More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpha266_2417 on replicon NC_008639
Organism: Chlorobium phaeobacteroides DSM 266



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008639  Cpha266_2417  30S ribosomal protein S3  100 
 
 
250 aa  499  1e-140  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  3.14718e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2223  30S ribosomal protein S3  94.02 
 
 
251 aa  448  1e-125  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  7.80693e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0295  30S ribosomal protein S3  90.76 
 
 
249 aa  441  1e-123  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0187  30S ribosomal protein S3  89.02 
 
 
252 aa  443  1e-123  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  1.14695e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2058  30S ribosomal protein S3  93.07 
 
 
251 aa  440  1e-122  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00124748  normal  0.255543 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1845  30S ribosomal protein S3  90.76 
 
 
253 aa  439  1e-122  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.478423  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2290  30S ribosomal protein S3  88.94 
 
 
252 aa  408  1e-113  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000815753  hitchhiker  0.00311978 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0848  ribosomal protein S3  57.62 
 
 
249 aa  262  5e-69  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5781  ribosomal protein S3  56.34 
 
 
302 aa  252  4e-66  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.336905 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0428  30S ribosomal protein S3  55.24 
 
 
219 aa  251  6e-66  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00750639  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2682  30S ribosomal protein S3  57.14 
 
 
223 aa  250  1e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.631752  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4349  30S ribosomal protein S3  55.4 
 
 
275 aa  248  5e-65  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  1.22787e-08  normal  0.048354 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3661  30S ribosomal protein S3  52.32 
 
 
235 aa  247  1e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1436  30S ribosomal protein S3  54.29 
 
 
243 aa  247  1e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0795815  normal  0.0645739 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3156  30S ribosomal protein S3  55.87 
 
 
254 aa  246  2e-64  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.65741 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5064  30S ribosomal protein S3  52.28 
 
 
236 aa  246  2e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.46978 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1338  30S ribosomal protein S3  54.29 
 
 
243 aa  247  2e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0464681  normal  0.115598 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01230  ribosomal protein S3  53.81 
 
 
214 aa  247  2e-64  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.845852  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1685  ribosomal protein S3  51.9 
 
 
252 aa  246  3e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  5.19283e-05  hitchhiker  3.02048e-06 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0154  30S ribosomal protein S3  51.3 
 
 
229 aa  244  7e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  5.51432e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0992  30S ribosomal protein S3  54.29 
 
 
237 aa  244  8e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0174099 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001736  SSU ribosomal protein S3p (S3e)  49.57 
 
 
232 aa  243  1e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  1.23717e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0164  30S ribosomal protein S3  49.57 
 
 
229 aa  244  1e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  2.2982e-06  decreased coverage  4.84078e-05 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3442  30S ribosomal protein S3  53.16 
 
 
232 aa  243  2e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.569758 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1370  30S ribosomal protein S3  51.9 
 
 
231 aa  243  2e-63  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0876936  normal  0.564584 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0117  30S ribosomal protein S3  55.24 
 
 
218 aa  242  3e-63  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00121985  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0219  30S ribosomal protein S3  51.6 
 
 
230 aa  243  3e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  2.84252e-09  unclonable  7.95871e-06 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2301  30S ribosomal protein S3  52.74 
 
 
232 aa  242  4e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.371999  normal  0.117163 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0326  30S ribosomal protein S3  50.22 
 
 
232 aa  242  4e-63  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0364603  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3178  30S ribosomal protein S3  52.74 
 
 
232 aa  241  6e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00736  30S ribosomal protein S3  49.14 
 
 
232 aa  241  6e-63  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0090  30S ribosomal protein S3  53.85 
 
 
231 aa  241  7e-63  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.157712  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0672  30S ribosomal protein S3  52.86 
 
 
236 aa  241  8e-63  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  1.14905e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0704  30S ribosomal protein S3  52.86 
 
 
236 aa  241  8e-63  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  2.20755e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0292  30S ribosomal protein S3  53.81 
 
 
220 aa  241  8e-63  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0100891  normal  0.0448261 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1551  30S ribosomal protein S3  51.9 
 
 
231 aa  240  1e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2812  30S ribosomal protein S3  54.76 
 
 
235 aa  240  1e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.102151  normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0220  ribosomal protein S3  52.4 
 
 
210 aa  241  1e-62  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0176  30S ribosomal protein S3  51.14 
 
 
229 aa  241  1e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  1.79507e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0221  30S ribosomal protein S3  53.33 
 
 
221 aa  240  1e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  6.49554e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0707  30S ribosomal protein S3  52.36 
 
 
210 aa  240  2e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.77493e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0113  30S ribosomal protein S3  54.29 
 
 
218 aa  239  2e-62  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0262  30S ribosomal protein S3  48.03 
 
 
301 aa  240  2e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.155433  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0686  30S ribosomal protein S3  52.86 
 
 
210 aa  240  2e-62  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.15256  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2742  ribosomal protein S3  56.19 
 
 
236 aa  240  2e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0769117  normal  0.282476 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1620  30S ribosomal protein S3  54.29 
 
 
249 aa  239  3e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.446751  normal  0.331477 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4311  30S ribosomal protein S3  48.7 
 
 
229 aa  239  3e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  6.43505e-07  unclonable  5.45426e-11 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0475  30S ribosomal protein S3  52.86 
 
 
232 aa  239  3e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00134596  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2705  ribosomal protein S3  53.42 
 
 
226 aa  239  3e-62  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.105872  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1360  ribosomal protein S3  54.29 
 
