More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_1334 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_1334  Holliday junction DNA helicase RuvB  100 
 
 
336 aa  678    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00146189  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4554  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.46 
 
 
333 aa  464  9.999999999999999e-131  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00514849  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4505  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.46 
 
 
333 aa  464  9.999999999999999e-131  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00121958  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4500  Holliday junction DNA helicase RuvA  66.16 
 
 
541 aa  462  1e-129  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000049576 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4315  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.16 
 
 
336 aa  462  1e-129  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0417721  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4153  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.16 
 
 
336 aa  462  1e-129  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000576232  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4164  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.16 
 
 
336 aa  462  1e-129  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000669292  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4650  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.16 
 
 
333 aa  462  1e-129  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000830982  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4267  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.46 
 
 
333 aa  462  1e-129  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000359024  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3137  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.77 
 
 
333 aa  463  1e-129  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000701371  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0182  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.07 
 
 
330 aa  463  1e-129  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.107724  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4539  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.16 
 
 
333 aa  461  9.999999999999999e-129  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000348871  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1348  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.79 
 
 
335 aa  458  9.999999999999999e-129  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000729469  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1454  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.97 
 
 
338 aa  461  9.999999999999999e-129  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00617754  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1662  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.57 
 
 
344 aa  459  9.999999999999999e-129  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.280554  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0696  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.16 
 
 
333 aa  461  9.999999999999999e-129  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000306713  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2521  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.38 
 
 
333 aa  454  1e-127  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000139422  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1413  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.43 
 
 
338 aa  452  1.0000000000000001e-126  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000447105  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12310  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.29 
 
 
342 aa  451  1.0000000000000001e-126  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0273996  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1111  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.94 
 
 
336 aa  448  1e-125  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000117425  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2321  Holliday junction DNA helicase RuvB  64 
 
 
338 aa  448  1e-125  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0801363  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0927  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.85 
 
 
333 aa  444  1.0000000000000001e-124  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2338  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.31 
 
 
341 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0746  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.81 
 
 
338 aa  445  1.0000000000000001e-124  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0364799  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2173  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.92 
 
 
338 aa  447  1.0000000000000001e-124  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1077  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.53 
 
 
338 aa  444  1e-123  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.413326  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3316  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.74 
 
 
337 aa  443  1e-123  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0930  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.12 
 
 
337 aa  440  9.999999999999999e-123  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08899e-19 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1223  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.5 
 
 
345 aa  435  1e-121  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15164  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07050  Holliday junction DNA helicase subunit RuvB  63.69 
 
 
346 aa  434  1e-121  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0259708  normal  0.32105 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2203  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.91 
 
 
346 aa  437  1e-121  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1914  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.91 
 
 
346 aa  436  1e-121  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.881397  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0893  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.28 
 
 
355 aa  431  1e-120  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0248566  normal  0.109317 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12840  Holliday junction DNA helicase, RuvB subunit  61.66 
 
 
342 aa  434  1e-120  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1700  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.84 
 
 
336 aa  432  1e-120  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.979156 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1431  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.4 
 
 
344 aa  431  1e-120  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000941483  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1704  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.16 
 
 
343 aa  432  1e-120  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0360063  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0894  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.84 
 
 
340 aa  428  1e-119  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00558721  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02690  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.16 
 
 
334 aa  429  1e-119  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000554774  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2295  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.7 
 
 
354 aa  428  1e-119  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.697474  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0974  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.58 
 
 
351 aa  430  1e-119  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00485964 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0993  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.98 
 
 
339 aa  428  1e-119  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0776035  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1272  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.77 
 
 
350 aa  426  1e-118  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.197391  normal  0.338771 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1883  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.55 
 
 
337 aa  426  1e-118  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.679092  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1796  Holliday junction DNA helicase subunit RuvB  61.45 
 
 
341 aa  427  1e-118  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000827733 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2944  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.09 
 
 
335 aa  426  1e-118  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000368947  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1902  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.55 
 
 
334 aa  424  1e-118  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000022467  hitchhiker  0.0000432146 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2180  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.24 
 
 
336 aa  427  1e-118  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.729966  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36690  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.16 
 
