114 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphamn1_0870 on replicon NC_010831
Organism: Chlorobium phaeobacteroides BS1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_0870  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 108 aa  219  9.999999999999999e-57  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0593  transcriptional regulator, XRE family  75 
 
 		 108 aa  162  1.0000000000000001e-39  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0244812  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0601  transcriptional regulator, XRE family  75.96 
 
 		 108 aa  160  4.0000000000000004e-39  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0834  XRE family transcriptional regulator  72.22 
 
 		 107 aa  158  3e-38  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.259279 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0084  XRE family transcriptional regulator  66.99 
 
 		 109 aa  144  4.0000000000000006e-34  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1724  transcriptional regulator, XRE family  68.93 
 
 		 108 aa  142  1e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1336  XRE family transcriptional regulator  47 
 
 		 104 aa  91.3  4e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.40166 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2564  XRE family transcriptional regulator  47 
 
 		 104 aa  91.3  4e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2735  XRE family transcriptional regulator  47 
 
 		 104 aa  91.3  4e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000363521 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2419  transcriptional regulator, XRE family  44.66 
 
 		 104 aa  89  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1829  transcriptional regulator, XRE family  41.75 
 
 		 103 aa  88.6  3e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0315  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 117 aa  81.6  0.000000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0773865 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1361  transcriptional regulator, XRE family  48.81 
 
 		 93 aa  80.9  0.000000000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2787  transcriptional regulator, XRE family  47.5 
 
 		 99 aa  79.7  0.00000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2243  transcriptional regulator, XRE family  40.82 
 
 		 112 aa  79.3  0.00000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0763  XRE family transcriptional regulator  46.34 
 
 		 91 aa  76.6  0.0000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3276  hypothetical protein  47.56 
 
 		 105 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3859  transcriptional regulator, XRE family  47.5 
 
 		 93 aa  74.7  0.0000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0117  putative DNA-binding protein  51.32 
 
 		 105 aa  74.3  0.0000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.197061  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0074  hypothetical protein  48.1 
 
 		 94 aa  73.2  0.000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0658  XRE family transcriptional regulator  52 
 
 		 95 aa  73.2  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0827  XRE family transcriptional regulator  40.37 
 
 		 116 aa  67.4  0.00000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.551431  normal  0.496549 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5447  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 103 aa  67  0.00000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0807  helix-turn-helix domain-containing protein  45.12 
 
 		 94 aa  66.2  0.0000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5139  XRE family transcriptional regulator  45.78 
 
 		 95 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1165  toxin-antitoxin system, antitoxin component, Xre family  40.24 
 
 		 94 aa  66.2  0.0000000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000604987 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4157  XRE family transcriptional regulator  43.53 
 
 		 95 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.555179  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0723  transcriptional regulator, XRE family  39.8 
 
 		 115 aa  65.1  0.0000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000669172 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4023  transcriptional regulator, XRE family  40.51 
 
 		 94 aa  64.7  0.0000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3280  XRE family transcriptional regulator  43.37 
 
 		 95 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.843876 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3411  XRE family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 97 aa  63.5  0.0000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0311  transcriptional regulator  41.76 
 
 		 108 aa  63.2  0.000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1879  DNA-binding protein  41.76 
 
 		 108 aa  63.2  0.000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1031  transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 		 89 aa  62.8  0.000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000313321  normal  0.707924 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0928  DNA polymerase III delta prime subunit  34.78 
 
 		 90 aa  61.6  0.000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2529  transcriptional regulator, XRE family  37.33 
 
 		 93 aa  60.1  0.000000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000784971  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0364  XRE family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 100 aa  57.4  0.00000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000740846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2042  putative cytochrome c  35.8 
 
 		 90 aa  57  0.00000009  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1817  DNA-binding protein  37.21 
 
 		 107 aa  56.2  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.252724  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2220  DNA-binding protein  37.21 
 
 		 107 aa  56.2  0.0000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0402427  normal  0.0285701 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1927  XRE family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 107 aa  56.2  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1462  XRE family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 104 aa  54.3  0.0000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3174  XRE family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 98 aa  53.5  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00826056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4582  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 99 aa  53.5  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.752323 
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2805  XRE family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 123 aa  52.4  0.000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0791  transcriptional regulator, XRE family  40.96 
 
 		 91 aa  51.6  0.000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2125  transcriptional regulator, XRE family  46.25 
 
 		 91 aa  51.6  0.000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0650  XRE family transcriptional regulator  39.76 
 
 		 91 aa  50.8  0.000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0381  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 91 aa  48.9  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1138  transcriptional regulator, XRE family  34.57 
 
