More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_2299 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_2299  MiaB-like tRNA modifying enzyme  100 
 
 		 466 aa  957    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.198843  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1333  MiaB-like tRNA modifying enzyme  48.34 
 
 		 449 aa  417  9.999999999999999e-116  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0150  RNA modification protein  48.11 
 
 		 434 aa  414  1e-114  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.839753  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2241  RNA modification enzyme, MiaB family  49.06 
 
 		 454 aa  403  1e-111  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00150078  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2282  MiaB-like tRNA modifying enzyme  43.5 
 
 		 434 aa  372  1e-102  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1282  RNA modification enzyme, MiaB family  45.16 
 
 		 434 aa  374  1e-102  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1997  MiaB-like tRNA modifying enzyme  43.27 
 
 		 434 aa  370  1e-101  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12760  MiaB-like tRNA modifying enzyme  42.89 
 
 		 438 aa  360  3e-98  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00265105  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1164  RNA modification enzyme, MiaB family  44.22 
 
 		 431 aa  352  8.999999999999999e-96  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2433  RNA modification enzyme, MiaB family  42.56 
 
 		 451 aa  348  1e-94  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000747616  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1017  RNA modification enzyme, MiaB family  42.79 
 
 		 449 aa  347  4e-94  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3217  RNA modification enzyme, MiaB family  41.2 
 
 		 435 aa  344  1e-93  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000221997  hitchhiker  0.000000785503 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3036  RNA modification protein  42.33 
 
 		 450 aa  341  2e-92  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0366508  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2492  RNA modification protein  40.94 
 
 		 436 aa  340  4e-92  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131013  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1668  RNA modification protein  41.67 
 
 		 448 aa  336  7e-91  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1634  RNA modification protein  41.67 
 
 		 448 aa  336  7e-91  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.654078  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4391  hypothetical protein  41.19 
 
 		 450 aa  334  2e-90  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.115711  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4443  RNA modification enzyme, MiaB family  41.19 
 
 		 450 aa  334  2e-90  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000190996  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4161  RNA modification protein  42.05 
 
 		 450 aa  333  4e-90  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.556145  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1992  MiaB-like tRNA modifying enzyme  40.04 
 
 		 471 aa  333  5e-90  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.130467  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0807  RNA modification enzyme, MiaB family  41.55 
 
 		 450 aa  333  5e-90  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0137858  decreased coverage  2.64257e-22 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4429  hypothetical protein  41.55 
 
 		 450 aa  333  5e-90  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111241  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4332  RNA modification enzyme, MiaB family  41.19 
 
 		 450 aa  333  5e-90  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.16472e-48 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4047  hypothetical protein  41.19 
 
 		 450 aa  332  6e-90  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4057  hypothetical protein  41.19 
 
 		 450 aa  332  6e-90  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4209  hypothetical protein  40.96 
 
 		 450 aa  331  2e-89  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4535  hypothetical protein  40.96 
 
 		 450 aa  331  2e-89  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1144  hypothetical protein  40.14 
 
 		 448 aa  329  6e-89  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2053  MiaB-like tRNA modifying enzyme  40.24 
 
 		 450 aa  328  1.0000000000000001e-88  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0588  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.56 
 
 		 450 aa  323  4e-87  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0962192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1187  RNA modification enzyme, MiaB family  41.12 
 
 		 446 aa  303  6.000000000000001e-81  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0386779 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0611  RNA modification enzyme, MiaB family  40.74 
 
 		 437 aa  301  2e-80  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.920211  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4295  RNA modification enzyme, MiaB family  41.41 
 
 		 439 aa  300  3e-80  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00281289  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0174  MiaB-like tRNA modifying enzyme  40.53 
 
 		 430 aa  299  6e-80  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1770  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.13 
 
 		 435 aa  294  3e-78  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00000207484  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2937  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.24 
 
 		 439 aa  290  4e-77  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.673839  normal  0.173134 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1050  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.06 
 
 		 438 aa  289  7e-77  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5039  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.16 
 
 		 444 aa  287  2.9999999999999996e-76  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2568  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.7 
 
 		 434 aa  286  5.999999999999999e-76  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1574  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.56 
 
 		 456 aa  286  5.999999999999999e-76  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000454579  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1490  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.16 
 
 		 444 aa  286  7e-76  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1643  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.25 
 
 		 429 aa  283  7.000000000000001e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.119605  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0874  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.87 
 
 		 431 aa  281  2e-74  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00249518 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0674  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.14 
 
 		 429 aa  278  2e-73  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2224  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.4 
 
 		 442 aa  278  2e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.490633  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2316  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.43 
 
 		 427 aa  277  3e-73  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000240078  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1997  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.67 
 
 		 441 aa  276  4e-73  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0444  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.24 
 
 		 442 aa  275  1.0000000000000001e-72  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0474351  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1331  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.42 
 
 		 417 aa  273  4.0000000000000004e-72  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000562047  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2570  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.56 
 
