More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_2455 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_2455  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  100 
 
 
440 aa  890  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  2.98883e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0678  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  53.55 
 
 
446 aa  473  1e-132  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  2.58003e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1630  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  51.39 
 
 
436 aa  465  1e-130  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0566409  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  53.15 
 
 
453 aa  461  1e-129  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  1.62674e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1929  putative tRNA modifying protein  52.5 
 
 
445 aa  446  1e-124  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3199  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  48.4 
 
 
449 aa  445  1e-124  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1647  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  52.27 
 
 
445 aa  444  1e-123  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3110  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  49.66 
 
 
446 aa  439  1e-122  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  1.43108e-05  normal  0.954122 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3205  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  48.86 
 
 
447 aa  436  1e-121  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.112948  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11970  MiaB-like tRNA modifying enzyme  49.54 
 
 
442 aa  435  1e-121  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  6.0077e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3094  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  49.09 
 
 
450 aa  437  1e-121  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  3.16014e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3124  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  47.37 
 
 
442 aa  430  1e-119  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  9.336e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3205  hypothetical protein  48.4 
 
 
445 aa  427  1e-118  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  2.3464e-13  hitchhiker  3.00152e-20 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0716  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  48.86 
 
 
448 aa  426  1e-118  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  5.99844e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0618  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  47.26 
 
 
448 aa  422  1e-117  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  7.54849e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0632  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  47.26 
 
 
448 aa  419  1e-116  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.30586e-35 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1926  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  47.83 
 
 
444 aa  421  1e-116  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.587814  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0983  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  48.07 
 
 
440 aa  410  1e-113  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  7.30864e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0094  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  47.37 
 
 
470 aa  408  1e-112  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.199384 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13538  putative Fe-S oxidoreductase  46.9 
 
 
435 aa  406  1e-112  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.505425  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0093  hypothetical protein  45.77 
 
 
483 aa  402  1e-111  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0034  2-methylthioadenine synthetase  46.58 
 
 
455 aa  403  1e-111  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1467  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  47.95 
 
 
444 aa  403  1e-111  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.369998  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0100  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  45.31 
 
 
469 aa  399  1e-110  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0256489  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1262  2-methylthioadenine synthetase  45 
 
 
439 aa  396  1e-109  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.467346  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0111  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  45.31 
 
 
469 aa  398  1e-109  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1025  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  46.1 
 
 
433 aa  398  1e-109  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.813856  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0735  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  45.08 
 
 
463 aa  396  1e-109  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.512918  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0839  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  44.24 
 
 
450 aa  387  1e-106  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  45.91 
 
 
437 aa  382  1e-105  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0588845  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  45.41 
 
 
436 aa  379  1e-104  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.146576  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3092  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  44.75 
 
 
435 aa  379  1e-104  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.949904  normal  0.038543 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0353  hypothetical protein  43.18 
 
 
466 aa  376  1e-103  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3605  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  44.29 
 
 
436 aa  376  1e-103  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.757621 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0653  2-methylthioadenine synthetase  43.05 
 
 
437 aa  371  1e-101  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.835098  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5359  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  42.92 
 
 
437 aa  370  1e-101  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02161  Fe-S oxidoreductase  41.82 
 
 
472 aa  369  1e-101  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3525  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.82 
 
 
444 aa  371  1e-101  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2337  hypothetical protein  43.28 
 
 
458 aa  367  1e-100  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.587976  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1074  hypothetical protein  41.78 
 
 
432 aa  365  1e-100  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0150  hypothetical protein  44.19 
 
 
434 aa  367  1e-100  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0675  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  43.12 
 
 
430 aa  364  1e-99  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00122823  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2512  hypothetical protein  41.97 
 
 
452 aa  362  8e-99  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.0314686 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0957  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.91 
 
 
430 aa  362  9e-99  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00162656  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3733  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.97 
 
 
441 aa  361  1e-98  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0655484 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2144  hypothetical protein  40.25 
 
 
504 aa  362  1e-98  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2498  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.23 
 
 
486 aa  359  4e-98  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.620801  normal  0.98842 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0377  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.06 
 
