More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_0568 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_0568  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 339 aa  705    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000865309  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  31.49 
 
 		 333 aa  164  2.0000000000000002e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  33.54 
 
 		 333 aa  158  1e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1547  LacI family transcription regulator  30.06 
 
 		 337 aa  158  1e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0111532  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1340  LacI family transcription regulator  29.86 
 
 		 337 aa  158  1e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000460933  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  32.16 
 
 		 335 aa  157  3e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1550  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.12 
 
 		 328 aa  156  5.0000000000000005e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000390905  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  31.59 
 
 		 333 aa  154  1e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  32.65 
 
 		 338 aa  155  1e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1600  LacI family transcription regulator  31.12 
 
 		 328 aa  154  1e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0345  transcriptional regulator for D-ribose, periplasmic binding protein, LacI family protein  33.52 
 
 		 334 aa  154  2e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2079  transcriptional regulator, LacI family  28.78 
 
 		 341 aa  154  2.9999999999999998e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.275805  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0040  transcriptional regulator, LacI family  30.66 
 
 		 330 aa  153  4e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0226  LacI family transcription regulator  31.09 
 
 		 336 aa  153  5e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0519  LacI family transcription regulator  31.49 
 
 		 334 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.98 
 
 		 336 aa  152  5.9999999999999996e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1873  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.99 
 
 		 341 aa  152  7e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000326079  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1367  ribose operon repressor  32.95 
 
 		 333 aa  152  8e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.390962  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01629  DNA-binding transcriptional repressor, hypoxanthine-binding  31.99 
 
 		 341 aa  152  1e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.847977  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1982  transcriptional regulator, LacI family  31.99 
 
 		 341 aa  152  1e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0168569  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1738  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.99 
 
 		 341 aa  152  1e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.20958e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2372  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.99 
 
 		 341 aa  152  1e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000002203  normal  0.181026 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1971  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.99 
 
 		 341 aa  152  1e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000994316 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01618  hypothetical protein  31.99 
 
 		 341 aa  152  1e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.850711  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1857  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.99 
 
 		 341 aa  152  1e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000046163  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2572  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.56 
 
 		 341 aa  151  1e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.407544  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1862  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.56 
 
 		 341 aa  151  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.171232  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1538  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.99 
 
 		 341 aa  152  1e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0686294  normal  0.0781462 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1755  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.56 
 
 		 341 aa  151  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00265778  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  32.17 
 
 		 331 aa  150  4e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  31.4 
 
 		 334 aa  149  5e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1789  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.79 
 
 		 341 aa  149  5e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0286691 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  30.41 
 
 		 341 aa  149  7e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  30.55 
 
 		 334 aa  149  7e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0539  transcriptional regulator, LacI family  29.6 
 
 		 340 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1870  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.41 
 
 		 337 aa  149  1.0000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.796705  normal  0.714887 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4111  transcriptional repressor RbsR  30.81 
 
 		 333 aa  147  2.0000000000000003e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0488485  normal  0.0159443 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1324  LacI family transcription regulator  30.72 
 
 		 336 aa  147  2.0000000000000003e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0131249  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  32.17 
 
 		 348 aa  146  4.0000000000000006e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  34.2 
 
 		 338 aa  146  4.0000000000000006e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  31.79 
 
 		 353 aa  146  5e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  30.79 
 
 		 334 aa  145  7.0000000000000006e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1683  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.41 
 
 		 341 aa  145  8.000000000000001e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1563  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.41 
 
 		 341 aa  145  9e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00208837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1913  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.41 
 
 		 341 aa  145  9e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000592501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1526  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.41 
 
 		 341 aa  145  9e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.580264  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  30.66 
 
 		 368 aa  145  1e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.58 
 
 		 330 aa  145  1e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  30.99 
 
 		 328 aa  145  1e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0714  transcriptional regulator, LacI family  30.35 
 
 		 334 aa  145  1e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2475  transcriptional regulator, LacI family  31.62 
 
 		 340 aa  144  2e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.0000000000232076  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3312  LacI family transcription regulator  29.6 
 