 		 90 aa  47.8  0.00005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.4972  normal  0.249316 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3588  DNA-binding protein  34.67 
 
 		 103 aa  47.4  0.00006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4003  DNA-binding protein  34.67 
 
 		 103 aa  47.4  0.00006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3722  XRE family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 103 aa  47.4  0.00006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0676164  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3540  transcriptional regulator, XRE family  36.26 
 
 		 94 aa  47.4  0.00007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1386  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 101 aa  45.4  0.0002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0282  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 94 aa  45.8  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1922  transcriptional regulator, XRE family  46.43 
 
 		 123 aa  45.8  0.0002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.189064  normal  0.0105553 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1124  XRE family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 105 aa  45.4  0.0003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.969354  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1249  repressor protein C2  42.86 
 
 		 218 aa  45.4  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000393675  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0099  DNA-binding protein  37.5 
 
 		 95 aa  45.1  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0889  putative transcriptional regulator, XRE family  32.47 
 
 		 99 aa  45.4  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01487  phage N15 gp48-like protein  32.93 
 
 		 94 aa  44.7  0.0004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.497667  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0039  DNA-binding protein  36.25 
 
 		 95 aa  45.1  0.0004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.514774  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1535  transcriptional regulator, LacI family  41.27 
 
 		 465 aa  45.1  0.0004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.38669  decreased coverage  0.00974115 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01498  hypothetical protein  32.93 
 
 		 94 aa  44.7  0.0004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.573871  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13300  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  43.1 
 
 		 509 aa  44.7  0.0005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.801467  normal  0.209244 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2247  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  43.55 
 
 		 119 aa  44.3  0.0005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.616763 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3620  transcriptional regulator, XRE family  32.47 
 
 		 99 aa  44.3  0.0005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.494695  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2567  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  43.55 
 
 		 120 aa  43.9  0.0006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.375259 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4384  transcriptional regulator, XRE family  30.12 
 
 		 108 aa  43.1  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1538  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 374 aa  42.7  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1361  EPSP synthase (3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase)  40.68 
 
 		 516 aa  42.4  0.002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.419571  normal  0.53858 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0744  DNA-binding protein  35.96 
 
 		 95 aa  42.7  0.002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0010  DNA-binding protein  38.89 
 
 		 93 aa  42.7  0.002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.235299  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 176 aa  42.4  0.002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0590  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 97 aa  42.4  0.002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1932  transcriptional regulator, XRE family  32.26 
 
 		 91 aa  42.4  0.002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3100  transcriptional regulator, XRE family  41.18 
 
 		 97 aa  42.4  0.002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000473627  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15700  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  42.37 
 
 		 507 aa  42.7  0.002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.645755  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17690  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  39.66 
 
 		 517 aa  42.4  0.002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.356525  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0647  XRE family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 97 aa  42  0.003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.459505 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2425  transcriptional regulator  53.85 
 
 		 99 aa  41.6  0.003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2176  transcriptional regulator, XRE family  41.18 
 
 		 97 aa  42  0.003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  44.9 
 
 		 188 aa  42  0.003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0631  hypothetical protein  36.51 
 
 		 73 aa  42  0.003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3182  transcriptional regulator, XRE family  36.51 
 
 		 513 aa  41.2  0.004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0470208  hitchhiker  0.000000000985397 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0039  transcriptional regulator, XRE family  33.85 
 
 		 377 aa  41.2  0.004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3260  transcriptional regulator, XRE family  40.68 
 
 		 513 aa  41.2  0.004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0795644  normal  0.23679 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05170  hypothetical protein  40 
 
 		 436 aa  41.6  0.004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.602534  normal  0.439559 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0529  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 205 aa  41.2  0.005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000109326  normal  0.171352 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1909  XRE family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 107 aa  41.2  0.005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0390  XRE family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 104 aa  41.2  0.005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0983  transcriptional regulator, XRE family  33.87 
 
 		 80 aa  41.2  0.005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.525138  normal  0.0218109 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0017  transcriptional regulator, XRE family  33.78 
 
 		 134 aa  40.8  0.006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2484  transcriptional regulator, XRE family  41.07 
 
 		 67 aa  40.8  0.006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1066  transcriptional regulator, XRE family  45.65 
 
 		 78 aa  40.8  0.006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0147385  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1858  XRE family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 100 aa  40.8  0.007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1888  XRE family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 136 aa  40.8  0.007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0097  XRE family transcriptional regulator  45.65 
 
 		 163 aa  40.8  0.007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000000770328  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2672  transcriptional regulator, XRE family  43.75 
 
 		 118 aa  40.4  0.007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000679525  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>