More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_2625 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_2625  ribosome recycling factor  100 
 
 
184 aa  364  1e-100  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000230935  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1813  ribosome recycling factor  60.87 
 
 
184 aa  233  1.0000000000000001e-60  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000182094  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0445  ribosome recycling factor  57.69 
 
 
185 aa  218  3.9999999999999997e-56  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00199228  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3706  ribosome recycling factor  55.43 
 
 
185 aa  215  2e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0497206  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1658  ribosome recycling factor  61.96 
 
 
184 aa  214  4e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.375108  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2036  ribosome recycling factor  58.05 
 
 
186 aa  206  1e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1951  ribosome recycling factor  53.89 
 
 
185 aa  206  2e-52  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1669  ribosome recycling factor  53.89 
 
 
185 aa  206  2e-52  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.17061  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1975  ribosome recycling factor  53.8 
 
 
184 aa  205  3e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.552095  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1144  ribosome recycling factor  56.9 
 
 
185 aa  204  5e-52  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000279866  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1253  ribosome recycling factor  54.95 
 
 
185 aa  202  2e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000298645  hitchhiker  0.00105804 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3210  ribosome recycling factor  56.82 
 
 
185 aa  202  3e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000238814  hitchhiker  0.0000000602253 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1918  ribosome recycling factor  53.33 
 
 
185 aa  201  4e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3865  ribosome recycling factor  55.56 
 
 
185 aa  201  4e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00928808  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3871  ribosome recycling factor  55.56 
 
 
185 aa  201  4e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0168076  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2379  ribosome recycling factor  52.17 
 
 
184 aa  201  4e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3922  ribosome recycling factor  56.9 
 
 
185 aa  201  4e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0969461  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3675  ribosome recycling factor  54.05 
 
 
185 aa  200  9e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.979275  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3962  ribosome recycling factor  54.05 
 
 
185 aa  200  9e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.60954  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3836  ribosome recycling factor  56.32 
 
 
185 aa  199  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  3.64109e-62 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3565  ribosome recycling factor  56.32 
 
 
185 aa  199  1.9999999999999998e-50  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.603259  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3583  ribosome recycling factor  56.32 
 
 
185 aa  199  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0885  ribosome recycling factor  53.98 
 
 
185 aa  199  1.9999999999999998e-50  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000127588  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1321  ribosome recycling factor  56.32 
 
 
185 aa  199  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.198825  hitchhiker  0.00000000000000123018 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3647  ribosome recycling factor  54.44 
 
 
185 aa  198  3.9999999999999996e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0174734  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1335  ribosome recycling factor  54.19 
 
 
186 aa  197  6e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.43872  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2919  ribosome recycling factor  54.6 
 
 
186 aa  197  7e-50  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.174611 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0581  ribosome recycling factor  49.46 
 
 
184 aa  197  7e-50  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2476  ribosome recycling factor  53.33 
 
 
185 aa  197  9e-50  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000697706  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1430  ribosome recycling factor  56.28 
 
 
184 aa  196  1.0000000000000001e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00121871  normal  0.0745134 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0519  ribosome recycling factor  53.98 
 
 
186 aa  197  1.0000000000000001e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1162  ribosome recycling factor  53.07 
 
 
185 aa  196  2.0000000000000003e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1448  ribosome recycling factor  53.45 
 
 
186 aa  196  2.0000000000000003e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1003  ribosome recycling factor  55.31 
 
 
183 aa  195  3e-49  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000111257  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3730  ribosome recycling factor  53.89 
 
 
185 aa  195  3e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000151569  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2753  ribosome recycling factor  53.33 
 
 
185 aa  194  4.0000000000000005e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.63878  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2452  ribosome recycling factor  53.07 
 
 
186 aa  194  5.000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.26871  hitchhiker  0.00149746 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1407  ribosome recycling factor  53.07 
 
 
186 aa  194  7e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1035  ribosome recycling factor  53.41 
 
 
185 aa  193  1e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000462528  unclonable  0.0000000105333 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1345  ribosome recycling factor  54.19 
 
 
186 aa  193  1e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0459515  normal  0.505766 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1527  ribosome recycling factor  52.27 
 
 
185 aa  192  2e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00139576  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1685  ribosome recycling factor  52.51 
 
 
186 aa  192  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2711  ribosome recycling factor  52.22 
 
 
185 aa  192  3e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0873966  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1281  ribosome recycling factor  53.63 
 
 
186 aa  192  3e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.208847 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1422  ribosome recycling factor  48.9 
 
 
187 aa  192  3e-48  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0768793  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1438  ribosome recycling factor  53.07 
 
 
186 aa  192  3e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.389466  hitchhiker  0.000418835 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1128  ribosome recycling factor  52.84 
 
 
184 aa  191  4e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.440044  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0570  ribosome recycling factor  51.72 
 
 
185 aa  191  5e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0496987  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1781  ribosome recycling factor  51.09 
 
 
185 aa  191  7e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0826  ribosome recycling factor  49.46 
 
