274 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_2042 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_2042  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  100 
 
 
307 aa  636    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.395632  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0891  transcriptional regulator, putative  32.35 
 
 
306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1363  YobV  28.75 
 
 
311 aa  152  5e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.396054  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5238  transcriptional regulator  30.74 
 
 
304 aa  145  8.000000000000001e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0664508  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  32.13 
 
 
299 aa  142  6e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2874  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.53 
 
 
322 aa  134  1.9999999999999998e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2492  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.48 
 
 
302 aa  123  5e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.156303  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0991  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.33 
 
 
302 aa  121  1.9999999999999998e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3646  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.89 
 
 
309 aa  118  9.999999999999999e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000392325  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0660  transcriptional regulator, putative  27.48 
 
 
301 aa  112  6e-24  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3428  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.81 
 
 
303 aa  106  6e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.34 
 
 
313 aa  105  1e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.440872  normal  0.310405 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0764  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.84 
 
 
298 aa  99.8  5e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000424784  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1078  transcriptional regulator  46.49 
 
 
132 aa  97.1  3e-19  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0312133  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3934  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.15 
 
 
321 aa  94  3e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0769202  hitchhiker  0.00173443 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2296  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.55 
 
 
322 aa  88.6  1e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000342768  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1092  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.13 
 
 
315 aa  82.8  0.000000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.206539  normal  0.830453 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6686  hypothetical protein  25 
 
 
327 aa  82  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0918823  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4546  DeoR family transcriptional regulator  24.84 
 
 
314 aa  81.3  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.86893  normal  0.117628 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3341  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.82 
 
 
177 aa  80.1  0.00000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000205485  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4041  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.31 
 
 
316 aa  80.1  0.00000000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0284  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.46 
 
 
332 aa  79.3  0.00000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.527195 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.53 
 
 
318 aa  79.3  0.00000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  30.24 
 
 
230 aa  79.3  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  29.27 
 
 
230 aa  79  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  29.27 
 
 
230 aa  79  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2944  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  23.84 
 
 
324 aa  78.2  0.0000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  26.62 
 
 
313 aa  77  0.0000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0875  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.06 
 
 
328 aa  77  0.0000000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0788  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  26.18 
 
 
319 aa  76.6  0.0000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3039  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.99 
 
 
235 aa  76.3  0.0000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.545561  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4054  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.62 
 
 
324 aa  76.3  0.0000000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.135242  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0335  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.07 
 
 
321 aa  75.5  0.000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.377994  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0249  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  21.5 
 
 
324 aa  73.6  0.000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3763  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.08 
 
 
323 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0064  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  22.35 
 
 
328 aa  72.8  0.000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188997  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.48 
 
 
324 aa  72.4  0.000000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.255194  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5463  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  23.73 
 
 
313 aa  72.4  0.000000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.364956  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1289  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.85 
 
 
315 aa  72  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.447111 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  26.18 
 
 
313 aa  71.2  0.00000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.64 
 
 
336 aa  71.2  0.00000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2155  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.74 
 
 
324 aa  70.5  0.00000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.190178 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7481  transcriptional regulator-like  23.96 
 
 
326 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.4 
 
 
321 aa  69.7  0.00000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0044  Helix-turn-helix type 11 domain protein  21.88 
 
 
318 aa  69.7  0.00000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.164988  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1962  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  22.09 
 
 
330 aa  69.3  0.00000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.000800393  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.37 
 
 
321 aa  69.7  0.00000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0509362  hitchhiker  0.00000175857 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0562  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  22.64 
 
 
317 aa  69.3  0.00000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.349747  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2166  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.23 
 
 
320 aa  69.3  0.00000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.304825  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5326  DeoR family transcriptional regulator  22.65 
 
 
318 aa  68.6  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.587405  normal  0.563326 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2098  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.71 
 
 
318 aa  68.6  0.0000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.11 
 
 
316 aa  68.6  0.0000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0560  transcriptional regulator  23.2 
 
