 aa  132  1.0000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00469917  normal  0.342647 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3430  ROK family protein  24.24 
 
 
399 aa  129  8.000000000000001e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10150  transcriptional regulator/sugar kinase  25.94 
 
 
429 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.484549  normal  0.536351 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1215  ROK family protein  28.12 
 
 
393 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1809  ROK family protein  29.23 
 
 
396 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2653  ROK family protein  25.28 
 
 
405 aa  127  5e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.296978  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1593  ROK family transcriptional regulator  27.61 
 
 
405 aa  126  5e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2491  ROK family protein  27.18 
 
 
396 aa  125  1e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.831106  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0837  ROK family protein  28.84 
 
 
378 aa  124  3e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4743  ROK family protein  25.73 
 
 
395 aa  124  3e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2328  ROK family protein  24.03 
 
 
404 aa  124  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0550455  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0488  ROK family protein  27.37 
 
 
408 aa  124  4e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0318886  normal  0.538791 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02870  hypothetical protein  26.74 
 
 
434 aa  124  4e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1089  ROK family protein  24.81 
 
 
396 aa  122  7e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1182  ROK family protein  25.88 
 
 
386 aa  123  7e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5021  ROK family protein  25.75 
 
 
387 aa  122  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3539  transcriptional repressor of the xylose operon  26.15 
 
 
395 aa  122  9.999999999999999e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.689033  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2999  ROK family protein  25.6 
 
 
408 aa  121  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.609089  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01680  transcriptional regulator/sugar kinase  28.45 
 
 
392 aa  122  1.9999999999999998e-26  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5341  ROK family protein  26.49 
 
 
404 aa  121  1.9999999999999998e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1760  ROK family protein  27.37 
 
 
425 aa  121  1.9999999999999998e-26  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.533551  normal  0.0181472 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0336  N-acetylglucosamine repressor  25.6 
 
 
408 aa  120  3e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0129193  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003012  Mlc transcriptional repressor of MalT (the transcriptional activator of maltose regulon) and manXYZ operon  27.32 
 
 
405 aa  121  3e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2911  N-acetylglucosamine repressor  25.6 
 
 
408 aa  120  3e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0186288  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1669  ROK family protein  25.53 
 
 
363 aa  120  3e-26  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.178321  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2298  ROK family protein  27.81 
 
 
391 aa  120  3e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.193884  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3295  ROK family protein  27.97 
 
 
428 aa  120  3.9999999999999996e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3037  ROK family protein  27.81 
 
 
381 aa  120  3.9999999999999996e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00862886  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1304  ROK family protein  28.12 
 
 
393 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.445462  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2075  ROK family protein  27.87 
 
 
328 aa  120  4.9999999999999996e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214155  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27730  transcriptional regulator/sugar kinase  23.5 
 
 
410 aa  119  6e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.514205 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004130  N-acetylglucosamine-6P-responsive transcriptional repressor NagC ROK family  26.22 
 
 
404 aa  119  6e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1294  transcriptional repressor of the xylose operon  27.46 
 
 
401 aa  119  9.999999999999999e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0421  ROK  25.45 
 
 
410 aa  119  9.999999999999999e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0799462 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0286  ROK family protein  27.44 
 
 
402 aa  119  9.999999999999999e-26  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.162895  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0580  ROK family protein  26.04 
 
 
410 aa  119  9.999999999999999e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0256  ROK family protein  26.55 
 
 
393 aa  118  1.9999999999999998e-25  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0225  ROK family protein  29.01 
 
 
398 aa  118  1.9999999999999998e-25  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.10258  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3173  ROK domain-containing protein  25.77 
 
 
435 aa  117  3e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.66636  normal  0.682387 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4652  ROK family protein  23.06 
 
 
422 aa  117  3e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.219121  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5676  ROK family protein  26.49 
 
 
400 aa  117  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0716593  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0352  ROK family protein  29.66 
 
 
391 aa  117  3e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22700  transcriptional regulator/sugar kinase  26 
 
 
413 aa  117  3.9999999999999997e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3264  ROK family protein  24.74 
 
 
387 aa  117  3.9999999999999997e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.198191  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1263  ROK family protein  34.56 
 
 
303 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000116273  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2512  ROK family protein  23.16 
 
 
401 aa  117  5e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3115  ROK domain-containing protein  25.07 
 
 
442 aa  117  5e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.603125  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0581  protein mlc (making large colonies protein)  26.42 
 
 
416 aa  116  6e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.960707  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7617  transcriptional regulator, ROK family  26.92 
 
 
408 aa  116  6e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.451753  normal  0.286241 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01334  transcriptional regulator  24.42 
 
 
404 aa  116  6e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5104  ROK family protein  25.06 
 
 
404 aa  116  6e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.288839  normal  0.92903 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6619  ROK family protein  26.85 
 
 
400 aa  116  6.9999999999999995e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.326282  normal  0.212393 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0390  ROK domain-containing protein  26.88 
 
 
404 aa  116  6.9999999999999995e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0206  NagC family transcriptional regulator  25.21 
 
 
404 aa  116  6.9999999999999995e-25  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.520067  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0260  ROK family protein  25.94 
 
 
404 aa  116  7.999999999999999e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4867  ROK family protein  24.14 
 
 
389 aa  116  7.999999999999999e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2190  ROK family protein  25.94 
 
 
374 aa  115  1.0000000000000001e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6738  ROK family protein  28.57 
 
 
413 aa  115  1.0000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.193033 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00633  DNA-binding transcriptional dual regulator, repressor of N-acetylglucosamine  26.03 
 
 
406 aa  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00296536  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2961  ROK familiy protein  26.03 
 
 
406 aa  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00551957  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0767  N-acetylglucosamine repressor  26.03 
 
 
406 aa  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000547022  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2980  ROK family protein  26.03 
 
 
406 aa  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00049785  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4416  ROK family protein  23.2 
 
 
396 aa  114  2.0000000000000002e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1923  putative transcriptional repressor protein  24.54 
 
 
389 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.585113  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00624  hypothetical protein  26.03 
 
 
406 aa  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00267666  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4286  ROK family protein  24.12 
 
 
402 aa  115  2.0000000000000002e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.333911  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0180  ROK family protein  26.21 
 
 
404 aa  115  2.0000000000000002e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0575  N-acetylglucosamine repressor  26.03 
 
 
406 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.20725  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0720  N-acetylglucosamine repressor  26.03 
 
 
406 aa  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00253244  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0696  N-acetylglucosamine repressor  26.03 
 
 
406 aa  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00225291  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0701  N-acetylglucosamine repressor  26.03 
 
 
406 aa  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000639309  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>