 
184 aa  190  1e-47  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000458151  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1918  ribosome recycling factor  50.27 
 
 
185 aa  190  1e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  6.36169e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0077  ribosome recycling factor  51.67 
 
 
185 aa  190  1e-47  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.010398  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23610  ribosome recycling factor  47.28 
 
 
184 aa  189  2e-47  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.093506 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1878  ribosome recycling factor  51.4 
 
 
186 aa  189  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.556612  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0507  ribosome recycling factor  50.83 
 
 
182 aa  189  2e-47  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2692  ribosome recycling factor  53.41 
 
 
186 aa  189  2e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.272144  normal  0.54123 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0986  ribosome recycling factor  51.1 
 
 
185 aa  189  2e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00114143  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2345  ribosome recycling factor  52.54 
 
 
185 aa  188  2.9999999999999997e-47  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.082368  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2472  ribosome recycling factor  48.86 
 
 
185 aa  189  2.9999999999999997e-47  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1488  ribosome recycling factor  53.76 
 
 
185 aa  188  2.9999999999999997e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0169142 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_318  ribosome recycling factor  50.83 
 
 
185 aa  188  5e-47  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.108452  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2560  ribosome recycling factor  53.11 
 
 
181 aa  187  5e-47  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0510  ribosome recycling factor  51.15 
 
 
186 aa  188  5e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0317856  normal  0.376064 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2049  ribosome recycling factor  50.28 
 
 
186 aa  187  5.999999999999999e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.360804  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2291  ribosome recycling factor  49.18 
 
 
185 aa  187  5.999999999999999e-47  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.000106212  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1918  ribosome recycling factor  50.28 
 
 
186 aa  187  5.999999999999999e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.415446 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4958  ribosome recycling factor  50 
 
 
192 aa  187  7e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.759908  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2112  ribosome recycling factor  51.7 
 
 
186 aa  187  7e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1512  ribosome recycling factor  52.3 
 
 
185 aa  187  8e-47  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00300903  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5326  ribosome recycling factor  49.72 
 
 
186 aa  187  8e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0105729  normal  0.434406 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1319  ribosome recycling factor  49.46 
 
 
184 aa  187  8e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.362878  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1345  ribosome recycling factor  49.46 
 
 
184 aa  187  8e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00867514  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6061  ribosome recycling factor  49.72 
 
 
186 aa  187  9e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.791603  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2036  ribosome recycling factor  49.72 
 
 
186 aa  187  9e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.605835  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2016  ribosome recycling factor  49.72 
 
 
186 aa  187  9e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4637  ribosome recycling factor  51.38 
 
 
182 aa  187  1e-46  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.138932  normal  0.818253 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3546  ribosome recycling factor  52.54 
 
 
181 aa  186  1e-46  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0609  ribosome recycling factor  51.15 
 
 
174 aa  187  1e-46  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000570491  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3265  ribosome recycling factor  52.87 
 
 
186 aa  186  1e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0788  ribosome recycling factor  49.43 
 
 
189 aa  186  2e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.119602 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0660  ribosome recycling factor  50.84 
 
 
185 aa  186  2e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0216  ribosome recycling factor  50.57 
 
 
185 aa  186  2e-46  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1552  ribosome recycling factor  49.72 
 
 
186 aa  185  3e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2580  ribosome recycling factor  49.72 
 
 
186 aa  185  3e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2490  ribosome recycling factor  49.72 
 
 
186 aa  185  3e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3258  ribosome recycling factor  49.72 
 
 
186 aa  185  3e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.797404  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2434  ribosome recycling factor  49.72 
 
 
186 aa  185  3e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0313731  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1325  ribosome recycling factor  49.72 
 
 
186 aa  185  3e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0289556  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2053  ribosome recycling factor  49.72 
 
 
186 aa  185  3e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1260  ribosome recycling factor  49.72 
 
 
186 aa  185  4e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.194359  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0804  ribosome recycling factor  49.44 
 
 
185 aa  184  4e-46  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000144692  hitchhiker  0.0000000000784009 
 
 
-
 
NC_002936  DET0374  ribosome recycling factor  49.17 
 
 
185 aa  184  6e-46  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2030  ribosome recycling factor  49.72 
 
 
186 aa  184  6e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0356  ribosome recycling factor  52.02 
 
 
173 aa  184  7e-46  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0472189  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2698  ribosome recycling factor  48.62 
 
 
182 aa  184  8e-46  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1200  ribosome recycling factor  50.55 
 
 
185 aa  184  8e-46  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000906097  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2847  ribosome recycling factor  51.96 
 
 
186 aa  184  9e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0629  ribosome recycling factor  49.72 
 
 
187 aa  183  1.0000000000000001e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.418172 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0477  ribosome recycling factor  52 
 
 
185 aa  183  1.0000000000000001e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0474478  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2047  ribosome recycling factor  51.45 
 
 
185 aa  183  1.0000000000000001e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.082584  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>