More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_1454 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_1454  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 334 aa  692    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0012728  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2079  transcriptional regulator, LacI family  31.9 
 
 		 341 aa  158  1e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.275805  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1547  LacI family transcription regulator  32.35 
 
 		 337 aa  155  1e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0111532  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1340  LacI family transcription regulator  32.06 
 
 		 337 aa  154  2.9999999999999998e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000460933  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0714  transcriptional regulator, LacI family  31.64 
 
 		 334 aa  152  7e-36  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0539  transcriptional regulator, LacI family  30.32 
 
 		 340 aa  152  8e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03334  DNA-binding transcriptional repressor EbgR  30.18 
 
 		 328 aa  144  3e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0302  LacI family transcription regulator  32.25 
 
 		 333 aa  140  3.9999999999999997e-32  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.323775  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002659  beta-D-galactosidase transcriptional repressor  27.94 
 
 		 328 aa  139  6e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.443693  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1372  galactose operon repressor  30.61 
 
 		 331 aa  137  3.0000000000000003e-31  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3542  DNA-binding transcriptional repressor EbgR  30.55 
 
 		 327 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02944  DNA-binding transcriptional repressor  30.55 
 
 		 327 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0626  transcriptional regulator, LacI family  30.55 
 
 		 327 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02894  hypothetical protein  30.55 
 
 		 327 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3369  DNA-binding transcriptional repressor EbgR  31.61 
 
 		 327 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4389  DNA-binding transcriptional repressor EbgR  30.55 
 
 		 327 aa  130  3e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3257  DNA-binding transcriptional repressor EbgR  30.55 
 
 		 327 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0625  DNA-binding transcriptional repressor EbgR  30.55 
 
 		 327 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1972  DNA-binding transcriptional repressor EbgR  28.4 
 
 		 326 aa  128  2.0000000000000002e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0103522 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1775  LacI family transcription regulator  27.66 
 
 		 330 aa  122  9.999999999999999e-27  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0977  transcriptional regulator, LacI family  26.7 
 
 		 343 aa  110  3e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0793  transcriptional regulator, LacI family  28.94 
 
 		 340 aa  110  4.0000000000000004e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.137474  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0741  transcriptional regulator, LacI family  27.02 
 
 		 343 aa  107  2e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1949  LacR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 336 aa  106  5e-22  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.721622  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1559  alanine racemase  28.19 
 
 		 333 aa  104  2e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000066632  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2788  transcriptional regulator, LacI family  25.15 
 
 		 339 aa  104  3e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  26.25 
 
 		 337 aa  103  5e-21  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4137  regulatory protein LacI  25.29 
 
 		 359 aa  102  9e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.11 
 
 		 342 aa  102  1e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06141  hypothetical protein  28.05 
 
 		 336 aa  102  1e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  26.42 
 
 		 334 aa  100  4e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000337  ribose operon repressor  27.37 
 
 		 340 aa  98.6  1e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  27.92 
 
 		 333 aa  97.1  4e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  26.21 
 
 		 331 aa  96.7  5e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1063  LacI family transcription regulator  25.66 
 
 		 337 aa  95.9  8e-19  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1601  alanine racemase  28.41 
 
 		 337 aa  95.5  1e-18  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.520299  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3179  transcriptional regulator, LacI family  25.65 
 
 		 355 aa  94.7  2e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.588941  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2388  DNA-binding transcriptional repressor PurR  27.35 
 
 		 341 aa  95.1  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.282493  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  25.95 
 
 		 337 aa  94.7  2e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1214  transcriptional regulator, LacI family  24.15 
 
 		 333 aa  94.4  2e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000107104  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  25.63 
 
 		 341 aa  94.4  3e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1087  LacI family transcription regulator  22.97 
 
 		 339 aa  94  3e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.42902  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2672  DNA-binding transcriptional repressor PurR  27.06 
 
 		 341 aa  94  4e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.807137  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1323  transcription regulator of beta-galactosidase gene  25.48 
 
 		 333 aa  93.2  5e-18  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2196  LacI family transcription regulator  28.93 
 
 		 340 aa  93.2  5e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0908748  hitchhiker  0.000488625 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  25.51 
 
 		 334 aa  92.8  7e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4844  transcriptional regulator, LacI family  27.71 
 
 		 344 aa  92.4  9e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0280353  hitchhiker  0.000467686 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3266  transcriptional regulator, LacI family  27.22 
 
 		 340 aa  92  1e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.030441 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.67 
 
 		 342 aa  92  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.67 
 
 		 342 aa  92  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1789  DNA-binding transcriptional repressor PurR  27.41 
 