 
450 aa  359  5e-98  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0470  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.53 
 
 
438 aa  358  1e-97  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0935  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.32 
 
 
430 aa  355  8e-97  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  1.36513e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01181  Fe-S oxidoreductase  41.72 
 
 
454 aa  355  9e-97  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.681569  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0106  hypothetical protein  42.4 
 
 
471 aa  355  1e-96  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0256  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  42.89 
 
 
430 aa  353  2e-96  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01171  Fe-S oxidoreductase  41.5 
 
 
454 aa  353  2e-96  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.72418  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1405  hypothetical protein  42.79 
 
 
440 aa  352  6e-96  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.248691 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01141  Fe-S oxidoreductase  41.04 
 
 
454 aa  350  2e-95  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1288  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  43.25 
 
 
431 aa  350  3e-95  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1513  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  43.48 
 
 
433 aa  349  7e-95  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.627818  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3231  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.67 
 
 
440 aa  347  3e-94  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.12995  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3568  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.78 
 
 
471 aa  346  4e-94  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.192858  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01161  Fe-S oxidoreductase  38.18 
 
 
462 aa  346  4e-94  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.924562 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1623  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.48 
 
 
452 aa  344  2e-93  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0078  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.32 
 
 
435 aa  344  2e-93  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.68199  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4336  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.6 
 
 
449 aa  343  3e-93  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.412924 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4276  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.6 
 
 
449 aa  343  3e-93  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1671  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.51 
 
 
487 aa  343  4e-93  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.813765  normal  0.219751 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0963  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.42 
 
 
442 aa  343  4e-93  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0641  hypothetical protein  40.92 
 
 
440 aa  343  4e-93  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.170936 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0865  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.04 
 
 
440 aa  342  1e-92  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0318613  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1760  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.32 
 
 
432 aa  337  2e-91  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0443  MiaB family RNA modification protein  40.6 
 
 
440 aa  337  2e-91  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1757  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.05 
 
 
431 aa  335  1e-90  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_26767  predicted protein  42.86 
 
 
450 aa  335  1e-90  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.071035 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1155  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.36 
 
 
427 aa  332  7e-90  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1585  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  42.03 
 
 
444 aa  332  8e-90  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.678841  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0531  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.74 
 
 
472 aa  326  6e-88  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.680198  normal  0.538373 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1592  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.05 
 
 
429 aa  325  1e-87  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000486202  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1606  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.64 
 
 
456 aa  322  7e-87  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.132217 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1284  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.7 
 
 
482 aa  316  5e-85  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.323089 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4495  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.68 
 
 
469 aa  314  3e-84  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  5.07978e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0713  hypothetical protein  37.99 
 
 
438 aa  310  2e-83  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0146  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.32 
 
 
438 aa  310  3e-83  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00677283  normal  0.468317 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0258  conserved hypothetical protein, radical SAM domain family (UPF0004 domain protein)  40.82 
 
 
438 aa  310  3e-83  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1464  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.7 
 
 
440 aa  306  4e-82  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2197  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.47 
 
 
470 aa  305  7e-82  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1701  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.7 
 
 
461 aa  304  2e-81  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2283  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.12 
 
 
442 aa  302  8e-81  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.135903  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3627  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.33 
 
 
480 aa  301  1e-80  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0499  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.33 
 
 
476 aa  301  1e-80  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.717124  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2402  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.26 
 
 
467 aa  301  1e-80  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0770  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.81 
 
 
457 aa  301  1e-80  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.579434 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3451  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.33 
 
 
476 aa  301  1e-80  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3800  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.1 
 
 
472 aa  301  2e-80  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0599  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.1 
 
 
472 aa  300  2e-80  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0543  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.1 
 
 
472 aa  301  2e-80  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0538  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.1 
 
 
472 aa  300  3e-80  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0485  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.88 
 
 
493 aa  300  3e-80  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.926409 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1444  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.96 
 
 
443 aa  300  3e-80  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0517  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.1 
 
 
472 aa  300  4e-80  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2510  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.37 
 
 
441 aa  299  6e-80  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.105116  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>