More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_2007 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_2007  two component AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 529 aa  1082    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1228  two component transcriptional regulator, AraC family  28.73 
 
 		 532 aa  220  5e-56  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0944  two component transcriptional regulator, AraC family  25.05 
 
 		 539 aa  196  8.000000000000001e-49  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2253  two component AraC family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 532 aa  179  9e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0600  two component transcriptional regulator, AraC family  24.86 
 
 		 546 aa  174  3.9999999999999995e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1138  two component transcriptional regulator, AraC family  26.96 
 
 		 519 aa  167  5.9999999999999996e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0995  two component transcriptional regulator, AraC family  25.69 
 
 		 542 aa  166  1.0000000000000001e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0496  two component AraC family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 543 aa  166  1.0000000000000001e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2113  two component transcriptional regulator, AraC family  25.55 
 
 		 538 aa  164  4.0000000000000004e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.141697  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  26.5 
 
 		 515 aa  162  2e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3249  two component transcriptional regulator, AraC family  25.27 
 
 		 531 aa  161  3e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1982  two component transcriptional regulator, AraC family  24.28 
 
 		 544 aa  160  5e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.184696  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0147  two component transcriptional regulator, AraC family  25.97 
 
 		 525 aa  159  9e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0198  two component transcriptional regulator, AraC family  25.84 
 
 		 534 aa  158  2e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0149  two component transcriptional regulator, AraC family  26.74 
 
 		 525 aa  155  2e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  26.97 
 
 		 537 aa  154  4e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2344  AraC family DNA-binding response regulator  28.19 
 
 		 507 aa  150  4e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.627636  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  24.4 
 
 		 513 aa  149  8e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2056  AraC family DNA-binding response regulator  28 
 
 		 507 aa  147  5e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  27.29 
 
 		 530 aa  147  6e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2113  two component AraC family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 548 aa  141  1.9999999999999998e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3282  two component AraC family transcriptional regulator  24.77 
 
 		 535 aa  139  2e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2055  two component transcriptional regulator, AraC family  25.31 
 
 		 519 aa  133  6.999999999999999e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3164  two component AraC family transcriptional regulator  23.97 
 
 		 544 aa  133  9e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0633186  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1722  two component AraC family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 508 aa  130  6e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1645  two component transcriptional regulator, AraC family  24.41 
 
 		 526 aa  129  1.0000000000000001e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.168722  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0579  two component AraC family transcriptional regulator  23.7 
 
 		 531 aa  127  3e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2452  two component transcriptional regulator, AraC family  23.41 
 
 		 509 aa  127  6e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0693402  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0525  two component AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 522 aa  126  9e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0314  two component transcriptional regulator, AraC family  25.04 
 
 		 494 aa  120  7.999999999999999e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2123  two component AraC family transcriptional regulator  24.48 
 
 		 414 aa  117  5e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.331776  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0399  response regulator receiver protein  32.23 
 
 		 365 aa  108  4e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2373  two component transcriptional regulator, AraC family  36.15 
 
 		 252 aa  107  5e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1111  AraC family transcriptional regulator  43.97 
 
 		 506 aa  107  6e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000128485  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3211  two component AraC family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 548 aa  103  6e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0042226  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0555  AraC family DNA-binding response regulator  23.02 
 
 		 529 aa  103  6e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3034  two component AraC family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 556 aa  101  3e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00618221  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0539  AraC family DNA-binding response regulator  24.1 
 
 		 529 aa  99.4  1e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19910  response regulator receiver protein  37.5 
 
 		 386 aa  99  2e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3697  two component AraC family transcriptional regulator  23.32 
 
 		 517 aa  99.4  2e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000611836  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0853  two component transcriptional regulator, AraC family  42.74 
 
 		 509 aa  97.4  5e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2141  two component AraC family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 260 aa  96.3  1e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3861  two component AraC family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 259 aa  95.9  2e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0771  two component AraC family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 355 aa  95.1  3e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000862622  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2550  two component transcriptional regulator, AraC family  37.93 
 
 		 502 aa  94  6e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0618  two component AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 258 aa  93.2  1e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000605397  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4591  two component transcriptional regulator, AraC family  37.4 
 
 		 265 aa  91.3  4e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0919  two component AraC family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 356 aa  91.3  4e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1179  two component AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 359 aa  91.3  4e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2718  two component transcriptional regulator, AraC family  36.03 
 
