159 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_0169 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_0169  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 
141 aa  288  2e-77  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2672  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 
118 aa  58.9  0.00000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000679525  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11300  predicted transcriptional regulator  46.67 
 
 
197 aa  55.8  0.0000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.352927 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2457  transcriptional regulator, XRE family  46.15 
 
 
380 aa  54.7  0.0000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3135  transcriptional regulator, XRE family  34.58 
 
 
137 aa  53.5  0.0000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.317529  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3095  XRE family transcriptional regulator  33.66 
 
 
152 aa  53.1  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0234  transcriptional regulator  36.92 
 
 
108 aa  52  0.000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00111986  n/a   
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0188  DNA-binding protein  36.92 
 
 
108 aa  52  0.000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000978101  hitchhiker  1.67724e-41 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00980  predicted transcriptional regulator  41.54 
 
 
459 aa  51.6  0.000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.224409  normal  0.709118 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3294  XRE family transcriptional regulator  29.81 
 
 
114 aa  51.2  0.000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.600359  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1666  transcriptional regulator, XRE family  35.56 
 
 
205 aa  50.8  0.000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.130033  hitchhiker  0.00224482 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0956  DNA-binding protein  32.26 
 
 
92 aa  49.3  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00187553  n/a   
 
 
-
 
NC_007107  pE33L9_0007  DNA-binding protein  32.76 
 
 
143 aa  49.7  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.479978  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1063  hypothetical protein  33.87 
 
 
149 aa  48.9  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0001043  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3459  transcriptional regulator  29.06 
 
 
145 aa  48.5  0.00003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00424563  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0162  transcriptional regulator  34.85 
 
 
145 aa  48.5  0.00003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000550867  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1022  DNA-binding protein  32.26 
 
 
149 aa  48.5  0.00003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000116919  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2965  transcriptional regulator, XRE family  32.84 
 
 
224 aa  48.5  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.598952  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1576  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 
75 aa  48.9  0.00003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1796  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 
206 aa  48.5  0.00003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2840  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 
176 aa  48.5  0.00003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0844  transcriptional regulator, XRE family  33.9 
 
 
142 aa  48.5  0.00003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.0958964 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1587  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 
75 aa  48.9  0.00003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1565  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 
75 aa  48.9  0.00003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0591  XRE family transcriptional regulator  34.38 
 
 
113 aa  48.1  0.00004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1103  hypothetical protein  32.26 
 
 
149 aa  48.1  0.00004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.23911e-56 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0945  XRE family transcriptional regulator  32.26 
 
 
149 aa  48.1  0.00004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000414379  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1027  transcriptional regulator, XRE family  41.27 
 
 
321 aa  48.1  0.00004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4236  hypothetical protein  32.26 
 
 
149 aa  48.1  0.00004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00014165  hitchhiker  0.0000000209993 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26020  predicted transcriptional regulator  29.33 
 
 
200 aa  47.8  0.00005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.676624  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2004  hypothetical protein  28.26 
 
 
127 aa  47.8  0.00005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1907  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 
107 aa  47.8  0.00005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0505  cryptic phage CTXphi transcriptional repressor RstR  31.15 
 
 
111 aa  47.8  0.00006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.451167  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1067  cryptic phage CTXphi transcriptional repressor RstR  31.15 
 
 
111 aa  47.8  0.00006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.745753  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1070  cryptic phage CTXphi transcriptional repressor RstR  31.15 
 
 
111 aa  47.8  0.00006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0255  transcriptional regulator, putative  40 
 
 
308 aa  47.4  0.00007  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0416  prophage LambdaBa04, DNA-binding protein  36.99 
 
 
114 aa  47.4  0.00007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0944  DNA-binding protein transcriptional regulator  32.79 
 
 
149 aa  47.4  0.00007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000485883  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0428  prophage lambdaba04, DNA-binding protein  36.99 
 
 
114 aa  47.4  0.00007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.663163  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2740  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 
395 aa  47  0.00008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3465  XRE family transcriptional regulator  27.43 
 
 
142 aa  47  0.00008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0623  transcriptional regulator, putative  40 
 
 
302 aa  46.6  0.0001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0864444  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2248  transcriptional regulator, XRE family  35.09 
 
 
116 aa  46.6  0.0001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00529166 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00940  transcriptional regulator  37.7 
 
 
240 aa  46.6  0.0001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.255625  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2146  transcriptional regulator, XRE family  36.84 
 
 
206 aa  45.8  0.0002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0483341  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3288  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 
135 aa  45.8  0.0002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2467  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 
122 aa  45.4  0.0002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000461389  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0008  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 
107 aa  45.8  0.0002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000363546  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0047  XRE family transcriptional regulator  39.62 
 
 
192 aa  45.4  0.0002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.139805  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1538  XRE family transcriptional regulator  31.67 
 
