189 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_0212 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_0212  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  100 
 
 
336 aa  674    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0013917  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2431  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  46.76 
 
 
321 aa  281  1e-74  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000125331  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0080  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  46.97 
 
 
335 aa  278  7e-74  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0300271  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1326  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  45.45 
 
 
325 aa  275  9e-73  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000145207  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1664  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  43.03 
 
 
326 aa  250  3e-65  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0343  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  44.58 
 
 
315 aa  233  3e-60  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0698  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  41.59 
 
 
327 aa  229  4e-59  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.936145  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1311  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  39.64 
 
 
330 aa  222  8e-57  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.412273 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0262  NADH:ubiquinone oxidoreductase, RnfD subunit-like  38.44 
 
 
334 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1572  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  41.74 
 
 
318 aa  217  2e-55  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.732649  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0987  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  39.81 
 
 
324 aa  216  2.9999999999999998e-55  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.379961  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0388  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  41.74 
 
 
325 aa  216  5.9999999999999996e-55  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1156  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  42.09 
 
 
324 aa  212  5.999999999999999e-54  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.45037 
 
 
-
 
NC_002950  PG0305  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  40 
 
 
327 aa  210  2e-53  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0837  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase, B subunit  37.79 
 
 
338 aa  209  5e-53  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14340  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  36.7 
 
 
307 aa  208  1e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000923733  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0611  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  40.3 
 
 
326 aa  207  2e-52  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.798046  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0703  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  40.74 
 
 
318 aa  206  6e-52  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0679  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  40.74 
 
 
318 aa  206  6e-52  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1530  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  39.35 
 
 
331 aa  204  2e-51  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0274515  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0687  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  39.14 
 
 
355 aa  202  5e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.250696  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2698  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  39.52 
 
 
338 aa  202  8e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0784392  normal  0.0118792 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1092  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  42.2 
 
 
318 aa  200  3e-50  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2594  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  38.63 
 
 
330 aa  199  6e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1082  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  34.32 
 
 
315 aa  189  5e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0800979 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50950  Electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  38.75 
 
 
366 aa  184  2.0000000000000003e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0710127  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0307  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  34.77 
 
 
337 aa  182  5.0000000000000004e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0928728  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2821  electron transport complex, D subunit  34.31 
 
 
359 aa  181  1e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0064  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  36.81 
 
 
338 aa  181  2e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.601171  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3195  RnfD protein  36.94 
 
 
362 aa  179  4e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0495  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  35.93 
 
 
308 aa  179  8e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00551024  hitchhiker  0.00264587 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3934  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  36.94 
 
 
362 aa  178  1e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00796702  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1819  electron transport complex protein RnfD  33.52 
 
 
352 aa  177  3e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202474  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3195  electron transport complex, RnfABCDGE type, G subunit  36.12 
 
 
360 aa  177  3e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.176851  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2011  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  33.52 
 
 
352 aa  175  8e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000875517  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1706  electron transport complex protein RnfD  33.52 
 
 
352 aa  175  8e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.19724  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2342  electron transport complex protein RnfD  33.52 
 
 
352 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0357526  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1569  electron transport complex protein RnfD  33.52 
 
 
352 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.08013  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01600  electron transport complex protein RnfD  33.52 
 
 
352 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0168831  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2196  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  33.52 
 
 
353 aa  174  1.9999999999999998e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01590  hypothetical protein  33.52 
 
 
352 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0216636  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2992  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  37.46 
 
 
357 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1495  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  34.29 
 
 
357 aa  173  2.9999999999999996e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.476973  normal  0.422477 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1838  electron transport complex protein RnfD  32.96 
 
 
352 aa  173  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00396997  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1999  electron transport complex protein RnfD  33.52 
 
 
352 aa  173  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00297126  normal  0.240124 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1734  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  35.57 
 
 
361 aa  170  3e-41  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.509539  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002946  electron transport complex protein RnfD  33.72 
 
 
348 aa  170  3e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.892545  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0540  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  36.42 
 
 
325 aa  168  1e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1818  electron transport complex protein RnfD  33.24 
 
 
350 aa  166  5e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.452065  decreased coverage  0.000391515 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1718  electron transport complex protein RnfD  32.29 
 
 
352 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.447234  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1566  electron transport complex protein RnfD  32.29 
 
 
352 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.094034 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1554  electron transport complex protein RnfD  32.29 
 
