More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_0112 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01110  transcription-repair coupling factor  36.04 
 
 		 1148 aa  650    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.358379  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2533  transcription-repair coupling factor  36.14 
 
 		 1164 aa  650    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00875995  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1281  transcription-repair coupling factor  37.78 
 
 		 1148 aa  758    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0017  transcription-repair coupling factor  38.76 
 
 		 1157 aa  743    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0270668  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1774  transcription-repair coupling factor  34.64 
 
 		 1122 aa  638    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1287  transcription-repair coupling factor  36.97 
 
 		 1155 aa  738    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0502901  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0141  transcription-repair coupling factor  43.53 
 
 		 1169 aa  901    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1864  transcription-repair coupling factor  34.61 
 
 		 1147 aa  667    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0555269  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1642  transcription-repair coupling factor protein  33.69 
 
 		 1157 aa  640    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.250538 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0051  transcription-repair coupling factor  44.89 
 
 		 1176 aa  960    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09151  transcriptional-repair coupling factor  36.58 
 
 		 1175 aa  657    Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0008  transcription-repair coupling factor  40.43 
 
 		 1165 aa  774    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14371  transcriptional-repair coupling factor  36.72 
 
 		 1193 aa  647    Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2255  transcription-repair coupling factor  36.21 
 
 		 1164 aa  659    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2101  transcription-repair coupling factor  34.74 
 
 		 1150 aa  653    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.325386  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0052  transcription-repair coupling factor  44.8 
 
 		 1176 aa  959    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0048  transcription-repair coupling factor  44.8 
 
 		 1178 aa  959    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0048  transcription-repair coupling factor  44.89 
 
 		 1176 aa  961    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1016  transcription-repair coupling factor  36.17 
 
 		 1153 aa  677    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0983  transcription-repair coupling factor  36.29 
 
 		 1153 aa  677    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1896  transcription-repair coupling factor  35.17 
 
 		 1150 aa  659    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.482284 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1965  transcription-repair coupling factor  34.95 
 
 		 1147 aa  668    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.550833  normal  0.680854 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0424  transcription-repair coupling factor  37.14 
 
 		 1210 aa  746    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0369  transcriptional-repair coupling factor  36.49 
 
 		 1167 aa  663    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1360  transcription-repair coupling factor  34.04 
 
 		 1150 aa  640    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4404  transcription-repair coupling factor  36.25 
 
 		 1166 aa  706    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.353859  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2406  transcription-repair coupling factor  35.7 
 
 		 1162 aa  650    Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00482386  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2767  transcription-repair coupling factor  38.67 
 
 		 1188 aa  726    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1642  transcription-repair coupling factor  34.27 
 
 		 1158 aa  659    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3866  transcription-repair coupling factor  34.42 
 
 		 1149 aa  657    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1260  transcription-repair coupling factor  36.64 
 
 		 1159 aa  644    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.843901  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0091  transcription-repair coupling factor  37.43 
 
 		 1161 aa  741    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5255  transcription-repair coupling factor  34.27 
 
 		 1156 aa  642    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0305001  normal  0.983896 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1948  transcription-repair coupling factor  37.37 
 
 		 1198 aa  687    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1176  transcription-repair coupling factor  36.12 
 
 		 1192 aa  660    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.141232  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1092  transcription-repair coupling factor  37.15 
 
 		 1148 aa  746    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1300  transcription-repair coupling factor  36.26 
 
 		 1192 aa  660    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  39.6 
 
 		 1158 aa  800    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2039  transcription-repair coupling factor  35.88 
 
 		 1152 aa  638    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.583772  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1168  transcription-repair coupling factor  35.06 
 
 		 1159 aa  643    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.507558  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0052  transcription-repair coupling factor  44.8 
 
 		 1176 aa  959    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0961  transcriptional-repair coupling factor  37.68 
 
 		 1174 aa  650    Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.489301  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1326  transcription-repair coupling factor  36.52 
 
 		 1153 aa  698    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0639  transcription-repair coupling factor  33.88 
 
 		 1156 aa  652    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1726  transcription-repair coupling factor  34.98 
 
 		 1177 aa  644    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  41.96 
 
 		 1183 aa  927    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4332  transcription-repair coupling factor  37.49 
 
 		 1241 aa  657    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0186143  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3926  transcription-repair coupling factor  44.82 
 
 		 1208 aa  660    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.892466 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0140  transcription-repair coupling factor  38.74 
 
 		 1159 aa  796    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00133746  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0111  transcription-repair coupling factor  42.98 
 
 		 1169 aa  991    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00148726  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1202  transcription-repair coupling factor  36.54 
 