 		 429 aa  273  5.000000000000001e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.005255 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1737  2-methylthioadenine synthetase  35.42 
 
 		 438 aa  270  4e-71  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.131145 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6578  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.09 
 
 		 425 aa  269  7e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.745679  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09066  putative Fe-S oxidoreductase  37.01 
 
 		 458 aa  269  8.999999999999999e-71  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.276137  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1350  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.59 
 
 		 449 aa  267  2.9999999999999995e-70  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.306215  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0223  hypothetical protein  34.89 
 
 		 441 aa  266  7e-70  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.180201 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1857  putative MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.81 
 
 		 432 aa  264  2e-69  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000114049  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0166  RNA modification protein  34.66 
 
 		 440 aa  264  2e-69  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.684419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1211  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.3 
 
 		 495 aa  263  6e-69  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.496163 
 
 
-
 
NC_002936  DET0962  MiaB family tRNA modification protein  34.68 
 
 		 413 aa  260  3e-68  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_835  tRNA modification enzyme, MiaB family  35.44 
 
 		 416 aa  260  3e-68  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.258618  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2207  RNA modification enzyme, MiaB family  34.72 
 
 		 440 aa  256  4e-67  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1560  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.48 
 
 		 411 aa  254  2.0000000000000002e-66  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0853  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.48 
 
 		 416 aa  251  2e-65  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.230835  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1711  hypothetical protein  35.08 
 
 		 436 aa  250  3e-65  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0097  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.39 
 
 		 434 aa  247  2e-64  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.698002  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0097  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.29 
 
 		 434 aa  247  3e-64  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2221  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.46 
 
 		 444 aa  246  4.9999999999999997e-64  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000670309 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0969  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.34 
 
 		 421 aa  245  9.999999999999999e-64  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1728  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.26 
 
 		 438 aa  237  3e-61  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.479022  decreased coverage  0.00502843 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1807  RNA modification enzyme, MiaB family  36.05 
 
 		 451 aa  237  3e-61  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000000210311  decreased coverage  0.000315868 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1294  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.74 
 
 		 409 aa  238  3e-61  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0422  RNA modification protein  32.73 
 
 		 446 aa  236  8e-61  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0536856  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1933  hypothetical protein  32.29 
 
 		 427 aa  235  1.0000000000000001e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1860  hypothetical protein  32.29 
 
 		 427 aa  235  1.0000000000000001e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.17951  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1414  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.18 
 
 		 420 aa  235  1.0000000000000001e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0783  RNA modification protein  34.09 
 
 		 480 aa  234  2.0000000000000002e-60  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0926  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.96 
 
 		 427 aa  234  3e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.084888  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1112  tRNA-i(6)A37 modification enzyme MiaB  33.94 
 
 		 444 aa  232  9e-60  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000242644  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0570  RNA modification enzyme, MiaB family  33.41 
 
 		 447 aa  232  1e-59  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0319  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.35 
 
 		 419 aa  231  2e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2810  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.64 
 
 		 421 aa  231  2e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.756102  normal  0.266811 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0396  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.11 
 
 		 420 aa  231  2e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.342498  normal  0.976155 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0549  RNA modification protein  32.28 
 
 		 443 aa  231  3e-59  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3229  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.72 
 
 		 416 aa  230  5e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0152656  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0626  RNA modification enzyme, MiaB family  32.25 
 
 		 439 aa  229  9e-59  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.196268  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1996  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.87 
 
 		 451 aa  228  1e-58  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.320678  normal  0.0920131 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0795  RNA modification enzyme, MiaB family  35.62 
 
 		 423 aa  228  2e-58  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.134555  normal  0.773593 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1749  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.84 
 
 		 451 aa  228  2e-58  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000349639  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0503  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.26 
 
 		 408 aa  227  3e-58  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00700  putative SAM/TRAM family methylase protein  31.54 
 
 		 482 aa  227  3e-58  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3390  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.04 
 
 		 426 aa  226  6e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2980  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.41 
 
 		 425 aa  226  7e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.065406 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2352  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.61 
 
 		 443 aa  225  1e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0352  RNA modification enzyme, MiaB family  32.24 
 
 		 458 aa  225  2e-57  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.135679  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2852  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.34 
 
 		 444 aa  225  2e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1182  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.38 
 
 		 441 aa  224  3e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0484271  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0976  MiaB-like tRNA modifying enzyme  29.89 
 
 		 467 aa  224  4e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0149677  normal  0.0700259 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2123  tRNA-i(6)A37 thiotransferase enzyme MiaB  35.94 
 
 		 451 aa  223  4.9999999999999996e-57  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000417118  normal  0.0490217 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0522  MiaB-like tRNA modifying enzyme  30.82 
 
 		 420 aa  223  6e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1699  RNA modification enzyme, MiaB family  33.11 
 
 		 478 aa  222  9.999999999999999e-57  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000319842  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>