More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphamn1_1696 on replicon NC_010831
Organism: Chlorobium phaeobacteroides BS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009441  Fjoh_1202  transcription-repair coupling factor  38.16 
 
 		 1121 aa  748    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.851406  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02560  transcription-repair coupling factor  37.88 
 
 		 1126 aa  714    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0272  hypothetical protein  40.72 
 
 		 1123 aa  724    Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.580517 
 
 
-
 
NC_002950  PG1774  transcription-repair coupling factor  38.9 
 
 		 1122 aa  729    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1287  transcription-repair coupling factor  44.52 
 
 		 1155 aa  649    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0502901  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1894  transcription-repair coupling factor  38.92 
 
 		 1109 aa  725    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.377763  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0048  transcription-repair coupling factor  44.66 
 
 		 1176 aa  637    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0022  transcription-repair coupling factor  43.37 
 
 		 1113 aa  739    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1511  transcription-repair coupling factor  38.09 
 
 		 1059 aa  653    Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5514  transcription-repair coupling factor  38.51 
 
 		 1126 aa  730    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2754  transcription-repair coupling factor  43.47 
 
 		 1112 aa  804    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.502691  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0630  transcription-repair coupling factor  58.46 
 
 		 1109 aa  1254    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1882  transcription-repair coupling factor  58.57 
 
 		 1099 aa  1285    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1696  transcription-repair coupling factor  100 
 
 		 1107 aa  2273    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000188307 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2147  transcription-repair coupling factor  59.82 
 
 		 1103 aa  1339    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0409  transcription-repair coupling factor  41.3 
 
 		 1126 aa  744    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21200  transcription-repair coupling factor  42.54 
 
 		 1170 aa  647    Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.010694  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0182  transcription-repair coupling factor  43.22 
 
 		 1183 aa  638    Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3695  transcription-repair coupling factor  41.36 
 
 		 1115 aa  725    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0770  transcription-repair coupling factor  58.7 
 
 		 1116 aa  1311    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3453  transcription-repair coupling factor  40.3 
 
 		 1122 aa  724    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0209077 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0766  transcription-repair coupling factor  65.66 
 
 		 1120 aa  1470    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0011  transcription-repair coupling factor  37.51 
 
 		 1162 aa  686    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0271  transcription-repair coupling factor  36.92 
 
 		 1165 aa  656    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0878  transcription-repair coupling factor  61.49 
 
 		 1127 aa  1344    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1092  transcription-repair coupling factor  39.4 
 
 		 1148 aa  633  1e-180  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0048  transcription-repair coupling factor  44.31 
 
 		 1176 aa  632  1e-180  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1281  transcription-repair coupling factor  39.28 
 
 		 1148 aa  631  1e-179  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0051  transcription-repair coupling factor  44.31 
 
 		 1176 aa  632  1e-179  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0059  transcription-repair coupling factor  44.31 
 
 		 1176 aa  632  1e-179  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0052  transcription-repair coupling factor  44.31 
 
 		 1176 aa  632  1e-179  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0048  transcription-repair coupling factor  44.31 
 
 		 1178 aa  632  1e-179  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0062  transcription-repair coupling factor  44.31 
 
 		 1176 aa  632  1e-179  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0052  transcription-repair coupling factor  44.31 
 
 		 1176 aa  632  1e-179  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  42.47 
 
 		 1183 aa  630  1e-179  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5258  transcription-repair coupling factor  44.17 
 
 		 1176 aa  631  1e-179  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0058  transcription-repair coupling factor  44.01 
 
 		 1176 aa  630  1e-179  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3741  transcription-repair coupling factor  35.26 
 
 		 1182 aa  632  1e-179  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.34254 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0073  transcription-repair coupling factor  39.18 
 
 		 1073 aa  629  1e-179  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0008  transcription-repair coupling factor  36.7 
 
 		 1165 aa  626  1e-178  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0050  transcription-repair coupling factor  41.67 
 
 		 1177 aa  627  1e-178  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0048  transcription-repair coupling factor  43.9 
 
 		 1176 aa  627  1e-178  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4549  transcription-repair coupling factor  41.12 
 
 		 1182 aa  629  1e-178  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3728  transcription-repair coupling factor  35.59 
 
 		 1103 aa  629  1e-178  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0399  transcription-repair coupling factor  34.43 
 
 		 1179 aa  623  1e-177  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0048  transcription-repair coupling factor  41.28 
 
 		 1177 aa  621  1e-176  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0262  transcription-repair coupling factor  40.15 
 
 		 1179 aa  620  1e-176  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0111  transcription-repair coupling factor  43.36 
 
 		 1169 aa  617  1e-175  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00148726  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2632  transcription-repair coupling factor  45.32 
 
 		 1178 aa  616  1e-175  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0067  transcription-repair coupling factor  41.76 
 
 		 1196 aa  617  1e-175  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0112  transcription-repair coupling factor  42.82 
 
 		 1179 aa  618  1e-175  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1064  transcription-repair coupling factor (superfamily II helicase)  38.36 
 
 		 1154 aa  614  9.999999999999999e-175  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.566316  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0214  transcription-repair coupling factor  46.09 
 
