More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_0222 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_0222  UvrD/REP helicase  100 
 
 
666 aa  1369    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000045018  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1226  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  32.88 
 
 
664 aa  361  2e-98  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.305357  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1416  putative ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.88 
 
 
664 aa  360  5e-98  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.14 
 
 
785 aa  310  6.999999999999999e-83  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0968  UvrD/REP helicase  30.95 
 
 
706 aa  305  1.0000000000000001e-81  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0462  ATP-dependent DNA helicase Rep  33.07 
 
 
672 aa  301  3e-80  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.8 
 
 
742 aa  300  5e-80  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0413312  decreased coverage  0.000000100763 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0661  UvrD/REP helicase  30.36 
 
 
708 aa  300  5e-80  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.612479  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16340  DNA/RNA helicase, superfamily I  32.17 
 
 
772 aa  299  1e-79  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0144318 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3201  ATP-dependent DNA helicase Rep  32.36 
 
 
682 aa  298  2e-79  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0481  UvrD/REP helicase  32.71 
 
 
736 aa  298  3e-79  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.272547  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1443  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.46 
 
 
729 aa  297  4e-79  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.520259  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0982  UvrD/REP helicase  31.76 
 
 
731 aa  296  9e-79  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.158215  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0868  UvrD/REP helicase  31.78 
 
 
741 aa  294  3e-78  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0113  ATP-dependent DNA helicase Rep  32.97 
 
 
669 aa  293  8e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0760  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.28 
 
 
737 aa  293  8e-78  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0206  ATP-dependent DNA helicase Rep  32.35 
 
 
669 aa  291  2e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0188843 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4326  UvrD/REP helicase  30.52 
 
 
744 aa  292  2e-77  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0144266  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2947  UvrD/REP helicase  31.95 
 
 
678 aa  291  3e-77  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5316  ATP-dependent DNA helicase Rep  32.35 
 
 
669 aa  291  3e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.640166  normal  0.0761543 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0285  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.06 
 
 
741 aa  291  3e-77  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1346  ATP-dependent DNA helicase UvrD  33.18 
 
 
688 aa  291  4e-77  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4063  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  33.18 
 
 
688 aa  291  4e-77  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0141871  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5264  ATP-dependent DNA helicase Rep  32.51 
 
 
669 aa  290  7e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5174  ATP-dependent DNA helicase Rep  32.51 
 
 
669 aa  290  7e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0902161 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1397  UvrD/REP helicase  33.02 
 
 
625 aa  290  8e-77  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.477297  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3411  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  31.52 
 
 
739 aa  290  9e-77  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1127  ATP-dependent DNA helicase  33.02 
 
 
688 aa  289  1e-76  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.852694  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0075  ATP-dependent DNA helicase RepA  32.71 
 
 
669 aa  289  1e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.688079  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2002  UvrD/REP helicase  32.06 
 
 
668 aa  289  1e-76  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0486961  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0270  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.28 
 
 
732 aa  289  1e-76  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1279  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  32.86 
 
 
688 aa  289  1e-76  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.456815  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69910  ATP-dependent DNA helicase Rep  32.49 
 
 
669 aa  289  1e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1384  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  32.7 
 
 
688 aa  288  2e-76  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00158737  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6070  ATP-dependent DNA helicase Rep  32.49 
 
 
706 aa  288  2e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1146  ATP-dependent DNA helicase UvrD  33.02 
 
 
688 aa  288  2.9999999999999996e-76  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.36032  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1514  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.08 
 
 
755 aa  288  2.9999999999999996e-76  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0377  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.9 
 
 
751 aa  287  4e-76  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1239  ATP-dependent DNA helicase UvrD  33.02 
 
 
657 aa  287  4e-76  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1307  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  33.02 
 
 
688 aa  287  4e-76  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000490806 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0218  UvrD/REP helicase  28.84 
 
 
728 aa  287  5e-76  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0291  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.8 
 
 
751 aa  286  5.999999999999999e-76  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4969  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.75 
 
 
753 aa  286  5.999999999999999e-76  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03689  DNA-dependent ATPase I and helicase II  30.71 
 
 
720 aa  286  8e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5252  DNA-dependent helicase II  30.71 
 
 
720 aa  286  8e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0305  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.8 
 
 
747 aa  286  8e-76  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4179  DNA-dependent helicase II  30.71 
 
 
720 aa  286  8e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.654606  normal  0.0232596 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03638  hypothetical protein  30.71 
 
 
720 aa  286  8e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4166  DNA helicase II  30.71 
 
 
720 aa  286  9e-76  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47860  ATP-dependent DNA helicase Rep protein  31.56 
 
