131 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_1364 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_1364  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 
206 aa  430  1e-120  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2131  transcriptional regulator, TetR family  30.69 
 
 
205 aa  107  1e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3136  TetR family transcriptional regulator  30.2 
 
 
205 aa  105  5e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.495546  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2898  TetR family transcriptional regulator  29.21 
 
 
205 aa  103  2e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3115  TetR family transcriptional regulator  29.21 
 
 
205 aa  103  2e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2893  TetR family transcriptional regulator  29.21 
 
 
205 aa  103  2e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0699347  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3106  transcriptional regulator, TetR family  29.7 
 
 
205 aa  103  2e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3118  transcriptional regulator, TetR family  29.21 
 
 
205 aa  103  2e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3139  transcriptional regulator, TetR family  29.21 
 
 
205 aa  101  6e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.145779  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2867  TetR family transcriptional regulator  29.21 
 
 
211 aa  101  9e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.451195  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2824  TetR family transcriptional regulator  28.71 
 
 
211 aa  101  9e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.551621  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2357  transcriptional regulator, TetR family  34.83 
 
 
190 aa  100  1e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0067585  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2683  transcriptional regulator, TetR family  27.98 
 
 
219 aa  99  4e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0774408  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1514  AcrR family transcriptional regulator  28.42 
 
 
189 aa  96.3  3e-19  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0158  transcriptional regulator, TetR family  31.12 
 
 
228 aa  94.7  8e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07230  transcriptional regulator  27.84 
 
 
205 aa  89  4e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.350601  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2118  transcriptional regulator, TetR family  26.32 
 
 
201 aa  85.1  6e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000195115  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0744  hypothetical protein  28.32 
 
 
184 aa  84.3  0.000000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.202203  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0727  hypothetical protein  28.32 
 
 
184 aa  84  0.000000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04830  transcriptional regulator  28.12 
 
 
228 aa  80.5  0.00000000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.764774  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1897  TetR family transcriptional regulator  25.41 
 
 
202 aa  78.6  0.00000000000006  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0813  transcriptional regulator  26.29 
 
 
181 aa  77  0.0000000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.0000037914  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5332  putative transcriptional regulator, TetR family  25.51 
 
 
212 aa  77  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.780657 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2392  transcriptional regulator, TetR family  28.21 
 
 
184 aa  75.9  0.0000000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.255301 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1897  TetR family transcriptional regulator  26.34 
 
 
192 aa  74.7  0.0000000000009  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4694  transcriptional regulator, TetR family  27.27 
 
 
205 aa  74.7  0.0000000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000803209  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4701  TetR family transcriptional regulator  26.29 
 
 
205 aa  72  0.000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000742649  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4466  TetR family transcriptional regulator  26.29 
 
 
205 aa  72.4  0.000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00176628  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4301  TetR family transcriptional regulator  26.29 
 
 
205 aa  72.4  0.000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000465082  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4312  TetR family transcriptional regulator  26.29 
 
 
205 aa  72.4  0.000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0243746  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4814  TetR family transcriptional regulator  26.29 
 
 
205 aa  72.4  0.000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00735833  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4685  transcriptional regulator, TetR family  26.29 
 
 
205 aa  72.4  0.000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.17076e-49 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4678  transcriptional regulator, TetR family  26.26 
 
 
205 aa  72  0.000000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.000014554  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0559  transcriptional regulator, TetR family  26.26 
 
 
205 aa  72  0.000000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000271654  hitchhiker  2.35635e-17 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2667  transcriptional regulator, TetR family  26.14 
 
 
200 aa  71.6  0.000000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1710  hypothetical protein  25.82 
 
 
289 aa  70.9  0.00000000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04120  hypothetical protein  24.21 
 
 
195 aa  69.3  0.00000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.453544  normal  0.455959 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4401  TetR family transcriptional regulator  25.25 
 
 
205 aa  69.7  0.00000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00379703  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4929  putative transcriptional regulator, TetR family  25.28 
 
 
205 aa  68.9  0.00000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.182818  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3256  TetR family transcriptional regulator  24.62 
 
 
205 aa  68.6  0.00000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.20288  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0148  putative transcriptional regulator, TetR family  26.7 
 
 
235 aa  68.6  0.00000000006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6632  transcriptional regulator, TetR family  27.87 
 
 
226 aa  67  0.0000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.000455029  decreased coverage  0.000000500161 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2615  TetR family transcriptional regulator  21.89 
 
 
195 aa  66.6  0.0000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2669  hypothetical protein  21.89 
 
 
195 aa  66.6  0.0000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0202  putative transcriptional regulator, TetR family  24.23 
 
 
195 aa  66.2  0.0000000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2401  TetR family transcriptional regulator  24.47 
 
 
207 aa  66.2  0.0000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.148693  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2447  regulatory protein TetR  24.47 
 
 
207 aa  66.2  0.0000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00212312  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1892  transcriptional regulator  25.13 
 
 
205 aa  65.9  0.0000000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00216331  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3279  transcriptional regulator, TetR family  25.53 
 
