More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphamn1_0477 on replicon NC_010831
Organism: Chlorobium phaeobacteroides BS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_0477  pseudouridine synthase  100 
 
 		 254 aa  515  1.0000000000000001e-145  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0441  pseudouridine synthase  74.15 
 
 		 248 aa  367  1e-100  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00343055  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0497  pseudouridine synthase  68.35 
 
 		 247 aa  335  5e-91  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.196452  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0542  pseudouridine synthase, Rsu  62.7 
 
 		 251 aa  330  1e-89  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1997  pseudouridine synthase  62.06 
 
 		 252 aa  330  2e-89  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1688  pseudouridine synthase, Rsu  65.52 
 
 		 250 aa  324  9e-88  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0494  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  64.38 
 
 		 243 aa  319  3e-86  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3919  pseudouridine synthase  48.02 
 
 		 555 aa  214  9.999999999999999e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0143  pseudouridylate synthase (ribosomal large subunit pseudouridine synthase B)  45.42 
 
 		 562 aa  204  1e-51  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.303983 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0498  RNA-binding S4 domain protein  45.71 
 
 		 472 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0430  hypothetical protein  46.15 
 
 		 252 aa  195  5.000000000000001e-49  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.877766 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1147  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.79 
 
 		 236 aa  191  1e-47  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000045472  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1709  RNA-binding S4 domain protein  44.8 
 
 		 387 aa  190  2e-47  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.397798  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1336  ribosomal small subunit pseudouridine synthase B  42.79 
 
 		 236 aa  189  4e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.014485  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4420  RNA-binding S4 domain protein  43.51 
 
 		 638 aa  188  8e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  42.86 
 
 		 236 aa  188  8e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0757  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.35 
 
 		 238 aa  185  6e-46  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000912353  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.64 
 
 		 239 aa  184  1.0000000000000001e-45  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1396  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.03 
 
 		 239 aa  184  2.0000000000000003e-45  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.131517  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1395  pseudouridine synthase  44.4 
 
 		 242 aa  182  3e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0309  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.3 
 
 		 255 aa  182  3e-45  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  42.32 
 
 		 274 aa  182  4.0000000000000006e-45  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  45.3 
 
 		 309 aa  182  6e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1196  pseudouridine synthase  44.4 
 
 		 242 aa  181  8.000000000000001e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  44.02 
 
 		 253 aa  181  1e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1319  RNA-binding S4 domain protein  42.74 
 
 		 268 aa  181  1e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.834019  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.04 
 
 		 240 aa  179  4e-44  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  43.98 
 
 		 242 aa  178  7e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.98 
 
 		 242 aa  178  7e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  43.98 
 
 		 242 aa  178  8e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.98 
 
 		 242 aa  178  8e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.98 
 
 		 242 aa  178  8e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.98 
 
 		 242 aa  178  9e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  43.98 
 
 		 242 aa  178  9e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.98 
 
 		 242 aa  178  9e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.98 
 
 		 242 aa  177  1e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000641699 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1296  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.96 
 
 		 249 aa  176  3e-43  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.531864  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1203  pseudouridine synthase  42.04 
 
 		 516 aa  175  5e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0112543 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.74 
 
 		 237 aa  172  2.9999999999999996e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  39.83 
 
 		 271 aa  172  5e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  41.88 
 
 		 266 aa  171  1e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0888  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related enzyme  42.08 
 
 		 245 aa  171  1e-41  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000206154 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  42.74 
 
 		 251 aa  170  2e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  41.45 
 
 		 266 aa  170  2e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  38.98 
 
 		 238 aa  169  4e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  42.74 
 
 		 239 aa  169  5e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0058  pseudouridine synthase  42.24 
 
 		 241 aa  169  5e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0017  pseudouridine synthase  39.32 
 
 		 239 aa  169  6e-41  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000355614  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4295  tRNA pseudouridine synthase A  37.77 
 
 		 229 aa  168  7e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.502862  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  42.15 
 
 		 255 aa  168  1e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  43.83 
 
 		 238 aa  167  1e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4674  RNA pseudouridylate synthase family protein  37.77 
 
 		 229 aa  167  2e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  40.72 
 
 		 230 aa  166  2.9999999999999998e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4379  pseudouridine synthase  36.91 
 
