More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_3409 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_3409  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 451 aa  928    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000000553575  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0200  extracellular solute-binding protein family 1  33.55 
 
 		 441 aa  153  7e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2659  extracellular solute-binding protein family 1  31 
 
 		 495 aa  145  1e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0361435  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4017  extracellular solute-binding protein  29.87 
 
 		 435 aa  142  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2716  extracellular solute-binding protein family 1  29.75 
 
 		 441 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2719  extracellular solute-binding protein family 1  30.61 
 
 		 434 aa  133  6e-30  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.233137 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3251  extracellular solute-binding protein family 1  26.82 
 
 		 427 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.829082  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2345  extracellular solute-binding protein family 1  27.41 
 
 		 424 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.822896  normal  0.413258 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2404  extracellular solute-binding protein family 1  28.11 
 
 		 424 aa  122  9.999999999999999e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000132449  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0944  extracellular solute-binding protein  29.59 
 
 		 422 aa  120  3.9999999999999996e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.544942  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0614  extracellular solute-binding protein family 1  24.46 
 
 		 435 aa  120  6e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2762  extracellular solute-binding protein  30.41 
 
 		 431 aa  119  9e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0998  extracellular solute-binding protein family 1  27.1 
 
 		 451 aa  119  9.999999999999999e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1025  extracellular solute-binding protein family 1  28.03 
 
 		 444 aa  118  1.9999999999999998e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00000399953  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2754  extracellular solute-binding protein family 1  27.76 
 
 		 443 aa  118  1.9999999999999998e-25  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1619  putative sugar-binding lipoprotein  30.25 
 
 		 434 aa  117  3e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.195944  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2072  extracellular solute-binding protein family 1  29.22 
 
 		 431 aa  117  6e-25  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  0.0000000238529  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2950  extracellular solute-binding protein  28.52 
 
 		 435 aa  116  1.0000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.110397  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2049  extracellular solute-binding protein  26.56 
 
 		 435 aa  115  2.0000000000000002e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11540  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  28.14 
 
 		 428 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0159385 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1685  extracellular solute-binding protein family 1  28.52 
 
 		 434 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1291  extracellular solute-binding protein family 1  28.97 
 
 		 470 aa  114  4.0000000000000004e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1866  extracellular solute-binding protein family 1  28.48 
 
 		 434 aa  113  7.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1126  extracellular solute-binding protein family 1  27.2 
 
 		 433 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.162135  hitchhiker  0.000581091 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0477  extracellular solute-binding protein family 1  28.4 
 
 		 432 aa  111  3e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.838392  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0996  extracellular solute-binding protein family 1  24.27 
 
 		 455 aa  109  9.000000000000001e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1874  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  27.65 
 
 		 427 aa  109  9.000000000000001e-23  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0756635  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1133  extracellular solute-binding protein family 1  28.43 
 
 		 451 aa  107  3e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23430  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  29.63 
 
 		 435 aa  107  5e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.969599  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1529  extracellular solute-binding protein  28.23 
 
 		 439 aa  107  5e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3587  extracellular solute-binding protein family 1  28 
 
 		 441 aa  105  1e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.935518  normal  0.988969 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2696  extracellular solute-binding protein  25.74 
 
 		 420 aa  105  2e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.240659  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3985  putative ABC sugar transporter (substrate binding protein)  28.86 
 
 		 419 aa  105  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0238  extracellular solute-binding protein family 1  24.13 
 
 		 423 aa  103  7e-21  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3054  extracellular solute-binding protein family 1  27.08 
 
 		 429 aa  103  8e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0183103 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4880  extracellular solute-binding protein  27.59 
 
 		 412 aa  102  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3285  extracellular solute-binding protein  27.59 
 
 		 412 aa  102  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01550  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  28.86 
 
 		 438 aa  99  1e-19  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6024  extracellular solute-binding protein  27.37 
 
 		 412 aa  98.6  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6324  extracellular solute-binding protein  27.37 
 
 		 412 aa  97.8  3e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0598  extracellular solute-binding protein family 1  24.57 
 
 		 446 aa  97.4  4e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.764573  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1184  ABC transporter, substrate-binding protein  23.31 
 
 		 413 aa  94  5e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.186568  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2818  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  23.31 
 
 		 399 aa  94  5e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4586  extracellular solute-binding protein family 1  24.35 
 
 		 417 aa  92.4  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.947174 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3339  Maltose-binding periplasmic protein/domains- like protein  27.18 
 
 		 431 aa  92.4  1e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.202326 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0185  extracellular solute-binding protein family 1  26.69 
 
 		 436 aa  92  2e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.515223  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13140  extracellular solute-binding protein family 1  23.73 
 
 		 424 aa  91.7  3e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3052  extracellular solute-binding protein family 1  27.05 
 
 		 427 aa  91.3  3e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.854825  normal  0.208902 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5736  ABC transporter, substrate-binding protein  24.67 
 
 		 410 aa  91.7  3e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.214535  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2502  extracellular solute-binding protein family 1  23.27 
 
 		 493 aa  90.5  6e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5487  extracellular solute-binding protein  26.53 
 
 		 419 aa  89  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000866815 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27700  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  22.74 
 
