More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_0248 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_0248  amidophosphoribosyltransferase  100 
 
 
245 aa  506  1e-142  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.067407  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2731  competence protein F, putative  34.76 
 
 
245 aa  138  8e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  2.43751e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2936  competence protein F, putative  33.75 
 
 
243 aa  137  1e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0346269  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0447  phosphoribosyltransferase  32.91 
 
 
229 aa  132  4e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.300519  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3894  phosphoribosyltransferase  31 
 
 
259 aa  130  2e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.148595 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0143  putative competence protein F  32.77 
 
 
230 aa  130  2e-29  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4009  competence protein ComF  32.39 
 
 
262 aa  129  6e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3805  competence protein ComF  32.86 
 
 
268 aa  128  7e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.274004 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0124  competence protein F, putative  29.39 
 
 
238 aa  128  9e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3881  competence protein ComF  32.69 
 
 
268 aa  127  2e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4125  amidophosphoribosyltransferase-like protein  33.05 
 
 
238 aa  125  6e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  1.02342e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0093  competence protein F  32.77 
 
 
230 aa  125  7e-28  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0188  phosphoribosyltransferase  33.61 
 
 
239 aa  124  2e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.138467  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4012  competence protein ComF  33.19 
 
 
249 aa  124  2e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3855  phosphoribosyltransferase  32.16 
 
 
239 aa  122  6e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00709027 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0617  phosphoribosyltransferase  30.64 
 
 
247 aa  120  2e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3629  competence protein ComF  31.82 
 
 
252 aa  119  4e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3333  phosphoribosyltransferase  29.05 
 
 
242 aa  119  5e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3540  ComF family protein  33.04 
 
 
242 aa  119  5e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3771  phosphoribosyltransferase  31.88 
 
 
239 aa  119  5e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2863  phosphoribosyltransferase  33.04 
 
 
242 aa  119  6e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0177  competence protein ComF  34.58 
 
 
266 aa  118  1e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3527  competence protein F, putative  29.67 
 
 
244 aa  116  3e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.343371  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1458  comF family protein, putative  27.35 
 
 
233 aa  116  4e-25  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  1.15929e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0317  hypothetical protein  28.14 
 
 
230 aa  115  6e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0134906 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0391  phosphoribosyltransferase  30.77 
 
 
243 aa  115  8e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.214316 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3090  phosphoribosyltransferase  28.57 
 
 
255 aa  114  1e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.318018  normal  0.255488 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1401  phosphoribosyltransferase  29.73 
 
 
242 aa  114  1e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4625  competence protein ComF  31.73 
 
 
235 aa  114  1e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2757  putative phosphoribosyl transferase  29.6 
 
 
242 aa  114  2e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3081  phosphoribosyltransferase  31.25 
 
 
237 aa  113  2e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  2.95242e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0243  competence protein ComF  30.89 
 
 
268 aa  113  3e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2108  phosphoribosyltransferase  29.88 
 
 
269 aa  113  3e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.227962  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0090  phosphoribosyltransferase  31 
 
 
220 aa  112  4e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3800  competence protein ComF  30.99 
 
 
262 aa  112  5e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1259  amidophosphoribosyltransferase-like protein  28.39 
 
 
233 aa  112  5e-24  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  1.70778e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1490  competence protein  33.33 
 
 
232 aa  112  5e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.923217  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2252  hypothetical protein  31.48 
 
 
234 aa  112  6e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2280  hypothetical protein  31.48 
 
 
234 aa  112  7e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4090  amidophosphoribosyltransferase-like protein  29.66 
 
 
246 aa  111  9e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4126  competence protein ComF  29.77 
 
 
263 aa  110  2e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0157  competence protein ComF  29.73 
 
 
274 aa  110  2e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3529  competence protein ComF  28.68 
 
 
293 aa  110  2e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0109  phosphoribosyltransferase  28.14 
 
 
245 aa  110  3e-23  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.0864582 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4330  competence protein ComF  30.37 
 
 
263 aa  109  3e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1495  phosphoribosyltransferase  29.91 
 
 
217 aa  109  3e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4841  competence protein ComF  32.88 
 
 
245 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.399762  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0242  competence protein  29.36 
 
 
263 aa  109  4e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0418  competence protein F  29.36 
 
 
237 aa  108  5e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000113575 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1907  phosphoribosyltransferase  26.37 
 
 
279 aa  108  5e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  7.54112e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4198  competence protein ComF  29.91 
 
