202 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_1742 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_1742  transcriptional regulator, CdaR  100 
 
 		 520 aa  1072    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1023  putative transcriptional regulator, PucR family  27.33 
 
 		 518 aa  153  7e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0774134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2428  putative transcriptional regulator, PucR family  24.19 
 
 		 563 aa  127  5e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3511  putative transcriptional regulator, PucR family  23.86 
 
 		 411 aa  89.4  2e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0319  transcriptional regulator, CdaR  32.47 
 
 		 518 aa  85.5  0.000000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0789  putative transcriptional regulator, PucR family  23.16 
 
 		 421 aa  84.7  0.000000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.691092  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  28.65 
 
 		 518 aa  84.3  0.000000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0552  transcriptional regulator, CdaR  25.07 
 
 		 513 aa  84  0.000000000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3379  putative transcriptional regulator, PucR family  23.76 
 
 		 412 aa  84  0.000000000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.670117  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1109  putative transcriptional regulator, PucR family  29.47 
 
 		 515 aa  80.1  0.00000000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2682  CdaR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 410 aa  76.6  0.000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.250773 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4823  CdaR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 563 aa  75.5  0.000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4831  CdaR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 305 aa  75.1  0.000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.558318 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1844  putative transcriptional regulator, PucR family  32.56 
 
 		 150 aa  75.1  0.000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000616925  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2125  CdaR family transcriptional regulator  30 
 
 		 553 aa  73.9  0.000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2516  CdaR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 410 aa  73.9  0.000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.882452  hitchhiker  0.00525591 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2584  CdaR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 410 aa  73.9  0.000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0253074 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2640  transcriptional regulator, CdaR  31.52 
 
 		 413 aa  73.6  0.000000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.513243  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1774  putative sugar diacid utilization regulator  33.33 
 
 		 407 aa  73.2  0.00000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00161  DNA-binding transcriptional activator  27.94 
 
 		 385 aa  72.4  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3440  transcriptional regulator, CdaR  27.94 
 
 		 385 aa  72.4  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0172  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  27.94 
 
 		 385 aa  72.4  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2804  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  28.77 
 
 		 385 aa  72.4  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00160  hypothetical protein  27.94 
 
 		 385 aa  72.4  0.00000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0166  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  27.94 
 
 		 385 aa  72.4  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0167  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  27.94 
 
 		 376 aa  72.4  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3497  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  27.94 
 
 		 385 aa  72.4  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0174  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  27.94 
 
 		 385 aa  72.4  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1182  transcriptional regulator, CdaR  30.66 
 
 		 555 aa  71.6  0.00000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000261051  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3095  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  28.08 
 
 		 385 aa  72  0.00000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0249  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  26.5 
 
 		 385 aa  71.2  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0233  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  26.5 
 
 		 385 aa  71.2  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0247  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  26.5 
 
 		 385 aa  71.2  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0230  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  26.5 
 
 		 385 aa  71.2  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0231  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  26.5 
 
 		 385 aa  71.2  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.466297  normal  0.982671 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0207  transcriptional regulator  29.2 
 
 		 558 aa  70.9  0.00000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000326759  normal  1 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5594  PucR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 410 aa  70.9  0.00000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1182  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  27.4 
 
 		 385 aa  70.5  0.00000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0702  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  25.5 
 
 		 385 aa  70.5  0.00000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1473  transcriptional regulator, CdaR  33.09 
 
 		 413 aa  70.1  0.00000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1043  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  28.08 
 
 		 385 aa  69.7  0.0000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1869  transcriptional regulator, PucR family  29.31 
 
 		 609 aa  68.6  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0390  transcriptional regulator, CdaR  31.4 
 
 		 525 aa  67.8  0.0000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.292319 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0141  transcriptional regulator, CdaR  30.58 
 
 		 525 aa  66.2  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1045  transcriptional regulator, CdaR  30.6 
 
 		 350 aa  65.9  0.000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00204704  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4574  transcriptional regulator, CdaR  31.43 
 
 		 407 aa  65.5  0.000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.325044  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03504  sugar diacide regulator  28.17 
 
 		 168 aa  64.7  0.000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06864  transcriptional regulator  26.83 
 
 		 376 aa  63.9  0.000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2703  transcriptional regulator, CdaR  26.75 
 
 		 383 aa  63.5  0.000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.601624  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3130  transcriptional regulator, CdaR  27.74 
 
 		 382 aa  63.2  0.00000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420648 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1802  transcriptional regulator, CdaR  27.7 
 
 		 364 aa  63.2  0.00000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000701672  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2351  CdaR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 390 aa  62.8  0.00000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000556727  normal  0.18392 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3621  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  27.66 
 
 		 384 aa  62.8  0.00000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.420208  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2528  transcriptional regulator, CdaR  26.47 
 
 		 387 aa  63.2  0.00000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1518  transcriptional regulator, CdaR  28.3 
 
