More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphamn1_1748 on replicon NC_010831
Organism: Chlorobium phaeobacteroides BS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010803  Clim_0689  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  69.24 
 
 
544 aa  760    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.430174  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1527  Fis family transcriptional regulator  69.67 
 
 
537 aa  748    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  69.93 
 
 
549 aa  749    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  100 
 
 
542 aa  1114    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  79.89 
 
 
544 aa  882    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1920  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  70.52 
 
 
543 aa  763    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0127788  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1919  Fis family transcriptional regulator  68.67 
 
 
545 aa  741    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  52.24 
 
 
539 aa  549  1e-155  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02780  vanadium nitrogenase sigma54-dependent transcriptional activator, VnfA  51.49 
 
 
522 aa  533  1e-150  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.274487  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1785  NifA subfamily transcriptional regulator  49.43 
 
 
507 aa  522  1e-147  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1624  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  48.04 
 
 
561 aa  514  1e-144  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.714408  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1388  NifA subfamily transcriptional regulator  48.32 
 
 
533 aa  509  1e-143  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49020  sigma54-dependent transcriptional activator for the iron only nitrogenase, AnfA  49.53 
 
 
537 aa  509  1e-143  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47100  sigma54-dependent activator protein  46.46 
 
 
517 aa  473  1e-132  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.536607  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2617  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.96 
 
 
535 aa  470  1.0000000000000001e-131  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0570  NifA subfamily transcriptional regulator  45.27 
 
 
508 aa  454  1.0000000000000001e-126  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.106051  normal  0.50757 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1146  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.73 
 
 
522 aa  449  1e-125  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33440  sigma54-dependent activator protein  45.15 
 
 
493 aa  451  1e-125  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0366  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.29 
 
 
508 aa  430  1e-119  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0608  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.86 
 
 
527 aa  416  9.999999999999999e-116  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000979337 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1635  Fis family transcriptional regulator  40.78 
 
 
576 aa  406  1.0000000000000001e-112  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.980236  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1219  NifA subfamily transcriptional regulator  40.87 
 
 
529 aa  406  1.0000000000000001e-112  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.832328  normal  0.664037 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0831  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.04 
 
 
517 aa  402  1e-111  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0724194  normal  0.196373 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1505  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40.89 
 
 
522 aa  394  1e-108  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.034794  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0594  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40.77 
 
 
529 aa  382  1e-104  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00846378  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1010  NifA subfamily transcriptional regulator  41.33 
 
 
510 aa  377  1e-103  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.502201  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0512  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  40.11 
 
 
524 aa  372  1e-101  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1244  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  39.25 
 
 
545 aa  366  1e-100  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.771278 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1527  Nif-specific regulatory protein  39.25 
 
 
545 aa  366  1e-100  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51000  Nif-specific sigma54-dependent transcriptional activator protein, NifA  40 
 
 
522 aa  369  1e-100  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.519777  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2966  transcriptional regulator NifA  39.85 
 
 
515 aa  361  2e-98  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0282  transcriptional regulator NifA  40.94 
 
 
525 aa  359  5e-98  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.262632  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1311  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  37.66 
 
 
538 aa  357  1.9999999999999998e-97  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0530064  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1152  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  37.66 
 
 
534 aa  357  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0929318 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26490  sigma54-dependent activator protein  40.54 
 
 
485 aa  357  3.9999999999999996e-97  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.593646  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0764  transcriptional regulator NifA  40.33 
 
 
511 aa  351  2e-95  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4669  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  37.61 
 
 
533 aa  349  6e-95  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0965  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  35.59 
 
 
546 aa  348  1e-94  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.17468 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2528  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  41.01 
 
 
579 aa  346  5e-94  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1372  transcriptional regulator NifA  39.91 
 
 
593 aa  346  7e-94  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3032  NifA subfamily transcriptional regulator  36.09 
 
 
532 aa  343  2.9999999999999997e-93  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0993  transcriptional regulator NifA  41.2 
 
 
600 aa  344  2.9999999999999997e-93  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4849  NifA subfamily transcriptional regulator  35.82 
 
 
566 aa  343  5e-93  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.728864 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1445  transcriptional regulator NifA  34.78 
 
 
572 aa  341  2e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0161309 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1157  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  36.64 
 
 
502 aa  340  5e-92  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1570  transcriptional regulator NifA  40.09 
 
 
569 aa  335  1e-90  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.840602  normal  0.572476 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3765  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50.62 
 
 
463 aa  332  9e-90  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.000821276  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2176  NifA subfamily transcriptional regulator  38.39 
 
 
531 aa  332  1e-89  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000386185  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  53.4 
 