 
352 aa  425  1e-118  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1205  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.28 
 
 
334 aa  422  1e-117  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0781696  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2429  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.63 
 
 
334 aa  421  1e-117  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2419  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.55 
 
 
334 aa  423  1e-117  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000499721  normal  0.0284883 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0580  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.52 
 
 
349 aa  424  1e-117  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.990444  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2344  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.09 
 
 
345 aa  424  1e-117  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.187034 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1848  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.23 
 
 
350 aa  423  1e-117  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.9139  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2234  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.18 
 
 
353 aa  424  1e-117  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2145  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.61 
 
 
334 aa  421  1e-117  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.189271  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2571  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.55 
 
 
338 aa  424  1e-117  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.011868  hitchhiker  0.00180359 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3625  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.76 
 
 
348 aa  421  1e-117  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.528643  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2303  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.55 
 
 
334 aa  423  1e-117  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00841978  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2044  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.55 
 
 
334 aa  424  1e-117  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00121057  hitchhiker  0.0000000744022 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2076  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.94 
 
 
334 aa  422  1e-117  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000131363  hitchhiker  0.00166911 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51780  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.46 
 
 
352 aa  421  1e-117  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000261912 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0905  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.49 
 
 
335 aa  421  1e-117  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1957  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.55 
 
 
334 aa  424  1e-117  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0904224  normal  0.777155 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1839  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.28 
 
 
334 aa  421  1e-117  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.174268  normal  0.184781 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2042  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.55 
 
 
334 aa  423  1e-117  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000113724  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1116  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.3 
 
 
338 aa  423  1e-117  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.848994  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_545  Holliday junction DNA helicase subunit  61.59 
 
 
349 aa  419  1e-116  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0528  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.01 
 
 
338 aa  418  1e-116  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1410  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.59 
 
 
353 aa  420  1e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.585511  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2143  Holliday junction DNA helicase RuvB  60 
 
 
334 aa  420  1e-116  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000101223  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3832  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.28 
 
 
351 aa  418  1e-116  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4201  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.16 
 
 
348 aa  421  1e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.564106  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2254  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.46 
 
 
336 aa  421  1e-116  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.442395  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4407  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.75 
 
 
353 aa  420  1e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2719  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.31 
 
 
347 aa  421  1e-116  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3954  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.1 
 
 
363 aa  417  1e-116  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0150024 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2030  Holliday junction DNA helicase RuvB  60 
 
 
334 aa  420  1e-116  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000959876  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4541  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.83 
 
 
352 aa  419  1e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1939  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.55 
 
 
334 aa  419  1e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00566974  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0415  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.84 
 
 
339 aa  419  1e-116  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1227  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.81 
 
 
361 aa  420  1e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2420  Holliday junction DNA helicase RuvB  60 
 
 
334 aa  420  1e-116  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00322281  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0606  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.67 
 
 
349 aa  416  9.999999999999999e-116  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.622406  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1217  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.86 
 
 
348 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.743844  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0327  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.98 
 
 
355 aa  414  9.999999999999999e-116  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.382015 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2034  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.94 
 
 
338 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0438556  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1246  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.86 
 
 
348 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2533  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.08 
 
 
344 aa  414  9.999999999999999e-116  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.26511  normal  0.321859 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4070  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.67 
 
 
354 aa  417  9.999999999999999e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.373713 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2776  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.33 
 
 
334 aa  416  9.999999999999999e-116  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00115584  normal  0.033156 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2777  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.54 
 
 
351 aa  415  9.999999999999999e-116  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.928098  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2515  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.91 
 
 
333 aa  416  9.999999999999999e-116  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.75499  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3998  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.86 
 
 
348 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4237  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.46 
 
 
354 aa  417  9.999999999999999e-116  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.913769  normal  0.279005 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0391  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.46 
 
 
357 aa  412  1e-114  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.234892  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2075  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.88 
 
 
337 aa  413  1e-114  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2211  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.06 
 
 
341 aa  412  1e-114  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00690451 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2190  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.73 
 
 
337 aa  412  1e-114  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000182664  normal  0.290064 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>