More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_3036 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_3036  ApbE family lipoprotein  100 
 
 
381 aa  776  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  4.31252e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0673  ApbE family lipoprotein  42.82 
 
 
345 aa  287  2e-76  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.38992  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2491  ApbE family protein  46.75 
 
 
342 aa  284  2e-75  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14840  ApbE family lipoprotein  39.22 
 
 
360 aa  275  9e-73  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.173743  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1504  ApbE family lipoprotein  42.9 
 
 
366 aa  249  6e-65  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00453066  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2813  ApbE family lipoprotein  36.84 
 
 
308 aa  228  2e-58  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  1.98345e-05  hitchhiker  0.00117663 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0561  ApbE-like lipoprotein  41.89 
 
 
348 aa  225  1e-57  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1499  ApbE family lipoprotein  35.34 
 
 
380 aa  223  6e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  1.52679e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2215  ApbE family lipoprotein  39.48 
 
 
330 aa  220  4e-56  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0332053  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00140  thiamine biosynthesis lipoprotein  36.69 
 
 
313 aa  220  4e-56  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.594186 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1956  thiamine biosynthesis lipoprotein  39.24 
 
 
363 aa  218  1e-55  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21260  thiamine biosynthesis lipoprotein  41.06 
 
 
306 aa  214  2e-54  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1601  thiamine biosynthesis membrane-associated lipoprotein  34.17 
 
 
358 aa  213  3e-54  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1523  ApbE family lipoprotein  38.24 
 
 
350 aa  213  4e-54  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2654  ApbE family lipoprotein  34.98 
 
 
326 aa  208  1e-52  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.131589 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2624  ApbE family lipoprotein  36.96 
 
 
323 aa  207  2e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.53738  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0414  membrane-associated lipoprotein for thiamine biosynthesis  41.03 
 
 
325 aa  207  2e-52  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0146647  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2557  ApbE family lipoprotein  39.32 
 
 
321 aa  206  5e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0513612 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2350  ApbE family lipoprotein  36.56 
 
 
323 aa  206  6e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1217  membrane-associated lipoprotein for thiamine biosynthesis  34.37 
 
 
361 aa  206  8e-52  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000151125  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14280  ApbE family lipoprotein  37.17 
 
 
336 aa  205  8e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  3.71424e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3494  ApbE family lipoprotein  39.25 
 
 
323 aa  202  9e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.960386  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0693  ApbE family lipoprotein  37.5 
 
 
379 aa  202  1e-50  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2363  putative thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  38.59 
 
 
343 aa  202  1e-50  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3125  ApbE family lipoprotein  37.5 
 
 
325 aa  201  2e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.779525  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0510  ApbE family lipoprotein  34.64 
 
 
353 aa  198  1e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00242012  hitchhiker  3.24218e-10 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0035  hypothetical protein  34.87 
 
 
331 aa  197  2e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0788  thiamine biosynthesis lipoprotein  36.99 
 
 
297 aa  197  3e-49  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1081  ApbE family protein  34.53 
 
 
312 aa  194  2e-48  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0283392  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05540  hypothetical protein  34.68 
 
 
323 aa  194  3e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2614  ApbE family protein  41.43 
 
 
371 aa  193  5e-48  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0350  ApbE family lipoprotein  35.49 
 
 
339 aa  189  5e-47  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0264  ApbE family lipoprotein  34.74 
 
 
320 aa  189  9e-47  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.398879  normal  0.351019 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1664  ApbE family lipoprotein  34.03 
 
 
328 aa  187  4e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.517464 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1097  ApbE family lipoprotein  33.22 
 
 
339 aa  185  9e-46  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000910901  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21060  thiamine biosynthesis lipoprotein  34.58 
 
 
320 aa  183  4e-45  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05200  thiamine biosynthesis lipoprotein  32.62 
 
 
332 aa  182  1e-44  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.666118  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0092  ApbE family lipoprotein  39.23 
 
 
308 aa  182  1e-44  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0025456  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4070  ApbE family lipoprotein  33.56 
 
 
335 aa  176  6e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.785623  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1387  ApbE-like lipoprotein  35.93 
 
 
350 aa  174  2e-42  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.184425  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1746  thiamine biosynthesis membrane-associated lipoprotein  33.94 
 
 
308 aa  172  1e-41  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  7.75168e-07  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4038  ApbE family lipoprotein  32.5 
 
 
386 aa  169  7e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.618341  normal  0.564525 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1825  ApbE family lipoprotein  35.74 
 
 
336 aa  166  9e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1717  ApbE family lipoprotein  32 
 
 
337 aa  165  1e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.117102  normal  0.0292335 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2382  ApbE family protein  31.34 
 
 
305 aa  165  1e-39  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1216  thiamine biosynthesis lipoprotein  32.55 
 
