More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_2356 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  100 
 
 		 313 aa  648    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  57.83 
 
 		 305 aa  358  9e-98  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  56.61 
 
 		 303 aa  352  5e-96  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  56.11 
 
 		 304 aa  348  7e-95  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  55.23 
 
 		 306 aa  347  1e-94  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  55.19 
 
 		 304 aa  347  1e-94  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  57.76 
 
 		 306 aa  337  1.9999999999999998e-91  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  57.76 
 
 		 306 aa  335  5.999999999999999e-91  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  55.03 
 
 		 334 aa  335  5.999999999999999e-91  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  52.9 
 
 		 304 aa  330  1e-89  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  49.84 
 
 		 302 aa  325  5e-88  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  52.35 
 
 		 302 aa  325  7e-88  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  50.65 
 
 		 309 aa  324  1e-87  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.29 
 
 		 306 aa  323  2e-87  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  52.01 
 
 		 302 aa  323  2e-87  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  49.52 
 
 		 302 aa  323  2e-87  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  49.52 
 
 		 302 aa  322  5e-87  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  49.2 
 
 		 302 aa  321  8e-87  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.2 
 
 		 302 aa  321  9.999999999999999e-87  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  49.2 
 
 		 302 aa  321  9.999999999999999e-87  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.2 
 
 		 302 aa  321  9.999999999999999e-87  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  49.2 
 
 		 302 aa  321  9.999999999999999e-87  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  51.86 
 
 		 305 aa  319  3.9999999999999996e-86  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  48.87 
 
 		 302 aa  318  5e-86  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  50 
 
 		 326 aa  313  1.9999999999999998e-84  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  49.04 
 
 		 331 aa  306  4.0000000000000004e-82  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.86 
 
 		 296 aa  304  1.0000000000000001e-81  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.82 
 
 		 301 aa  303  2.0000000000000002e-81  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.72 
 
 		 296 aa  303  4.0000000000000003e-81  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  51.33 
 
 		 303 aa  301  1e-80  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.2 
 
 		 305 aa  296  2e-79  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  46.95 
 
 		 305 aa  295  6e-79  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  49.66 
 
 		 300 aa  292  5e-78  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.27 
 
 		 347 aa  287  1e-76  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.27 
 
 		 334 aa  287  2e-76  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  47.91 
 
 		 311 aa  285  7e-76  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  48.23 
 
 		 311 aa  285  8e-76  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  48.55 
 
 		 305 aa  285  9e-76  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  48.55 
 
 		 305 aa  285  9e-76  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.19 
 
 		 303 aa  284  2.0000000000000002e-75  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  47.38 
 
 		 326 aa  282  7.000000000000001e-75  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  46.36 
 
 		 334 aa  280  2e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.1 
 
 		 308 aa  277  1e-73  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  47.38 
 
 		 320 aa  277  1e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  47.81 
 
 		 377 aa  277  2e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  45.83 
 
 		 315 aa  277  2e-73  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  47 
 
 		 304 aa  275  6e-73  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  48.99 
 
 		 306 aa  274  1.0000000000000001e-72  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  46.22 
 
 		 341 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.05 
 
 		 312 aa  273  3e-72  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.84 
 
 		 322 aa  272  6e-72  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  45.62 
 
 		 341 aa  271  1e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.42 
 
 		 343 aa  269  5e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.8 
 
 		 304 aa  268  5.9999999999999995e-71  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.44 
 
 		 319 aa  268  8.999999999999999e-71  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.17 
 
 		 343 aa  268  1e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0372  pseudouridine synthase, RluA family  48.01 
 
 		 334 aa  267  2e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.544933  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1373  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.99 
 
 		 312 aa  266  2e-70  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  46.2 
 
 		 313 aa  266  2.9999999999999995e-70  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  48.64 
 
 		 323 aa  266  2.9999999999999995e-70  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.08 
 
 		 321 aa  265  5.999999999999999e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0606  pseudouridine synthase RluD  46.13 
 
 		 391 aa  263  2e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.32929  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl387  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase  48.85 
 
 		 311 aa  263  3e-69  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.319286  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.92 
 
 		 313 aa  263  3e-69  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  45.54 
 
 		 319 aa  263  4e-69  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  45.54 
 
 		 319 aa  261  8e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0454  pseudouridine synthase RluD  47.15 
 
 		 324 aa  259  3e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.256268 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  45.45 
 
 		 306 aa  259  4e-68  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  46.91 
 
 		 314 aa  259  4e-68  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  43.32 
 
 		 310 aa  259  6e-68  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  43.73 
 
 		 342 aa  258  7e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2613  RluA family pseudouridine synthase  43.85 
 
 		 343 aa  257  2e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0359  pseudouridine synthase RluD  47.76 
 
 		 426 aa  257  2e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000104546 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0968  pseudouridine synthase, RluA family  43.33 
 
 		 343 aa  257  2e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.431214 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1005  RluA family pseudouridine synthase  43.33 
 
 		 343 aa  256  3e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1324  pseudouridine synthase, RluA family  43.93 
 
 		 328 aa  256  3e-67  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2308  pseudouridine synthase, RluA family  44.28 
 
 		 342 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0234443 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2431  pseudouridine synthase, RluD  45.34 
 
 		 351 aa  254  1.0000000000000001e-66  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0293774 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.08 
 
 		 316 aa  254  1.0000000000000001e-66  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  44.59 
 
 		 345 aa  253  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  44 
 
 		 329 aa  252  6e-66  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2467  pseudouridine synthase, RluA family  45.03 
 
 		 322 aa  252  7e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.373438  normal  0.235173 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  41.37 
 
 		 316 aa  251  9.000000000000001e-66  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6759  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.92 
 
 		 326 aa  251  1e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2164  RluA family pseudouridine synthase  41.57 
 
 		 482 aa  250  2e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.317837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2409  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.44 
 
 		 349 aa  250  3e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3046  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.72 
 
 		 332 aa  249  3e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  44.06 
 
 		 376 aa  249  5e-65  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  44.3 
 
 		 325 aa  249  6e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  40.39 
 
 		 315 aa  249  6e-65  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2118  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.55 
 
 		 337 aa  248  6e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  43.24 
 
 		 305 aa  248  9e-65  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1072  RluA family pseudouridine synthase  41.44 
 
 		 349 aa  248  1e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0863187  normal  0.714428 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0288  RluA family pseudouridine synthase  41.98 
 
 		 336 aa  247  2e-64  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2578  pseudouridine synthase, RluA family  41.85 
 
 		 343 aa  246  3e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.728308  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0345  RluA family pseudouridine synthase  45.1 
 
 		 351 aa  246  3e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1604  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.17 
 
 		 318 aa  246  4.9999999999999997e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  39.13 
 
 		 344 aa  244  9e-64  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  39.48 
 
 		 314 aa  244  1.9999999999999999e-63  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  41.96 
 
 		 322 aa  243  1.9999999999999999e-63  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>