 		 341 aa  91.7  1e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0286691 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1662  LacI family transcription regulator  24.93 
 
 		 337 aa  91.7  2e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13150  transcriptional regulator, LacI family  28.93 
 
 		 344 aa  91.3  2e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2870  transcriptional regulator, LacI family  23.08 
 
 		 342 aa  91.7  2e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01629  DNA-binding transcriptional repressor, hypoxanthine-binding  26.82 
 
 		 341 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.847977  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1982  transcriptional regulator, LacI family  26.82 
 
 		 341 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0168569  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01618  hypothetical protein  26.82 
 
 		 341 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.850711  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1971  DNA-binding transcriptional repressor PurR  26.82 
 
 		 341 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000994316 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1538  DNA-binding transcriptional repressor PurR  26.82 
 
 		 341 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0686294  normal  0.0781462 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1857  DNA-binding transcriptional repressor PurR  26.82 
 
 		 341 aa  90.9  3e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000046163  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1738  DNA-binding transcriptional repressor PurR  26.82 
 
 		 341 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.20958e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2372  DNA-binding transcriptional repressor PurR  26.82 
 
 		 341 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000002203  normal  0.181026 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2711  alanine racemase  25.72 
 
 		 342 aa  90.5  4e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000872573  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1873  DNA-binding transcriptional repressor PurR  26.82 
 
 		 341 aa  90.5  4e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000326079  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19800  transcriptional regulator, LacI family  29.11 
 
 		 336 aa  90.1  5e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0881  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.32 
 
 		 325 aa  89.7  6e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188257  normal  0.666839 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3838  LacI family transcription regulator  24.86 
 
 		 343 aa  89.7  7e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0297  LacI family transcription regulator  25.36 
 
 		 340 aa  89.4  9e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4116  maltose operon transcriptional repressor  24.86 
 
 		 340 aa  89.4  9e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.271073  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2594  transcriptional regulator, LacI family  24.2 
 
 		 339 aa  89.4  9e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  25.29 
 
 		 338 aa  88.6  1e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1744  DNA-binding transcriptional repressor PurR  26.88 
 
 		 341 aa  88.6  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000285436  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  25.14 
 
 		 333 aa  88.6  1e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  26.3 
 
 		 333 aa  89  1e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1540  DNA-binding transcriptional repressor PurR  26.88 
 
 		 341 aa  88.6  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.000065632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  27.71 
 
 		 335 aa  89  1e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1683  DNA-binding transcriptional repressor PurR  26.69 
 
 		 341 aa  88.6  1e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1563  DNA-binding transcriptional repressor PurR  26.88 
 
 		 341 aa  88.2  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00208837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  24.35 
 
 		 334 aa  88.2  2e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4363  LacI family transcription regulator  24.72 
 
 		 349 aa  87.8  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000162438  normal  0.697334 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  24.86 
 
 		 328 aa  87.8  2e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1913  DNA-binding transcriptional repressor PurR  26.88 
 
 		 341 aa  88.2  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000592501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1164  LacI family transcription regulator  25 
 
 		 344 aa  88.2  2e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1324  LacI family transcription regulator  25.14 
 
 		 336 aa  88.2  2e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0131249  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1526  DNA-binding transcriptional repressor PurR  26.88 
 
 		 341 aa  88.2  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.580264  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  26.81 
 
 		 386 aa  87.8  3e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1715  DNA-binding transcriptional repressor PurR  27.09 
 
 		 341 aa  87.4  3e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.117715  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1123  maltose operon transcriptional repressor  24.57 
 
 		 343 aa  87.8  3e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1870  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.85 
 
 		 337 aa  87.4  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.796705  normal  0.714887 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4028  maltose operon transcriptional repressor  24.57 
 
 		 343 aa  86.7  5e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3919  maltose operon transcriptional repressor  24.57 
 
 		 343 aa  86.7  5e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3751  maltose operon transcriptional repressor  24.57 
 
 		 343 aa  86.7  5e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4226  maltose operon transcriptional repressor  24.57 
 
 		 343 aa  86.7  5e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1320  LacI family transcription regulator  25.43 
 
 		 342 aa  86.7  5e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.593334  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1744  transcriptional regulator, LacI family  27.27 
 
 		 336 aa  86.7  5e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4134  maltose operon transcriptional repressor  24.57 
 
 		 340 aa  86.7  6e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01670  transcriptional regulator  24.93 
 
 		 348 aa  86.7  6e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  26.16 
 
 		 347 aa  86.3  6e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  26.55 
 
 		 339 aa  86.7  6e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0091  LacI family transcription regulator  22.74 
 
 		 346 aa  86.7  6e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>