 		 259 aa  90.1  9e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0293  two component AraC family transcriptional regulator  38.17 
 
 		 532 aa  88.6  2e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0213  response regulator receiver  33.33 
 
 		 252 aa  85.5  0.000000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0207  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 252 aa  85.5  0.000000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1583  two component AraC family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 533 aa  84  0.000000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.160886  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2406  AraC family DNA-binding response regulator  34.96 
 
 		 251 aa  82.8  0.00000000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1205  AraC family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 440 aa  83.2  0.00000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.909691  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1584  two component AraC family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 259 aa  83.2  0.00000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1251  two component transcriptional regulator, AraC family  31.07 
 
 		 566 aa  82.4  0.00000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1946  DNA-binding response regulator  35.56 
 
 		 257 aa  82  0.00000000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0876  transcriptional regulator, AraC family  44.94 
 
 		 405 aa  80.9  0.00000000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1824  two component AraC family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 362 aa  80.9  0.00000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000196685  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0959  putative two-component response-regulatory protein YehT  40.16 
 
 		 241 aa  80.9  0.00000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.606019  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5488  two-component response regulator AlgR  38.05 
 
 		 248 aa  80.1  0.00000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1040  response regulator receiver protein  33.58 
 
 		 391 aa  79.7  0.0000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.369353  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3249  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.14 
 
 		 211 aa  80.1  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.414819  normal  0.558116 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3887  two component AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 252 aa  80.1  0.0000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1394  two component AraC family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 523 aa  79.3  0.0000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0042226  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0318  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  31.87 
 
 		 444 aa  78.2  0.0000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.623728  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0127  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  37.17 
 
 		 248 aa  77.8  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0387  response regulator  28.86 
 
 		 261 aa  77.8  0.0000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2033  transcriptional regulator, AraC family  31.53 
 
 		 267 aa  77.8  0.0000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0845  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  30.14 
 
 		 508 aa  77  0.0000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.903712  hitchhiker  0.00198769 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1355  two component LuxR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 230 aa  77  0.0000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0063  response regulator receiver:LytTr DNA-binding region  36.28 
 
 		 248 aa  77  0.0000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0864  two component AraC family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 503 aa  76.3  0.000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3405  two component AraC family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 253 aa  75.5  0.000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.100445  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  38.78 
 
 		 519 aa  75.5  0.000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0097  LytR/AlgR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 245 aa  75.5  0.000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0488  response regulator receiver protein  36.22 
 
 		 252 aa  75.5  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2375  two component LuxR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 214 aa  75.9  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.405291  normal  0.0506876 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6007  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  35.4 
 
 		 248 aa  75.1  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.404994  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0886  transcriptional regulator, AraC family  27.78 
 
 		 313 aa  75.1  0.000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0055  LytTR family two component transcriptional regulator  30 
 
 		 243 aa  75.1  0.000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.868518  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69470  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  35.4 
 
 		 248 aa  75.1  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.184834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3262  response regulator receiver protein  32.04 
 
 		 257 aa  74.3  0.000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0279  two-component response regulator AlgR  36.28 
 
 		 248 aa  74.3  0.000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0957  putative two-component response-regulatory protein YehT  37.4 
 
 		 241 aa  73.9  0.000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.147856  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0338  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  31.3 
 
 		 513 aa  73.6  0.000000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.102838 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2028  two component LuxR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 219 aa  73.6  0.000000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.515359  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1289  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  32.46 
 
 		 221 aa  73.6  0.000000000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.132207  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0060  LytTR family two component transcriptional regulator  30 
 
 		 243 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0478076  hitchhiker  0.000497336 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0059  two component transcriptional regulator, LytTR family  30 
 
 		 243 aa  73.6  0.00000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.182784  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3375  two component LuxR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 212 aa  72.8  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1280  two component transcriptional regulator, AraC family  34.58 
 
 		 492 aa  73.6  0.00000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4299  LytTR family two component transcriptional regulator  30 
 
 		 243 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000001386  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3979  two component transcriptional regulator, AraC family  32.54 
 
 		 348 aa  73.2  0.00000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1694  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  31.82 
 
 		 472 aa  73.2  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3679  LytR/AlgR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 262 aa  72.4  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2393  putative two-component response-regulatory protein YehT  35.71 
 
 		 239 aa  72.8  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2397  putative two-component response-regulatory protein YehT  35.71 
 
 		 239 aa  72.8  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.423362  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>