 
336 aa  159  6e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1239  ApbE family lipoprotein  37.65 
 
 
349 aa  158  1e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1925  ApbE family lipoprotein  32.35 
 
 
349 aa  158  1e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2727  ApbE-like lipoprotein  30.63 
 
 
355 aa  159  1e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.619342  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1575  ApbE-like lipoprotein  34.98 
 
 
350 aa  157  3e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0237  ApbE family lipoprotein  31.8 
 
 
335 aa  157  3e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1216  ApbE family lipoprotein  37.25 
 
 
349 aa  155  7e-37  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3611  ApbE family lipoprotein  31.95 
 
 
338 aa  155  1e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.698198  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1874  ApbE family lipoprotein  31.45 
 
 
317 aa  154  2e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0211225  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1117  ApbE family lipoprotein  41.71 
 
 
350 aa  154  2e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0552  ApbE family lipoprotein  32.61 
 
 
351 aa  152  1e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1878  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  29.78 
 
 
367 aa  152  1e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2411  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE, putative  32 
 
 
310 aa  150  3e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.39462  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0752  ApbE family lipoprotein  30.65 
 
 
344 aa  150  3e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3425  ApbE family lipoprotein  31.2 
 
 
338 aa  150  4e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3418  ApbE-like lipoprotein  31.65 
 
 
343 aa  148  1e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.999205 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0129  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  33.06 
 
 
361 aa  147  2e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.791974  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1597  ApbE family lipoprotein  33.07 
 
 
308 aa  148  2e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002713  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  30.15 
 
 
334 aa  148  2e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2533  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  29.49 
 
 
341 aa  148  2e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.903036 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3569  membrane protein  34.46 
 
 
336 aa  148  2e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.325217 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2093  ApbE family lipoprotein  35.29 
 
 
333 aa  148  2e-34  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  3.11656e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1667  ApbE family lipoprotein  32.79 
 
 
332 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.569601 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0725  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  28.26 
 
 
351 aa  146  5e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0827027  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1803  thiamine biosynthesis lipoprotein  33.23 
 
 
349 aa  146  5e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2875  ApbE family lipoprotein  28.97 
 
 
338 aa  146  5e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3097  ApbE family lipoprotein  30.15 
 
 
338 aa  146  6e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3758  ApbE family lipoprotein  32.48 
 
 
316 aa  146  8e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.390614  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2693  ApbE family lipoprotein  31.58 
 
 
352 aa  145  1e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00390804 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1611  ApbE family lipoprotein  27.04 
 
 
331 aa  145  1e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3497  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  27.36 
 
 
349 aa  144  3e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.891995  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0955  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE precursor  31.47 
 
 
345 aa  144  4e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1086  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  32.58 
 
 
343 aa  143  4e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1691  ApbE family lipoprotein  33.49 
 
 
338 aa  143  5e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.258239 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1436  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  27.64 
 
 
351 aa  143  5e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.208237 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2363  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  27.33 
 
 
351 aa  143  6e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.643512  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02141  predicted thiamine biosynthesis lipoprotein  27.64 
 
 
351 aa  142  7e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.912657  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1444  ApbE family lipoprotein  27.64 
 
 
351 aa  142  7e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.116267  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3352  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  27.64 
 
 
351 aa  142  7e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0822228  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14650  thiamine biosynthesis lipoprotein  32.5 
 
 
337 aa  142  7e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02100  hypothetical protein  27.64 
 
 
351 aa  142  7e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.873608  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1686  thiamine biosynthesis lipoprotein  28.52 
 
 
349 aa  142  9e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03269  hypothetical protein  28.86 
 
 
379 aa  142  1e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2353  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  27.64 
 
 
351 aa  142  1e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.180218  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2232  ApbE family lipoprotein  29.49 
 
 
341 aa  142  1e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2150  ApbE family lipoprotein  30.45 
 
 
332 aa  142  1e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.344488  normal  0.0417056 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1971  ApbE family lipoprotein  29.64 
 
 
392 aa  141  2e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.196908 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2455  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  28.01 
 
 
348 aa  141  2e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.489519  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25360  putative thiamine biosynthesis lipoprotein  30.11 
 
 
342 aa  141  2e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4283  apbE family protein  30.46 
 
 
352 aa  141  2e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00751  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  30.8 
 
 
350 aa  140  3e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.182367  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3592  ApbE family lipoprotein  30.08 
 
 
332 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.481358 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5212  ApbE-like lipoprotein  27.09 
 
 
335 aa  140  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1601  ApbE family lipoprotein  31.92 
 
 
341 aa  140  5e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0279572  normal  0.0160847 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3299  ApbE family lipoprotein  28.78 
 
 
359 aa  140  5e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.753835  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>