 
374 aa  46.2  0.0002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2431  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 
143 aa  46.2  0.0002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0626  transcriptional regulator, putative  40 
 
 
303 aa  45.1  0.0003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0882771  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1239  transcriptional regulator, XRE family  32.5 
 
 
235 aa  45.4  0.0003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2912  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 
200 aa  45.4  0.0003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1916  transcriptional regulator, XRE family  32.26 
 
 
128 aa  45.1  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0812721  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2460  XRE family transcriptional regulator  35.21 
 
 
142 aa  45.1  0.0004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0113682  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3877  helix-turn-helix domain protein  26.04 
 
 
383 aa  44.7  0.0004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.862285 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4414  immunity repressor protein  29.82 
 
 
139 aa  44.3  0.0005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2429  transcriptional regulator, XRE family  29.21 
 
 
127 aa  44.3  0.0005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00159098 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1626  helix-turn-helix domain protein  38.46 
 
 
121 aa  44.7  0.0005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.365666 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2142  XRE family transcriptional regulator  27.59 
 
 
175 aa  44.3  0.0005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0097  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 
163 aa  44.7  0.0005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000000770328  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2015  Cro/CI family transcriptional regulator  43.48 
 
 
99 aa  44.3  0.0006  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00850971  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2733  helix-turn-helix domain-containing protein  35.82 
 
 
115 aa  44.3  0.0006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000416248  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2391  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 
247 aa  44.3  0.0006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.274459 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0766  helix-turn-helix domain protein  34.43 
 
 
182 aa  44.3  0.0006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.494379  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25890  predicted transcriptional regulator  31.08 
 
 
272 aa  44.3  0.0006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  31.43 
 
 
207 aa  43.9  0.0007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1349  immunity repressor protein  28.81 
 
 
144 aa  43.9  0.0007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1249  Cro/CI family transcriptional regulator  36.21 
 
 
74 aa  43.9  0.0008  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0278  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 
128 aa  43.9  0.0008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000672654  normal  0.646275 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0702  XRE family transcriptional regulator  33.9 
 
 
137 aa  43.9  0.0008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000217339  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1345  XRE family transcriptional regulator  30.95 
 
 
209 aa  43.5  0.0009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.200207  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4331  XRE family transcriptional regulator  33.75 
 
 
88 aa  43.5  0.0009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1621  transcriptional regulator  32.79 
 
 
146 aa  43.1  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05170  hypothetical protein  30.3 
 
 
436 aa  43.5  0.001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.602534  normal  0.439559 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0802  transcriptional regulator, XRE family  24.76 
 
 
106 aa  43.1  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.237035 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0239  XRE family transcriptional regulator  24.76 
 
 
115 aa  43.1  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000283783  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1922  transcriptional regulator, XRE family  32.26 
 
 
128 aa  43.1  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.243972  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0575  XRE family transcriptional regulator  24.04 
 
 
115 aa  43.5  0.001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000142648  normal  0.969931 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0637  XRE family transcriptional regulator  24.04 
 
 
115 aa  43.5  0.001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000152617  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0364  XRE family transcriptional regulator  37.29 
 
 
231 aa  43.1  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2922  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 
114 aa  43.5  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.185418  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0398  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 
244 aa  43.5  0.001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1571  helix-turn-helix domain protein  30.43 
 
 
109 aa  43.1  0.001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.140228  normal  0.176478 
 
 
-
 
NC_002978  WD0508  transcriptional regulator, putative  38.33 
 
 
312 aa  42.7  0.002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1715  XRE family transcriptional regulator  27.38 
 
 
152 aa  42.7  0.002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000119777  normal  0.864438 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0945  transcriptional regulator, XRE family  26.76 
 
 
184 aa  42.4  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000133489  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1613  XRE family transcriptional regulator  33.85 
 
 
71 aa  42.7  0.002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.307047 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0068  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 
87 aa  42.4  0.002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4720  XRE family transcriptional regulator  30.65 
 
 
327 aa  42.7  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18420  predicted transcriptional regulator  37.93 
 
 
149 aa  42.7  0.002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.189768  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0630  helix-turn-helix domain protein  29.41 
 
 
139 aa  42.7  0.002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3160  transcriptional regulator AnsR  25.38 
 
 
125 aa  42.4  0.002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.980504  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1881  DNA-binding protein  32.79 
 
 
142 aa  42  0.003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2917  transcriptional regulator AnsR  25.38 
 
 
125 aa  42  0.003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.41229  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2885  ans operon repressor protein  25.38 
 
 
125 aa  42  0.003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0484001  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3138  transcriptional regulator AnsR  25.38 
 
 
125 aa  42  0.003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3137  transcriptional regulator AnsR  25.38 
 
 
125 aa  42  0.003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4208  XRE family transcriptional regulator  26.19 
 
 
129 aa  42  0.003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.629555  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>