More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphamn1_1044 on replicon NC_010831
Organism: Chlorobium phaeobacteroides BS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_1044  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 
346 aa  718  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1440  pseudouridine synthase, RluA family  75.58 
 
 
347 aa  559  1e-158  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.738263  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0783  pseudouridine synthase, RluD  70.38 
 
 
354 aa  508  1e-143  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1495  pseudouridine synthase, RluA family  68.9 
 
 
354 aa  508  1e-143  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1798  pseudouridine synthase, RluA family  69.19 
 
 
349 aa  495  1e-139  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  68.31 
 
 
350 aa  491  1e-138  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.784854  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1622  pseudouridine synthase, RluD  71.83 
 
 
363 aa  490  1e-137  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1390  pseudouridine synthase, RluA family  49.23 
 
 
348 aa  309  4e-83  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.568078 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3480  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.14 
 
 
348 aa  305  7e-82  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0583016 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1219  pseudouridine synthase, RluA family  46.4 
 
 
342 aa  304  1e-81  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0665  hypothetical protein  46.91 
 
 
341 aa  304  2e-81  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2578  pseudouridine synthase, RluA family  47.06 
 
 
343 aa  299  5e-80  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.728308  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1911  pseudouridine synthase, RluA family  43.77 
 
 
356 aa  297  2e-79  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.743404  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0553  pseudouridine synthase, RluA family  44.24 
 
 
352 aa  288  1e-76  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0557173  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2620  RluA family pseudouridine synthase  43.11 
 
 
347 aa  284  2e-75  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.59 
 
 
356 aa  279  5e-74  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1621  pseudouridine synthase, RluA family  45.35 
 
 
355 aa  253  3e-66  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  42.45 
 
 
302 aa  236  3e-61  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  40 
 
 
344 aa  234  2e-60  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  43.23 
 
 
305 aa  233  3e-60  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  41.04 
 
 
309 aa  233  5e-60  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  39.49 
 
 
313 aa  231  2e-59  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  40.3 
 
 
334 aa  230  2e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  42.14 
 
 
302 aa  229  4e-59  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  1.69242e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  42.86 
 
 
302 aa  229  5e-59  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  42.41 
 
 
304 aa  229  5e-59  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  43.79 
 
 
326 aa  229  5e-59  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  41.82 
 
 
302 aa  229  6e-59  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  3.28194e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  44.16 
 
 
304 aa  229  7e-59  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  8.66742e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  39.5 
 
 
315 aa  229  7e-59  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  41.82 
 
 
302 aa  228  9e-59  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.40417e-09 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  41.82 
 
 
302 aa  228  9e-59  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.82 
 
 
302 aa  228  9e-59  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.82 
 
 
302 aa  228  9e-59  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  7.62664e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  41.82 
 
 
302 aa  228  9e-59  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.99 
 
 
347 aa  228  1e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  42.12 
 
 
334 aa  228  1e-58  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  7.67359e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.99 
 
 
334 aa  228  1e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  42.81 
 
 
320 aa  228  2e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  2.67472e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.92 
 
 
303 aa  226  5e-58  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  41.51 
 
 
302 aa  226  5e-58  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  42.37 
 
 
314 aa  225  7e-58  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  39.88 
 
 
341 aa  225  9e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1560  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  42.81 
 
 
326 aa  225  1e-57  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  40.62 
 
 
341 aa  224  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0288  RluA family pseudouridine synthase  39.2 
 
 
336 aa  224  2e-57  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.48 
 
 
333 aa  223  3e-57  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3699  pseudouridine synthase, RluA family  40.13 
 
 
345 aa  223  4e-57  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  39.6 
 
 
342 aa  223  4e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  38.26 
 
 
304 aa  221  1e-56  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  38.56 
 
 
306 aa  221  1e-56  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  40.71 
 
 
302 aa  221  2e-56  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  41.29 
 
 
306 aa  220  2e-56  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  42.32 
 
 
331 aa  219  6e-56  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.78 
 
 
343 aa  218  9e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  38.61 
 
 
305 aa  218  1e-55  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  38.24 
 
 
306 aa  218  1e-55  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.67 
 
 
343 aa  218  1e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  39.06 
 
 
326 aa  217  2e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.92 
 
 
305 aa  216  3e-55  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.39 
 
 
300 aa  217  3e-55  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  4.47138e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2613  RluA family pseudouridine synthase  37.61 
 
 
343 aa  216  4e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.13 
 
 
313 aa  216  5e-55  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  39.45 
 
 
376 aa  216  6e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2409  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.06 
 
 
349 aa  214  1e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  40.06 
 
 
304 aa  214  1e-54  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  7.16198e-06  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0878  pseudouridine synthase RluA family  43.63 
 
 
327 aa  214  1e-54  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.936233  normal  0.697349 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  39.5 
 
 
306 aa  214  2e-54  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2903  RluA family pseudouridine synthase  40.19 
 
 
323 aa  214  2e-54  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413037  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  38.08 
 
 
326 aa  214  2e-54  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.34 
 
 
322 aa  214  2e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  41.56 
 
 
310 aa  214  2e-54  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2141  pseudouridine synthase, RluD  39.87 
 
 
339 aa  213  3e-54  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.8 
 
 
319 aa  213  3e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1573  RluA family pseudouridine synthase  41.03 
 
 
349 aa  213  3e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0105453  normal  0.522178 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1072  RluA family pseudouridine synthase  40.06 
 
 
349 aa  213  3e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0863187  normal  0.714428 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  40.19 
 
 
400 aa  213  4e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  40.43 
 
 
319 aa  213  4e-54  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  40.07 
 
 
305 aa  212  6e-54  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  40.92 
 
 
302 aa  212  6e-54  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  40.65 
 
 
323 aa  212  9e-54  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3046  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.58 
 
 
332 aa  210  2e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.26 
 
 
300 aa  210  2e-53  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  2.04845e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  39.74 
 
 
345 aa  211  2e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  39.55 
 
 
324 aa  210  3e-53  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2118  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.57 
 
 
337 aa  210  4e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3345  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.34 
 
 
333 aa  209  5e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  39.87 
 
 
407 aa  208  1e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1005  RluA family pseudouridine synthase  39.25 
 
 
343 aa  208  1e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  39.87 
 
 
405 aa  207  1e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0486  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  34.82 
 
 
337 aa  207  2e-52  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.766955  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1324  pseudouridine synthase, RluA family  38.71 
 
 
328 aa  207  2e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  38.8 
 
 
319 aa  207  3e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4836  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.1 
 
 
320 aa  207  3e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.474352 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  38.8 
 
 
319 aa  206  3e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  38.24 
 
 
313 aa  206  4e-52  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  1.89125e-05  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0968  pseudouridine synthase, RluA family  38.94 
 
 
343 aa  206  4e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.431214 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.35 
 
 
303 aa  206  4e-52  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3143  23S rRNA pseudouridine synthase D  39.56 
 
 
325 aa  206  4e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2406  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.08 
 
 
335 aa  206  5e-52  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0234677  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>