 
192 aa  65.9  0.0000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.649622  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06720  transcriptional regulator, tetR family  25.39 
 
 
204 aa  65.5  0.0000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.172688  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1970  TetR/AcrR family transcriptional regulator  26.67 
 
 
179 aa  65.5  0.0000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000170577  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2135  TetR family transcriptional regulator  24.86 
 
 
179 aa  65.1  0.0000000007  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000090207  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2544  TetR family transcriptional regulator  22.56 
 
 
207 aa  64.3  0.000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.68264  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3983  transcriptional regulator, TetR family  24.4 
 
 
200 aa  62.8  0.000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0461  TetR family transcriptional regulator  24.86 
 
 
219 aa  63.2  0.000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1193  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 
210 aa  62.4  0.000000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000366279  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1709  transcriptional regulator, TetR family  21.2 
 
 
193 aa  62.4  0.000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0197  hypothetical protein  23.3 
 
 
197 aa  60.5  0.00000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.0000319067  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0966  transcriptional regulator  23.56 
 
 
195 aa  59.7  0.00000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0946  TetR family transcriptional regulator  24.18 
 
 
191 aa  58.5  0.00000006  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.611956  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0128  TetR family transcriptional regulator  23.71 
 
 
196 aa  58.2  0.00000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.168138  normal  0.0601393 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00570  transcriptional regulator, tetR family  22.84 
 
 
218 aa  55.5  0.0000005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5281  TetR family transcriptional regulator  33.8 
 
 
257 aa  55.1  0.0000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0956  transcriptional regulator  23.3 
 
 
177 aa  54.3  0.000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0752812  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2378  TetR family transcriptional regulator  22.65 
 
 
184 aa  54.3  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.576204  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2424  regulatory protein TetR  22.65 
 
 
184 aa  54.3  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.428884  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3533  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 
237 aa  53.5  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0909277  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2963  transcriptional regulator, TetR family  22.95 
 
 
177 aa  52.4  0.000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5087  TetR family transcriptional regulator  33.8 
 
 
259 aa  52  0.000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5773  TetR family transcriptional regulator  33.8 
 
 
259 aa  52  0.000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.669739 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4405  TetR family transcriptional regulator  33.8 
 
 
259 aa  52  0.000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.630882  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21730  transcriptional regulator  22.86 
 
 
179 aa  52  0.000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.0000276333  normal  0.440212 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1946  TetR family transcriptional regulator  25.14 
 
 
183 aa  51.2  0.000009  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06360  transcriptional regulator  22.16 
 
 
201 aa  51.6  0.000009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.589658  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1792  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
198 aa  51.2  0.00001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1274  transcriptional regulator  33.78 
 
 
191 aa  51.2  0.00001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.636376  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0610  TetR family transcriptional regulator  22.75 
 
 
189 aa  51.2  0.00001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.442155  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5804  TetR family transcriptional regulator  30.99 
 
 
254 aa  50.1  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000000100556  hitchhiker  0.000892453 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0905  putative transcriptional regulator, TetR family  26.67 
 
 
183 aa  49.7  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1053  hypothetical protein  21.02 
 
 
188 aa  49.3  0.00004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00146188  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0874  TetR family transcriptional regulator  21.02 
 
 
188 aa  49.3  0.00004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25960  transcriptional regulator, tetR family  28.71 
 
 
185 aa  49.3  0.00004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.852113 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2594  TetR family transcriptional regulator  24.57 
 
 
195 aa  48.9  0.00005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2648  regulatory protein TetR  24.57 
 
 
195 aa  48.9  0.00005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0888  TetR family transcriptional regulator  21.02 
 
 
188 aa  48.5  0.00006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.845655  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0869  TetR family transcriptional regulator  21.02 
 
 
188 aa  48.5  0.00006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0364  TetR family transcriptional regulator  21.51 
 
 
192 aa  48.9  0.00006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.233701  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0836  TetR family transcriptional regulator  21.11 
 
 
181 aa  48.5  0.00007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2667  TetR family transcriptional regulator  22.62 
 
 
185 aa  47.8  0.0001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000225339  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6780  TetR family transcriptional regulator  25.61 
 
 
196 aa  47.8  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.188016 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1133  hypothetical protein  21.02 
 
 
188 aa  47.4  0.0001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04470  transcriptional regulator, tetR family  20 
 
 
189 aa  47.4  0.0001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000324783 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0906  hypothetical protein  20.45 
 
 
188 aa  47  0.0002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0964  hypothetical protein  20.45 
 
 
188 aa  47  0.0002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0361  TetR family transcriptional regulator  21.51 
 
 
189 aa  46.6  0.0002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0973  TetR family transcriptional regulator  21.37 
 
 
198 aa  47.4  0.0002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1007  hypothetical protein  20.45 
 
 
188 aa  47  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.374839  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4295  hypothetical protein  20.45 
 
 
188 aa  46.6  0.0002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00610  transcriptional regulator  23.56 
 
 
205 aa  46.6  0.0003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.309946  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24160  hypothetical protein  29.33 
 
 
194 aa  46.2  0.0003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>