 		 1121 aa  692    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.851406  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1796  transcription-repair coupling protein Mfd  36.48 
 
 		 1153 aa  690    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.46752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10301  transcriptional-repair coupling factor  36.62 
 
 		 1169 aa  648    Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1748  transcription-repair coupling factor  34.66 
 
 		 1134 aa  664    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.921754  normal  0.10168 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4624  transcription-repair coupling factor  36.85 
 
 		 1211 aa  714    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2313  transcription-repair coupling factor  34.23 
 
 		 1160 aa  646    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.141111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1674  transcription-repair coupling factor  35.65 
 
 		 1179 aa  677    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000415877  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0525  transcription-repair coupling factor  41.35 
 
 		 1168 aa  863    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1567  transcription-repair coupling factor  34.7 
 
 		 1150 aa  667    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1630  transcription-repair coupling factor  36.64 
 
 		 1160 aa  671    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00676636  normal  0.517783 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1955  transcription-repair coupling factor  33.76 
 
 		 1150 aa  640    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0130326  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4549  transcription-repair coupling factor  38.83 
 
 		 1182 aa  763    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1629  transcription-repair coupling factor  34.9 
 
 		 1148 aa  653    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.027535  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_10511  transcriptional-repair coupling factor  36.56 
 
 		 1167 aa  665    Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00605187 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6135  transcription-repair coupling factor  34.36 
 
 		 1156 aa  645    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.352842  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4245  transcription-repair coupling factor  36.85 
 
 		 1211 aa  716    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1257  transcription-repair coupling factor  35.02 
 
 		 1147 aa  662    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.230651  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1725  transcription-repair coupling factor  34.7 
 
 		 1160 aa  672    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2632  transcription-repair coupling factor  46.66 
 
 		 1178 aa  1080    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1569  transcription-repair coupling factor  34.19 
 
 		 1184 aa  642    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.878317  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2807  transcription-repair coupling factor  46.96 
 
 		 1162 aa  1078    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2493  transcription-repair coupling factor  47.36 
 
 		 1162 aa  1083    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1671  transcription-repair coupling factor  37.96 
 
 		 1180 aa  683    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1730  transcription-repair coupling factor  36.3 
 
 		 1160 aa  660    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00119053  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1810  transcription-repair coupling factor  36.3 
 
 		 1160 aa  662    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.540051  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2158  transcription-repair coupling factor  36.43 
 
 		 1162 aa  666    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0247263  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2399  transcription-repair coupling factor  36.36 
 
 		 1178 aa  667    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00178528  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0073  transcription-repair coupling factor  38.2 
 
 		 1073 aa  771    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1485  transcription-repair coupling factor  34.79 
 
 		 1172 aa  645    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.432425 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1932  transcription-repair coupling factor  34.65 
 
 		 1185 aa  645    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25230  transcription-repair coupling factor  34.96 
 
 		 1148 aa  657    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0011  transcription-repair coupling factor  40.83 
 
 		 1162 aa  838    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0183  transcription-repair coupling factor  39.28 
 
 		 1188 aa  817    Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0271  transcription-repair coupling factor  41.55 
 
 		 1165 aa  840    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0399  transcription-repair coupling factor  41.09 
 
 		 1179 aa  813    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0007  transcription-repair coupling factor  40.56 
 
 		 1168 aa  803    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1245  transcription-repair coupling factor  38.8 
 
 		 1222 aa  678    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.877482  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1944  transcription-repair coupling factor  34.36 
 
 		 1156 aa  645    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3479  transcription-repair coupling factor  37.76 
 
 		 1189 aa  758    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.706369  normal  0.219385 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1651  transcription-repair coupling factor  35.81 
 
 		 1198 aa  701    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0949353  normal  0.53283 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2289  transcription-repair coupling factor  36.3 
 
 		 1160 aa  661    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00423432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1913  transcription-repair coupling factor  39.58 
 
 		 1192 aa  679    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0499  transcription-repair coupling factor  38.27 
 
 		 1177 aa  766    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.245405  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10301  transcriptional-repair coupling factor  36.59 
 
 		 1170 aa  645    Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0884  transcription-repair coupling factor  38.82 
 
 		 1216 aa  716    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0924  transcription-repair coupling factor  36.63 
 
 		 1224 aa  733    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.410165  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1330  transcription-repair coupling factor  36.46 
 
 		 1155 aa  682    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.643209  normal  0.63963 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4331  transcription-repair coupling factor  36.85 
 
 		 1211 aa  716    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.376638 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2204  transcription-repair coupling factor  38.64 
 
 		 1163 aa  687    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0607404  normal  0.440495 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4777  transcription-repair coupling factor  37.15 
 
 		 1212 aa  710    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.549284  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>