More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_1241 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_1241  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 220 aa  445  1.0000000000000001e-124  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2146  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.36 
 
 		 228 aa  184  6e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0559  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.94 
 
 		 228 aa  158  8e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.276329  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0537  two component transcriptional regulator  36.07 
 
 		 223 aa  137  1e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.340982  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1153  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.2 
 
 		 224 aa  135  5e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2076  two component transcriptional regulator  36.82 
 
 		 223 aa  134  9.999999999999999e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0826632  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0786  DNA-binding response regulator  32.35 
 
 		 254 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09290  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  35.24 
 
 		 229 aa  125  4.0000000000000003e-28  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3550  two component transcriptional regulator  31.78 
 
 		 227 aa  125  6e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0188344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0485  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  32.43 
 
 		 244 aa  125  6e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.773776  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2910  response regulator receiver  35.4 
 
 		 230 aa  124  1e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0329  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.4 
 
 		 231 aa  124  1e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8215  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.21 
 
 		 226 aa  124  1e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3935  two component transcriptional regulator  33.18 
 
 		 226 aa  122  3e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.646675  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3792  two component transcriptional regulator  32.24 
 
 		 227 aa  122  3e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.358087  normal  0.612342 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0378  two component transcriptional regulator  34.19 
 
 		 234 aa  122  3e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03240  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  33.03 
 
 		 229 aa  122  4e-27  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.604152  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32580  two-component response regulator  32.71 
 
 		 226 aa  121  7e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.16072 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4225  winged helix family two component transcriptional regulator  31.78 
 
 		 227 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1073  putative response regulator  33.19 
 
 		 234 aa  121  9.999999999999999e-27  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2759  two-component response regulator  31.78 
 
 		 226 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.358049  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0580  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.3 
 
 		 226 aa  119  3e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1476  two component transcriptional regulator  34.25 
 
 		 219 aa  119  3e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5381  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.48 
 
 		 235 aa  119  3e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0242785  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1897  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.68 
 
 		 229 aa  119  3e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1505  response regulator receiver  34.25 
 
 		 219 aa  119  3e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.404603  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0793  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.63 
 
 		 225 aa  119  3e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0700  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.93 
 
 		 226 aa  119  3.9999999999999996e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.768939  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2983  two component transcriptional regulator  34.23 
 
 		 228 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3386  response regulator receiver protein  48.33 
 
 		 156 aa  118  7.999999999999999e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0568  DNA-binding response regulator CreB  33.33 
 
 		 229 aa  118  7.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0391692  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3278  two component transcriptional regulator  32 
 
 		 253 aa  118  7.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0104368 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0836  DNA-binding response regulator  34.08 
 
 		 222 aa  118  9e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.509227  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0669  two component transcriptional regulator  32 
 
 		 253 aa  117  9e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.193178 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0827  two component transcriptional regulator  35.32 
 
 		 256 aa  117  9.999999999999999e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00211389  normal  0.244563 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4009  two component transcriptional regulator  32.89 
 
 		 230 aa  117  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00751412  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0499  winged helix family two component transcriptional regulator  34.5 
 
 		 229 aa  117  9.999999999999999e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6145  two component transcriptional regulator  33.19 
 
 		 228 aa  117  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.788201 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0439  two component transcriptional regulator  33.48 
 
 		 225 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000223011  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0630  two component transcriptional regulator  33.03 
 
 		 232 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4322  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.36 
 
 		 231 aa  116  1.9999999999999998e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0802  two component transcriptional regulator  35.48 
 
 		 220 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1538  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.73 
 
 		 223 aa  117  1.9999999999999998e-25  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.705917  normal  0.0786085 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0289  two component transcriptional regulator  33.04 
 
 		 243 aa  116  3e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.563834 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0287  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.38 
 
 		 237 aa  115  3.9999999999999997e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0371836  normal  0.118342 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2892  two component transcriptional regulator  32.29 
 
 		 227 aa  115  3.9999999999999997e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0239565 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3617  two component transcriptional regulator  33.94 
 
 		 221 aa  115  5e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1170  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.46 
 
 		 220 aa  115  6e-25  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.454571 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1638  two component transcriptional regulator  32.24 
 
 		 227 aa  115  6e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0963  two component transcriptional regulator  34.84 
 
 		 225 aa  115  6e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2563  transcriptional regulatory protein ResD  34.72 
 
 		 221 aa  115  6e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00803163 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03750  PhoP-like protein  32.74 
 
