More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_0991 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_0991  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  100 
 
 		 302 aa  623  1e-177  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2492  Helix-turn-helix type 11 domain protein  49.49 
 
 		 302 aa  301  1e-80  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.156303  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3646  Helix-turn-helix type 11 domain protein  35.16 
 
 		 309 aa  160  2e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000392325  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1363  YobV  34.08 
 
 		 311 aa  159  4e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.396054  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5238  transcriptional regulator  27.69 
 
 		 304 aa  142  5e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0664508  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0764  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.57 
 
 		 298 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000424784  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30 
 
 		 299 aa  131  1.0000000000000001e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2296  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.67 
 
 		 322 aa  122  5e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000342768  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2042  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.33 
 
 		 307 aa  121  1.9999999999999998e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.395632  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.86 
 
 		 313 aa  119  3.9999999999999996e-26  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.440872  normal  0.310405 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2874  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.12 
 
 		 322 aa  120  3.9999999999999996e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0660  transcriptional regulator, putative  28.1 
 
 		 301 aa  119  4.9999999999999996e-26  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3859  hypothetical protein  27.53 
 
 		 323 aa  116  5e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  30.19 
 
 		 313 aa  114  3e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6686  hypothetical protein  26.99 
 
 		 327 aa  113  3e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0918823  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45460  hypothetical protein  27.48 
 
 		 323 aa  113  3e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0788  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.33 
 
 		 319 aa  113  4.0000000000000004e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2010  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.27 
 
 		 320 aa  112  1.0000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  30.19 
 
 		 313 aa  108  8.000000000000001e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  29.87 
 
 		 313 aa  108  1e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  30.6 
 
 		 313 aa  106  4e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0891  transcriptional regulator, putative  29.39 
 
 		 306 aa  104  2e-21  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.63 
 
 		 316 aa  103  3e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.8 
 
 		 324 aa  103  3e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1289  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.97 
 
 		 315 aa  103  5e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.447111 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2944  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.38 
 
 		 324 aa  102  7e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1092  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.76 
 
 		 315 aa  101  1e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.206539  normal  0.830453 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 231 aa  99.8  5e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2166  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.95 
 
 		 320 aa  99.8  6e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.304825  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.92 
 
 		 336 aa  99  8e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1644  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.94 
 
 		 347 aa  99  9e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0304784  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3694  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.31 
 
 		 321 aa  98.2  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0509362  hitchhiker  0.00000175857 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0335  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.09 
 
 		 321 aa  97.4  3e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.377994  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3428  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.5 
 
 		 303 aa  97.1  4e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2507  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.08 
 
 		 321 aa  95.9  8e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3039  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.26 
 
 		 235 aa  95.5  9e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.545561  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0815  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.39 
 
 		 312 aa  93.2  4e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.502142  hitchhiker  0.0000272273 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1946  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  23.51 
 
 		 321 aa  92.4  7e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  22.98 
 
 		 319 aa  92  9e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0044  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.16 
 
 		 318 aa  91.7  1e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.164988  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7481  transcriptional regulator-like  28.91 
 
 		 326 aa  92  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2683  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.08 
 
 		 324 aa  91.7  1e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.255194  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3341  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  38.2 
 
 		 177 aa  91.7  2e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000205485  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3062  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.39 
 
 		 313 aa  90.9  2e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.408718  normal  0.752018 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0064  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.51 
 
 		 328 aa  90.9  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188997  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0108  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.25 
 
 		 240 aa  90.9  2e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.403778 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.1 
 
 		 318 aa  90.5  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2673  hypothetical protein  27.6 
 
 		 320 aa  89.7  5e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000327581 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2401  hypothetical protein  27.6 
 
 		 320 aa  89.4  7e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.148102  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1731  DeoR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 230 aa  89.4  7e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.590959  normal  0.873384 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3763  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.91 
 
 		 323 aa  89  8e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4059  helix-turn-helix, type 11  23.69 
 
 		 318 aa  88.6  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.348793  normal  0.0202879 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.42 
 
 		 317 aa  88.6  1e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4054  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.99 
 