 
263 aa  108  6e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0141  competence protein ComF  29.91 
 
 
263 aa  108  8e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1236  ComF  26.29 
 
 
233 aa  108  9e-23  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.105721  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2102  competence protein F  29.41 
 
 
246 aa  108  9e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2437  competence protein F  28.14 
 
 
262 aa  108  1e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.104634 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06360  putative phosphoribosyl transferase  29.02 
 
 
241 aa  107  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00829668  normal  0.955973 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0737  phosphoribosyltransferase  28.51 
 
 
246 aa  107  1e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.113594  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5177  phosphoribosyltransferase  29.6 
 
 
246 aa  108  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.039124  normal  0.248772 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4688  phosphoribosyltransferase  32.85 
 
 
244 aa  107  2e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.482553  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1128  phosphoribosyltransferase  27.31 
 
 
239 aa  107  2e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1736  phosphoribosyltransferase  29.26 
 
 
258 aa  107  2e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2264  phosphoribosyltransferase  26.02 
 
 
255 aa  106  3e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.200709  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1679  phosphoribosyltransferase  28.63 
 
 
231 aa  106  3e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0938  competence protein ComF, putative  29.61 
 
 
207 aa  106  3e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.536329 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0387  amidophosphoribosyltransferase-like protein  28.32 
 
 
243 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.336558  normal  0.927727 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3693  amidophosphoribosyl-transferase  30.26 
 
 
230 aa  105  5e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.303537 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3495  amidophosphoribosyltransferase  26.79 
 
 
236 aa  105  7e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.552167 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5516  phosphoribosyltransferase  29.22 
 
 
239 aa  105  7e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0493  competence protein ComF, putative  32.88 
 
 
244 aa  105  9e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2183  phosphoribosyltransferase  29.09 
 
 
230 aa  104  1e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  7.15358e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0592  putative phosphoribosyl transferase  30.43 
 
 
241 aa  104  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.173105  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0569  competence protein F, putative  28.16 
 
 
249 aa  103  2e-21  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0385  phosphoribosyltransferase  27.9 
 
 
271 aa  103  2e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.543655  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0158  competence protein F-related protein  26.64 
 
 
246 aa  103  2e-21  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1124  competence protein F  26.67 
 
 
233 aa  103  3e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0126  putative phosphoribosyltransferase  27.63 
 
 
260 aa  103  3e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0837099  normal  0.0454325 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0273  putative competence protein F-related protein  29.24 
 
 
268 aa  103  3e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.317287  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1623  phosphoribosyltransferase  30.04 
 
 
227 aa  103  3e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.933338  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0541  phosphoribosyltransferase  28.03 
 
 
261 aa  102  4e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.380195  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0548  amidophosphoribosyltransferase  34.76 
 
 
217 aa  102  4e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0531  hypothetical protein  34.76 
 
 
217 aa  102  4e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1314  hypothetical protein  28.1 
 
 
226 aa  102  5e-21  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2675  competence protein F  27.27 
 
 
253 aa  102  5e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.222101  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3970  competence protein F  27.04 
 
 
236 aa  102  5e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3504  competence protein ComF  28.81 
 
 
250 aa  102  7e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0129  competence protein F  28.76 
 
 
237 aa  102  7e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3909  ComF family protein  27.13 
 
 
238 aa  101  9e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0307  competence protein F  25.75 
 
 
255 aa  101  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.387643 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1875  amidophosphoribosyltransferase-like protein  29.02 
 
 
215 aa  100  1e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1776  competence protein F, putative  26.57 
 
 
239 aa  100  1e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.280067 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4174  putative competence protein f-related protein  28.27 
 
 
261 aa  101  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2181  hypothetical protein  26.11 
 
 
227 aa  101  1e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  1.80305e-06  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2573  amidophosphoribosyltransferase  27.19 
 
 
247 aa  101  1e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0383  competence protein F  27.07 
 
 
255 aa  100  2e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.366991  normal  0.800288 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0200  competence protein  26.69 
 
 
269 aa  100  2e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1977  hypothetical protein  33.18 
 
 
231 aa  100  2e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0911  hypothetical protein  30.73 
 
 
255 aa  99.8  3e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.466894  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0453  phosphoribosyltransferase  27.36 
 
 
257 aa  99.8  3e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1537  putative competence protein F  25.11 
 
 
228 aa  100  3e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0361  competence protein ComF, putative  28.38 
 
 
243 aa  99.8  4e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>