More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphamn1_0540 on replicon NC_010831
Organism: Chlorobium phaeobacteroides BS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03749  DNA polymerase I  41.52 
 
 		 928 aa  649    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000312835  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4123  DNA polymerase I  41.52 
 
 		 928 aa  649    Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000018502  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4382  DNA polymerase I  41.52 
 
 		 928 aa  649    Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000170331  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0541  DNA polymerase I  43.7 
 
 		 891 aa  706    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5306  DNA polymerase I  41.52 
 
 		 928 aa  649    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000330989  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1794  DNA polymerase type I  42.46 
 
 		 926 aa  707    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4345  DNA polymerase I  42.61 
 
 		 935 aa  679    Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000790678  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2573  DNA polymerase I  40.72 
 
 		 906 aa  644    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3094  DNA polymerase I  40.72 
 
 		 899 aa  637    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0119  DNA polymerase I  38.98 
 
 		 978 aa  636    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0087  DNA polymerase I  42.56 
 
 		 903 aa  683    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3714  DNA polymerase I  42.02 
 
 		 930 aa  665    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00250516  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4669  DNA polymerase I  42.39 
 
 		 922 aa  674    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0060  DNA polymerase I  41.5 
 
 		 945 aa  652    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0959551  hitchhiker  0.000000934143 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00016  DNA polymerase I  40.94 
 
 		 930 aa  672    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1917  DNA polymerase I  40.85 
 
 		 890 aa  641    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.100077  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4164  DNA polymerase I  41.03 
 
 		 928 aa  669    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0170728  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4152  DNA polymerase I  41.52 
 
 		 928 aa  649    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000213441  hitchhiker  0.000146367 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0113  DNA polymerase I  43.38 
 
 		 896 aa  692    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0099  DNA polymerase I  43.49 
 
 		 896 aa  691    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0360  DNA polymerase I  39.91 
 
 		 898 aa  656    Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4327  DNA polymerase I  41.68 
 
 		 928 aa  656    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.44762 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4281  DNA polymerase I  41.68 
 
 		 928 aa  656    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.729451  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0541  DNA polymerase I  39.87 
 
 		 908 aa  642    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4517  DNA polymerase I  40.68 
 
 		 929 aa  650    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.21603  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0873  DNA polymerase I  40.23 
 
 		 941 aa  644    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.504211  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2409  DNA polymerase I  40.11 
 
 		 934 aa  635    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000078353  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03698  hypothetical protein  41.52 
 
 		 928 aa  649    Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000500829  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0346  DNA polymerase I  42.76 
 
 		 892 aa  692    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.335360000000001e-24 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3813  DNA polymerase I  41.62 
 
 		 939 aa  648    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.273799  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1938  DNA polymerase I  40.61 
 
 		 945 aa  643    Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.632824  normal  0.0549057 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0554  DNA polymerase A  41.52 
 
 		 903 aa  659    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.266566  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2415  DNA polymerase I  39.55 
 
 		 888 aa  640    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0701371 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4337  DNA polymerase I  41.52 
 
 		 928 aa  649    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.0000000000947993  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0592  DNA polymerase I  43.93 
 
 		 891 aa  727    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000108203  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0096  DNA-directed DNA polymerase  42.7 
 
 		 933 aa  680    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00741762  hitchhiker  0.000000822051 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1645  DNA polymerase A  62.85 
 
 		 945 aa  1129    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3967  DNA polymerase I  40.43 
 
 		 931 aa  657    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000137661  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0179  DNA polymerase A  59.24 
 
 		 924 aa  1087    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1617  DNA polymerase I  41.24 
 
 		 949 aa  695    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.310116  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2983  DNA polymerase I  42.64 
 
 		 892 aa  689    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4231  DNA polymerase I  41.33 
 
 		 928 aa  654    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000696994  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0044  DNA polymerase I  40.27 
 
 		 939 aa  639    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00167336  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2042  DNA polymerase I  40.44 
 
 		 937 aa  644    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.782294  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4088  DNA polymerase I  41.41 
 
 		 928 aa  645    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000478192  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4227  DNA polymerase I  41.21 
 
 		 929 aa  662    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0477521  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2692  DNA polymerase I  40.72 
 
 		 899 aa  637    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.700333  hitchhiker  0.00010677 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0568  DNA polymerase I  41.68 
 
 		 905 aa  657    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0540  DNA polymerase I  100 
 
 		 936 aa  1920    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.560108  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0102  DNA polymerase I  42.52 
 
 		 918 aa  655    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.758898  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0323  hypothetical protein  42.48 
 