 		 1197 aa  615  9.999999999999999e-175  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0330142  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0141  transcription-repair coupling factor  42.95 
 
 		 1169 aa  609  1e-173  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0525  transcription-repair coupling factor  43.91 
 
 		 1168 aa  606  9.999999999999999e-173  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3738  transcription-repair coupling factor  35.73 
 
 		 1168 aa  608  9.999999999999999e-173  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0538  transcription-repair coupling factor  43.91 
 
 		 1168 aa  606  9.999999999999999e-173  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1326  transcription-repair coupling factor  35.63 
 
 		 1153 aa  606  9.999999999999999e-173  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3479  transcription-repair coupling factor  43.54 
 
 		 1189 aa  609  9.999999999999999e-173  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.706369  normal  0.219385 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0140  transcription-repair coupling factor  46.4 
 
 		 1159 aa  602  1.0000000000000001e-171  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00133746  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2072  transcription-repair coupling factor  43.98 
 
 		 1123 aa  605  1.0000000000000001e-171  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0131  transcription-repair coupling factor  44.47 
 
 		 1197 aa  605  1.0000000000000001e-171  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.10317  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1630  transcription-repair coupling factor  35.85 
 
 		 1160 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00676636  normal  0.517783 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2767  transcription-repair coupling factor  36.51 
 
 		 1188 aa  600  1e-170  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1748  transcription-repair coupling factor  36.55 
 
 		 1134 aa  601  1e-170  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.921754  normal  0.10168 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4312  transcription-repair coupling factor  35.07 
 
 		 1158 aa  600  1e-170  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1827  transcription-repair coupling factor  34.82 
 
 		 1169 aa  601  1e-170  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1478  transcription-repair coupling factor  41.18 
 
 		 1246 aa  597  1e-169  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.313815 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0700  transcription-repair coupling factor  42.23 
 
 		 1165 aa  597  1e-169  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00154056  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4373  transcription-repair coupling factor  34.97 
 
 		 1158 aa  598  1e-169  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.456695  hitchhiker  0.00000184147 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1811  transcription-repair coupling factor  37.3 
 
 		 1157 aa  593  1e-168  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000258386  normal  0.0877788 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0072  transcription-repair coupling factor  44.83 
 
 		 1176 aa  593  1e-168  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0902915  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0197  transcription-repair coupling factor  45.23 
 
 		 1157 aa  592  1e-168  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.5656599999999998e-21 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1299  transcription-repair coupling factor  43.62 
 
 		 1157 aa  595  1e-168  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1355  transcription-repair coupling factor  45.07 
 
 		 1150 aa  595  1e-168  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2656  transcription-repair coupling factor  42.29 
 
 		 1207 aa  594  1e-168  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0357057  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0593  transcription-repair coupling factor  42.32 
 
 		 1165 aa  593  1e-168  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2493  transcription-repair coupling factor  45.5 
 
 		 1162 aa  594  1e-168  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3660  transcription-repair coupling factor  43.42 
 
 		 1265 aa  589  1e-167  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.593932 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0214  transcription-repair coupling factor  44.95 
 
 		 1157 aa  592  1e-167  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0683043  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1246  transcription-repair coupling factor  43.48 
 
 		 1157 aa  590  1e-167  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.545868  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  46.19 
 
 		 1158 aa  591  1e-167  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3090  transcription-repair coupling factor  44.76 
 
 		 1174 aa  592  1e-167  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.192538  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5241  transcription-repair coupling factor  36.21 
 
 		 1112 aa  589  1e-167  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2807  transcription-repair coupling factor  45.19 
 
 		 1162 aa  592  1e-167  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1671  transcription-repair coupling factor  36.15 
 
 		 1180 aa  592  1e-167  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1257  transcription-repair coupling factor  36.66 
 
 		 1147 aa  591  1e-167  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.230651  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0007  transcription-repair coupling factor  43.49 
 
 		 1168 aa  591  1e-167  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4404  transcription-repair coupling factor  36.32 
 
 		 1166 aa  588  1e-166  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.353859  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0499  transcription-repair coupling factor  45.31 
 
 		 1177 aa  588  1e-166  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.245405  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3811  transcription-repair coupling factor  34.57 
 
 		 1154 aa  588  1e-166  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0638  transcription-repair coupling factor  45.45 
 
 		 1141 aa  585  1.0000000000000001e-165  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.138681  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1629  transcription-repair coupling factor  35.38 
 
 		 1148 aa  585  1.0000000000000001e-165  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.027535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1543  transcription-repair coupling factor  36.09 
 
 		 1157 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00144396  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2938  transcription-repair coupling factor  45.97 
 
 		 1172 aa  583  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0183  transcription-repair coupling factor  44.55 
 
 		 1188 aa  585  1.0000000000000001e-165  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1705  transcription-repair coupling factor  43.34 
 
 		 1174 aa  584  1.0000000000000001e-165  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2622  transcription-repair coupling factor  46.04 
 
 		 1172 aa  580  1e-164  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.153021  hitchhiker  0.000463296 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1349  transcription-repair coupling factor  43.69 
 
 		 1149 aa  580  1e-164  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0910  transcription-repair coupling factor  42.71 
 
 		 1179 aa  582  1e-164  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>