73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_2954 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_2954  peptidoglycan-binding LysM  100 
 
 
312 aa  629  1e-179  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0789  peptidoglycan-binding LysM  57.59 
 
 
285 aa  243  3.9999999999999997e-63  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1442  hypothetical protein  33 
 
 
215 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1417  Peptidoglycan-binding LysM  28.57 
 
 
223 aa  85.5  9e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2489  peptidoglycan-binding LysM  29.13 
 
 
219 aa  70.1  0.00000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2497  Curculin domain protein (mannose-binding) lectin  60.42 
 
 
190 aa  65.9  0.0000000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4808  Peptidoglycan-binding LysM  25.96 
 
 
235 aa  63.5  0.000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0072  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  34.57 
 
 
334 aa  54.3  0.000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.859252  normal  0.733338 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2166  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  48.21 
 
 
954 aa  51.6  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.16902  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3357  Peptidoglycan-binding LysM  33.33 
 
 
364 aa  51.2  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.695863  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1548  peptidoglycan-binding LysM  32.98 
 
 
1051 aa  50.4  0.00004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.637066  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3680  Peptidoglycan-binding LysM  32.32 
 
 
395 aa  50.1  0.00005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1199  LysM repeat-containing muramidase  56.25 
 
 
390 aa  50.1  0.00006  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00727449  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0069  signal peptide protein  31.31 
 
 
390 aa  49.3  0.00008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2795  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  54.17 
 
 
233 aa  48.9  0.0001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.683971  normal  0.0904413 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1228  peptidase M23  36.14 
 
 
230 aa  48.1  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2152  Peptidoglycan-binding LysM  53.7 
 
 
334 aa  47.8  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1315  peptidoglycan-binding LysM  35 
 
 
377 aa  47.4  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.798915  normal  0.930034 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0602  putative peptidoglycan-binding LysM/M23B peptidase  37.84 
 
 
296 aa  47  0.0004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.469429  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1711  peptidase  37.84 
 
 
296 aa  47  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.651895  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0899  peptidase M23B  34.78 
 
 
240 aa  46.6  0.0005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.159864 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1853  mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase  45.31 
 
 
568 aa  46.6  0.0005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000056221  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1542  putative peptidoglycan-binding LysM/M23B peptidase  37.84 
 
 
233 aa  46.6  0.0005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1511  peptidase  37.84 
 
 
236 aa  46.6  0.0005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3954  hypothetical protein  44.68 
 
 
405 aa  47  0.0005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10149  normal  0.332371 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0553  putative peptidoglycan-binding LysM/M23B peptidase  37.84 
 
 
233 aa  46.6  0.0005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1320  putative peptidoglycan-binding LysM/M23B peptidase  37.84 
 
 
233 aa  46.6  0.0005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0803  lipoprotein NlpD, putative  37.84 
 
 
233 aa  46.6  0.0005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0262  Peptidoglycan-binding LysM  38 
 
 
318 aa  46.6  0.0006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1331  CHAP domain-containing protein  48.33 
 
 
372 aa  46.2  0.0007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.745429  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1306  CHAP domain-containing protein  48.33 
 
 
372 aa  46.2  0.0007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.387302  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2522  peptidoglycan-binding LysM:peptidase M23B  39.19 
 
 
304 aa  46.2  0.0008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000138444  normal  0.0361265 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1297  LysM/M23/M37 peptidase  27.69 
 
 
301 aa  46.2  0.0008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00000265037  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3226  peptidoglycan-binding LysM  25.25 
 
 
230 aa  45.4  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.201779 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0425  peptidoglycan-binding LysM  48 
 
 
334 aa  45.4  0.001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0216464  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0925  peptidoglycan binding domain-containing protein  46.3 
 
 
327 aa  45.1  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11314  hypothetical protein  50 
 
 
456 aa  45.4  0.001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2470  Peptidase M23  48.15 
 
 
332 aa  45.4  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0397928 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0409  LysM domain-containing protein  28.57 
 
 
333 aa  45.4  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000322112  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1043  lipoprotein NlpD  40.58 
 
 
296 aa  45.8  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.859563 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1611  peptidoglycan-binding LysM  48 
 
 
334 aa  45.8  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000139366  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0096  Peptidoglycan-binding LysM  40 
 
 
349 aa  44.7  0.002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1416  peptidase M23B  37.66 
 
 
299 aa  45.1  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0939  peptidoglycan-binding LysM  37.88 
 
 
309 aa  44.3  0.002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.013426  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3861  peptidoglycan-binding LysM  26.61 
 
 
409 aa  44.3  0.003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3711  5prime-nucleotidase  38.78 
 
 
638 aa  43.9  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.165492  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3059  peptidase M23B  34.21 
 
 
318 aa  44.3  0.003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.430429  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2690  5'-nucleotidase domain-containing protein  31.67 
 
 
627 aa  44.3  0.003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.526931  normal  0.659093 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1153  Lyzozyme M1 (1,4-beta-N-acetylmuramidase)  37.5 
 
 
429 aa  44.3  0.003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0116595  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1891  Lytic transglycosylase catalytic  38.36 
 
 
304 aa  43.9  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1314  peptidoglycan-binding LysM  50 
 
 
253 aa  44.3  0.003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3691  peptidoglycan-binding LysM  27.14 
 
 
340 aa  44.3  0.003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000027016  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1982  LysM domain-containing protein  26.47 
 
 
184 aa  44.3  0.003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1754  Lyzozyme M1 (1,4-beta-N-acetylmuramidase)  39.34 
 
 
448 aa  43.9  0.004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0659855  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04252  LysM domain protein  47.83 
 
 
424 aa  43.9  0.004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0050  Peptidoglycan-binding LysM  33.33 
 
 
507 aa  43.5  0.004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3395  Peptidoglycan-binding LysM  34.62 
 
 
419 aa  43.9  0.004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2044  LysM domain/BON superfamily protein  43.75 
 
 
143 aa  43.9  0.004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0598  peptidoglycan-binding LysM  44.9 
 
 
590 aa  43.9  0.004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  unclonable  0.0000000000165223  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5027  peptidase M23B  41.94 
 
 
292 aa  43.5  0.005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2273  Peptidoglycan-binding LysM  41.82 
 
 
546 aa  43.5  0.005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000673972  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3277  lysM domain-containing protein  37.74 
 
 
235 aa  43.5  0.005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.914808  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4050  peptidoglycan-binding LysM  34.62 
 
 
426 aa  43.5  0.005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.021914  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3586  peptidoglycan-binding LysM  28.33 
 
 
352 aa  43.1  0.006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0589826  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2063  Lytic transglycosylase catalytic  43.75 
 
 
445 aa  43.1  0.006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1767  peptidase M23B  50 
 
 
465 aa  42.7  0.007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4687  peptidoglycan-binding LysM  33.33 
 
 
417 aa  42.7  0.008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0453  LysM domain/BON superfamily protein  39.71 
 
 
158 aa  42.7  0.008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4640  peptidoglycan-binding LysM  31.43 
 
 
408 aa  42.7  0.009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.132875  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0233  peptidoglycan-binding LysM  40.38 
 
 
242 aa  42.7  0.009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1312  peptidoglycan-binding LysM  45.76 
 
 
235 aa  42.7  0.009  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0620  Phage related protein  30.08 
 
 
229 aa  42.4  0.01  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0683  Phage related protein  30.08 
 
 
229 aa  42.4  0.01  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>