296 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_0004 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  100 
 
 
360 aa  731    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0004  recombination protein F  43.72 
 
 
361 aa  332  5e-90  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0004  recombination protein F  43.72 
 
 
361 aa  332  5e-90  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  44.29 
 
 
372 aa  314  1.9999999999999998e-84  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  45.92 
 
 
369 aa  312  4.999999999999999e-84  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0004  recombination protein F  42.7 
 
 
375 aa  291  1e-77  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5316  recombination protein F  42.16 
 
 
375 aa  290  2e-77  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0155044  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0004  recombination protein F  41.89 
 
 
375 aa  289  5.0000000000000004e-77  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0004  recombination protein F  41.89 
 
 
375 aa  289  5.0000000000000004e-77  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0004  recombination protein F  41.89 
 
 
375 aa  289  5.0000000000000004e-77  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.340003 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0004  recombination protein F  41.89 
 
 
375 aa  289  6e-77  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.864622  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0004  recombination protein F  41.89 
 
 
375 aa  289  6e-77  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0004  recombination protein F  41.89 
 
 
375 aa  289  6e-77  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000104808  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0004  recombination protein F  41.89 
 
 
375 aa  289  7e-77  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00277064  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0004  recombination protein F  41.89 
 
 
375 aa  288  1e-76  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0004  recombination protein F  42.32 
 
 
373 aa  285  5.999999999999999e-76  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.177605  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0004  recombination protein F  40.27 
 
 
374 aa  281  1e-74  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2550  recombination protein F  41.4 
 
 
371 aa  271  1e-71  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0191996  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0004  recombination protein F  40.32 
 
 
372 aa  271  1e-71  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0004  recombination protein F  40.86 
 
 
374 aa  267  2e-70  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000414234  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0004  recombination protein F  40.16 
 
 
370 aa  265  1e-69  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.320094  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0004  recombination protein F  40.16 
 
 
370 aa  265  1e-69  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.188075  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  39.68 
 
 
374 aa  264  2e-69  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00040  DNA replication and repair protein RecF  40.53 
 
 
375 aa  263  4.999999999999999e-69  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  40.97 
 
 
362 aa  261  8.999999999999999e-69  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0004  DNA replication and repair protein RecF  41.33 
 
 
373 aa  260  3e-68  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  39.22 
 
 
386 aa  259  4e-68  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  40.98 
 
 
369 aa  258  9e-68  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  42.98 
 
 
366 aa  258  1e-67  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0004  recombination protein F  39.08 
 
 
374 aa  256  3e-67  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2238  recombination protein F  39.89 
 
 
359 aa  254  2.0000000000000002e-66  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0003  DNA replication and repair protein RecF  41.45 
 
 
365 aa  253  3e-66  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.390569  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0004  DNA replication and repair protein RecF  37.13 
 
 
371 aa  246  4e-64  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.244423  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1772  DNA replication and repair protein RecF  38.21 
 
 
371 aa  246  4e-64  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  38.71 
 
 
376 aa  241  1e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0004  recombination protein F  40.28 
 
 
371 aa  234  1.0000000000000001e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.106759  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3391  recombination protein F  39.62 
 
 
376 aa  233  4.0000000000000004e-60  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  35.48 
 
 
398 aa  230  3e-59  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  37.15 
 
 
392 aa  229  5e-59  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0004  DNA replication and repair protein RecF  34.81 
 
 
359 aa  228  1e-58  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  34.65 
 
 
370 aa  226  4e-58  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000369508  hitchhiker  0.000000145417 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1725  recombination protein F  39.06 
 
 
390 aa  222  9e-57  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5273  recombination protein F  38.32 
 
 
384 aa  216  7e-55  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0402761 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2214  DNA replication and repair protein RecF  35.99 
 
 
394 aa  216  7e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00444262 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0003  recombination protein F  33.33 
 
 
364 aa  213  2.9999999999999995e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0002  recombination protein F  32.16 
 
 
365 aa  213  3.9999999999999995e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0004  DNA replication and repair protein RecF  32.32 
 
 
374 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000920069  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0003  recombination protein F  34.51 
 
 
364 aa  212  7e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.06 
 
 
364 aa  212  9e-54  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  34.39 
 
 
370 aa  211  1e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0003  recombination protein F  32.16 
 
 
365 aa  210  3e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2250  recombination protein F  37.47 
 
 
387 aa  210  3e-53  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.122677 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.77 
 
