More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_3032 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_3032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
307 aa  613  9.999999999999999e-175  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0321  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.25 
 
 
316 aa  213  2.9999999999999995e-54  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1390  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.97 
 
 
308 aa  210  3e-53  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0527  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.27 
 
 
296 aa  204  2e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000283647  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2365  sugar ABC transporter, permease protein  34.28 
 
 
288 aa  187  2e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.216835  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3567  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.83 
 
 
309 aa  187  2e-46  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3990  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.4 
 
 
317 aa  186  4e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0830  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.8 
 
 
309 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0620  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.21 
 
 
305 aa  179  4.999999999999999e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000205165  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0290  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.87 
 
 
297 aa  178  1e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2833  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.29 
 
 
319 aa  176  3e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0200859  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7347  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  33.77 
 
 
320 aa  176  4e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2200  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.62 
 
 
299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.426381  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5350  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.6 
 
 
308 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.84186  normal  0.48209 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5053  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.03 
 
 
318 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0625824  normal 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4622  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.24 
 
 
317 aa  171  1e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3105  ABC transporter, permease component  40.28 
 
 
294 aa  171  2e-41  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2316  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.78 
 
 
313 aa  170  3e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.91 
 
 
321 aa  169  5e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5336  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.35 
 
 
318 aa  169  6e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.949955  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27700  permease component of ABC-type sugar transporter  32.76 
 
 
321 aa  169  8e-41  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.479477 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2819  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.11 
 
 
315 aa  167  1e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0308401  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2217  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.99 
 
 
305 aa  168  1e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2545  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.44 
 
 
316 aa  168  1e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.637107  normal  0.115222 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2193  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.47 
 
 
306 aa  167  2e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.692762  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1015  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.59 
 
 
292 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4634  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.4 
 
 
292 aa  166  4e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.219562  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1357  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.55 
 
 
316 aa  164  1.0000000000000001e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3421  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.44 
 
 
307 aa  164  2.0000000000000002e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.556907  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3227  extracellular solute-binding protein family 1  33.44 
 
 
307 aa  164  2.0000000000000002e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.00159401  normal  0.987884 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0477  ABC tranporter, permease protein  30.42 
 
 
315 aa  161  1e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0498  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.44 
 
 
317 aa  160  2e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000449996 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0698  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.36 
 
 
293 aa  159  5e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3074  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.68 
 
 
314 aa  159  5e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0400  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.63 
 
 
295 aa  159  6e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000506379  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1151  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.36 
 
 
314 aa  159  6e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.59424  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1699  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.1 
 
 
315 aa  158  1e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.258357  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.5 
 
 
313 aa  158  1e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00226923  hitchhiker  0.00373728 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1969  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.47 
 
 
296 aa  158  1e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1668  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.03 
 
 
310 aa  158  1e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2200  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.14 
 
 
296 aa  157  2e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.467118  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2034  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.13 
 
 
296 aa  157  2e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.963086  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0774  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
293 aa  157  2e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1907  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.14 
 
 
296 aa  157  2e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0961638  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3848  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
320 aa  157  2e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0230008  normal  0.429544 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4872  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.23 
 
 
310 aa  156  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.181942  normal  0.51159 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0359  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.14 
 
 
300 aa  156  4e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1549  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.72 
 
 
293 aa  155  6e-37  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.563461  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2730  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.77 
 
 
300 aa  155  6e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.11 
 
 
292 aa  155  9e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1022  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.14 
 
 
294 aa  155  1e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3328  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.19 
 
 
314 aa  155  1e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0166533  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2523  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.11 
 
 
309 aa  155  1e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000325465  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4049  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.88 
 
 
292 aa  154  1e-36  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2918  ABC-type sugar transport system, permease component  35.99 
 
 
305 aa  154  1e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21160  carbohydrate ABC transporter membrane protein  33.45 
 
 
314 aa  154  2e-36  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.103465  normal  0.100515 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2919  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.93 
 
 
310 aa  153  4e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0438  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.78 
 
 
302 aa  153  4e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000597022  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3564  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.02 
 
 
316 aa  153  4e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.264329 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1606  ABC transporter sugar permease  31.38 
 
 
293 aa  152  5e-36  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.87 
 
 
314 aa  152  7e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00699527 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0964  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.92 
 
 
313 aa  152  7e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.194798  decreased coverage  0.00518822 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2143  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.13 
 
 
318 aa  152  8e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1549  MalF-type ABC sugar transport systems permease component  30.93 
 
 
317 aa  152  8e-36  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.649517  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.26 
 
 
305 aa  152  8.999999999999999e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.028536  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1127  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.56 
 
 
328 aa  151  1e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.190953  hitchhiker  0.00155627 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.3 
 
 
314 aa  151  1e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000000200699  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.68 
 
 
324 aa  151  1e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000204062  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2375  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.89 
 
 
298 aa  150  2e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1182  sugar ABC transporter, permease protein, putative  30.69 
 
 
319 aa  150  3e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.547049  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2292  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.29 
 
 
306 aa  150  4e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0377  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.6 
 
 
294 aa  150  4e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28370  carbohydrate ABC transporter membrane protein  32.99 
 
 
287 aa  149  5e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.096742  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1085  putative sugar ABC transporter, permease protein  30.69 
 
 
319 aa  149  5e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.589946  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0914  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.86 
 
 
310 aa  149  5e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20620  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.1 
 
 
299 aa  149  6e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1681  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.96 
 
 
316 aa  149  7e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.130846  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0382  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.67 
 
 
296 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29440  permease component of ABC-type sugar transporter  31.82 
 
 
318 aa  147  2.0000000000000003e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2682  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.53 
 
 
293 aa  147  2.0000000000000003e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.990678  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00881  ABC transporter sugar permease  32.87 
 
 
294 aa  147  2.0000000000000003e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0244413  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3289  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.45 
 
 
296 aa  147  2.0000000000000003e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.243021 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.45 
 
 
296 aa  147  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.780468  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1691  oligogalacturonide ABC tansporter, permease protein  33.45 
 
 
296 aa  147  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.041328  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29330  permease component of ABC-type sugar transporter  31.08 
 
 
321 aa  147  2.0000000000000003e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0728  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.48 
 
 
313 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000239391  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2071  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.01 
 
 
345 aa  147  2.0000000000000003e-34  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.0000672298  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1315  ABC transporter, permease protein  31.85 
 
 
301 aa  147  3e-34  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3365  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.08 
 
 
292 aa  147  3e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2602  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.71 
 
 
306 aa  146  4.0000000000000006e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0924232  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0146  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.64 
 
 
292 aa  146  4.0000000000000006e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0896196  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03080  permease component of ABC-type sugar transporter  31.73 
 
 
322 aa  145  7.0000000000000006e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.151535  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0295  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.29 
 
 
306 aa  145  7.0000000000000006e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0472746 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0955  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.53 
 
 
291 aa  145  9e-34  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0196347  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3533  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.67 
 
 
319 aa  145  1e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.255158 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2645  oligogalacturonide ABC tansporter, permease  33.11 
 
 
296 aa  144  1e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.952468  normal  0.0439933 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0559  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.24 
 
 
305 aa  144  2e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2511  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.27 
 
 
317 aa  144  2e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.10809  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0116  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.4 
 
 
317 aa  144  2e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.156333  normal  0.563407 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0699  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.27 
 
 
291 aa  144  2e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.216687  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>