 
317 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00184479  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  23.98 
 
 
231 aa  68.2  0.0000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3980  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  21.41 
 
 
317 aa  68.2  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.26771  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2010  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  38.89 
 
 
320 aa  67.8  0.0000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0920  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.18 
 
 
327 aa  67  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.711136  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3029  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.12 
 
 
327 aa  67.4  0.0000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.189154  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3107  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.42 
 
 
324 aa  67.4  0.0000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.786544  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.21 
 
 
232 aa  67  0.0000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.117205 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1376  Helix-turn-helix type 11 domain protein  22.66 
 
 
328 aa  67.4  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  26.3 
 
 
313 aa  66.6  0.0000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1028  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.04 
 
 
323 aa  66.6  0.0000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3859  hypothetical protein  27.66 
 
 
323 aa  66.2  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  24.53 
 
 
313 aa  66.2  0.0000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3846  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.24 
 
 
230 aa  66.2  0.0000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80209  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0206  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.79 
 
 
318 aa  65.9  0.0000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0242006 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2933  helix-turn-helix, type 11  24.27 
 
 
230 aa  65.9  0.0000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.686891  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0705  hypothetical protein  22.57 
 
 
317 aa  65.9  0.0000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0615  hypothetical protein  21.94 
 
 
317 aa  65.1  0.000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.759398  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0648  hypothetical protein  21.94 
 
 
317 aa  65.1  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0266881  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2496  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.74 
 
 
322 aa  65.1  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.496312  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2626  helix-turn-helix, type 11  27.31 
 
 
230 aa  65.1  0.000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.182787  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2670  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.31 
 
 
230 aa  65.1  0.000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.750457  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0172  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  24.04 
 
 
242 aa  65.1  0.000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.657073  normal  0.98017 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0559  transcriptional regulator  22.01 
 
 
317 aa  64.3  0.000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0452  helix-turn-helix type 11 domain protein  24.38 
 
 
324 aa  65.1  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0815  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.08 
 
 
312 aa  64.3  0.000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.502142  hitchhiker  0.0000272273 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4323  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  23.11 
 
 
327 aa  63.9  0.000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.807083  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1446  putative transcriptional regulator  25.11 
 
 
332 aa  63.2  0.000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00684408  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  22 
 
 
335 aa  63.5  0.000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4654  hypothetical protein  22.88 
 
 
317 aa  63.2  0.000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000770885  unclonable  9.19298e-26 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0190  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.56 
 
 
242 aa  63.2  0.000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1758  hypothetical protein  28.34 
 
 
230 aa  63.2  0.000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0343  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.23 
 
 
339 aa  63.2  0.000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2785  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  25.49 
 
 
229 aa  62.4  0.000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4133  DeoR family transcriptional regulator  25.48 
 
 
317 aa  62.4  0.000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113991  normal  0.040793 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2689  hypothetical protein  20.37 
 
 
320 aa  62.4  0.00000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0201589  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2474  hypothetical protein  21.12 
 
 
320 aa  62.4  0.00000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0188594  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0684  hypothetical protein  21.94 
 
 
317 aa  62  0.00000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0732899  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2656  hypothetical protein  21.12 
 
 
320 aa  62.4  0.00000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0221  helix-turn-helix, type 11  23.29 
 
 
228 aa  62  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0705  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  23.29 
 
 
228 aa  62  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.179711  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1998  Helix-turn-helix type 11 domain protein  22.19 
 
 
334 aa  61.6  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.556593 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2541  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.32 
 
 
228 aa  62  0.00000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0672  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.77 
 
 
228 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.664641  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3402  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.01 
 
 
323 aa  61.2  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0120343  normal  0.0687104 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6203  DeoR family transcriptional regulator  25 
 
 
318 aa  61.2  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3647  Helix-turn-helix type 11 domain protein  22.76 
 
 
320 aa  61.6  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.306366  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0777  hypothetical protein  21.94 
 
 
317 aa  61.6  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.845326  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>