 
382 aa  204  1e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.71 
 
 
360 aa  204  2e-51  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.447101  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0003  recombination protein F  31.34 
 
 
368 aa  204  2e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00792918  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1123  recombination protein F  40.05 
 
 
380 aa  204  2e-51  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.633638 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0025  DNA replication and repair protein RecF  37.75 
 
 
386 aa  204  2e-51  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1094  recombination protein F  40.05 
 
 
380 aa  204  2e-51  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2248  recombination protein F  39.13 
 
 
377 aa  202  5e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0004  DNA replication and repair protein RecF  31.12 
 
 
377 aa  201  9.999999999999999e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.780515  decreased coverage  0.00205006 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0003  DNA replication and repair protein RecF  35.24 
 
 
365 aa  198  1.0000000000000001e-49  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.7 
 
 
370 aa  195  9e-49  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.152297 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0214  DNA replication and repair protein RecF  33.54 
 
 
359 aa  195  9e-49  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.613838  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.02 
 
 
380 aa  195  1e-48  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0003  DNA replication and repair protein RecF  35.16 
 
 
363 aa  195  1e-48  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3717  DNA replication and repair protein  35.08 
 
 
377 aa  195  1e-48  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.329241 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3722  DNA replication and repair protein RecF  36.02 
 
 
385 aa  194  1e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000891221  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09773  putative DNA replication and repair protein  31.75 
 
 
359 aa  194  2e-48  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.753312  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1183  DNA replication and repair protein RecF  33.23 
 
 
373 aa  193  3e-48  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00164356  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.2 
 
 
397 aa  192  7e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0004  recombination protein F  30.24 
 
 
377 aa  189  5e-47  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0533102  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0346  recombination protein F  33.6 
 
 
365 aa  189  7e-47  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.105676  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0003  DNA replication and repair protein  33.06 
 
 
363 aa  189  7e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0241212  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.72 
 
 
415 aa  189  8e-47  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000951254  normal  0.107465 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0002  RecF protein  33.24 
 
 
369 aa  188  1e-46  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000642266  normal  0.645599 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0003  DNA replication and repair protein RecF  34.47 
 
 
369 aa  188  2e-46  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0749386  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0534  DNA replication and repair protein RecF  32.33 
 
 
367 aa  186  5e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.921957  hitchhiker  0.00000000241058 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0004  recombination protein F  30 
 
 
380 aa  185  9e-46  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0012  recombination protein F  30 
 
 
380 aa  185  9e-46  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.121144 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0005  DNA replication and repair protein RecF  29.2 
 
 
401 aa  184  2.0000000000000003e-45  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3886  DNA replication and repair protein RecF  32.92 
 
 
365 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127784  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00040  DNA replication and repair protein RecF  28.44 
 
 
414 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0004  recombination protein F  30.14 
 
 
380 aa  184  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0716162 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.09 
 
 
363 aa  184  3e-45  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.222725  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0004  recombination protein F  29.26 
 
 
386 aa  184  3e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.187663 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5508  DNA replication and repair protein RecF  35.44 
 
 
368 aa  183  4.0000000000000006e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0004  recombination protein F  29.07 
 
 
399 aa  182  5.0000000000000004e-45  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000897119  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.22 
 
 
398 aa  182  6e-45  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0004  recombination protein F  30.38 
 
 
371 aa  182  6e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00656338  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0005  Recombinational DNA repair ATPase (RecF pathway)- like protein  27.95 
 
 
390 aa  182  6e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.518698  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0004  DNA replication and repair protein RecF  28.5 
 
 
378 aa  182  8.000000000000001e-45  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.332828  normal  0.294433 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0004  recombination protein F  28.61 
 
 
401 aa  182  9.000000000000001e-45  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.582462  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0003  recombination protein F  30.14 
 
 
371 aa  181  1e-44  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00040  recombination protein F  27.18 
 
 
390 aa  181  2e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.0000332989  normal  0.373412 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.83 
 
 
362 aa  181  2e-44  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000115018  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0004  DNA replication and repair protein RecF  28.75 
 
 
391 aa  181  2e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00428915 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5456  DNA replication and repair protein RecF  32.44 
 
 
360 aa  180  2.9999999999999997e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0356472  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0004  recombination protein F  28.64 
 
 
402 aa  180  2.9999999999999997e-44  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000215476 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0004  DNA replication and repair protein RecF  28.77 
 
 
381 aa  180  4e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.321306  normal  0.933031 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0498  hypothetical protein  29.85 
 
 
370 aa  179  9e-44  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>