More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_2148 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_2148  DNA-repair protein  100 
 
 		 507 aa  1046    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000293029  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0871  Nucleotidyltransferase/DNA polymerase for DNA repair  56.43 
 
 		 529 aa  612  9.999999999999999e-175  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1306  DNA-repair protein  50.88 
 
 		 500 aa  524  1e-147  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1266  UV damage repair protein, ImpB/MucB/SamB family  50.69 
 
 		 488 aa  489  1e-137  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.185174  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02290  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  43.37 
 
 		 425 aa  405  1.0000000000000001e-112  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.674101  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1465  UMUC domain protein DNA-repair protein  42.66 
 
 		 443 aa  400  9.999999999999999e-111  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1117  UMUC domain protein DNA-repair protein  43.2 
 
 		 447 aa  385  1e-106  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1329  DNA-directed DNA polymerase  38.45 
 
 		 421 aa  331  2e-89  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0935  ImpB/MucB/SamB family protein  30.43 
 
 		 420 aa  208  2e-52  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006578  pBT9727_0061  DNA-damage repair protein  30.91 
 
 		 421 aa  204  3e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0241  ImpB/MucB/SamB family protein  30.31 
 
 		 421 aa  202  8e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.969005  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1425  DNA-directed DNA polymerase  29.84 
 
 		 420 aa  201  1.9999999999999998e-50  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3154  ImpB/MucB/SamB family protein  31.43 
 
 		 424 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.405487  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1454  DNA-directed DNA polymerase  29.84 
 
 		 420 aa  201  1.9999999999999998e-50  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007323  GBAA_pXO2_0094  ImpB/MucB/SamB family protein  30.71 
 
 		 421 aa  199  7.999999999999999e-50  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000984715  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0140  DNA-damage repair protein  29.92 
 
 		 421 aa  197  3e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3053  impB/mucB/samB family protein  28.99 
 
 		 421 aa  196  7e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.937265  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3288  impB/mucB/samB family protein  28.99 
 
 		 421 aa  196  7e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3279  impB/mucB/samB family protein  29.59 
 
 		 421 aa  196  1e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1339  SOS responce UmuC protein  27.99 
 
 		 471 aa  162  9e-39  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0479412  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0794  nucleotidyltransferase/DNA polymerase for DNA repair  27.13 
 
 		 420 aa  154  2.9999999999999998e-36  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.387249  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1094  nucleotidyltransferase/DNA polymerase for DNA repair  26.95 
 
 		 440 aa  154  5e-36  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.20731  n/a   
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3437  DNA-directed DNA polymerase  27.58 
 
 		 417 aa  152  2e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000548211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0974  nucleotidyltransferase/DNA polymerase for DNA repair  26.27 
 
 		 440 aa  150  5e-35  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0264968  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1270  ImpB/MucB/SamB family protein  26.85 
 
 		 471 aa  149  1.0000000000000001e-34  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.366213  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1455  nucleotidyltransferase/DNA polymerase for DNA repair  26.08 
 
 		 439 aa  142  9.999999999999999e-33  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13250  DNA-directed DNA polymerase  27.17 
 
 		 419 aa  139  1e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000669241  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2772  DNA polymerase IV  23.89 
 
 		 395 aa  79.3  0.0000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.317028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3129  damage-inducible protein DinP  27.06 
 
 		 399 aa  77.4  0.0000000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1132  DNA-directed DNA polymerase  23.72 
 
 		 408 aa  77  0.0000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2727  DNA-directed DNA polymerase  24.8 
 
 		 400 aa  77  0.0000000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0115509  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3604  DNA polymerase IV  30.43 
 
 		 364 aa  75.9  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.85941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0883  DNA-directed DNA polymerase  27.17 
 
 		 360 aa  74.3  0.000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1563  DNA-directed DNA polymerase  24.66 
 
 		 371 aa  74.3  0.000000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.233621  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0224  DNA-directed DNA polymerase  20.34 
 
 		 413 aa  74.3  0.000000000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2528  DNA polymerase IV  23.96 
 
 		 414 aa  72.4  0.00000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3597  DNA-directed DNA polymerase  25.19 
 
 		 380 aa  70.9  0.00000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3422  DNA polymerase IV  30.43 
 
 		 360 aa  70.9  0.00000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf186  Pol_IV_kappa DNA polymerase  26.69 
 
 		 416 aa  69.7  0.0000000001  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  0.0102913  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2871  DNA polymerase IV  26.58 
 
 		 359 aa  69.7  0.0000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1185  DNA polymerase IV  29.19 
 
 		 358 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000335845  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0276  DNA polymerase IV  29.95 
 
 		 351 aa  69.7  0.0000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.820662 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_22180  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  24.19 
 
 		 432 aa  68.9  0.0000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.000141857  normal  0.0200421 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00226  DNA polymerase IV  29.47 
 
 		 351 aa  68.2  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3376  DNA-directed DNA polymerase  29.47 
 
 		 351 aa  68.2  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2316  DNA-directed DNA polymerase  25.88 
 
 		 411 aa  68.2  0.0000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0260  DNA polymerase IV  29.47 
 
 		 351 aa  68.2  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3349  DNA polymerase IV  29.47 
 