 		 385 aa  63.2  0.00000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1801  transcriptional regulator, PucR family  30.06 
 
 		 562 aa  62.4  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2770  transcriptional regulator, CdaR  29.92 
 
 		 413 aa  62  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0333515  hitchhiker  0.000000603935 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0753  hypothetical protein  31.06 
 
 		 399 aa  61.6  0.00000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0562185  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0388  purine catabolism PurC domain-containing protein  28.93 
 
 		 379 aa  61.6  0.00000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000701457  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3051  hypothetical protein  25.23 
 
 		 740 aa  61.2  0.00000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2969  transcriptional regulator, CdaR  25.15 
 
 		 538 aa  60.8  0.00000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00320725  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0948  transcriptional regulator, CdaR  30.22 
 
 		 436 aa  60.8  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.640596  normal  0.171254 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0740  hypothetical protein  30.43 
 
 		 399 aa  60.5  0.00000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000706323  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2339  putative transcriptional regulator, PucR family  29.41 
 
 		 705 aa  60.5  0.00000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00013602  hitchhiker  0.000729233 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_03650  hypothetical protein  22.3 
 
 		 435 aa  60.1  0.0000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1607  transcriptional regulator, CdaR  29.13 
 
 		 413 aa  58.9  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0115925 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0143  transcriptional regulator, CdaR  31.69 
 
 		 388 aa  58.5  0.0000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1861  CdaR family transcriptional regulator  23.21 
 
 		 361 aa  58.5  0.0000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0198483  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3177  CdaR transcriptional regulator  30.33 
 
 		 389 aa  58.2  0.0000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0778  transcriptional regulator, PucR family  25.45 
 
 		 425 aa  58.2  0.0000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0658648  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2539  transcriptional regulator, CdaR  30.33 
 
 		 365 aa  58.2  0.0000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3106  transcriptional regulator, PucR family  22.51 
 
 		 618 aa  57.8  0.0000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.411475  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2592  carbohydrate diacid regulator (sugar diacid regulator)  29.5 
 
 		 381 aa  57.4  0.0000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1521  CdaR family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 372 aa  57.4  0.0000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000148841  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0150  transcriptional regulator, CdaR  26.24 
 
 		 384 aa  57.4  0.0000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.252544  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5503  putative transcriptional regulator, PucR family  22.29 
 
 		 600 aa  57  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00160149 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1604  putative GAF sensor protein  25.26 
 
 		 631 aa  57  0.0000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0719591 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1897  transcriptional regulator, CdaR  25.73 
 
 		 381 aa  57  0.0000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4258  putative transcriptional regulator, PucR family  38.03 
 
 		 547 aa  56.6  0.0000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.484226  normal  0.267228 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1573  transcriptional regulator, CdaR  28.35 
 
 		 413 aa  57  0.0000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3341  transcriptional regulator, CdaR  26.81 
 
 		 442 aa  56.2  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  hitchhiker  0.00355427  normal  0.121682 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1633  purine catabolism PurC domain-containing protein  28.21 
 
 		 601 aa  56.6  0.000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.154035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2673  transcriptional regulator, CdaR  30.33 
 
 		 365 aa  56.6  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0615728  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2232  PucR family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 537 aa  55.5  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.129404 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2288  PucR family transcriptional regulator  21.05 
 
 		 597 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0468789 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0764  putative transcriptional regulator, PucR family  29.27 
 
 		 311 aa  55.1  0.000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.829875  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1382  transcriptional regulator, CdaR  27.21 
 
 		 400 aa  55.1  0.000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1241  PucR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 552 aa  55.1  0.000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0259232 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1380  CdaR family transcriptional regulator  21.43 
 
 		 403 aa  54.3  0.000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000902469  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0484  transcriptional regulator, CdaR  29.2 
 
 		 404 aa  54.3  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4896  transcriptional regulator, CdaR  21.43 
 
 		 616 aa  54.3  0.000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1388  transcriptional regulator, CdaR  23.05 
 
 		 493 aa  54.3  0.000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2017  CdaR family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 564 aa  54.3  0.000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.294249  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6672  putative transcriptional regulator, PucR family  26.72 
 
 		 520 aa  54.3  0.000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0255343  normal  0.214426 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0087  CdaR family transcriptional regulator  24.82 
 
 		 383 aa  54.3  0.000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.39788  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4405  transcriptional regulator, CdaR  29.41 
 
 		 402 aa  54.3  0.000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2909  CdaR family transcriptional regulator  24.46 
 
 		 374 aa  52.8  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.437395 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3096  purine catabolism PurC domain-containing protein  25.32 
 
 		 480 aa  53.1  0.00001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.578802  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0531  transcriptional regulator, PucR family  26.67 
 
 		 512 aa  52.8  0.00001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2691  transcriptional regulator, CdaR  29.51 
 
 		 365 aa  52.8  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>