More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_0021 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_0021  RNA-binding S1 domain-containing protein  100 
 
 
303 aa  596  1e-169  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000787373  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3385  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  40.14 
 
 
661 aa  192  6e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000070499  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0714  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  40.3 
 
 
694 aa  181  1e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000369991  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1146  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  39.93 
 
 
654 aa  179  4.999999999999999e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.778055  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1329  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  38.49 
 
 
736 aa  179  5.999999999999999e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000119457  normal  0.0289615 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1728  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  38.24 
 
 
672 aa  177  2e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0455896  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2193  30S ribosomal protein S1  37.59 
 
 
488 aa  175  7e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.210966  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3034  30S ribosomal protein S1  36.9 
 
 
485 aa  174  1.9999999999999998e-42  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000095518  hitchhiker  0.00573325 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3198  RNA binding S1 domain protein  36.84 
 
 
488 aa  173  1.9999999999999998e-42  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.565242  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5522  30S ribosomal protein S1  36.84 
 
 
495 aa  173  3.9999999999999995e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10450  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase  42.69 
 
 
678 aa  172  3.9999999999999995e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000887819  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1804  30S ribosomal protein S1  36.76 
 
 
491 aa  172  6.999999999999999e-42  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000000161597 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2065  30S ribosomal protein S1  36.76 
 
 
491 aa  172  6.999999999999999e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00632138  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1229  30S ribosomal protein S1  37.5 
 
 
488 aa  171  1e-41  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.964467  normal  0.190984 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20190  SSU ribosomal protein S1P  37.5 
 
 
496 aa  171  2e-41  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.287124 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5494  30S ribosomal protein S1  36.47 
 
 
493 aa  171  2e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.117184  normal  0.159849 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2968  Ribosomal protein S1-like protein  37.92 
 
 
500 aa  170  2e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1625  30S ribosomal protein S1  41.37 
 
 
382 aa  170  3e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000150504  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1178  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  40.94 
 
 
677 aa  170  3e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.426785  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1221  30S ribosomal protein S1  40.23 
 
 
382 aa  169  4e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000730459  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0745  30S ribosomal protein S1  37.22 
 
 
491 aa  170  4e-41  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.146171  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3020  30S ribosomal protein S1  35.06 
 
 
479 aa  169  4e-41  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.156856  normal  0.0844361 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3005  30S ribosomal protein S1  35.06 
 
 
479 aa  169  4e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2850  RNA binding S1 domain protein  36.09 
 
 
487 aa  169  4e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000968936  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3051  30S ribosomal protein S1  35.06 
 
 
479 aa  169  4e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1057  30S ribosomal protein S1  36.09 
 
 
492 aa  169  5e-41  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.960366 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14990  30S ribosomal protein S1  37.41 
 
 
493 aa  169  5e-41  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0409109  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11646  30S ribosomal protein S1  34.94 
 
 
481 aa  169  6e-41  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.75465 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1703  RNA binding S1 domain protein  40.16 
 
 
385 aa  169  6e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000241805  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1515  RNA binding S1 domain protein  36.84 
 
 
490 aa  169  6e-41  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.906108  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2989  30S ribosomal protein S1  36.19 
 
 
490 aa  169  6e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0790572  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2872  RNA binding S1 domain protein  35.71 
 
 
487 aa  168  1e-40  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1191  30S ribosomal protein S1  36.26 
 
 
485 aa  168  1e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00406916  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1960  RNA binding S1 domain protein  36.76 
 
 
492 aa  168  1e-40  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0961  RNA binding S1 domain protein  36.57 
 
 
496 aa  168  1e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3791  30S ribosomal protein S1  40.96 
 
 
382 aa  167  2e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000784339  hitchhiker  0.000188764 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1553  30S ribosomal protein S1  40.96 
 
 
382 aa  167  2e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00270143  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3561  30S ribosomal protein S1  34.69 
 
 
481 aa  167  2e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0469219  normal  0.360425 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3356  30S ribosomal protein S1  34.69 
 
 
481 aa  167  2e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0698685  normal  0.453235 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25930  30S ribosomal protein S1  36.09 
 
 
495 aa  167  2e-40  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1477  RNA binding S1 domain-containing protein  36.64 
 
 
480 aa  167  2e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.22973  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1154  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  39.43 
 
 
672 aa  166  2.9999999999999998e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.225673  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5672  30S ribosomal protein S1  36.12 
 
 
493 aa  167  2.9999999999999998e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.457368 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2405  30S ribosomal protein S1  38.72 
 
 
378 aa  167  2.9999999999999998e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1408  30S ribosomal protein S1  40.56 
 
 
382 aa  166  5e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000102607  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1380  30S ribosomal protein S1  40.56 
 
 
382 aa  166  5e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000107777  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1519  30S ribosomal protein S1  40.56 
 
 
382 aa  166  5e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000156073  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1592  30S ribosomal protein S1  40.56 
 
 
382 aa  166  5e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.0386100000000001e-18 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1379  30S ribosomal protein S1  40.56 
 
 
382 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000385959  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1661  30S ribosomal protein S1  40.56 
 