 		 324 aa  88.2  2e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.135242  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3647  Helix-turn-helix type 11 domain protein  22.98 
 
 		 320 aa  87  3e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.306366  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2689  hypothetical protein  26.85 
 
 		 320 aa  86.7  4e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0201589  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2474  hypothetical protein  27.15 
 
 		 320 aa  87  4e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0188594  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2656  hypothetical protein  27.15 
 
 		 320 aa  87  4e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2541  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  26.4 
 
 		 228 aa  86.7  4e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1191  hypothetical protein  28.44 
 
 		 235 aa  86.3  6e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.351784  normal  0.832163 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1751  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.7 
 
 		 325 aa  86.3  7e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.33135  normal  0.990555 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1758  hypothetical protein  27.05 
 
 		 230 aa  85.9  8e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4135  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  23.24 
 
 		 332 aa  85.9  8e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.124521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3934  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.35 
 
 		 321 aa  85.9  9e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0769202  hitchhiker  0.00173443 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1376  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.88 
 
 		 328 aa  85.5  9e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6203  DeoR family transcriptional regulator  24.77 
 
 		 318 aa  85.1  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0841  hypothetical protein  26.2 
 
 		 351 aa  85.1  0.000000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.189594 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3029  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.84 
 
 		 327 aa  84.7  0.000000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.189154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0450  HTH domain-containing protein  24.56 
 
 		 230 aa  84.7  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0510  helix-turn-helix, type 11  24.56 
 
 		 230 aa  84.7  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2538  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27 
 
 		 232 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2605  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  26.57 
 
 		 232 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2704  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  26.57 
 
 		 232 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.981557  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.27 
 
 		 227 aa  84.3  0.000000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0456  helix-turn-helix, type 11  24.56 
 
 		 230 aa  84.7  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5398  helix-turn-helix type 11 domain protein  24.62 
 
 		 327 aa  84  0.000000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.229533  normal  0.331781 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2437  hypothetical protein  25.31 
 
 		 323 aa  83.6  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36430  predicted transcriptional regulator  21.75 
 
 		 323 aa  83.6  0.000000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.649805 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7257  helix-turn-helix type 11 domain protein  24.55 
 
 		 326 aa  83.2  0.000000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.143006 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2368  helix-turn-helix, type 11  28.97 
 
 		 231 aa  83.2  0.000000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.150063 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1457  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.57 
 
 		 225 aa  82.8  0.000000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.510976  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1593  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.27 
 
 		 237 aa  82.8  0.000000000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.375886 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15260  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.46 
 
 		 327 aa  82.4  0.000000000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000190404  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0960  helix-turn-helix, type 11  23.72 
 
 		 317 aa  82.4  0.000000000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.386939  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1823  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.44 
 
 		 237 aa  82.4  0.000000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.406304  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0978  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  23.72 
 
 		 317 aa  82.4  0.000000000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.318116  normal  0.0703128 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  29.72 
 
 		 228 aa  82.4  0.000000000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1294  regulatory protein, DeoR  25.9 
 
 		 336 aa  82.4  0.000000000000009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2673  putative repressor transcription regulator protein  25 
 
 		 232 aa  81.6  0.00000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.94129  normal  0.397505 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  23.12 
 
 		 316 aa  82  0.00000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2475  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.19 
 
 		 252 aa  81.6  0.00000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0100218  normal  0.326712 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0956  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.92 
 
 		 327 aa  80.9  0.00000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3846  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.05 
 
 		 230 aa  81.6  0.00000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80209  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0875  Helix-turn-helix type 11 domain protein  21.38 
 
 		 328 aa  81.3  0.00000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1558  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.79 
 
 		 237 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0221  helix-turn-helix, type 11  27.27 
 
 		 228 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0705  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.27 
 
 		 228 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.179711  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2786  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.79 
 
 		 237 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.987618  normal  0.72002 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0672  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.27 
 
 		 228 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.664641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5785  transcriptional regulator protein-like protein  24.23 
 
 		 687 aa  80.5  0.00000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.611435 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>