 
669 aa  286  1.0000000000000001e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0334  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.75 
 
 
747 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4194  DNA-dependent helicase II  30.71 
 
 
720 aa  286  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.452287  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0351  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.75 
 
 
753 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0275  ATP-dependent DNA helicase  31.75 
 
 
753 aa  286  1.0000000000000001e-75  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1120  ATP-dependent DNA helicase  32.7 
 
 
688 aa  286  1.0000000000000001e-75  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_979  UvrD/REP helicase  30.01 
 
 
738 aa  286  1.0000000000000001e-75  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4273  DNA-dependent helicase II  30.71 
 
 
720 aa  286  1.0000000000000001e-75  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0336  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.75 
 
 
751 aa  286  1.0000000000000001e-75  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4332  DNA-dependent helicase II  30.71 
 
 
720 aa  286  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4038  DNA-dependent helicase II  30.71 
 
 
720 aa  286  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0278  ATP-dependent DNA helicase  31.75 
 
 
751 aa  285  2.0000000000000002e-75  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4231  DNA-dependent helicase II  30.71 
 
 
720 aa  285  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4279  DNA-dependent helicase II  30.71 
 
 
720 aa  285  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4161  DNA-dependent helicase II  30.71 
 
 
720 aa  285  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4338  DNA-dependent helicase II  30.71 
 
 
720 aa  285  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3979  DNA-dependent helicase II  30.86 
 
 
720 aa  285  2.0000000000000002e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0053327  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4079  DNA helicase II  29.32 
 
 
724 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0943  UvrD/REP helicase  32.23 
 
 
684 aa  285  2.0000000000000002e-75  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4180  DNA-dependent helicase II  30.71 
 
 
720 aa  285  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.328302  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0682  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.5 
 
 
756 aa  284  3.0000000000000004e-75  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0445546  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1196  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.73 
 
 
738 aa  284  4.0000000000000003e-75  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1337  UvrD/REP helicase  31.64 
 
 
678 aa  284  4.0000000000000003e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1554  ATP-dependent DNA helicase II  31.79 
 
 
749 aa  284  4.0000000000000003e-75  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0080  DNA helicase II  29.96 
 
 
721 aa  284  5.000000000000001e-75  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0092  ATP-dependent DNA helicase rep  32.61 
 
 
671 aa  283  6.000000000000001e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.157816  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0419  DNA-dependent helicase II  30.47 
 
 
721 aa  283  7.000000000000001e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.590239  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0286  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.6 
 
 
747 aa  283  7.000000000000001e-75  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1133  UvrD/REP helicase  32.39 
 
 
688 aa  283  7.000000000000001e-75  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3971  DNA-dependent helicase II  30.53 
 
 
720 aa  283  9e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1824  UvrD/REP helicase  30.58 
 
 
679 aa  283  1e-74  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.0000000550793  unclonable  0.00000000134855 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2355  UvrD/REP helicase  31.95 
 
 
724 aa  282  1e-74  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000607129  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0959  UvrD/REP helicase  30 
 
 
705 aa  282  1e-74  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1994  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.36 
 
 
730 aa  281  2e-74  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1007  UvrD/REP helicase  30.77 
 
 
738 aa  281  2e-74  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1960  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.36 
 
 
730 aa  281  2e-74  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0184  ATP-dependent DNA helicase Rep  32.16 
 
 
672 aa  282  2e-74  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02290  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.92 
 
 
715 aa  281  2e-74  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000712312  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1222  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.71 
 
 
758 aa  281  2e-74  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1037  DNA-dependent helicase II  30.45 
 
 
726 aa  281  3e-74  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2140  ATP-dependent DNA helicase Rep  30.9 
 
 
667 aa  281  3e-74  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.90387  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0453  DNA helicase II  32.11 
 
 
735 aa  281  3e-74  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.723252  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1285  UvrD/REP helicase  35.19 
 
 
714 aa  281  3e-74  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000916129  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0249  UvrD/REP helicase  31.35 
 
 
663 aa  281  3e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000268408  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1619  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.84 
 
 
718 aa  281  4e-74  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0719  ATP-dependent DNA helicase Rep  30.5 
 
 
670 aa  280  4e-74  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1219  UvrD/REP helicase  28.85 
 
 
706 aa  280  6e-74  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.868419  normal  0.377243 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0212  UvrD/REP helicase  31.65 
 
 
677 aa  280  6e-74  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0187  DNA-dependent helicase II  31.02 
 
 
720 aa  280  6e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.276236  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0241  UvrD/REP helicase  29.73 
 
 
706 aa  280  7e-74  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2014  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.02 
 
 
729 aa  279  9e-74  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>