 		 229 aa  166  4e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0577  RNA pseudouridine synthase family protein  36.91 
 
 		 229 aa  165  5e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0398  pseudouridine synthase  42.39 
 
 		 243 aa  165  5.9999999999999996e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4661  RNA pseudouridine synthase family protein  36.91 
 
 		 229 aa  165  5.9999999999999996e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.636337  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  42.06 
 
 		 273 aa  165  6.9999999999999995e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4677  RNA pseudouridine synthase family protein  36.48 
 
 		 229 aa  165  8e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000310773  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.88 
 
 		 258 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2223  pseudouridine synthase  41.53 
 
 		 243 aa  162  3e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000780288  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.04 
 
 		 251 aa  163  3e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4284  pseudouridylate synthase  36.91 
 
 		 229 aa  161  7e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  39.66 
 
 		 235 aa  161  7e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.53 
 
 		 247 aa  161  8.000000000000001e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1352  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.55 
 
 		 240 aa  161  8.000000000000001e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.92415  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2830  pseudouridine synthase  42.98 
 
 		 250 aa  161  1e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00016926  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2095  pseudouridine synthase  39 
 
 		 264 aa  160  1e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.965704 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4664  RNA pseudouridine synthase family protein  36.48 
 
 		 229 aa  160  1e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000338172 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  40.25 
 
 		 556 aa  161  1e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  42.49 
 
 		 567 aa  161  1e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1401  pseudouridine synthase  42.08 
 
 		 250 aa  160  1e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.288863  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4446  RNA pseudouridylate synthase  36.48 
 
 		 229 aa  160  2e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4792  RNA pseudouridine synthase family protein  36.48 
 
 		 229 aa  160  2e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  40.77 
 
 		 274 aa  158  1e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  40.68 
 
 		 624 aa  157  1e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.16 
 
 		 236 aa  157  2e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5639  pseudouridine synthase  41.18 
 
 		 553 aa  156  3e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.68 
 
 		 249 aa  155  5.0000000000000005e-37  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5425  pseudouridine synthase  42.86 
 
 		 246 aa  155  8e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.974125  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1236  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.1 
 
 		 269 aa  154  1e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.862824 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  35.32 
 
 		 237 aa  153  2.9999999999999998e-36  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1928  pseudouridine synthase  41.42 
 
 		 262 aa  152  4e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0159722  normal  0.219047 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1406  ribosomal large subunit pseudouridine synthaseB (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase)  37.24 
 
 		 239 aa  151  8.999999999999999e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.541928  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1919  pseudouridine synthase  41.42 
 
 		 256 aa  151  8.999999999999999e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00118075 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1167  RNA-binding S4 domain protein  37.66 
 
 		 228 aa  151  1e-35  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01258  pseudouridylate synthase  35.56 
 
 		 384 aa  150  1e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0723  pseudouridine synthase  36.61 
 
 		 279 aa  150  1e-35  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0159498  normal  0.0828355 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_695  pseudouridine synthase, RsuA family  39.52 
 
 		 249 aa  151  1e-35  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004196  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  35.56 
 
 		 385 aa  151  1e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00815873  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3863  pseudouridine synthase, Rsu  36.36 
 
 		 680 aa  150  2e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.695211  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06820  pseudouridine synthase family protein  37.82 
 
 		 296 aa  150  2e-35  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.493821 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2758  pseudouridine synthase  40.34 
 
 		 240 aa  149  5e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3120  pseudouridine synthase  38.91 
 
 		 322 aa  149  6e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.246679  hitchhiker  0.00195827 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0715  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.22 
 
 		 249 aa  147  1.0000000000000001e-34  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0684  pseudouridine synthase  33.91 
 
 		 239 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15190  pseudouridine synthase family protein  39.91 
 
 		 284 aa  147  2.0000000000000003e-34  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0192942  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2546  16S pseudouridylate synthase  36.71 
 
 		 239 aa  147  2.0000000000000003e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2249  16S pseudouridylate synthase  36.71 
 
 		 239 aa  147  2.0000000000000003e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3791  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.08 
 
 		 266 aa  147  2.0000000000000003e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0938115  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>