 		 936 aa  721    Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.875781 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1349  DNA polymerase I  44.01 
 
 		 924 aa  748    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.38206  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3902  DNA polymerase I  43.21 
 
 		 892 aa  700    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000292646  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4214  DNA polymerase I  43.15 
 
 		 939 aa  723    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.305733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0073  DNA polymerase I  41.63 
 
 		 926 aa  665    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.800167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0358  DNA polymerase I  40.97 
 
 		 910 aa  653    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.681988  normal  0.0403702 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3906  DNA polymerase I  42.61 
 
 		 922 aa  677    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000887796  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3620  DNA polymerase I  41.58 
 
 		 921 aa  645    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00307404  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0548  DNA polymerase I  41.05 
 
 		 928 aa  640    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.965006  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4210  DNA polymerase I  41.57 
 
 		 928 aa  655    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0026674  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1092  DNA polymerase I  42.37 
 
 		 932 aa  711    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.416306  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0494  DNA polymerase I  66.63 
 
 		 950 aa  1256    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.958979 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4485  DNA polymerase I  42.4 
 
 		 921 aa  676    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00194681  normal  0.0107032 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2573  DNA polymerase I  42.2 
 
 		 892 aa  658    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000431166  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1429  DNA polymerase I  40.21 
 
 		 942 aa  638    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0015  DNA polymerase I  39.04 
 
 		 928 aa  645    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.853211  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0655  DNA polymerase I  64.03 
 
 		 944 aa  1185    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3657  DNA polymerase I  41.27 
 
 		 946 aa  704    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4246  DNA polymerase I  41.62 
 
 		 928 aa  649    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000118244  normal  0.166094 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4290  DNA polymerase I  42.61 
 
 		 921 aa  681    Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000095151  hitchhiker  0.000000056057 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0718  DNA polymerase I  39.85 
 
 		 951 aa  645    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3905  DNA polymerase I  42.39 
 
 		 922 aa  670    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0001632  normal  0.292845 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3997  DNA polymerase I  42.39 
 
 		 922 aa  671    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00125715  normal  0.0107257 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2860  DNA polymerase I  41.59 
 
 		 912 aa  667    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.129264  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3943  DNA polymerase I  41.66 
 
 		 918 aa  642    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000101899  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1172  DNA polymerase I  44.48 
 
 		 893 aa  712    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02590  DNA polymerase I  40.08 
 
 		 956 aa  693    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1283  DNA polymerase I  44.81 
 
 		 893 aa  719    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4388  DNA polymerase I  41.57 
 
 		 928 aa  655    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00514081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0053  DNA polymerase I  42.61 
 
 		 921 aa  681    Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000915793  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0712  DNA polymerase I  40.91 
 
 		 939 aa  668    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2435  DNA polymerase I  40.55 
 
 		 937 aa  645    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.326826  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2421  DNA polymerase I  39.98 
 
 		 904 aa  642    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0819967  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0886  DNA polymerase I  40.53 
 
 		 894 aa  636    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2798  DNA polymerase I  43.4 
 
 		 888 aa  677    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1612  DNA polymerase I  42.42 
 
 		 902 aa  664    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3261  DNA polymerase I  40.39 
 
 		 911 aa  665    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.155363 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4109  DNA polymerase I  42.83 
 
 		 922 aa  684    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000411128  normal  0.224079 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4102  DNA polymerase I  40.21 
 
 		 930 aa  639    Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000162392  normal  0.404063 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2835  DNA polymerase I  42.8 
 
 		 893 aa  676    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.333743  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0536  DNA polymerase I  60.04 
 
 		 946 aa  1139    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1096  DNA polymerase I  39.98 
 
 		 963 aa  679    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0889452  normal  0.949667 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0365  DNA polymerase I  42.66 
 
 		 892 aa  692    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0093  DNA-directed DNA polymerase  41.53 
 
 		 923 aa  671    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00183207  normal  0.0262318 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0473  DNA polymerase I  65.1 
 
 		 943 aa  1189    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3185  fused DNA polymerase 5'->3' exonuclease and 3'->5' polymerase and 3'->5' exonuclease  40.7 
 
 		 938 aa  654    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.994376  normal  0.149667 
 
 
-
 
NC_004310  BR0123  DNA polymerase I  39.35 
 
 		 979 aa  633  1e-180  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.389931  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4195  DNA polymerase I  39.85 
 
 		 932 aa  634  1e-180  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00580719  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0021  DNA polymerase I  39.85 
 
 		 932 aa  634  1e-180  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00121039  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1711  DNA polymerase I  39.77 
 
 		 943 aa  634  1e-180  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.338945  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>