 		 226 aa  115  6.9999999999999995e-25  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.181369  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03700  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  32.46 
 
 		 226 aa  115  6.9999999999999995e-25  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.132847 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4125  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.44 
 
 		 230 aa  115  6.9999999999999995e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.125271  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5471  two component transcriptional regulator  31.96 
 
 		 221 aa  114  8.999999999999998e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00800002  hitchhiker  0.0013378 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0880  two component transcriptional regulator  34.68 
 
 		 236 aa  114  8.999999999999998e-25  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0655  response regulator  32.11 
 
 		 232 aa  114  1.0000000000000001e-24  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.134395  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2749  transcription response regulator-like protein  34.72 
 
 		 221 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00061025  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4630  two component transcriptional regulator  32.19 
 
 		 235 aa  114  1.0000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0961185  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0961  response regulator receiver protein  32.74 
 
 		 229 aa  114  1.0000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0741  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.56 
 
 		 216 aa  114  1.0000000000000001e-24  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0117  DNA-binding response regulator  32.27 
 
 		 226 aa  114  1.0000000000000001e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.527355  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2424  two component transcriptional regulator  33.8 
 
 		 221 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0245011  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4900  DNA-binding response regulator  33.49 
 
 		 221 aa  113  2.0000000000000002e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1237  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.82 
 
 		 232 aa  113  2.0000000000000002e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2083  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.63 
 
 		 237 aa  113  2.0000000000000002e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.873655  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1528  two component transcriptional regulator  34.08 
 
 		 224 aa  114  2.0000000000000002e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0850  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.3 
 
 		 226 aa  114  2.0000000000000002e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0969  two component transcriptional regulator  32.87 
 
 		 226 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.165699  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1673  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.6 
 
 		 233 aa  113  2.0000000000000002e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4151  two component transcriptional regulator, winged helix family  32 
 
 		 230 aa  113  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4365  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 230 aa  113  2.0000000000000002e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1554  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.78 
 
 		 229 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00709514 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1865  response regulator receiver  32.13 
 
 		 224 aa  113  2.0000000000000002e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.59899  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2235  two component transcriptional regulator  33.48 
 
 		 236 aa  113  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2324  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.32 
 
 		 223 aa  113  2.0000000000000002e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.237639  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3019  two component transcriptional regulator  32.42 
 
 		 220 aa  112  3e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.933394  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04710  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.91 
 
 		 237 aa  113  3e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3739  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.08 
 
 		 230 aa  112  3e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000466515  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1082  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.25 
 
 		 223 aa  113  3e-24  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1910  DNA-binding response regulator  32.44 
 
 		 223 aa  112  3e-24  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0925  DNA-binding response regulator  32.27 
 
 		 219 aa  113  3e-24  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.0000502161  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0357  DNA-binding response regulator CreB  30.97 
 
 		 226 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.501858  normal  0.680539 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4400  two component transcriptional regulator  30.36 
 
 		 236 aa  112  4.0000000000000004e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.998417  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0260  response regulator receiver protein  30.53 
 
 		 224 aa  112  4.0000000000000004e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.820416  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3430  transcriptional regulator  31.48 
 
 		 221 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325979  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0556  two component transcriptional regulator  33.18 
 
 		 237 aa  112  4.0000000000000004e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.451756  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03380  response regulator with CheY-like receiver domain protein and winged-helix DNA-binding domain protein  31.25 
 
 		 271 aa  112  4.0000000000000004e-24  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0976  DNA-binding response regulator  33.03 
 
 		 222 aa  112  5e-24  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0318  two component transcriptional regulator  31.58 
 
 		 241 aa  112  5e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.523003  normal  0.212939 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1023  two component transcriptional regulator  33.91 
 
 		 233 aa  112  5e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0115  DNA-binding response regulator  32.27 
 
 		 226 aa  112  5e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0388834  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1832  two component transcriptional regulator  30.94 
 
 		 245 aa  112  5e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.366424  normal  0.561636 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0098  two component transcriptional regulator  32.73 
 
 		 229 aa  112  5e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.761303  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2390  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.29 
 
 		 239 aa  112  6e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4744  response regulator  33.49 
 
 		 221 aa  112  6e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4763  response regulator  33.49 
 
 		 221 aa  112  6e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5188  DNA-binding response regulator  33.49 
 
 		 221 aa  112  6e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5275  DNA-binding response regulator  33.49 
 
 		 221 aa  112  6e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5144  DNA-binding response regulator  33.49 
 
 		 221 aa  112  6e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>