 
442 aa  331  2e-89  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00434157  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7728  transcriptional regulator NifA  36.22 
 
 
547 aa  331  3e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5933  NifA subfamily transcriptional regulator  34.75 
 
 
580 aa  329  1.0000000000000001e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.088253  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1204  transcriptional regulator NifA  37.23 
 
 
550 aa  328  2.0000000000000001e-88  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.132443  hitchhiker  0.00777378 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3529  transcriptional regulator NifA  35.69 
 
 
608 aa  326  7e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0603248  normal  0.0582265 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1032  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.21 
 
 
461 aa  325  9e-88  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.454426 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1487  helix-turn-helix, Fis-type:Nif-specific regulatory protein  38.69 
 
 
549 aa  325  1e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.659732 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0393  transcriptional regulator NifA  41.67 
 
 
627 aa  323  4e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4475  transcriptional regulator NifA  35.37 
 
 
580 aa  323  4e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.391339 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2207  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  35.04 
 
 
539 aa  323  6e-87  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3648  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  35.93 
 
 
576 aa  323  7e-87  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.4281 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0427  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.68 
 
 
458 aa  322  8e-87  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2442  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.45 
 
 
480 aa  322  9.000000000000001e-87  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0790  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  53.67 
 
 
466 aa  321  1.9999999999999998e-86  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0532  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  50.62 
 
 
470 aa  322  1.9999999999999998e-86  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00706375  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0372  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  51.43 
 
 
461 aa  320  6e-86  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3211  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  33.87 
 
 
535 aa  319  7e-86  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.050202  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1577  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  34.75 
 
 
581 aa  319  9e-86  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2018  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  51.13 
 
 
447 aa  318  1e-85  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.110893  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50.64 
 
 
454 aa  318  2e-85  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2533  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.3 
 
 
483 aa  317  3e-85  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1326  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.99 
 
 
485 aa  317  4e-85  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1061  transcriptional regulator NifA  34.59 
 
 
582 aa  317  4e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.798583  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0082  transcriptional regulator NifA  35.18 
 
 
597 aa  316  6e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.765061 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1430  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  48.73 
 
 
461 aa  316  7e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.324678  hitchhiker  0.00137179 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2629  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.99 
 
 
483 aa  316  7e-85  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.14604  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1969  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator  51.14 
 
 
473 aa  315  9e-85  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.440374  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3599  two component Fis family transcriptional regulator  49.84 
 
 
459 aa  316  9e-85  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5113  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  34.24 
 
 
584 aa  315  9.999999999999999e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1397  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50.79 
 
 
458 aa  314  1.9999999999999998e-84  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2369  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  48.41 
 
 
461 aa  314  2.9999999999999996e-84  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0790211  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0957  transcriptional regulator NifA  33.79 
 
 
583 aa  313  3.9999999999999997e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2667  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  50.16 
 
 
668 aa  313  3.9999999999999997e-84  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02147  fused response regulator of ato operon, in two-component system with AtoS: response regulator/sigma54 interaction protein  48.41 
 
 
461 aa  313  4.999999999999999e-84  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1438  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.41 
 
 
461 aa  313  4.999999999999999e-84  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.445705  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3415  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  50.81 
 
 
453 aa  313  4.999999999999999e-84  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  50.31 
 
 
463 aa  313  4.999999999999999e-84  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02106  hypothetical protein  48.41 
 
 
461 aa  313  4.999999999999999e-84  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2361  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  48.41 
 
 
461 aa  313  4.999999999999999e-84  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.18992  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  49.69 
 
 
653 aa  311  1e-83  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.37 
 
 
451 aa  311  2e-83  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3335  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.99 
 
 
458 aa  311  2e-83  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2258  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.06 
 
 
468 aa  311  2e-83  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.428008  normal  0.0222917 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2353  phosphocarrier HPr/sensory box protein/sigma-54 dependent transcriptional regulator  49.84 
 
 
668 aa  311  2e-83  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2915  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  48.89 
 
 
457 aa  310  2.9999999999999997e-83  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2345  two component signal transduction response regulator  47.95 
 
 
455 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00459366  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1024  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.51 
 
 
544 aa  311  2.9999999999999997e-83  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000701357  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3158  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50.96 
 
 
462 aa  310  2.9999999999999997e-83  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.63 
 
 
515 aa  310  4e-83  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0962  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.71 
 
 
458 aa  310  4e-83  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.277353 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1287  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.25 
 
 
452 aa  310  5.9999999999999995e-83  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.541874  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2223  NifA subfamily transcriptional regulator  44.18 
 
 
556 aa  310  5.9999999999999995e-83  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0251727  hitchhiker  0.000170906 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>