 		 336 aa  144  2e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1744  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.12 
 
 		 341 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000285436  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1540  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.12 
 
 		 341 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.000065632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0177  transcriptional regulator, LacI family  29.91 
 
 		 343 aa  143  3e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4278  transcriptional repressor RbsR  31.21 
 
 		 332 aa  144  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.134192  normal  0.933942 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  32.28 
 
 		 337 aa  143  4e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.42 
 
 		 333 aa  143  4e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4098  transcriptional repressor RbsR  31.21 
 
 		 332 aa  143  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.396512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20880  transcriptional regulator, LacI family  31.74 
 
 		 343 aa  143  5e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4283  LacI family transcription regulator  30.17 
 
 		 341 aa  142  6e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4113  transcriptional repressor RbsR  30.64 
 
 		 332 aa  142  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.493547  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.81 
 
 		 336 aa  142  6e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4169  transcriptional repressor RbsR  30.64 
 
 		 332 aa  142  8e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.451515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2195  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.41 
 
 		 341 aa  142  9e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.578042  hitchhiker  0.00000679153 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4219  transcriptional repressor RbsR  30.92 
 
 		 332 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.817954  normal  0.878921 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.61 
 
 		 337 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4270  transcriptional repressor RbsR  31.1 
 
 		 330 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000205239  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0297  LacI family transcription regulator  29.24 
 
 		 340 aa  141  1.9999999999999998e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  30.99 
 
 		 333 aa  140  3e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4241  transcriptional repressor RbsR  31.1 
 
 		 330 aa  140  3e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.327464  hitchhiker  0.00680444 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4122  transcriptional repressor RbsR  31.1 
 
 		 330 aa  140  3e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.305602  normal  0.0911869 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5190  transcriptional repressor RbsR  31.1 
 
 		 330 aa  140  3e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00327915  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0285  alanine racemase  35.9 
 
 		 337 aa  140  3e-32  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1870  LacI family transcription regulator  30.23 
 
 		 342 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00075643 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0413  transcriptional regulator, LacI family  28.7 
 
 		 358 aa  140  3.9999999999999997e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03639  DNA-binding transcriptional repressor of ribose metabolism  31.1 
 
 		 330 aa  140  4.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00237415  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  31.61 
 
 		 340 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  30.06 
 
 		 340 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03584  hypothetical protein  31.1 
 
 		 330 aa  140  4.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00148852  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1715  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.61 
 
 		 341 aa  139  4.999999999999999e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.117715  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0275  transcriptional regulator, LacI family  31.3 
 
 		 339 aa  139  6e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.555598 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4165  transcriptional repressor RbsR  30.81 
 
 		 330 aa  139  6e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0172446  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1601  alanine racemase  33.62 
 
 		 337 aa  139  7e-32  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.520299  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2388  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.43 
 
 		 341 aa  139  7.999999999999999e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.282493  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000337  ribose operon repressor  30.37 
 
 		 340 aa  138  1e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2788  transcriptional regulator, LacI family  30.79 
 
 		 339 aa  138  1e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0938  LacI family transcription regulator  29.82 
 
 		 340 aa  137  2e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0104625  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0402  transcriptional regulator, LacI family  31.49 
 
 		 339 aa  137  2e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000159796  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.74 
 
 		 335 aa  137  2e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  30.95 
 
 		 338 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0352  transcriptional regulator, LacI family  29.49 
 
 		 347 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00162695  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  30.92 
 
 		 340 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1883  LacI family transcription regulator  29.68 
 
 		 351 aa  137  4e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0216034  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2672  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.57 
 
 		 341 aa  136  5e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.807137  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1972  DNA-binding transcriptional repressor EbgR  28.99 
 
 		 326 aa  136  6.0000000000000005e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0103522 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0881  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.46 
 
 		 325 aa  136  6.0000000000000005e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188257  normal  0.666839 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04250  transcriptional regulator, LacI family  28.74 
 
 		 337 aa  135  8e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.335349  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2699  transcriptional regulator, LacI family  30.09 
 
 		 339 aa  135  9e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  29.48 
 
 		 340 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>