 
382 aa  165  8e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000640216  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11140  30S ribosomal protein S1  35.71 
 
 
485 aa  165  8e-40  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.28152  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2948  30S ribosomal protein S1  36.09 
 
 
505 aa  165  9e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.188906 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12990  30S ribosomal protein S1  35.66 
 
 
492 aa  164  1.0000000000000001e-39  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.927286 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0455  30S ribosomal protein S1  40.16 
 
 
387 aa  164  1.0000000000000001e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2117  30S ribosomal protein S1  38.35 
 
 
378 aa  164  1.0000000000000001e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0601  30S ribosomal protein S1  36.84 
 
 
500 aa  164  2.0000000000000002e-39  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1421  30S ribosomal protein S1  39.76 
 
 
382 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00177938  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0962  RNA binding S1 domain protein  39.36 
 
 
418 aa  162  5.0000000000000005e-39  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.331059  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2169  30S ribosomal protein S1  39.36 
 
 
387 aa  162  8.000000000000001e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000104963  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1089  30S ribosomal protein S1  34.96 
 
 
515 aa  162  9e-39  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0119116  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2102  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  39.19 
 
 
676 aa  161  1e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.573374 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2435  RNA binding S1 domain protein  34.69 
 
 
499 aa  159  5e-38  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05300  SSU ribosomal protein S1P  36.03 
 
 
403 aa  159  6e-38  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.467971  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2523  RNA binding S1 domain protein  36.03 
 
 
405 aa  159  7e-38  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.270612  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1292  SSU ribosomal protein S1P  37.36 
 
 
396 aa  157  2e-37  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00025498  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1019  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  34.11 
 
 
686 aa  157  3e-37  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.901496  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1079  RNA binding S1 domain protein  36.51 
 
 
427 aa  155  7e-37  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3369  30S ribosomal protein S1  36.73 
 
 
493 aa  154  2e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.412554  normal  0.0109188 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3140  30S ribosomal protein S1  36.73 
 
 
493 aa  154  2e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1344  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  37.64 
 
 
687 aa  153  4e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0642692  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0763  30S ribosomal protein S1  36.63 
 
 
416 aa  152  5e-36  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.00000000000378884  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1638  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  36.98 
 
 
705 aa  152  5e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.32153 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1607  RNA-binding S1 domain-containing protein  38.26 
 
 
365 aa  151  1e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00859677  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0117  RNA binding S1 domain protein  34.57 
 
 
598 aa  150  3e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1577  30S ribosomal protein S1  33.22 
 
 
587 aa  150  3e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.00419028  normal  0.668764 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0418  30S ribosomal protein S1  35.57 
 
 
591 aa  150  3e-35  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000167097  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1794  30S ribosomal protein S1  35.83 
 
 
588 aa  150  4e-35  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000217401  normal  0.053041 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0570  30S ribosomal protein S1  35.18 
 
 
592 aa  149  5e-35  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0644  30S ribosomal protein S1  33.21 
 
 
611 aa  149  8e-35  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.35055 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2000  30S ribosomal protein S1  35.04 
 
 
591 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.00000749746  normal  0.10797 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2244  30S ribosomal protein S1  31.25 
 
 
571 aa  147  3e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.777167  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19980  SSU ribosomal protein S1P  35.39 
 
 
407 aa  146  5e-34  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0452  30S ribosomal protein S1  34.39 
 
 
592 aa  145  6e-34  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000961926  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2872  RNA binding S1 domain protein  32.48 
 
 
529 aa  145  9e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.569342  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0964  30S ribosomal protein S1  30.21 
 
 
562 aa  144  2e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1730  RNA-binding S1 domain-containing protein  32.88 
 
 
403 aa  144  2e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0218599  normal  0.469855 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1212  ribosomal protein S1  33.68 
 
 
556 aa  144  2e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0374524  normal  0.207409 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1308  30S ribosomal protein S1  32.2 
 
 
557 aa  143  3e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.302956  hitchhiker  0.0000000365743 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0500  30S ribosomal protein S1  32.2 
 
 
557 aa  143  4e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.170768  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0927  30S ribosomal protein S1  33.21 
 
 
569 aa  143  4e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000030887  normal  0.340595 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1071  30S ribosomal protein S1  33.21 
 
 
569 aa  143  4e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000319804  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2257  30S ribosomal protein S1  31.37 
 
 
570 aa  142  5e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.165537  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0201  30S ribosomal protein S1  31.37 
 
 
570 aa  142  6e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0428  30S ribosomal protein S1  31.37 
 
 
570 aa  142  6e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2993  30S ribosomal protein S1  31.37 
 
 
570 aa  142  6e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1638  30S ribosomal protein S1  31.37 
 
 
570 aa  142  6e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.82562  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2945  30S ribosomal protein S1  31.37 
 
 
570 aa  142  6e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.855668  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2572  30S ribosomal protein S1  31.37 
 
 
570 aa  142  6e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.196878  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0947  30S ribosomal protein S1  31.37 
 
 
570 aa  142  6e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.579155  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2882  30S ribosomal protein S1  31.37 
 
 
570 aa  142  6e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0077101  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>