 		 426 aa  89.4  1e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2652  extracellular solute-binding protein family 1  25.82 
 
 		 424 aa  89.4  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.142803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0621  extracellular solute-binding protein  28.51 
 
 		 427 aa  88.6  2e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.178997  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4932  extracellular solute-binding protein  26.53 
 
 		 419 aa  89  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0556288 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5201  extracellular solute-binding protein  25.97 
 
 		 420 aa  87.8  3e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5658  extracellular solute-binding protein  25.97 
 
 		 420 aa  87.8  3e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0866592  normal  0.356633 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1136  extracellular solute-binding protein family 1  23.76 
 
 		 431 aa  88.2  3e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4577  extracellular solute-binding protein  25.97 
 
 		 419 aa  88.2  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00216886 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3651  hypothetical protein  25.4 
 
 		 437 aa  87.4  4e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.943877  normal  0.0762923 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3196  extracellular solute-binding protein  25.71 
 
 		 419 aa  87  6e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.461238  normal  0.154514 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4988  extracellular solute-binding protein  26.72 
 
 		 414 aa  86.3  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.601947  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2327  extracellular solute-binding protein family 1  25.16 
 
 		 424 aa  85.9  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.169538  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3941  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  26.01 
 
 		 436 aa  84.7  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.487085  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4936  extracellular solute-binding protein family 1  25.07 
 
 		 463 aa  84.7  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.105521 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3860  extracellular solute-binding protein family 1  25.07 
 
 		 463 aa  84.7  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.952749  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2351  extracellular solute-binding protein  23.99 
 
 		 421 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.576024  normal  0.167209 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2571  extracellular solute-binding protein  25.54 
 
 		 417 aa  82.4  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0296  hypothetical protein  26.28 
 
 		 439 aa  82.4  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1113  sugar ABC transporter, sugar-binding protein  23.31 
 
 		 419 aa  82.4  0.00000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0203061  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1588  extracellular solute-binding protein  25.63 
 
 		 452 aa  81.6  0.00000000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1999  extracellular solute-binding protein family 1  23.79 
 
 		 468 aa  81.6  0.00000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2391  extracellular solute-binding protein family 1  24.4 
 
 		 422 aa  80.9  0.00000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.436445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3317  extracellular solute-binding protein  25.06 
 
 		 492 aa  80.1  0.00000000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000142443  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7218  extracellular solute-binding protein  25.08 
 
 		 412 aa  80.1  0.00000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3304  extracellular solute-binding protein family 1  28.65 
 
 		 431 aa  79.7  0.0000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1941  extracellular solute-binding protein family 1  23.89 
 
 		 487 aa  79  0.0000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.948884  normal  0.342758 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3251  extracellular solute-binding protein family 1  24.45 
 
 		 428 aa  78.6  0.0000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.292164  normal  0.0559218 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5441  extracellular solute-binding protein family 1  24.76 
 
 		 452 aa  79  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1010  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  21.73 
 
 		 380 aa  78.2  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.283496  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2201  extracellular solute-binding protein  27.23 
 
 		 420 aa  77.8  0.0000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.455559  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4547  extracellular solute-binding protein  30.2 
 
 		 423 aa  77  0.0000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.909678  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0626  extracellular solute-binding protein  24.1 
 
 		 408 aa  76.6  0.0000000000007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000892518  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2308  extracellular solute-binding protein  24.12 
 
 		 440 aa  76.6  0.0000000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000253431  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3246  extracellular solute-binding protein family 1  25.26 
 
 		 443 aa  75.5  0.000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1301  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  27.15 
 
 		 441 aa  75.5  0.000000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3155  extracellular solute-binding protein family 1  27.1 
 
 		 434 aa  75.5  0.000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0476  ABC transporter, substrate-binding protein  25.07 
 
 		 427 aa  75.1  0.000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2008  ABC transporter extracellular solute-binding protein  24.21 
 
 		 408 aa  75.1  0.000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.247518  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01750  carbohydrate-binding protein  25.54 
 
 		 457 aa  75.5  0.000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.110954  normal  0.899537 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3573  extracellular solute-binding protein family 1  25.84 
 
 		 441 aa  75.9  0.000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.862573  normal  0.0197328 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1490  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  23.15 
 
 		 442 aa  74.7  0.000000000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.095095  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3483  extracellular solute-binding protein  22.86 
 
 		 417 aa  74.3  0.000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0059  extracellular solute-binding protein  23.62 
 
 		 439 aa  74.3  0.000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1727  extracellular solute-binding protein family 1  26.6 
 
 		 422 aa  73.9  0.000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6265  extracellular solute-binding protein family 1  22.77 
 
 		 443 aa  73.9  0.000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3815  extracellular solute-binding protein  23.38 
 
 		 440 aa  73.6  0.000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.725217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0090  extracellular solute-binding protein  26.14 
 
 		 441 aa  73.6  0.000000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.214251  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20520  extracellular solute-binding protein family 1  22.97 
 
 		 417 aa  73.2  0.000000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.561553  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1355  extracellular solute-binding protein  27.1 
 
 		 422 aa  73.6  0.000000000008  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.120515 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>