More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_2763 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013385  Adeg_1656  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  50.14 
 
 
736 aa  665    Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0970  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.85 
 
 
720 aa  646    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1057  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.72 
 
 
701 aa  765    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000971525  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0841  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  52.59 
 
 
701 aa  728    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3845  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  54.06 
 
 
712 aa  746    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0203  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.71 
 
 
709 aa  649    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3658  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  54.49 
 
 
712 aa  751    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3548  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  54.35 
 
 
712 aa  749    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3566  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  54.35 
 
 
712 aa  749    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.276153  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1789  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  49.42 
 
 
733 aa  645    Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3180  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  52.2 
 
 
746 aa  711    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.846647 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0934  3' exoribonuclease  47.82 
 
 
741 aa  636    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00161965  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0615  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  50.65 
 
 
711 aa  658    Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2459  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  54.06 
 
 
710 aa  745    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00423347  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07900  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  49.72 
 
 
705 aa  695    Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3670  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.22 
 
 
723 aa  716    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.443696  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1639  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  54.85 
 
 
700 aa  758    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3944  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  54.49 
 
 
712 aa  751    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2053  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  53.9 
 
 
723 aa  715    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1360  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  52.44 
 
 
698 aa  723    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1056  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.56 
 
 
747 aa  702    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000737281  hitchhiker  0.00038852 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3854  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  54.2 
 
 
712 aa  747    Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000107333  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1442  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  51.8 
 
 
735 aa  711    Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1334  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  52.44 
 
 
698 aa  723    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.799065  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0418  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  59.74 
 
 
700 aa  845    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1707  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  56.57 
 
 
703 aa  797    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1161  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  54 
 
 
712 aa  746    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000184021  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3905  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  54.35 
 
 
712 aa  749    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3629  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  53.48 
 
 
717 aa  739    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2763  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  100 
 
 
698 aa  1432    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1339  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  54.2 
 
 
712 aa  748    Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0729219 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3818  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  54.2 
 
 
712 aa  746    Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.79465e-59 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1934  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  52.74 
 
 
702 aa  714    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1652  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  52.74 
 
 
702 aa  715    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1450  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  49.15 
 
 
718 aa  677    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.103052  normal  0.272177 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_843  polyribonucleotide nucleotidyltransferase (polynucleotide phosphorylase)  49.56 
 
 
720 aa  657    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.946894  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0906  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  52.78 
 
 
703 aa  729    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.80141  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2047  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.57 
 
 
769 aa  658    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0512862  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0114  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.43 
 
 
741 aa  661    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.613671  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1950  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.29 
 
 
740 aa  664    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.139447  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0861  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.69 
 
 
720 aa  645    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0719  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  48.05 
 
 
752 aa  634  1e-180  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000106259  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0949  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.62 
 
 
747 aa  628  1e-178  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3880  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.9 
 
 
777 aa  627  1e-178  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1146  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  46.53 
 
 
693 aa  624  1e-177  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1591  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.47 
 
 
697 aa  620  1e-176  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000274375  normal  0.0293067 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2440  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.95 
 
 
716 aa  620  1e-176  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.225847  normal  0.0323804 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1418  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.88 
 
 
686 aa  613  9.999999999999999e-175  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00293848  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1593  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.47 
 
 
697 aa  609  1e-173  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.029457  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1979  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  46.36 
 
 
710 aa  610  1e-173  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000019638  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3279  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.23 
 
 
718 aa  607  9.999999999999999e-173  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.825925 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3588  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.47 
 
 
746 aa  608  9.999999999999999e-173  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2822  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.01 
 
 
700 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000990055  hitchhiker  0.000418907 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1484  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.45 
 
 
708 aa  602  1.0000000000000001e-171  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0201008  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1438  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.45 
 
 
708 aa  603  1.0000000000000001e-171  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000113293  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1906  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.62 
 
 
696 aa  603  1.0000000000000001e-171  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000617154  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1308  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.91 
 
 
696 aa  600  1e-170  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00697732  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0790  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.89 
 
 
703 aa  602  1e-170  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000902689  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1944  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.3 
 
 
720 aa  598  1e-170  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0229407 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1133  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.73 
 
 
699 aa  596  1e-169  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000984141  unclonable  0.0000000000121656 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3412  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.73 
 
 
700 aa  597  1e-169  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000844924  hitchhiker  0.000972679 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3275  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.73 
 
 
700 aa  597  1e-169  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000261182  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3234  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.73 
 
 
703 aa  597  1e-169  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000396899  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0966  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.88 
 
 
699 aa  597  1e-169  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000874082  normal  0.0188392 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2116  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.64 
 
 
695 aa  593  1e-168  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.375436  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1561  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.22 
 
 
699 aa  595  1e-168  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000108143  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4265  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.7 
 
 
715 aa  593  1e-168  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.50852 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1005  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.48 
 
 
718 aa  592  1e-168  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00579665 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2522  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.19 
 
 
755 aa  592  1e-168  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1071  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  45.4 
 
 
718 aa  594  1e-168  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.679372  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1745  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.96 
 
 
702 aa  590  1e-167  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.135347  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3055  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.41 
 
 
704 aa  590  1e-167  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000445882  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3556  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.99 
 
 
702 aa  591  1e-167  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000150136 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2829  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.59 
 
 
699 aa  591  1e-167  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000362505  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2976  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.48 
 
 
696 aa  590  1e-167  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.31401e-17 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1541  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.34 
 
 
717 aa  590  1e-167  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.898255 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1209  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.57 
 
 
702 aa  585  1e-166  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3384  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.12 
 
 
704 aa  585  1e-166  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000712799  hitchhiker  0.00355536 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1995  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.96 
 
 
815 aa  587  1e-166  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0984059  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3722  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.54 
 
 
701 aa  585  1e-166  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0968  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.19 
 
 
706 aa  588  1e-166  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000215621  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1612  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.35 
 
 
699 aa  583  1.0000000000000001e-165  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.322426  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1031  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.15 
 
 
699 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000012543  hitchhiker  0.000000583672 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1096  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.01 
 
 
699 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0013386  hitchhiker  0.00237644 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0256  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.57 
 
 
718 aa  583  1.0000000000000001e-165  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0258  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.57 
 
 
718 aa  583  1.0000000000000001e-165  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1035  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.86 
 
 
699 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000390234  hitchhiker  0.0000000630128 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1007  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.09 
 
 
693 aa  580  1e-164  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0328519  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3232  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  44.62 
 
 
761 aa  580  1e-164  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.555601 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0395  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  43.52 
 
 
690 aa  581  1e-164  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0207  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.56 
 
 
700 aa  581  1e-164  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0559  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  43.52 
 
 
692 aa  581  1e-164  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.745175 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0543  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.41 
 
 
771 aa  579  1e-164  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.109089  normal  0.335288 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1234  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.58 
 
 
699 aa  580  1e-164  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2704  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.92 
 
 
722 aa  576  1.0000000000000001e-163  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0597018  normal  0.0425513 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0071  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.08 
 
 
714 aa  575  1.0000000000000001e-163  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000128899  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0183  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.27 
 
 
700 aa  578  1.0000000000000001e-163  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0382  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  43.36 
 
 
714 aa  572  1.0000000000000001e-162  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.320403  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1107  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.82 
 
 
749 aa  572  1.0000000000000001e-162  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.583336  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1019  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.73 
 
 
701 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000461081  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>