 
241 aa  239  4e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.253201  normal  0.0370461 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2168  30S ribosomal protein S3  49.78 
 
 
233 aa  239  4e-62  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  6.8862e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0231  ribosomal protein S3  52.58 
 
 
218 aa  239  4e-62  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17100  SSU ribosomal protein S3P  51.64 
 
 
272 aa  238  5e-62  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0525637  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0411  30S ribosomal protein S3  50.68 
 
 
233 aa  238  5e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0239377  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4684  30S ribosomal protein S3  49.13 
 
 
229 aa  238  5e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000205507  unclonable  1.69741e-08 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2851  30S ribosomal protein S3  51.9 
 
 
211 aa  238  5e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.588721  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0632  30S ribosomal protein S3  52.38 
 
 
211 aa  238  5e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  1.11736e-06  hitchhiker  1.69292e-09 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2972  30S ribosomal protein S3  52.47 
 
 
225 aa  238  6e-62  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.845651  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2454  30S ribosomal protein S3  54.46 
 
 
219 aa  238  7e-62  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.14409 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0574  ribosomal protein S3  53.81 
 
 
239 aa  238  7e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0765  30S ribosomal protein S3  53.81 
 
 
240 aa  238  7e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0970425  normal  0.512197 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1789  SSU ribosomal protein S3P  51.29 
 
 
234 aa  238  8e-62  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.309908  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3995  30S ribosomal protein S3  50.68 
 
 
233 aa  238  8e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000204898  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3816  30S ribosomal protein S3  50.68 
 
 
233 aa  238  8e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  8.90302e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0329  30S ribosomal protein S3  50.68 
 
 
233 aa  238  8e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000157005  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2129  ribosomal protein S3  54.76 
 
 
248 aa  238  8e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.429997 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1771  30S ribosomal protein S3  53.33 
 
 
232 aa  238  9e-62  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  5.85037e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0205  30S ribosomal protein S3  50.68 
 
 
230 aa  238  9e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  6.9447e-09  hitchhiker  1.49632e-09 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0237  30S ribosomal protein S3  50.68 
 
 
230 aa  238  9e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0200  30S ribosomal protein S3  50.68 
 
 
230 aa  238  9e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00835555  hitchhiker  0.00166911 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0205  30S ribosomal protein S3  50.68 
 
 
230 aa  238  9e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  4.15064e-07  unclonable  2.17557e-11 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2446  ribosomal protein S3  54.76 
 
 
248 aa  237  1e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1962  ribosomal protein S3  48.35 
 
 
237 aa  237  1e-61  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.180974  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0853  SSU ribosomal protein S3P  53.81 
 
 
210 aa  237  1e-61  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  1.11374e-05  hitchhiker  9.5719e-05 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2168  ribosomal protein S3  54.76 
 
 
248 aa  237  1e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.392518 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0111  30S ribosomal protein S3  53.15 
 
 
219 aa  237  1e-61  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  6.2196e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1255  30S ribosomal protein S3  51.35 
 
 
231 aa  237  1e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.378037  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0190  30S ribosomal protein S3  50.95 
 
 
229 aa  236  2e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  3.04143e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5189  30S ribosomal protein S3  52.7 
 
 
219 aa  236  2e-61  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  9.4199e-10  unclonable  1.62141e-25 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0116  30S ribosomal protein S3  52.7 
 
 
219 aa  236  2e-61  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  1.65133e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1190  30S ribosomal protein S3  53.33 
 
 
236 aa  236  2e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.505829  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0116  30S ribosomal protein S3  52.7 
 
 
219 aa  236  2e-61  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  9.78645e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0137  30S ribosomal protein S3  52.7 
 
 
219 aa  236  2e-61  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  1.51619e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3332  30S ribosomal protein S3  52.86 
 
 
256 aa  236  2e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  3.90716e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0147  30S ribosomal protein S3  52.7 
 
 
219 aa  236  2e-61  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  8.4584e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0568  30S ribosomal protein S3  51.87 
 
 
278 aa  236  2e-61  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0128  30S ribosomal protein S3  52.7 
 
 
219 aa  236  2e-61  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.11451e-61 
 
 
-
 
NC_004310  BR1227  30S ribosomal protein S3  53.33 
 
 
236 aa  236  2e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0110  30S ribosomal protein S3  52.7 
 
 
219 aa  236  2e-61  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  1.35438e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0112  30S ribosomal protein S3  52.7 
 
 
219 aa  236  2e-61  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  3.84364e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0116  30S ribosomal protein S3  52.7 
 
 
219 aa  236  2e-61  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  1.11227e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1027  30S ribosomal protein S3  50.21 
 
 
232 aa  236  2e-61  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000269281  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0110  30S ribosomal protein S3  52.25 
 
 
219 aa  236  2e-61  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  1.33483e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0056  ribosomal protein S3  51.9 
 
 
271 aa  236  2e-61  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  unclonable  1.80668e-13  hitchhiker  1.05173e-18 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1914  ribosomal protein S3  54.76 
 
 
251 aa  236  3e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0533377  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1672  30S ribosomal protein S3  52.86 
 
 
235 aa  236  3e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.356257  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0040  30S ribosomal protein S3  47.13 
 
 
232 aa  236  3e-61  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0666312  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1739  ribosomal protein S3  51.82 
 
 
222 aa  236  3e-61  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  3.2444e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0059  ribosomal protein S3  51.9 
 
 
275 aa  236  3e-61  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  1.92317e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1962  30S ribosomal protein S3  50 
 
 
236 aa  236  3e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0807274  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>