 
352 aa  163  4.0000000000000004e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.52008  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1626  electron transport complex protein RnfD  32.29 
 
 
352 aa  163  4.0000000000000004e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.288903  normal  0.410442 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2237  electron transport complex protein RnfD  30.68 
 
 
361 aa  163  5.0000000000000005e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000430242 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1833  electron transport complex protein RnfD  35.45 
 
 
348 aa  163  5.0000000000000005e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.457327  normal  0.122422 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1062  electron transport complex protein RnfD  31.3 
 
 
363 aa  162  1e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2010  electron transport complex protein RnfD  31.52 
 
 
364 aa  161  1e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.079391  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02967  electron transport complex protein RnfD  34.45 
 
 
328 aa  160  2e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1160  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  33.24 
 
 
338 aa  161  2e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1886  electron transport complex protein RnfD  32 
 
 
352 aa  161  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0115078  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1898  electron transport complex protein RnfD  31.52 
 
 
351 aa  161  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000890803  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2250  electron transport complex protein RnfD  31.23 
 
 
364 aa  159  6e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000198545  normal  0.637976 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0286  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  33.82 
 
 
357 aa  159  7e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.364924  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2322  electron transport complex protein RnfD  31.64 
 
 
351 aa  158  1e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2896  electron transport complex, D subunit  30.61 
 
 
343 aa  158  1e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.478147  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0535  electron transport complex protein RnfD  34.2 
 
 
348 aa  158  1e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000134913  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2022  electron transport complex protein RnfD  31.62 
 
 
351 aa  157  2e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2157  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  32.09 
 
 
350 aa  154  2e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.853366  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2175  electron transport complex protein RnfD  30.66 
 
 
350 aa  154  2e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.164146  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2629  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  32.85 
 
 
352 aa  153  4e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.794178  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2968  electron transport complex protein RnfD  31.91 
 
 
357 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0935  electron transport complex protein RnfD  31.42 
 
 
350 aa  151  1e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.495036  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0652  NQR2 and RnfD family protein  31.56 
 
 
295 aa  151  2e-35  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.114634  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1172  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  33.33 
 
 
345 aa  150  4e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2041  electron transport complex protein RnfD  31.14 
 
 
350 aa  149  7e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.460383  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1869  electron transport complex protein RnfD  32.85 
 
 
351 aa  148  1.0000000000000001e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.173921  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2356  electron transport complex protein RnfD  30.11 
 
 
350 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2559  electron transport complex protein RnfD  30.14 
 
 
350 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.055004 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2537  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit B  32.02 
 
 
393 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1784  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  30.92 
 
 
349 aa  146  4.0000000000000006e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1866  electron transport complex protein RnfD  30.75 
 
 
350 aa  144  1e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19240  Electron transport complex, subunit D  30.79 
 
 
343 aa  144  1e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2403  electron transport complex protein RnfD  30.72 
 
 
357 aa  144  2e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.469732  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0735  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  29.14 
 
 
350 aa  144  2e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.170289  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3235  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  32.02 
 
 
338 aa  142  6e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.467841  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1401  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  32.01 
 
 
343 aa  142  7e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.875463 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02732  electron transport complex protein RnfD  33.04 
 
 
342 aa  141  9.999999999999999e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1847  electron transport complex protein RnfD  29.68 
 
 
349 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000941791  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2511  electron transport complex protein RnfD  30.84 
 
 
349 aa  140  3e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2069  electron transport complex protein RnfD  30.97 
 
 
350 aa  140  3e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1570  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit B  29.95 
 
 
411 aa  138  1e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.871947  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2276  electron transport complex protein RnfD  29.8 
 
 
349 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.034866  normal  0.800478 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2171  electron transport complex protein RnfD  30.26 
 
 
349 aa  137  2e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0839879  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2109  electron transport complex protein RnfD  29.8 
 
 
349 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2067  electron transport complex protein RnfD  30.26 
 
 
349 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0541155  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1908  electron transport complex protein RnfD  30.26 
 
 
349 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2062  electron transport complex protein RnfD  29.8 
 
 
349 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000244661  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0062  NQR2 and RnfD family protein  29.97 
 
 
302 aa  136  5e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2181  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit B  32.46 
 
 
399 aa  136  6.0000000000000005e-31  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1033  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  30.75 
 
 
343 aa  135  7.000000000000001e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000831458  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>