 		 351 aa  68.2  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00229  hypothetical protein  29.47 
 
 		 351 aa  68.2  0.0000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0962  DNA polymerase IV  29.06 
 
 		 353 aa  68.6  0.0000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0228  DNA polymerase IV  29.47 
 
 		 354 aa  68.2  0.0000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.190428  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0265  DNA polymerase IV  29.47 
 
 		 351 aa  68.6  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0352  DNA polymerase IV  29.95 
 
 		 351 aa  67.8  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.990512 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0343  DNA polymerase IV  29.95 
 
 		 351 aa  67.8  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.663031 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0947  DNA polymerase IV  29.73 
 
 		 359 aa  67.8  0.0000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0362  DNA polymerase IV  29.95 
 
 		 351 aa  67.4  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.933253  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0347  DNA polymerase IV  29.95 
 
 		 351 aa  67.4  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0949  DNA polymerase IV  29.51 
 
 		 359 aa  67  0.0000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0758  DNA polymerase IV  23.57 
 
 		 395 aa  67  0.0000000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1114  DNA polymerase IV  29.73 
 
 		 357 aa  67  0.0000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0285  DNA polymerase IV  30.9 
 
 		 351 aa  67  0.0000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.32449 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0190  DNA-directed DNA polymerase  25.56 
 
 		 410 aa  67  0.0000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7046  UMUC domain protein DNA-repair protein  27.49 
 
 		 442 aa  66.6  0.0000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0354  DNA polymerase IV  29.95 
 
 		 351 aa  66.6  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000360383 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0762  DNA polymerase IV  29.95 
 
 		 352 aa  66.6  0.000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.072436 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2492  DNA-directed DNA polymerase  24.82 
 
 		 409 aa  66.2  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2364  DNA-directed DNA polymerase  23.32 
 
 		 409 aa  66.6  0.000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.259486  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1923  DNA-directed DNA polymerase  23.25 
 
 		 369 aa  65.5  0.000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000722148  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3530  DNA polymerase IV  30.39 
 
 		 421 aa  65.9  0.000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1574  DNA-directed DNA polymerase  28.07 
 
 		 410 aa  65.5  0.000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2527  DNA polymerase IV  29.73 
 
 		 355 aa  65.5  0.000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.598645 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0985  DNA polymerase IV  29.19 
 
 		 359 aa  65.9  0.000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1670  DNA-directed DNA polymerase  24.02 
 
 		 419 aa  65.9  0.000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000999976  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3092  DNA polymerase IV  29.89 
 
 		 358 aa  65.9  0.000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0937  DNA-directed DNA polymerase  24.82 
 
 		 436 aa  64.7  0.000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1756  UMUC domain protein DNA-repair protein  24.1 
 
 		 409 aa  64.7  0.000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000481583  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0732  DNA-directed DNA polymerase  23.55 
 
 		 363 aa  64.7  0.000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.833353  normal  0.0993965 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0455  DNA polymerase IV  26.77 
 
 		 356 aa  64.7  0.000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3311  DNA polymerase IV  21.99 
 
 		 432 aa  64.3  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0786451  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6078  DNA polymerase IV  24.84 
 
 		 365 aa  63.9  0.000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0159  DNA-directed DNA polymerase  24.3 
 
 		 418 aa  63.9  0.000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3374  DNA polymerase IV  26.74 
 
 		 385 aa  63.5  0.000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3438  DNA polymerase IV  26.06 
 
 		 352 aa  63.5  0.000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0141  DNA-directed DNA polymerase  24.3 
 
 		 418 aa  62.8  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3355  DNA polymerase IV  27.98 
 
 		 358 aa  62.8  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1362  DNA-directed DNA polymerase  29.25 
 
 		 393 aa  62.8  0.00000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0951  DNA polymerase IV  29.89 
 
 		 379 aa  63.2  0.00000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.126406  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3983  DNA polymerase IV  24.59 
 
 		 412 aa  62.4  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3752  DNA-directed DNA polymerase  27.68 
 
 		 420 aa  62.4  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0460  DNA polymerase IV  28.57 
 
 		 356 aa  62.4  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0961  DNA polymerase IV  27.46 
 
 		 359 aa  62.4  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.215034  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1560  DNA-directed DNA polymerase  21.59 
 
 		 408 aa  61.6  0.00000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0148  DNA-directed DNA polymerase  23.9 
 
 		 418 aa  61.6  0.00000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3552  DNA polymerase IV  27.98 
 
 		 358 aa  62  0.00000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2007  UMUC domain protein DNA-repair protein  22.38 
 
 		 413 aa  61.6  0.00000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.470929  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4277  DNA polymerase IV  25.6 
 
 		 412 aa  62  0.00000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.727972  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1229  DNA polymerase IV  22.38 
 
 		 400 aa  61.6  0.00000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000257934  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4214  DNA polymerase IV  25.27 
 
 		 412 aa  61.2  0.00000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000424274  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl328  DNA polymerase IV (PolIV)  22.97 
 
 		 370 aa  61.2  0.00000004  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  2.9387500000000003e-26  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3427  DNA polymerase IV  28.26 
 
 		 358 aa  61.2  0.00000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>